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使用混合ssDNA修复模板和小分子鸡尾酒
✉信件和材料请求应发给Brian R. Shy或Alexander Marson。，Brian.shy@ucsf.edu； Alexander.marson@ucsf.edu。作者贡献B.R.S.，V.S.V.，J.H.E.和A.M.设计了研究。B.R.S.，V.S.V。 和A.H.进行了SSCTS实验。 B.R.S. 和V.S.V. 进行了抑制剂实验。 B.R.S. 和A.H.进行了ORF替换实验。 B.R.S. 和V.S.V. 进行了GMP-兼容的制造实验。 B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M. 和J.W. 设计和执行了BCMA-CAR实验。 D.N.N进行了HSC实验。 Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.，V.S.V。和A.H.进行了SSCTS实验。B.R.S. 和V.S.V. 进行了抑制剂实验。 B.R.S. 和A.H.进行了ORF替换实验。 B.R.S. 和V.S.V. 进行了GMP-兼容的制造实验。 B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M. 和J.W. 设计和执行了BCMA-CAR实验。 D.N.N进行了HSC实验。 Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.和V.S.V.进行了抑制剂实验。B.R.S. 和A.H.进行了ORF替换实验。 B.R.S. 和V.S.V. 进行了GMP-兼容的制造实验。 B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M. 和J.W. 设计和执行了BCMA-CAR实验。 D.N.N进行了HSC实验。 Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.和A.H.进行了ORF替换实验。B.R.S. 和V.S.V. 进行了GMP-兼容的制造实验。 B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M. 和J.W. 设计和执行了BCMA-CAR实验。 D.N.N进行了HSC实验。 Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.和V.S.V.进行了GMP-兼容的制造实验。B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M. 和J.W. 设计和执行了BCMA-CAR实验。 D.N.N进行了HSC实验。 Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.，V.S.V.，J.Y.J.C.，A.T.，J.E.，J.H.E.，T.G.M.和J.W.设计和执行了BCMA-CAR实验。D.N.N进行了HSC实验。Y.Y.C. 和F.B. 执行了合并的敲入实验。 s.v. 和M.R.M. 进行了γδT细胞实验。 L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。Y.Y.C.和F.B.执行了合并的敲入实验。s.v.和M.R.M.进行了γδT细胞实验。L.Y. 设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。 H.L. 监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。 W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。L.Y.设计并协调了单链DNA修复模板的大规模生产和下游纯化过程。H.L.监督ssDNA的监管要求和质量控制方法。W.G.P. 和C.E.C. 进行了AFM研究。 T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。W.G.P.和C.E.C.进行了AFM研究。T.L.R.，E.S.，R.Y。 和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。 B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。T.L.R.，E.S.，R.Y。和D.W.进行并分析了Amplicon-Seq，RNA-Seq和ATAC-Seq研究。B.R.S.，V.S.V。 和A.M.用所有作者的输入写了手稿。B.R.S.，V.S.V。和A.M.用所有作者的输入写了手稿。
