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核糖体引导粗线期 piRNA 在长基因间 piRNA 前体上形成
PIWI 相互作用 RNA (piRNA) 是一类对生育至关重要的小型非编码 RNA。在成年小鼠睾丸中，大多数 piRNA 源自缺乏注释开放阅读框 (ORF) 的长单链 RNA。在 piRNA 前体的切割过程中，piRNA 序列的定义机制仍然难以捉摸。在这里，我们展示了 80S 核糖体翻译 piRNA 前体的 5' 近端短 ORF (uORF)。然后，MOV10L1/Armitage RNA 解旋酶促进核糖体易位到 uORF 下游区域 (UDR)。核糖体结合的 UDR 是 piRNA 加工机制的靶标，经过加工的核糖体保护区成为 piRNA。核糖体和 piRNA 前体之间的双重相互作用模式决定了 uORF 上 piRNA 生物合成的不同要求
bppart：在没有熵的情况下RNA-RNA相互作用分区函数
已经研究了几类在细胞功能中具有复杂作用的RNA-RNA相互作用（RRI），例如miRNA-target和lncRNA。因此，在过去十年中提出的RRI生物信息学工具是针对这些特定类别的。有趣的是，在文献中具有一些潜在的生物学作用的文献中有些未引起的mRNA-mRNA相互作用。因此，需要在更全面的设置中使用高通量通用RRI生物信息学工具。在这项工作中，我们重新访问了两个RRI分区函数算法，PIRNA和RIP。这些是对RRI实施最全面和计算中最密集的热力学模型的等效方法。我们提出了更简单的模型，这些模型被证明保留了更复杂模型捕获的绝大多数热力学信息。具体来说，我们通过忽略系统的熵并显示其与基本对计数模型的等效性来简化能量模型。我们允许碱基对的不同权重以最大化与完整热力学模型的相关性。我们新开发的算法Bppart比Pirna快225×，并且由于其简单性和数量级减少了动态编程表的数量，因此更易于表达和易于分析。仍然，基于我们对真实和随机生成的数据的分析，其分数与37°C处的PIRNA的相关性为0.855。最后，我们说明了这样简单模型的一个用例，以生成有关特定RNA在各种疾病中的作用的假设。我们已公开使用工具，并相信这种更快，更具表现力的模型将使物理指导的信息在复杂的RRI分析和预测模型中更容易访问。
改善MSC的治疗特征：细胞因子...
结果：我们的结果揭示了包括miRNA，PIRNA和TRNA在内的组中331个已知和441个新型SRNA的显着差异表达。值得注意的是，鉴定出SRNA表达模式的不同簇，特异性miRNA在HTLV-1和HTLV-2感染中显示出明显的上调或下调。基因本体分析表明，靶基因在转录调控和RNA结合过程中的显着参与，而KEGG途径分析突出了与癌症相关途径的富集以及Foxo，Ras和Mapk等信号级联的富集。网络分析确定关键miRNA，例如HSA-MIR-20B-5P和HSA-LET-7E-5P，是具有广泛相互作用的中央调节剂，这表明它们在HTLV感染的发病机理和免疫反应中的潜在作用。
rnagen：一种基于生成对抗网络的模型，可生成靶蛋白的合成RNA序列
摘要。RNA-蛋白结合在调节蛋白质活性中通过影响定位和稳定性起着重要作用。 虽然蛋白质通常是通过小分子或其他蛋白质靶向的，但易于设计和合成小的RNA是一个相当尚未开发和有希望的场所。 问题是缺乏产生与某些蛋白质可能结合的RNA分子的方法。 在此，我们提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，该方法学会生成具有天然RNA样性能（例如二级结构和自由能）的短RNA序列。 使用优化技术，我们对这些序列进行微调以使它们与靶蛋白结合。 我们使用文献中的RNA-蛋白结合预测模型来指导模型。 我们表明，即使没有针对靶蛋白的专门训练的可用指南模型，我们也可以使用针对相似蛋白质的模型，例如来自同一家族的蛋白质，可以成功地生成与靶蛋白的结合RNA分子。 使用这种方法，我们使用了针对其相对的模型（SOX10，SOX14和SOX8）量身定制的PIRNA，并量身定制为SOX2蛋白结合，并在体外实验验证了我们生成的Top-2分子我们生成的Top-2分子特异性结合了SOX2。RNA-蛋白结合在调节蛋白质活性中通过影响定位和稳定性起着重要作用。虽然蛋白质通常是通过小分子或其他蛋白质靶向的，但易于设计和合成小的RNA是一个相当尚未开发和有希望的场所。问题是缺乏产生与某些蛋白质可能结合的RNA分子的方法。在此，我们提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，该方法学会生成具有天然RNA样性能（例如二级结构和自由能）的短RNA序列。使用优化技术，我们对这些序列进行微调以使它们与靶蛋白结合。我们使用文献中的RNA-蛋白结合预测模型来指导模型。我们表明，即使没有针对靶蛋白的专门训练的可用指南模型，我们也可以使用针对相似蛋白质的模型，例如来自同一家族的蛋白质，可以成功地生成与靶蛋白的结合RNA分子。使用这种方法，我们使用了针对其相对的模型（SOX10，SOX14和SOX8）量身定制的PIRNA，并量身定制为SOX2蛋白结合，并在体外实验验证了我们生成的Top-2分子我们生成的Top-2分子特异性结合了SOX2。
促进水热碳化技术的研究需求和途径
