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DNA测序数据比对软件BWA原理及应用
STAR （ Spliced Transcripts Alignment to a Reference ）是用于将 RNA-seq 读取数据与 参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知（ splice aware ） 比对的工具。注意， STAR 是一个专门针对 RNA-seq 数据映射的比对工具，这意味着不能用于比对 DNA 数据。与 其它的 RNA-seq 比对工具相比，其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多 倍。 STAR 在识别经典和非经典剪接位点方面具有很高的精确性，还可以检测到嵌合（融 合）转录本。除了映射短读取数据（例如 ≤ 200 bp ）， STAR 还可以准确地映射长读取数据 （例如来自 PacBio 或 Ion Torrent 的数 Kbp 读取数据）。 STAR 在变异检测（ SNP 和 INDEL ） 方面具有更好的灵敏度，因此， STAR 被用于 GATK 最佳实践工作流程，用于从 RNA-seq 数据 中识别短变异。
翼盒拼接接头结构分析...
通常使用拼接来保持机翼蒙皮的空气动力学表面整洁。机翼是飞机产生升力的最重要的部件。机翼的设计因飞机类型和用途而异。翼盒有两个关键接头，即蒙皮拼接接头和翼梁拼接接头。内侧和外侧部分的顶部和底部蒙皮通过蒙皮拼接连接在一起。内侧和外侧的前翼梁和后翼梁通过翼梁拼接连接在一起。蒙皮承受机翼中的大部分弯曲力矩，而翼梁承受剪切力。本研究对机翼蒙皮的弦向拼接进行了详细分析。拼接被视为在机翼弯曲引起的平面内拉伸载荷作用下的多排铆钉接头。对接头进行了应力分析，以预测旁路载荷和轴承载荷引起的铆钉孔处应力。应力是使用有限元法在 PATRAN/NASTRAN 的帮助下计算的。疲劳裂纹将出现在机身结构中高拉伸应力的位置。此外，研究了这些位置总是高应力集中的位置。结构构件的寿命预测需要一个疲劳损伤累积模型。各种应力比和局部的应力寿命曲线数据
内含子编辑揭示了人类细胞中小核仁RNA宿主基因5的SNORD依赖性成熟
摘要：GAS5基因编码长的非编码RNA（lncRNA）和内含子内部的小核仁RNA（SNORNA）。已经彻底研究了其在哺乳动物细胞中的结构，剪接变体和各种功能。但是，仍然没有关于人类细胞中汽油5成功敲除的数据，大多数功能丧失实验利用标准技术产生敲低。通过使用CRISPR/CAS9在末端内含子盒C/D SNORNA基因（SNORD S）中引入双链断裂，我们创建了在其中一个GAS5等位基因中带有连续缺失的单克隆细胞系。评估了GAS5编码的Box C/D SNORNAS和LNCRNA GAS5的水平，并分析了新型剪接变体的形成。为了全面评估特异性SNORD突变的影响，获得了SNORD74和SNORD81中各个突变的人类细胞系。SNORD74中的特定突变导致所有GAS5编码的SNORD和GAS5 lncRNA的下调。进一步的分析表明，SNORD74包含一个特定的调节元件，该元件调节了GAS5前体转录物的成熟。结果表明，气体的成熟以SNORD依赖性方式通过M6A相关的途径发生，这是一种非常有趣的表面转录机制。
c-MET-HGF 轴在非小细胞肺癌肿瘤免疫学和免疫治疗中的新兴作用
c-MET 是一种酪氨酸激酶受体，具有通过二硫键连接的胞外 α 链和跨膜 β 链。在稳定状态下，该受体主要存在于上皮细胞中，它在细胞中调节细胞运动和增殖 (1)。c-MET 的配体是肝细胞生长因子 (HGF)，它由间充质细胞以无活性形式产生 (1)。HGF 的激活需要丝氨酸蛋白酶的作用，这发生在组织损伤的局部区域 (2)。已证实多种人类癌症中存在异常的 c-MET 信号转导，这是由于 c-MET 受体过表达、受体突变或扩增、HGF 过表达或形成异常的自分泌信号转导所致的 (3)。癌症中的 c-MET 激活会促进；间充质细胞和上皮细胞之间的通讯、组织浸润、癌细胞增殖和血管生成诱导（1、4-6）。