将 dsDNA 与 ssDNA Oligo 和 NEBuilder HiFi DNA 组装连接起来，创建 sgRNA-Cas9 表达载体
摘要 本应用说明展示了将 sgRNA 序列插入 9.5 kb 载体进行靶向 DNA 组装的便利性。与必须合成并重新退火两个寡核苷酸的传统克隆方法不同，此新方案提供了一种简单的方法来设计寡核苷酸并将其与所需载体组装。NEBuilder HiFi DNA 组装主混合物比传统方法有了显著的改进，特别是在节省时间、易于使用和成本方面。
使用混合 ssDNA 修复模板和小分子混合物在原代细胞中进行高产基因组工程
✉ 通信和材料请求请发送至 Brian R. Shy 或 Alexander Marson.，Brian.Shy@ucsf.edu；Alexander.Marson@ucsf.edu。作者贡献 BRS、VSV、JHE 和 AM 设计了这项研究。BRS、VSV 和 AH 进行了 ssCTS 实验。BRS 和 VSV 进行了抑制剂实验。BRS 和 AH 进行了 ORF 替换实验。BRS 和 VSV 进行了符合 GMP 的制造实验。BRS、VSV、J.-YJC、AT、JE、JHE、TGM 和 JW 设计并进行了 BCMA-CAR 实验。DNN 进行了 HSC 实验。YYC 和 FB 进行了混合敲入实验。SV 和 MRM 进行了 γδT 细胞实验。LY 设计并协调了单链 DNA 修复模板的大规模生产和下游纯化过程。HL 监督了 ssDNA 的监管要求和质量控制方法。WGP 和 CEC 进行了 AFM 研究。 TLR、ES、RY 和 DW 执行并分析了扩增子测序、RNA 测序和 ATAC 测序研究。BRS、VSV 和 AM 在所有作者的帮助下撰写了手稿。
将 dsDNA 与 ssDNA Oligo 和 NEBuilder HiFi DNA 组装连接起来，创建 sgRNA-Cas9 表达载体
摘要 本应用说明展示了将 sgRNA 序列插入 9.5 kb 载体进行靶向 DNA 组装的便利性。与必须合成并重新退火两个寡核苷酸的传统克隆方法不同，此新方案提供了一种简单的方法来设计寡核苷酸并将其与所需载体组装。NEBuilder HiFi DNA 组装主混合物比传统方法有了显著的改进，特别是在节省时间、易于使用和成本方面。
exo1和DNA2介导的ssDNA间隙扩展对于ATR激活和维持BRCA1缺陷细胞的生存力至关重要。
抽象的DNA复制面临着源自内源性或E X强度来源的DNA病变的挑战，导致单链DNA（SSDNA）的积累，从而触发了Atr c Hec Kpoint响应的激活。为在存在受损的DNA的情况下完成基因组复制，细胞采用DNA损伤耐受机制，不仅在停滞的复制叉上运行，而且在ssDNA间隙下，源自病变下游DNA合成的SSDNA间隙。在这里，我们证明了人类细胞积累了复制后的ssDNA间隙。t hese间隙，由远程切除exo1和dna2引起了b y p rimpol谴责，并构成了与失速的叉子相比，ssDNA信号的主要起源是负责复制应力的ATR激活的主要起源。引人注目的是，当与BRCA1缺乏症结合使用时，EXO1或DNA2的丢失会导致合成致死性，但不能导致BR Ca2。他的现象与仅BRCA1仅有助于ssDNA间隙的扩展的观察结果一致。非常明显的是，BRCA1缺陷型细胞会上瘾Exo1，DNA2或BLM的Xpression。他对Br Ca1突变肿瘤的远距离切除术的依赖，从而阐明了这些癌症的潜在治疗靶标。
IDT 使用 Alt-R CRISPR-Cas9 系统和 Megamer ssDNA 片段进行同源定向修复 (RUO21-0293_003 03/24)
* 我们保证针对人类、小鼠、大鼠、斑马鱼或线虫基因的预设计 gRNA 的性能。对于其他物种，您可以使用我们的专有算法来设计定制 gRNA。如果您有自己的或来自出版物的 gRNA 原型间隔物设计，请使用我们的设计检查工具评估它们的靶向和脱靶潜力，然后再订购使用我们的 Alt-R gRNA 修饰合成的 gRNA。有关预设计 gRNA 保证的详细信息，请参阅 www.idtdna.com/CRISPR-Cas9。