1莱布尼兹农业工程与生物经济研究所（ATB），Max-eyth-Allee 100，14469 Potsdam，德国2废物管理与循环经济研究所，环境科学学院，TechniSchethecteriTätector，Dresten，Pratzschschschschwitzh的159.17991.07991.07991.07991,, 环境工程与建筑（DICAAR），Cagliari大学，Marengo，Marengo，09123 Cagliari，意大利； gcappai@unica.it 4意大利国家研究委员会 - 环境地质与地球工程（CNR-IGAG），通过Marengo 2，09123 Cagliari，意大利5号Red River Research Station，Louisiana State University University University University University Cermutultural Centornal Center，Bossier shoutjx@gmail.com（J.-W.C.）; cjeong@agcenter.lsu.edu（c.j.） 6苏黎世应用科学大学（Zhaw）的自然资源科学研究所，瑞士CH-8820Wädenswil； beatrice.kulli@zhaw.CH 7，特伦托大学民用，环境和机械工程系，通过Mesiano 77，38123意大利特伦托； filippo.marchelli@unitn.it 8 USDA-ARS沿海平原土壤，水与植物研究中心，美国佛罗伦萨西部卢卡斯街2611号，美国南卡罗来纳州29501，美国； kyoung.ro@usda.gov 9 Departamento defísicaaplicada，Escuela de Ingenierí，avd extremadura大学。 de elvas s/n，06006 Badajoz，西班牙 *通信：hdang@atb-potsdam.de（C.H.D. ）; sroman@unex.es（s.r。）环境工程与建筑（DICAAR），Cagliari大学，Marengo，Marengo，09123 Cagliari，意大利； gcappai@unica.it 4意大利国家研究委员会 - 环境地质与地球工程（CNR-IGAG），通过Marengo 2，09123 Cagliari，意大利5号Red River Research Station，Louisiana State University University University University University Cermutultural Centornal Center，Bossier shoutjx@gmail.com（J.-W.C.）; cjeong@agcenter.lsu.edu（c.j.）6苏黎世应用科学大学（Zhaw）的自然资源科学研究所，瑞士CH-8820Wädenswil； beatrice.kulli@zhaw.CH 7，特伦托大学民用，环境和机械工程系，通过Mesiano 77，38123意大利特伦托； filippo.marchelli@unitn.it 8 USDA-ARS沿海平原土壤，水与植物研究中心，美国佛罗伦萨西部卢卡斯街2611号，美国南卡罗来纳州29501，美国； kyoung.ro@usda.gov 9 Departamento defísicaaplicada，Escuela de Ingenierí，avd extremadura大学。 de elvas s/n，06006 Badajoz，西班牙 *通信：hdang@atb-potsdam.de（C.H.D. ）; sroman@unex.es（s.r。）6苏黎世应用科学大学（Zhaw）的自然资源科学研究所，瑞士CH-8820Wädenswil； beatrice.kulli@zhaw.CH 7，特伦托大学民用，环境和机械工程系，通过Mesiano 77，38123意大利特伦托； filippo.marchelli@unitn.it 8 USDA-ARS沿海平原土壤，水与植物研究中心，美国佛罗伦萨西部卢卡斯街2611号，美国南卡罗来纳州29501，美国； kyoung.ro@usda.gov 9 Departamento defísicaaplicada，Escuela de Ingenierí，avd extremadura大学。de elvas s/n，06006 Badajoz，西班牙 *通信：hdang@atb-potsdam.de（C.H.D.）; sroman@unex.es（s.r。）
繁殖 - Bioscientifica
