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World File Search SystemPKS
使用来自 PubMed 的词嵌入进行监督学习可以捕获有关蛋白激酶和癌症的潜在知识。
多年来，抑制导致癌症的蛋白激酶 (PK) 一直是癌症治疗的重要课题。到目前为止，FDA 批准的药物已经针对了 530 多种 PK 中的近 8%，大约 150 种蛋白激酶抑制剂 (PKI) 已经在临床试验中进行了测试。我们提出了一种基于自然语言处理和机器学习的方法来研究 PK 和癌症之间的关系，预测抑制哪些 PK 可以有效治疗某种癌症。我们的方法根据 PubMed 摘要中的单词和概念邻域将 PK 和癌症表示为具有语义意义的 100 维向量。我们使用 ClinicalTrials.gov 中有关 I-IV 期试验的信息来构建随机森林分类的训练集。我们使用历史数据的结果显示，可以提前数年准确预测 PK 与特定癌症之间的关联。我们的工具可用于预测抑制 PK 对特定癌症的相关性，并支持设计有针对性的临床试验，以发现用于癌症治疗的新型 PKI。
维尼昂信息技术学院（自治）
cation TE SE CC Dist contact 1 NQ R2021011 数学-III Dr.D.Ratna Babu 教授 博士 13 13 KT KRI 9000976638 2 NQ R2021011 数学-III Dr.R.Leela Vathi 助理教授 博士 10 6 HP KRI 9383455555 3 NQ R2021042 开关理论与逻辑设计 Dr K Srinivasa Rao 教授 博士 20 6 8T KRI 9494379031 4 NQ R2021043 信号与系统 Dr.T Lakshmi Narayana 副教授 博士 11 9 HP KRI 8686000546 NQ R2021044 随机变量与随机过程 Dr S Srigowri 教授 博士29 13 X4 KRI 7093322366 6 NQ R2021422 使用 Java 的面向对象编程 Dr.A.Radhika 副教授 博士 23 9 X4 KRI 9885986856 7 49 R2021011 数学-III Dr B Mahaboub 教授 博士 24 15 F0 PKS 8465977870 8 49 R2021011 数学-III Dr K Srinivas 教授 博士 28 28 8A PKS 9908786858 9 49 R2021041 电子器件与电路 Dr DVN Sukanya 副教授 博士 18 18 F0 PKS 9032869703 10 49 R2021042 开关理论与逻辑设计 Dr A Ranganayakulu 教授 博士 30 20 JU PKS 6281311010 11 49 R2021043 信号与系统 Dr M Ratnababu 教授 博士 17 10 F0 PKS 8074506708 12 49 R2021044 随机变量与随机过程 Dr P Srinivasulu 教授 博士 19 19 35 PKS 9676136356 13 7W R2021011 数学-III Dr. D Naga Bhargavi 助理教授 博士 18 18 NN GTR 9490514627
新型大肠杆菌毒素的合成——……
大肠杆菌是人体肠道正常菌群的一部分，具有重要功能；然而，某些菌株会导致宿主患病，损害肠道功能并对整体健康产生不利影响。大肠杆菌 B2 血清群中的 pks 基因簇编码大肠杆菌素，这是一种次级代谢物和潜在的肠道毒素。然而，大肠杆菌中大肠杆菌素产生的机制很复杂，pks 基因簇的功能尚未完全了解。本综述探讨了大肠杆菌中 pks 岛产生大肠杆菌素的复杂机制和过程，阐明了其中 clbA-S 基因所起的具体作用。并揭示了colibactin对宿主细胞DNA的毒性作用，阐述了可能在诱导结直肠癌发展中起重要作用的机制，如单碱基替换（SBS）、小插入/缺失（small indel）特征（ID-pks）、染色体间连锁（ICLs）、DNA双链断裂（DSBs），这些机制的阐明对相关药物的进一步探索和开发具有重要意义。
系统提示新闻通讯 - 2024年3月
•以太网接口模块（EIM）允许在优化C300控制器的处理负载的同时，进行perverion®PKSHive集成。这些功能可确保为客户提供最佳的安全性，可靠性和性能。•Experion®远程网关，该网关通过提供独立于浏览器的方法来简化监视和操作，从而进一步实现远程操作。•Experion®PKSSCADA备份控制中心的扩展最多可达三个独立的位置，从而增加了地理分离系统设计的可用性和连续性。•许多Experion®站HMI增强功能，包括动态操作员注意列表。
克服对激酶抑制剂的耐药性
摘要：蛋白激酶 (PK) 在细胞增殖和存活中起着至关重要的作用，因此其失调是实体和血液系统恶性肿瘤发病机制中的常见事件。靶向 PK 一直是癌症治疗中一种有前途的策略，目前有多种针对 PK 的已获批准的抗癌药物。然而，耐药现象仍然是一个有待解决的障碍，克服耐药性是一个需要实现的目标。慢性粒细胞白血病 (CML) 是第一个也是最好的可以通过分子疗法靶向的癌症例子之一；因此，它可以作为其他癌症的模型疾病。本综述旨在总结有关 PK 抑制疗法耐药性的主要机制的最新知识，并概述正在探索的克服耐药性的主要策略。还将讨论分子诊断和疾病监测在对抗耐药性方面的重要性。关键词：蛋白激酶、慢性粒细胞白血病、酪氨酸激酶抑制剂、合成致死