此外，选择性抑制或 SiRNA 敲低 c-MET 可降低非小细胞肺癌 (NSCLC) 细胞的活力，表明 c-MET 可直接促进肿瘤生长 (7)。在肺腺癌中，已发现各种错义突变和可变剪接产物。这些包括外显子 14 剪接突变，它导致受体降解减少和 c-MET 受体激活延长，据报道发生在 3% 的肺腺癌和 2.3% 的其他肺肿瘤中 (8)。Frampton 等人进行的体外研究支持以下结论：外显子 14 剪接突变的肿瘤将对抗 c-MET 疗法有反应。来自三例患者的病例报告也提供了有限的临床数据来支持这一结论（8）。还有
玻璃钢扶手及楼梯系统
水平和倾斜的立柱和导轨均使用铆钉和环氧化合物永久连接。使用提供的盖板，Real Safety 模块化导轨可以以任何角度安装在立柱上，从 39 o 到 180 o。直接头套件同样易于安装，可通过铆钉连接或螺母和螺栓组件连接。Real Safety 模块化立柱设计用于传统的侧面安装，套件也可用于安装顶部安装支柱底座或可拆卸的混凝土嵌入式底座。
神经种群在其时间接收窗口的大小上
长阅读的RNA测序可以在单个转录物同工型的分辨率下对RNA修饰，结构和蛋白质相互作用位点的映射。要了解这些RNA特征的功能，在转录组和基因组注释（例如开放式阅读框架和剪接连接）的背景下对它们进行分析至关重要。为了实现这一目标，我们开发了R2Dtool，这是一种生物信息学工具，将转录映射的信息与转录本和基因组注释集成在一起，从而允许同工型分辨分析和RNA在其基因组上下文中的RNA特征的图形表示。我们说明了R2Dtool使用同志数据集成和加速RNA特征分析的能力。R2DTOOL促进了替代转录本同工型的综合分析和解释。R2DTOOL促进了替代转录本同工型的综合分析和解释。
从进化的角度看分子伴侣介导的自噬
分子伴侣介导的自噬 (CMA) 是溶酶体蛋白水解的主要途径，被认为是控制多种细胞功能的关键因素，其缺陷与多种人类疾病有关。迄今为止，由于非四足动物缺乏可识别的溶酶体相关膜蛋白 2A (LAMP2A)，而 LAMP2A 是 CMA 的限制和必需蛋白，因此推测这种细胞功能仅限于哺乳动物和鸟类。然而，最近在几种鱼类中发现的表达序列与哺乳动物 LAMP2A 具有高度同源性，这挑战了这种观点，并表明 CMA 在进化过程中出现的时间可能比最初认为的要早。在本研究中，我们全面描述了脊椎动物中 LAMP2 基因的进化史，并证明 LAMP2 确实出现在脊椎动物谱系的根源中。利用青鳉 (Oryzias latipes) 的成纤维细胞系，我们进一步表明，剪接变体 lamp2a 在长期饥饿状态下控制着一种荧光报告基因在溶酶体中的积累，这种荧光报告基因通常用于追踪哺乳动物细胞中的 CMA。最后，为了阐明 Lamp2a 在鱼类中的生理作用，我们生成了该特定剪接变体的敲除青鳉，并发现这些缺陷鱼的碳水化合物和脂肪代谢发生了严重改变，这与肝脏中缺乏 CMA 的小鼠的现有数据一致。总之，我们的数据为鱼类中存在 CMA 样通路提供了第一个证据，并为使用互补遗传模型（如斑马鱼或青鳉）从进化角度研究 CMA 带来了新视角。
c-MET-HGF 轴在非小细胞肺癌肿瘤免疫学和免疫治疗中的新兴作用
c-MET 是一种酪氨酸激酶受体，具有通过二硫键连接的胞外 α 链和跨膜 β 链。在稳定状态下，该受体主要存在于上皮细胞中，它在细胞中调节细胞运动和增殖 (1)。c-MET 的配体是肝细胞生长因子 (HGF)，它由间充质细胞以无活性形式产生 (1)。HGF 的激活需要丝氨酸蛋白酶的作用，这发生在组织损伤的局部区域 (2)。已证实多种人类癌症中存在异常的 c-MET 信号转导，这是由于 c-MET 受体过表达、受体突变或扩增、HGF 过表达或形成异常的自分泌信号转导所致的 (3)。癌症中的 c-MET 激活会促进；间充质细胞和上皮细胞之间的通讯、组织浸润、癌细胞增殖和血管生成诱导（1、4-6）。此外，选择性抑制或 SiRNA 敲低 c-MET 可降低非小细胞肺癌 (NSCLC) 细胞的活力，表明 c-MET 可直接促进肿瘤生长 (7)。在肺腺癌中，已发现各种错义突变和可变剪接产物。这些包括外显子 14 剪接突变，它导致受体降解减少和 c-MET 受体激活延长，据报道发生在 3% 的肺腺癌和 2.3% 的其他肺肿瘤中 (8)。Frampton 等人的体外研究支持外显子 14 剪接突变肿瘤将对抗 c-MET 疗法有反应的结论。来自三例患者的病例报告也提供了有限的临床数据来支持这一结论（8）。还有
