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ASGCT 职业发展奖
A.病毒载体开发 包括任何病毒载体（RNA 或 DNA 病毒），并包括基因表达调控。B. 基因靶向和基因校正 基因组编辑新技术的基本开发，无论是否使用核酸酶。C. 寡核苷酸治疗 包括 siRNA、适体、antagomir、miRNA、shRNA、反义、剪接转换寡核苷酸和质粒。D. 基因治疗剂递送的合成/分子结合物和物理方法 包括任何非病毒基因治疗剂递送方法，例如聚合物、脂质体、外泌体、电穿孔和其他非病毒递送方法。E. 基因治疗和疫苗的免疫学方面 包括宿主反应和传染病的治疗/预防。不包括癌症免疫疗法和癌症疫苗。F. 细胞疗法 包括体细胞、胚胎细胞和诱导性多能干细胞或其他治疗细胞群的开发，以及与细胞扩增或加工相关的问题。包括基于细胞的癌症免疫疗法或类似策略。资格要求
三阴性乳腺癌：在体内模型中具有功效的CIRCRNA
摘要。三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的侵略性亚型，治疗方案不足。为了确定新的靶标和治疗方式，我们搜索了文献中的循环RNA（CIRCRNA），这些循环RNA（CIRCRNA）介导了与TNBC相关的体内临床前模型中的功效。除了调节肿瘤抑制途径的5个下调的CIRCRNA外，我们还确定了15个上调的ciRCRNA。下调和上调是指在相应的非转化细胞和组织中的表达。上调的CIRCRNA包含五种跨膜受体和分泌的蛋白质作为靶标，五个转录因子和转录相关靶标，四个相关的细胞周期相关的CIRCRNA和一种涉及紫杉醇抗性。在本评论文章中，我们讨论了治疗干预的相关方面和方式。可以通过在肿瘤细胞中重新表达相应的ciRCRNA或相应靶标的上调来重新组建下调的ciRCRNA。可以通过小型互为RNA（siRNA）或短发夹RNA（shRNA）的方法来抑制上调的CIRCRNA，或使用小分子或与抗体相关的部分抑制相应的靶标。
KMT2D 缺乏会促进易受核糖体生物合成抑制的髓系白血病
KMT2C 和 KMT2D 是人类癌症中最常见的突变表观遗传基因。虽然 KMT2C 被确定为急性髓系白血病 (AML) 中的肿瘤抑制因子，但 KMT2D 在这种疾病中的作用仍不清楚，尽管它的缺失会促进 B 细胞淋巴瘤和各种实体癌。据报道，KMT2D 在 AML 中下调或突变，并且通过 shRNA 敲低或 CRISPR/Cas9 编辑导致其缺陷会加速小鼠的白血病形成。造血干细胞和祖细胞以及 Kmt2d 缺失的 AML 细胞的核糖体生物合成显著增强，并且核仁持续增大，rRNA 和蛋白质合成率增加。从机制上讲，发现 KMT2D 缺陷会导致小鼠和人类 AML 细胞中 mTOR 通路的激活。 Kmt2d 直接调节 Ddit4 的表达，Ddit4 是 mTOR 通路的负调节因子。与核糖体生物合成异常一致，研究表明，RNA 聚合酶 I 抑制剂 CX-5461 可显著抑制体内 Kmt2d 缺失的 AML 生长，并延长白血病小鼠的生存期。这些研究证实 KMT2D 是 AML 中事实上的肿瘤抑制因子，并揭示了对核糖体生物合成抑制前所未有的脆弱性。
化疗药物 CX-5461 主要针对 TOP2B，在高危神经母细胞瘤中表现出选择性活性