IDT_使用 Alt-R CRISPR-Cas9 系统和 Megamer ssDNA 片段进行同源性定向修复参考指南 (RUO21-0211_002 02/22)
30 多年来，IDT 的创新工具和基因组学应用解决方案一直在推动进步，激励科学家敢于梦想，实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品，为学术和商业研究、农业、医学诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务，提供个性化的客户服务。
食品与功能-RSC出版
集群级别。13,14此外，还报道了对影响ssDNA-AUNP聚集的重要因素（例如温度，探针长度和粒径）的研究。15 - 17然而，尚不清楚目标ssDNA的检测灵敏度上，固定化ssDNA的密度的影响仍不清楚。在这项研究中，我们开发了一种轻松的方法来控制固定在AUNP表面上的ssDNA量，并研究了固定化ssDNA的表面密度对目标ssDNA检测敏感性的影响。在这项研究中，我们采用了一种冻结方法，通过硫醇-AU键将硫醇化的ssDNA固定在AuNP表面上。在冷冻后，主要由纯净水组成的小冰晶体，非水物种（例如Aunps，DNA和盐）集中在冰晶之间的间隙中，从而使AuNP表面上的硫醇化ssDNA快速固定。18,19注意到，由于冻结过程没有冻结过程对AUNP的大小观察到效果，因为冻结方法制造的ssDNA-unps的大小，而通过盐衰老方法是相同的。18先前已经证明，乙二醇（例如）可以通过冻结来防止银纳米颗粒聚集。20,21，例如，降低了水的蒸气和溶液的冰点，从而抑制了冰晶的形成。因此，我们假设可以使用EG来控制固定在Aunps上的ssDNA量。在这项研究中，我们第一次证明了固定在AuNP上的ssDNA量可以通过冻结方法轻松地使用EG来控制，例如，通过冻结方法来控制DNA密度在靶标SSDNA检测中的效果。
由DNA折纸制成的合成细胞装甲
图1：纳米壳合成过程和稳定性验证的示意图。（a）通过三步固定过程在细胞膜上合成DNA纳米壳，包括：（i）A'-SSDNA启动器在糖科利克斯上的固定化； （ii）杆A（绿色）通过ssDNA杂交与A'-ssDNA结合，以及（iii）杆B（蓝色）通过H-SSDNA在杆A和H'ssDNA上的杂交在杆上的rod a和h'-ssDNA杂交的结合和交联。杆A和B的直径约为7nm，长度约为400nm。三个A-SSDNA（蓝色），14 s-ssDNA（黑色）和14 h-ssDNA（黄色）均匀分布在Rod A上。14 s-ssDNA（黑色）和14 h'-ssDNA（黄色）均匀分布在杆B上。所有ssDNA悬垂都是22对。比例尺：500 nm。（b）单个DNA棒的琼脂糖凝胶电泳，以及30分钟在37°C下孵育30分钟后杆的混合物。（c）单个DNA棒和两种类型的细胞培养基中的凝集的琼脂糖凝胶电泳研究。杆A和棒混合物。（d）通过铜免费点击化学，将DBCO标记的A'-SSDNA启动器固定在叠氮化物细胞表面糖脂上。
测量蛋白质-DNA 凝聚物中的桥接力
蛋白质-DNA 凝聚物介导转录并调节基因表达以及 DNA 复制和修复。稳定凝聚物的分子间桥接力在这些过程中起着直接作用。在这里，我们使用光镊来测量桥接力。在鱼精蛋白存在的情况下，在两个微珠之间连接的 20.5 knt 单链 DNA (ssDNA) 上观察到单个凝聚物。拉伸产生具有锯齿状图案的力曲线，表明凝聚物是通过单个鱼精蛋白-ssDNA 桥的连续断裂而分解的。桥接力为 11.3 ± 4.6 pN，单个桥的展开长度为 1.3 ± 0.8 µm。相反，双链 DNA (dsDNA) 形成鱼精蛋白桥接缠结，可以承受足够高的力 (~55 pN) 以分离链。 ssDNA 通过在回缩时过度拉伸种子缠结形成，在 dsDNA 的缺口处追踪未剥离的部分，但初始凝聚物具有足够的 ssDNA 与 dsDNA 比率以呈现液体状，如随后拉伸中的锯齿状图案所示。dsDNA 的存在将桥接力提高到 34 ± 8 pN，在添加外部 ssDNA 后恢复到 ~10 pN。根据这些单分子结果，鱼精蛋白-dsDNA 混合物形成固体状聚集体，需要添加 ssDNA 才能变成液滴。相反，添加 dsDNA 会减慢鱼精蛋白-ssDNA 液滴的融合。这项工作展示了桥接力的首次测量，并表明 ssDNA 与 dsDNA 比率可以调整蛋白质-DNA 凝聚物中桥接力的大小。