疟原虫激酶组的更新和阐明
疟疾是一种由疟原虫引起的热带疾病，通过受感染的按蚊叮咬传播。蛋白激酶 (PK) 在疟疾病原体的生命周期中起着关键作用，使这些蛋白质成为抗疟药物研发活动的有吸引力的靶标。作为了解寄生虫信号传导功能的努力的一部分，我们报告了对八种疟原虫 PK 的生物信息学流程分析的结果。到目前为止，还没有进行过 P. malariae 和 P. ovale 激酶组组装。我们对预测的激酶进行了分类、整理和注释，以更新迄今为止发表的 P. falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、P. chabaudi 和 P. knowlesi 激酶组，并首次报告了 P. malariae 和 P. ovale 的激酶组。总体而言，在所有疟原虫属激酶组中鉴定出 76 至 97 种 PK。大多数激酶被分配到九个主要激酶组中的七个：AGC、CAMK、CMGC、CK1、STE、TKL、OTHER；以及疟原虫特异性组 FIKK。约 30% 的激酶已深入分类为组、科和亚科级别，只有约 10% 仍未分类。此外，更新和比较间日疟原虫和恶性疟原虫的激酶组可以优先选择激酶作为潜在的药物靶标，可用于探索发现抗疟新药。通过这种综合方法，我们选出了 37 种蛋白激酶作为潜在靶点，并鉴定出对无性疟原虫 (3D7 和 Dd2 菌株) 阶段具有中等体外活性的试验化合物，这些化合物可作为未来寻找有效抗疟药物的起点。2022 年由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ )。
优先考虑激酶作为治疗疟疾的潜在药物靶点
疟疾是一种由疟原虫引起的热带疾病，通过受感染的按蚊叮咬传播。蛋白激酶 (PK) 在疟疾病原体的生命周期中起着关键作用，使这些蛋白质成为抗疟药物研发活动的有吸引力的靶标。作为了解寄生虫信号传导功能的努力的一部分，我们报告了对八种疟原虫 PK 的生物信息学流程分析的结果。到目前为止，还没有进行过 P. malariae 和 P. ovale 激酶组组装。我们对预测的激酶进行了分类、整理和注释，以更新迄今为止发表的 P. falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、P. chabaudi 和 P. knowlesi 激酶组，并首次报告了 P. malariae 和 P. ovale 的激酶组。总体而言，在所有疟原虫属激酶组中鉴定出 76 至 97 种 PK。大多数激酶被分配到九个主要激酶组中的七个：AGC、CAMK、CMGC、CK1、STE、TKL、OTHER；以及疟原虫特异性组 FIKK。约 30% 的激酶已深入分类为组、科和亚科级别，只有约 10% 仍未分类。此外，更新和比较间日疟原虫和恶性疟原虫的激酶组可以优先选择激酶作为潜在的药物靶标，可用于探索发现抗疟新药。通过这种综合方法，我们选出了 37 种蛋白激酶作为潜在靶点，并鉴定出对无性疟原虫 (3D7 和 Dd2 菌株) 阶段具有中等体外活性的试验化合物，这些化合物可作为未来寻找有效抗疟药物的起点。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章 ( http://creative- commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ )。
利用 CRISPR-Cas9 和体外组装的核糖核蛋白操纵全局调节器 mcrA 上调温曲霉中的次级代谢产物
摘要：丝状真菌基因组测序表明，大多数次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 在标准实验室条件下处于沉默状态。在这项研究中，我们在温氏曲霉中建立了一个体外 CRISPR-Cas9 系统。为了激活原本沉默的 BGC，我们删除了负转录调节因子 mcrA 。当菌株在马铃薯葡萄糖培养基 (PDA) 上培养时，mcrA (mcrA Δ) 的缺失导致总共产生 17 种 SM。在 15 种 SM 中，有 9 种已得到充分表征，包括大黄素 ( 1 )、大黄酸乙酯 ( 2 )、sulochrin ( 3 )、大黄酸乙酯二蒽酮 ( 4 )、14- O-脱甲基sulochrin ( 5 )、( 反式 / 顺式 )-大黄素二蒽酮 ( 6 和 7 ) 和 ( 反式 / 顺式 )-大黄素大黄酸乙酯二蒽酮 ( 8 和 9 )。经发现，这些化合物均由相同的聚酮合酶 (PKS) BGC 产生。随后，我们在 mcrA Δ 背景下针对该 PKS 簇进行了二次敲除。双敲除菌株的代谢物谱揭示了先前未在 mcrA Δ 亲本菌株中检测到的新代谢物。从双敲除菌株中纯化出另外两种 SM，并被鉴定为曲霉酸 B ( 16 ) 和一种结构相关但之前未鉴定的化合物 ( 17 )。这项工作首次提出了一种能够在 A.wentii 中进行靶向基因编辑的简便遗传系统。这项工作还说明了进行双敲除以消除主要代谢产物的实用性，从而能够发现更多的 SM。■ 简介
CRISPR/Cas9 RNP 辅助验证 palmarumycin ...