D. PRISM 筛选的所有细胞系中 CX-5461 的 log 10（倍数变化）值的箱线图。倍数变化 163 表示 PRISM 测定中药物处理细胞与对照细胞的细胞活力差异，通过对每个细胞的唯一条形码进行测序估算。倍数变化越低，药物有效性越高。注意：GDSC 发现数据集中没有横纹肌样细胞系。166 E. 瀑布图显示代表神经母细胞瘤细胞系选择性的汇总分数，该分数针对 PRISM 中筛选的 148 种药物中的每种药物绘制（显示 PRISM 和 GDSC 筛选的药物），其中 y 轴 168 是观察到的分数，x 轴是药物等级。 169 F. 散点图显示 GDSC 中 CX-5461 的 MYCN 表达水平（x 轴）与 log 10 (IC 50 ) 值（y 轴）。这些点根据 TP53 突变状态着色。171 G. 蛋白质印迹显示使用 3 个独立 shRNA 敲低 CHP-134 细胞中的 MYCN 后 MYCN 蛋白水平。β -肌动蛋白用作上样对照。强力霉素，多西环素。173 H. 在使用 CX-5461 处理后，MYCN 敲低后的 CHP-134 细胞活力。用三个独立 MYCN shRNA 之一或阴性对照 shRNA 转导细胞。在含有 2 µg/ml 强力霉素的培养基中孵育 6 天后，用 CX-5461 处理细胞 3 天。用 MTS 测量细胞活力。数据代表3次独立实验的平均值±SD。 * P < 0.05, ** P < 0.01, 177 *** P < 0.001。 178 I. 条形图显示全基因组 CRISPR 筛选中 4 种独立 TP53 引导 RNA 的相对丰度（y 轴），无论是 DMSO 还是 CX-5461 处理的 CHP-134 神经母细胞瘤细胞系。 180 J. CX-5461 处理的细胞系中相对于 DMSO 的 Pre-rRNA 45S 表达（y 轴），通过 RT- 181 qPCR 确定，引物位于 rRNA 转录本的内部转录间隔区 (ITS) 区域。 182 数据代表 3 次独立实验的平均值±SD。 *** P < 0.001；ns，与 DMSO 183 对照无显着差异。 CX-5461 浓度：CHP-134，0.2 µM；IMR-5，0.05 µM；KELLY，2 µM；BE(2)-M17，10 µM；184 SK-NSH，2 µM；SK-N-FI，20 µM。185 K. EU 掺入试验评估整体新生 RNA 转录。CHP-134、IMR-5 和 KELLY 细胞 186 用 CX-5461 处理 24 小时。在细胞固定前 30 分钟（CHP-134、IMR-5）或 1 小时（KELLY）187 加入 1 mM EU。用 EU（红色）标记新生 RNA。用 DAPI（蓝色）染色细胞核。188 CX-5461 浓度：CHP-134，0.2 µM； IMR-5 0.05 µM；KELLY，2 µM。比例尺 = 10 μ m。189 L. 瀑布图显示 29 种神经母细胞瘤细胞系中 GDSC 中所有基因表达与 CX-5461 IC 50 倒数（y 轴）的 Spearman 相关性。y 轴上的值越高，基因的高表达与对 CX-5461 的敏感性越高。RNA-POL I 复合物特有的基因（与 RNA-POL II 不共享的基因）以红色突出显示。193 M。散点图显示 RNA-POL I 复合物 194 的 11 个基因的中位表达水平（x 轴）（其中 GDSC 中可获得基因表达估计值）与 29 个神经母细胞瘤细胞系 195 中的 CX-5461 log 10 (IC 50 )（y 轴）之间的相关性。196
伪狂犬病毒利用网格蛋白介导的内吞作用进入 PK15 猪细胞系
伪狂犬病毒 (PRV) 是一种导致伪狂犬病的疱疹病毒，可导致猪群死亡率高。要制定有效且新颖的抗病毒策略，必须了解 PRV 感染宿主的入侵机制。病毒进入宿主细胞的方式多种多样。其中之一就是内吞作用，这是一种基本的细胞过程，通过该过程，来自外部环境的物质被内化到细胞中。根据网格蛋白的作用，该过程分为网格蛋白介导的内吞作用 (CME) 和网格蛋白非依赖性内吞作用 (CIE)。尽管已经描述了富含胆固醇的脂筏参与 PRV 的进入，但迄今为止，涉及网格蛋白的其他内吞途径的重要性仍未得到探索。在这里，我们描述了 CME 在 PRV 进入 PK15 猪细胞系中的作用。通过使用 CME 抑制药物，我们发现当 CME 通路被阻断时，PRV 感染率会降低。我们还对衔接蛋白 AP-2 (AP2M1) 的 µ 亚基进行了 shRNA 敲低，该蛋白在网格蛋白包被囊泡的成熟过程中起着重要作用，当敲低该亚基时，感染率会大大降低。此外，透射电子显微镜图像显示 PRV 病毒体位于网格蛋白包被囊泡内。总体而言，这项研究首次表明 CME 是 PRV 进入 PK15 细胞的一种机制，并为其可能的进入途径提供了有价值的见解。
