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PAN-CACTER分析揭示了SOX17和相关临床结果的癌症依赖性表达
摘要。背景/目标：含有基因17（SOX17）的SRY-box在癌症发作和进展中起关键作用，被认为是癌症诊断和治疗的潜在目标。然而，癌症及其临床相关性中SOX17的表达模式仍然未知。在这里，我们通过检查多种癌症类型的SOX17表达模式来探索Sox17的表达与药物反应之间的关系。材料和方法：使用单细胞和大量RNA-Seq分析来探索SOX17的表达曲线。用qPCR和免疫组织化学验证了分析结果。进行了生存，药物反应和共同表达分析，以说明其与临床结局的相关性。结果：结果表明，在多种癌症类型中，SOX17的异常表达是高度异型的，表明SOX17表现为癌症类型依赖性特征。此外，SOX17的表达模式也与
识别重复的SOX因子的功能分子基础，控制斑马鱼中的内胚层形成和左右模式
确定重复的SOX因子功能差异的分子基础，控制斑马鱼Simaran Johal 1，Randa Elsayed 2，Kristen A. Panfilio 1,3,4，Andrew C. Nelson 1* 1* 1.生命科学学院，吉布特山校园，沃里克大学，考文垂，Cv4 7al，英国2。Warwick医学院，Gibbet Hill校园，沃里克大学，考文垂，Cv4 7al，英国3。 霍恩海姆大学生物学研究所分子遗传学系。 30，70599德国斯图加特4。 动物学研究所：发育生物学，科隆大学，苏黎世大学，苏黎世大学47b，50674德国科隆 *通讯作者电子邮件：a.nelson.1@warwick.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac（acn）摘要内科胰腺。 这些器官的放置和图案依赖于左右的组织者 - 斑马鱼中称为库普弗囊泡（KV）。 转录因子Sox32和Sox17是斑马鱼Soxf亚科的成员。 Sox32和Sox17来自Teleost血统中祖先Sox17的重复。 SOX32在早期胚胎中诱导SOX17的表达，是内胚层和KV祖细胞规范所必需的。 斑马鱼Sox17与KV形态发生有关。 在哺乳动物中，Sox17对于内胚层形成至关重要，可以诱导内胚层祖细胞身份。 因此，表型证据表明斑马鱼Sox32和Sox17与哺乳动物Sox17之间的功能相似性。Warwick医学院，Gibbet Hill校园，沃里克大学，考文垂，Cv4 7al，英国3。霍恩海姆大学生物学研究所分子遗传学系。30，70599德国斯图加特4。动物学研究所：发育生物学，科隆大学，苏黎世大学，苏黎世大学47b，50674德国科隆 *通讯作者电子邮件：a.nelson.1@warwick.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac.ac（acn）摘要内科胰腺。这些器官的放置和图案依赖于左右的组织者 - 斑马鱼中称为库普弗囊泡（KV）。转录因子Sox32和Sox17是斑马鱼Soxf亚科的成员。Sox32和Sox17来自Teleost血统中祖先Sox17的重复。SOX32在早期胚胎中诱导SOX17的表达，是内胚层和KV祖细胞规范所必需的。斑马鱼Sox17与KV形态发生有关。在哺乳动物中，Sox17对于内胚层形成至关重要，可以诱导内胚层祖细胞身份。表型证据表明斑马鱼Sox32和Sox17与哺乳动物Sox17之间的功能相似性。我们试图探索斑马鱼早期胚胎中这些蛋白质之间的功能差异和潜在的相似性。我们的结果表明，与Sox32不同，人类Sox17不能在斑马鱼中诱导内胚层规范。此外，使用混合蛋白功能分析，我们表明SOX32内胚层基因调节网络的特异性与其HMG域与旁产皮sox17的进化差异有关。此外，Sox32和Sox17的C末端区域的变化是其在介导差异基因调节程序中的不同目标特异性和差异的基础。最后，我们确定C末端结构域中的特定保守肽对于SOX17在建立正确的器官不对称性中的作用至关重要。总体而言，我们的结果为脊椎动物内胚层发育，左右模式以及SOXF转录因子功能的演变提供了新的见解。
MACC1调节LGR5以促进结直肠癌的癌症干细胞特性