Lophiotrema 属是 Lophiotremataceae 科中的一种子囊菌属真菌。该属的成员作为内生菌已被从多种宿主植物以及陆地和海洋生境中的植物碎片中分离出来，它们被认为在这些环境中起着腐生菌的作用。Lophiotrema sp. F6932 是从新加坡乌敏岛的白色红树林 (Avicennia officinalis) 中分离出来的。该真菌的粗提取物表现出强效抗菌活性，通过生物测定指导的生物活性成分分离和结构解析，分离出了 palmarumycin C 8 和一种新的类似物 palmarumycin CP 30 。全基因组测序分析鉴定出一种假定的 1 型迭代 PKS (iPKS)，该 PKS 推测参与了 palmarumycin 的生物合成。为了验证帕尔马霉素 (PAL) 基因簇参与这些化合物的生物合成，我们采用核糖核蛋白 (RNP) 介导的 CRISPR-Cas9 诱导 PAL 中酮合酶 (KS) 结构域的靶向缺失。KS 结构域上游和下游的双链断裂 (DSB) 之后进行同源定向修复 (HDR)，其中潮霉素抗性盒两侧有 50 bp 的同源性。与野生型菌株相比，所得的缺失突变体表现出完全不同的表型，因为它们具有不同的菌落形态并且不再能够产生帕尔马霉素或黑色素。因此，这项研究证实了 PAL 参与了帕尔马霉素的生物合成，并为实施类似方法表征这种研究不足的真菌菌株中其他感兴趣的基因簇铺平了道路。
一流的 - yarrowia脂溶剂中的6-MSA和Bostrycoidin的生物合成
真菌聚酮化合物是一大批二级代谢产物，由于它们的药理活性多样，很有价值。纤维化真菌中的聚酮化合物生物合成提出了一些挑战：小产量和低纯度滴度。为了解决这些问题，我们改用了易于栽培的异源宿主的酵母Yarrowia Lipolytica。作为润滑脂酵母，脂溶作脂溶剂显示出用于脂质合成中使用的乙酰基和丙二酰-COA前体。同样，乙酰基和丙二酰辅酶A是许多天然聚酮化合物的基础，我们探索了将这种漏斗重定向到聚酮化合物生产的可能性。尽管有前途的前景，但Y. lipolytica到目前为止仅用于植物中简单的III型聚酮化合物合酶（PKS）的异源表达。因此，我们决定通过靶向由I型PKS合成的更复杂的真菌聚酮化合物来评估Y.脂溶液的潜力。我们采用了CRISPR-CAS9介导的基因组编辑方法来实现负责索拉尼（FSR1，FSR2和FSR2和FSR3）和6-甲基酸（6-MSA）生物合理的基因（FSR1，FSR2和FSR2）和6-甲基酸（6-MSA）生物合理的基因的基因整合。此外，我们通过代谢工程过度表达了两种参与脂质B氧化的酶TGL4和AOX2，从而尝试通过代谢工程进行优化，但我们没有观察到对聚酮化合物产生的影响。最大滴度为403 mg/L 6 msa和35 mg/L bostrycoidin，后者大大高于我们先前在酿酒酵母（2.2 mg/l）中的结果，这项工作证明了Y. lipolytica的潜力，是Y. lipolytica作为复杂型Fungal Polygal Polygelidides的杂同生产的平台。