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定量方法核心主任：Bruce Barton 电话：508-856-8525 bruce.barton@umassmed.edu 生物统计学、实验设计和数据管理方面的临床研究支持 研究信息学核心主任：Adrian Zai 电话：508-856-8994 adrian.zai@umassmed.edu 提供合规数据访问、数据创新研究和先锋数据协作等服务 RLASTIC 核心主任：Mary Rusckowski 电话：508-856-6972 mary.rusckowski@umassmed.edu 用于对小动物进行成像的最先进的单光子计算机断层扫描 (SPECT)、正电子发射计算机断层扫描 (PET) 和 X 射线计算机断层扫描 (CT) 相机 RNAi 核心主任：Judy Mondor 电话：508-856-5621 judy.mondor@umassmed.edu来自哺乳动物基因集合的 Open Biosystems 人类和小鼠 shRNA 慢病毒文库、cDNA 文库 SCOPE 设施主管：Christina Baer 电话：508-856-6024 christina.baer@umassmed.edu 先进的定量光学显微镜，包括超分辨率 (SIM/PALM)、多光子、TIRF、共聚焦和活细胞成像 Seahorse 分析仪设施主管：David Guertin 电话：508-856-8064 david.guertin@umassmed.edu Seahorse Cytations 皮肤病研究核心主管：John Harris 电话：508-856-3688 john.harris@umassmed.edu 小鼠和人类皮肤的基础和转化研究，包括获取人类皮肤、皮肤液或皮肤细胞用于流式细胞术、ELISA 或单细胞 RNA 测序等转化分析
文章 CRISPR-Cas9 核糖核蛋白介导的基因编辑后，人类视网膜色素上皮细胞和人类 Muller 细胞中 VEGF-A 的表达降低
以及世界各地。开发缓释制剂和装置以及更长效的药物是解决这些问题的一些方法。然而，还没有任何迹象表明这些方法中的任何一种可以带来永久性的治疗。基因疗法有可能永久降低 VEGF-A 水平并消除频繁玻璃体内注射的需要。基因增强和基因沉默方法都已用于降低 VEGF-A 水平。4 – 6 基因沉默尚未进入人体临床试验，但使用 microRNA 和 shRNA 的体外和体内研究已证明在降低 VEGF 方面取得了一些成功。7 – 9 近年来，成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR) 相关蛋白 9 (Cas9) 已用于破坏视网膜色素上皮 (RPE) 细胞和小鼠视网膜中的 VEGF-A 基因。 10 – 12 在视网膜中，VEGF 在 Muller 细胞、RPE 细胞、神经节细胞以及视网膜和脉络膜血管中持续表达；在病理性血管生成状态下，这种表达显著增加。13、14 我们研究的目的是评估 VEGF-A 基因破坏对 Muller 细胞和 RPE 细胞的影响，这两者都是眼睛中主要的 VEGF 产生者。我们使用了通过脂质体 CRISPRMAX (LCM) 递送的 CRISPR-Cas9 核糖核蛋白 (RNP)。