从HIV-1 + 2，乙型肝炎和丙型肝炎中分离出外周血单核细胞（PBMC）。pBMC，包括人类基因Oct3/4，Sox2，c-Myc和klf4的矢量。HIPSC线BIHI292-A源自单个菌落，并在E8培养基中保持未分化的HIPSC的典型形态（图1 a）。通过PCR确认缺乏仙台病毒载体（Suppl。图1 a）。BIHI292-A HIPSCS ECT3/4，SSEA-4，NANOG和TRA-1 - 60作为未分化HIPSC状态的典型标记，如使用免疫细胞化学所示（图1 b）。进一步的流式细胞仪证实了OCT3/4，SSEA-4，NANOG和TRA-1-60表达在超过96％的BIHI292-A HIPSC中的SSEA-4，Nanog和Tra-1-60表达中的干性标记表达（图。1 c）。g带核分型在GTG上进行（使用GIEMSA的胰蛋白酶G带）进行染色的中期染色体，并揭示了正常的雌性Karyo 46型，XX（图1 D）。 单核苷酸多态性分析表明，与患者的PBMC相比，BIHI292-A HIPSC线没有任何拷贝数变量> 2 Mb> 2 MB> 5 MB（表1）。 短串联重复（STR）分析的结果表明，BIHI292-A细胞系和患者的PBMC的遗传认同是相同的（表1）。 Sanger测序证实了两个Exon 2中的两个Trem2杂合突变C.313del（P.Ala105fs）和C.199del（p。is67fs）（图） 1 e）。 图1 D）。单核苷酸多态性分析表明，与患者的PBMC相比，BIHI292-A HIPSC线没有任何拷贝数变量> 2 Mb> 2 MB> 5 MB（表1）。短串联重复（STR）分析的结果表明，BIHI292-A细胞系和患者的PBMC的遗传认同是相同的（表1）。Sanger测序证实了两个Exon 2中的两个Trem2杂合突变C.313del（P.Ala105fs）和C.199del（p。is67fs）（图1 e）。图为了确认患者突变的存在（Buthut等，2023），在TREM2基因的外显子2中为复合杂合突变进行了BIHI292-A HIPSC的测序。通过将分化为三个细菌层的细胞进行分化，测试了多能分化势。分化测试证实，BIHI292-A HIPSC具有分化为内胚层（CD184 +，SOX17 +），Meso Dermal（CD140B +，CD144 +）和外胚层（PAX-6 +，SOX2 +）细胞的潜力（1 f）。BIHI292-A HIPSC对支原体进行了阴性测试（Suppl。1 b）。
建立 GPR146 敲除人类诱导多能干细胞系 (ITXi001-A-1)
动脉粥样硬化性心血管疾病 (ASCVD) 仍然是全球最大的死亡原因 2 。血脂异常是与 ASCVD 发展有关的一个关键的可改变的因果风险因素。最近，G 蛋白偶联受体家族的成员 G 蛋白偶联受体 146 (GPR146) 被证明是血浆胆固醇的调节剂 3,4 。GPR146 在小鼠体内的肝脏抑制已显示出良好的特性，它对高胆固醇血症和动脉粥样硬化具有保护作用，这种作用独立于低密度脂蛋白受体 (LDLR) 通路 3 。为了更好地理解所涉及的生物学机制，我们开发了一种先进的基因工程人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 模型，该模型因 GPR146 而无效。 GPR146 -/- 细胞系 (ITXi001-A-1) 源自我们实验室先前从尿液祖细胞 (ITXi001-A) 1 中重新编程的对照 hiPSC 的基因组版本。基因组版本使用 Alt-R™ CRISPR-Cas9 系统 (Integrated DNA Technologies) 进行，针对两个等位基因上的 GPR146 外显子 2。ITXi001-A-1 是通过挑选单个菌落建立的，其基因型通过 PCR 筛选 (图 1A - 上图和下图) 并通过 Sanger 测序确认 (图 1B)。我们进一步表明，GPR146 基因的遗传版本不会诱导基因组的脱靶版本（筛选 10 个预测位点 - （补充文件 3A）），也不会诱导 ITXi001-A-1 细胞的基因组完整性（分析 24 个拷贝数变异）（补充文件 1）。我们验证了 ITXi001-A-1 细胞不含支原体（补充文件 3B），并且它们与最初采集的尿液细胞来自同一个体（16 个 STR 的亲子鉴定 - 补充文件 2）。总体而言，ITXi001-A-1 细胞呈现：I- 与 ITXi001-A 细胞相比具有相似的形态（图 1C）II- 多能性标志物的阳性表达（通过 OCT3/4 和 TRA-1–60 的免疫荧光染色检测）（图 1D）。 III- 多能性细胞表面标志表达阳性（流式细胞术检测 SSEA-4 和 TRA1-60）（图 1E）。IV- 多能性标志物的表达水平与 ITXi001-A 细胞相同（NANOG、POU5F1 和 SOX2 - 通过 RT-qPCR 测量）（图 1F）。V- 具有优异的分化为中胚层、内胚层和外胚层的能力（通过 SOX17 和 FOXA2（中胚层）；T(TBXT) 和 HAND1（内胚层）以及 PAX6 和 SOX1（外胚层）的 RT-qPCR 评估，与 ITXi001-A 细胞相似）（图 1G）。