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World File Search SystemRNAPII
STK19促进转录耦合DNA修复期间病变恒定的RNAPII的清除
1人类遗传学系，莱顿大学医学中心，莱顿，荷兰2个转录实验室的机制，弗朗西斯·克里克研究所，弗朗西斯·克里克研究所，伦敦米德兰路1号，伦敦，NW1 1AT，英国3，英国3，哥伦比亚大学，哥伦比亚大学，哥伦比亚大学，哥伦比亚省哥伦比亚大学，Blegdamsvej 3B，2200 copenhagen，Denmark，blegdamsvej 3b，blegdamsvej 3b。 4 Center for Genomic Integrity, Institute for Basic Science, Ulsan, Republic of Korea 5 Department of Biological Sciences, Ulsan National Institute of Science and Technology, Ulsan, Republic of Korea 6 Bioinformatics and Biostatistics, The Francis Crick Institute, 1 Midland Road, London, NW1 1AT, UK 7 Department of Clinical Genetics, Section Oncogenetics, Cancer Center Amsterdam, Amsterdam University荷兰阿姆斯特丹医学中心8号辐射肿瘤学系，密歇根大学，美国密歇根州安阿伯市，美国9号环境健康科学系，罗杰尔癌症中心，密歇根大学，美国密歇根州安阿伯市RNA Biomedicine中心，美国密歇根州安阿伯市，美国密歇根州安阿伯市，10 Max Planck Maxk Planck Inditute of Bioldogarigary Science of Science of Science of Moleclen of Morecilly，Morecull andermull of Morecull of Morecull gyten，3770707070707。1人类遗传学系，莱顿大学医学中心，莱顿，荷兰2个转录实验室的机制，弗朗西斯·克里克研究所，弗朗西斯·克里克研究所，伦敦米德兰路1号，伦敦，NW1 1AT，英国3，英国3，哥伦比亚大学，哥伦比亚大学，哥伦比亚大学，哥伦比亚省哥伦比亚大学，Blegdamsvej 3B，2200 copenhagen，Denmark，blegdamsvej 3b，blegdamsvej 3b。4 Center for Genomic Integrity, Institute for Basic Science, Ulsan, Republic of Korea 5 Department of Biological Sciences, Ulsan National Institute of Science and Technology, Ulsan, Republic of Korea 6 Bioinformatics and Biostatistics, The Francis Crick Institute, 1 Midland Road, London, NW1 1AT, UK 7 Department of Clinical Genetics, Section Oncogenetics, Cancer Center Amsterdam, Amsterdam University荷兰阿姆斯特丹医学中心8号辐射肿瘤学系，密歇根大学，美国密歇根州安阿伯市，美国9号环境健康科学系，罗杰尔癌症中心，密歇根大学，美国密歇根州安阿伯市RNA Biomedicine中心，美国密歇根州安阿伯市，美国密歇根州安阿伯市，10 Max Planck Maxk Planck Inditute of Bioldogarigary Science of Science of Science of Moleclen of Morecilly，Morecull andermull of Morecull of Morecull gyten，3770707070707。
在Cockayne综合征细胞中有选择地损害了DNA损伤的RNAPII的间隙
在DNA病变处的拉长RNA聚合酶II（RNAPII）启动转录耦合修复（TCR），涉及特定TCR因子的一致作用，然后是下游核苷酸切除修复步骤。明确地说，仅CSA或CSB基因中的先天性缺陷引起神经退行性疾病Cockayne综合征，尽管在TCR中同样重要，但它并未与其他TCR基因观察到。缺乏这种差异的解释。在这项研究中，我们开发了一种测定法，以跟踪紫外线诱导的DNA病变部位伸长RNAPII的命运。在TCR基因敲除细胞的同源性集合中采用这种方法表明，与其他TCR基因的基因敲除相比，CSA或CSB中细胞中有缺陷的RNAPII清除缺陷。我们的发现提供了证据表明，RNAPII处理的不足和响应DNA损伤的长期转录停滞，而不是DNA修复，这可能是Cockayne综合征神经退行性表型的基础。
核小体中 Set2 和 RNAPII 延伸复合物转录偶联 H3K36 三甲基化的结构基础
组蛋白 H3K36 残基 (H3K36me3) 的三甲基化通过抑制染色质中不需要的隐蔽转录，在确保转录保真度方面起着不可或缺的作用。H3K36me3 修饰是在 RNA 聚合酶 II 延伸复合物 (EC) 的转录延伸过程中由 Set2/SETD2 完成的。在这里我们发现 Set2 介导的 H3K36me3 沉积主要发生在 EC 后面的核小体重组上。与 Set2 复合的转录 EC 和重组核小体的低温电子显微镜结构表明，Set2 由 EC 的 Spt6 亚基锚定并捕获核小体的 H3 N 端尾部。Set2-Spt6 相互作用的消除导致转录偶联的 H3K36me3 沉积缺陷。这些见解阐明了转录偶联 H3K36me3 在染色质中沉积的结构机制。
营养依赖性RNA聚合酶II延伸率控制通过选择性多聚腺苷酸化调节特定基因表达程序
RNA 聚合酶 II (RNAPII) 转录是一个动态过程，延伸率经常变化。然而，RNAPII 延伸动力学变化的生理相关性仍不清楚。我们在此表明，在酵母中，降低转录延伸率的 RNAPII 突变体会导致替代性多聚腺苷酸化 (APA) 发生广泛变化。我们揭示了 APA 影响慢突变体中基因表达的两种机制：3 ′ UTR 缩短和上游干扰非编码 RNA 的过早转录终止导致的基因去抑制。令人惊讶的是，受这些机制影响的基因富含涉及磷酸盐吸收和嘌呤合成的功能，这些过程对于维持细胞内核苷酸池至关重要。由于核苷酸浓度调节转录延伸，我们的研究结果表明 RNAPII 是核苷酸可用性的传感器，并且对核苷酸池维持很重要的基因已采用响应降低转录延伸率的调节机制。
为...
