Ikkoh Yasuda,Naomi Ruth D. Saludar,Ana Ria Sayo,Shuichi Suzuki,Akira Yokoyama,Yuriko Ozeki,Ikkoh Yasuda,Naomi Ruth D. Saludar,Ana Ria Sayo,Shuichi Suzuki,Akira Yokoyama,Yuriko Ozeki,
Arai Yasuyuki 1),Ohiki Marie 2,17,18),Ota Shuichi 3),Tanaka Masatsugu 4),Imada Kazunori 5),Fukuda Takahiro 6),Katayama Yuta 7),Katayama Yuta 7),Kanda Yoshiko) TOYOSHIMA TAKANORI 11),ISHIDA TAKASHI 12),UCHIDA HIROKI 12),BABA RYUICHI 12),UNO KEI 12),TAKAMI AKIYOSHI 13),ONUMA TAKAAKI 14),YANAGIDA MASAMITSU 15),YANAGIDA MASAMITSU 15),ATSUTA YUKO 2,17)
This research was conducted by the RIKEN TRIP Initiative, and was conducted by the Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) Science Research Funded Funded Research Project (S), "New Generation Magnetic Induction in Magnetic Conductors (Principal Investigator: Tokura Yoshinori, 23H05431)," and the Basic Research (A) "Theoretical Research on Quantum Nonlinear Response (Principal Investigator: Naganaga Naoto, 24H00197)," and the Academic Change Area Research (A) "Theory of Chimeric Quasiparticles (Principal Investigator: Murakami Shuichi, 24H02231)," and the Japan Science and Technology Agency (JST) Strategic Creative Research Promotion Project CREST "Electronic Quantum Phase Control Using Nanospin Structures (Principal Investigator: Naganaga Naoto, JPMJCR1874)"这一事件得到了针对Skyrmion的新拓扑磁科学的支持(主要研究者:U Shuzhen,JPMJCR20T1)。主持人/机构计数器 *请与主持人联系以获取有关研究内容的信息。 Riken研究人员Max T. Birch,基础科学专科研究员,密切相关的量子传导团队,新兴材料科学中心,Riken Research Institute,团队负责人Tokura Yoshinori(东京/东京大学/东京大学教授)
广岛大学研究生院生物医科学研究科助理教授河原大辅、项目副教授小泽修一、永田康史教授以及日本临床肿瘤学小组(JCOG)医学物理工作组成员西尾义晴教授组成的研究小组开发了一种利用人工智能技术的自动轮廓创建系统“Step-wise net”。该研究成果于2022年2月6日发表在国际科学期刊《生物和医学中的计算机》上。已发表论文标题:用于 CT 图像头部和颈部自动分割的逐步深度神经网络 (stepwise-net) 作者:