APOBEC3B 报告骨髓瘤细胞系识别导致 APOBEC3B 表达的 DNA 损伤反应途径
载脂蛋白 B mRNA 编辑酶催化多肽样 (APOBEC) DNA 胞嘧啶脱氨酶 3B (A3B) 是一种 DNA 编辑酶，可诱导多发性骨髓瘤和其他各种癌症的基因组 DNA 突变。APOBEC 家族蛋白高度同源，因此研究癌细胞中 A3B 的生物学尤其困难。为了轻松全面地研究 A3B 在骨髓瘤细胞中的功能，我们使用 CRISPR/Cas9 生成了 A3B 报告细胞，其中包含 3 × FLAG 标签和整合在 A3B 基因末端的 IRES-EGFP 序列。这些报告细胞稳定表达 3xFLAG 标记的 A3B 和报告基因 EGFP，并且这种表达会受到已知刺激物（例如 PMA）的增强。相反，shRNA 敲低 A3B 会降低 EGFP 荧光和 3xFLAG 标记的 A3B 蛋白水平。我们利用这些细胞系筛选了一系列抗癌疗法，并发现大多数常规疗法（如抗代谢药物或放射疗法）会加剧内源性 A3B 表达，但最近的分子靶向疗法（包括硼替佐米、来那度胺和埃罗妥珠单抗）不会加剧内源性 A3B 表达。此外，在用抗代谢药物治疗时，ATM、ATR 和 DNA-PK 的化学抑制会抑制 EGFP 表达。这些结果表明 DNA 损伤通过 ATM、ATR 和 DNA-PK 信号传导触发 A3B 表达。
Don W. Cleveland 申请人类型： 研究生 海报 ...
摘要：肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 是一种致命的神经退行性疾病 1 。大约 95% 的 ALS 病例与 TDP-43 蛋白的核耗竭和细胞质沉积有关 2 。TDP-43 是一种 RNA 结合蛋白，在 RNA 代谢和加工中起着核心作用。已知 TDP-43 功能丧失会影响许多 mRNA 的剪接模式，其中 Stathmin-2 (STMN2) mRNA 是受影响最严重的转录本 3,4 。我们在老年小鼠中使用持续的 shRNA 介导的局部 stathmin-2 抑制表明 stathmin-2 在神经丝依赖性轴浆组织的建立和维持中具有重要作用 5 。重要的是，在 TDP-43 相关的 ALS 患者中也发现了神经丝间间距减少。本文显示，与 2 名非神经系统捐赠者相比，7 名 ALS 患者（5 名散发性 ALS 和 2 名 C9 ALS）的腹侧根部大口径轴突萎缩。此外，轴突塌陷和髓鞘撕裂与疾病的发病和进展部位明显相关。我们的数据强烈支持 stathmin-2 丢失是 ALS 疾病发生和进展的早期因素，并强调恢复 stathmin-2 作为 TDP-43 依赖性神经退行性疾病治疗方法的吸引力。
prosaposin在与深度静止有关的状态下保持成年神经干细胞
在大多数脊椎动物中，成年神经干细胞（NSC）连续产生离散大脑区域的神经元。在成人大脑中长时间长时间进行NSC池的关键过程是NSC静止，这是一种可逆且严格调节的细胞周期停滞状态。最近，鉴定出溶酶体以调节NSC静止增殖平衡。然而，无论是溶酶体活性促进NSC增殖还是静止，并且在NSC静止持续时间或深度上仍然无法探索溶酶体活性的影响。使用RNA测序和药理操作，我们表明溶酶体对于NSC静止率是必需的。此外，我们揭示了编码溶酶体调节剂prosaposin的PSAP的表达富含静态的NSC（QNSC）（QNSC），这些NSC（QNSC）位于NSC谱系上游，并在成人Zebrafilefla-file filla-file sh-telen-Cephalon中显示出深/长的静态阶段。我们表明，shRNA介导的PSAP敲低增加了活化的NSC（ANSC）的比例以及驻留在较浅的静止状态（由ASCL1A和Deltaa表达）中的NSC。总的来说，我们的结果将溶酶体蛋白PSAP确定为（直接或间接）静止调节剂，并展现溶酶体功能与NSC静态异质性之间的相互作用。