缩写：基于人O6-烷基鸟氨酸-DNA-DNA-烷基转移酶（夹标签）的小蛋白质标签，簇生定期间隔短的短质体重复序列（CRISPRS）双链破裂（DSB）；电子繁殖电荷耦合装置（EMCCD）荧光原位杂交（FISH）； Förster共振能量传递点积累用于成像纳米级的topography（fret-paint）高度倾斜和层压光学（HILO）线性分配问题（LAP）发光二极管（LED）；晶格灯片（LLS）多阶段关联跟踪（MAT）;多种假设跟踪（MHT）；均方根位移（MSD）感兴趣的区域（ROI）光活动荧光蛋白（PAFP）纳米级地形（PAINT）概率数据关联（PDA）点分布功能（PSF）定量点积累的纳米级图形（QPAINT）随机跨链接（RCL）RNA RNA CORMASE II（RCL）RNNA PLONASE（RCL）rnNA PORNNA（RCL）概率数据累积（PDA）概率数据均值（PDA）概率数据扩散功能（RCL）RNNA PORNNA（RCL）RNNA PORNNA（RCL）II（RCL）RNNA PORNNA（RCL）概率数据均值积累金属 - 氧化物 - 血症导体（SCMOS）信噪比（SNR）单粒子跟踪（SPT）转录因子（TF）_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________
ASCL1 和 NEUROD1 依赖基因的启动子是 SCLC 细胞中 lurbinectedin 的特定靶点
小细胞肺癌 (SCLC) 是一种恶性神经内分泌肿瘤，预后较差。本文重点研究神经内分泌 SCLC 亚型 SCLC-A 和 SCLC-N，其转录依赖性由 ASCL 1 和 NEUROD 1 转录因子驱动，这些转录因子靶向 E-box 基序以激活高达 40% 的总基因，根据 ATAC 和 H 3 K 27 Ac 标记，这些基因的启动子保持在稳定开放的染色质环境中。海洋因子 lurbinectedin 利用了这一优势，它优先靶向位于转录起始位点下游的 CpG 岛，从而阻止 RNAPII 延长并促进其降解。这消除了 ASCL 1 和 NEUROD 1 及其依赖基因（如 BCL 2 、 INSM 1 、 MYC 和 AURKA ）的表达，这些基因负责相关的 SCLC 致瘤特性（如抑制细胞凋亡和细胞存活）以及其部分神经内分泌特征。总之，我们展示了这些细胞的转录成瘾如何成为它们的致命弱点，以及 lurbinectedin 如何有效地利用这一点作为一种新的 SCLC 治疗手段。
自噬受体NDP52改变DNA构象以调节RNA聚合酶II转录
NDP52是一种自噬受体，涉及入侵病原体和受损细胞器的识别和降解。尽管NDP52是在核中首次识别的，并在整个细胞中表达，但迄今为止，NDP52尚无明显的核功能。在这里，我们使用多学科方法来表征NDP52的生化特性和核作用。我们发现，NDP52在文档启动位点具有RNA聚合酶II（RNAPII）的簇，并且其过表达促进了其他转录簇的形成。我们还表明，NDP52的耗竭会影响两个模型哺乳动物细胞中的总体基因表达水平，并且转录抑制作用会影响核中NDP52的空间组织和分子动力学。这将NDP52与依赖性转录中的角色联系起来。此外，我们还表明，NDP52与双链DNA（DSDNA）结合，并具有高度的a（DSDNA），并且这种相互作用会导致体外DNA结构的变化。这与我们的蛋白质组学数据一起表明与核小体重塑蛋白和DNA结构调节剂相互作用富集，这表明NDP52在染色质调节中的可能功能。总的来说，我们在这里发现了NDP52在基因表达和DNA结构调节中的核作用。