干细胞研究
SGIP1编码含有蛋白质SH3的GRB2样蛋白3个接口蛋白1（SGIP1）。其最长的同工型SGIP1α主要在大脑中表达（Lee等，2019）。SGIP1充当CME的调节剂（Mettlen等，2018）。CME的损害与ID和癫痫等神经发育障碍有关（Helbig等，2019）。 在发育过程中，需要 cme，用于轴突和树突生长的生长，以及通过在突触前的质膜上产生网状蛋白涂层的囊泡，从而引导从血浆中的货物蛋白从血浆膜中引导到细胞质量。 货物主要由跨膜蛋白及其细胞外液化组成。 链球菌络合物形成的启动需要磷酸二醇 - 4,5-双磷酸（PIP2）和衔接蛋白AP-2。 AP-2还调节GABA和谷氨酸受体的神经元表面水平，从而调节给定神经元上的兴奋性和抑制性突触输入（Kantamneni，2015）。 SGIP1包含结合AP-2和膜磷脂结合（MP）结合的μ-体积结构域（μHD），该结合结合磷脂酰丝氨酸和磷酸肌醇，从而导致质膜膜变形（Lee等，20211）。 MP结构域由外显子4和5编码，它们独立或同时受到替代剪接的影响，在框架中引起了替代性转录本（Durydivka等，2024）。所得的SGIP同工型仍然具有与膜的粘合，但具有变化的蜂窝分布（Dury Durydivka）。 这些替代剪接变体的功能性结合尚不清楚。CME的损害与ID和癫痫等神经发育障碍有关（Helbig等，2019）。cme，用于轴突和树突生长的生长，以及通过在突触前的质膜上产生网状蛋白涂层的囊泡，从而引导从血浆中的货物蛋白从血浆膜中引导到细胞质量。货物主要由跨膜蛋白及其细胞外液化组成。链球菌络合物形成的启动需要磷酸二醇 - 4,5-双磷酸（PIP2）和衔接蛋白AP-2。AP-2还调节GABA和谷氨酸受体的神经元表面水平，从而调节给定神经元上的兴奋性和抑制性突触输入（Kantamneni，2015）。SGIP1包含结合AP-2和膜磷脂结合（MP）结合的μ-体积结构域（μHD），该结合结合磷脂酰丝氨酸和磷酸肌醇，从而导致质膜膜变形（Lee等，20211）。MP结构域由外显子4和5编码，它们独立或同时受到替代剪接的影响，在框架中引起了替代性转录本（Durydivka等，2024）。所得的SGIP同工型仍然具有与膜的粘合，但具有变化的蜂窝分布（Dury Durydivka）。这些替代剪接变体的功能性结合尚不清楚。研究丰富的外显子4层SGIP1剪接的影响
ullrich
简化剪接机制的示意图。（a）由三个外显子（E1，E2和E3）组成的前MRNA的通用图以及具有外显子和内含剪接调节元件（ESE，ESS，ISE，ISE和ISS）的两个内含子（外显子之间）。剪接因子（SF）识别调节元件，然后将内含子插入，并产生连续的编码mRNA序列。（b）包含外显子11和12（E11和E12）和内含子11的Col6a1前MRNA段。内含子11的侧面是5'剪接供体（SD）和3'剪接受体（SA）位点。在正常条件下，在没有改变剪接的变体的情况下，内含子11被剪接，并且E11和E12在结果的转录本中连接在一起。（c）用C.930+189c> t变体（RNA中的C> u）从COL6A1基因转录的Pre-MRNA。该变体创建了一个新颖的5'SD位点，并激活了一个先前休眠的3'SA位点，位于新型SD位点上游的72个核苷酸（NT）。如果这两个新站点被剪接体识别，则在成熟的mRNA中将72 nt长的伪外exon（PE）插入E11和E12之间。只有确认新颖的5'SD位点时，将其上游的72 nt长PE和115 nt长的区域都插入成熟的mRNA中。但是，后一个成绩单不超过框架，而不会被翻译而降级。当两个新地点都没有识别出来时，会产生野生型成熟的转录本。（d）剪接切换ASOS在空间上阻止剪接体识别新颖的5'SD位点，并从成熟的转录本中从整个内含子11中获得正确的剪接