范可尼贫血 (FA) DNA 损伤反应 (DDR) 通路调节重要的细胞过程，例如 DNA 复制、细胞周期控制和 DNA 损伤修复。本文我们表明，FANCD2 是 FA DDR 通路的关键成员，它与生殖细胞特异性 Prmt5/piRNA 通路的几个重要成分相互作用，这些通路协调对转座因子 (TE) 的抑制。通过使用标记纯原始生殖细胞 (PGC) 群体的 Pou5f1 -eGFP 报告小鼠，我们证明 FA 缺乏会导致 TE 的抑制解除、PGC 耗竭以及精子发生和卵子发生缺陷。Fancd2-KO PGC 表现出过度的 DNA 损伤并加剧细胞凋亡。从机制上看，我们观察到在 Fancd2-KO ; Pou5f1 -eGFP 和 Fanca-KO ; Pou5f1 -eGFP 胚胎的 E10.5 PGC 中，PRMT5 催化的 H2A/H4R3me2s 标记在 LINE1 TE 上显著减少。此外，我们利用 Fancd2-KI 模型表明，在 WT PGC 中，FANCD2 和 PRMT5 共同占据了 LINE1 的启动子，而在 FA 缺陷型（Fanca-KO）PGC 中，这种共同占据消失了。这些结果表明，FA 通路参与了早期 PGC 中的 TE 抑制，可能通过一种涉及 FANCD2 促进的、PRMT5 催化的抑制性 H2A/H4R3me2s 标记的机制来实现。生殖 (2020) 159 659–668
rnagen：一种基于生成对抗网络的模型，可生成靶蛋白的合成RNA序列
摘要。RNA-蛋白结合在通过影响定位和稳定性来调节蛋白活性中起重要作用。虽然蛋白质通常是通过小分子或其他蛋白质靶向的，但易于设计和合成小RNA是一个相当未开发和有希望的场所。问题是缺乏产生与某些蛋白质可能结合的RNA分子的方法。在此，我们提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，该方法学会生成具有天然RNA样性能（例如二级结构和自由能）的短RNA序列。使用优化技术，我们对这些序列进行调整以使它们与靶蛋白结合。我们使用文献中的RNA-蛋白结合预测模型来指导模型。我们表明，即使没有针对靶蛋白进行特定训练的可用指南模型，我们也可以使用针对类似蛋白质的训练的模型，例如来自同一家族的蛋白质，可以成功地生成与靶蛋白的结合RNA分子。使用这种方法，我们使用了针对其相对的模型（SOX15，SOX14和SOX7）训练以结合SOX2蛋白的PIRNA，并在体外进行了实验验证，以至于我们生成的Top-2分子我们特异性地生成了与Sox2结合。
录音室屏幕截图的带的屏幕截图
•人类基因组的结构和功能特征•表达调控中的顺式传播相互作用。一般和特定的转录因子。用于研究的技术：用于研究差异表达的微阵列和Q-RT-PCR•表观遗传机制。DNA甲基化，质量修饰，染色质重塑复合物，LCR，表观遗传静音。Bisolfito方法用于研究DNA甲基化状态。•用于大规模测序核酸测序的第二代和第三代技术•微生物群落的基因组分析。靶标元基因组，元基因组shot弹枪和功能。•人类微生物瘤：与营养和健康的相关性•OMIC科学：定义和目标。营养/营养学：多态性与营养与食物对基因表达的影响之间的关系。基因组适应饮食。依赖配体的转录因子。神经退行性病理学的营养素和表观基因组学。营养表观基因组学：中间代谢，碳原子的代谢和表观遗传机制。药物遗传学/药物基因组学：影响对药物反应的基因，遗传环境相互作用（GXE）。•基因表达的转移后调节。功能和替代剪接调节机制。•RNA调节剂：longncrna，pirna，circrna，mirna，sirna。mirna
综述裂殖酵母和哺乳动物中长 RNA 介导的染色质调控
从酵母到哺乳动物，真核生物基因组可以根据发育或环境状态进行广泛转录。据估计，大多数裂殖酵母 (S. pombe) 和人类基因组都具有转录能力 [1,2]。尽管蛋白质编码基因在所有转录基因组单位中只占极小部分，但它们在历史上获得了最多的研究关注。然而，鉴于新一代测序和基因组编辑方法的最新进展，人们越来越多地参与阐明编码调控 RNA 的基因的功能相关性。这些包括非编码 RNA 和具有编码和非编码双重属性的双功能 RNA。非编码基因的转录产物可大致分为小分子非编码 RNA 或长分子非编码 RNA (lncRNA)。小的非编码 RNA 长度小于 200 个核苷酸，主要包括微小 RNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA)、tRNA 衍生的小 RNA (tsRNA) 和 piwi 相互作用 RNA (piRNA)。它们在转录组和染色质调控中的作用已在其他地方进行了广泛综述，本文将不再赘述 [3–8]。长 RNA（长度 > 200 个核苷酸）称为长的非编码 RNA (lncRNA)，据信不会翻译成蛋白质。与信使 RNA (mRNA) 相比，许多 lncRNA 的序列保守性较差，稳定性较差，主要存在于细胞核内。在酵母、植物和动物中，编码 lncRNA 的基因数量远远超过编码 mRNA 的基因数量 [9–12]，这表明真核生物中存在大量无功能转录噪音，或者仍有许多功能性 RNA 有待鉴定。然而，有人争论说，一些注释的 lncRNA 可能被错误注释，并且可以翻译 [13–15]。这种想法得到了核糖体
阿贾耶·德乌干 Ka Gana 平台
使用上述协议。瑞典印度尼西亚村庄的肖像小企业和企业家，也称为晶体管 mos。随着用户输入的字符逐个字符地出现在所有用户屏幕上，brown 和 woolley 消息发布了基于网络的 talkomatic 版本，通过超链接和 URL 链接。最后，他们确定的所有标准成为了新协议开发的先驱，该协议现在被称为 tcpip 传输控制协议互联网协议，通过超链接和 url 连接。Knnen sich auch die gebhren ndern，dass 文章 vor ort abgeholt werden knnen。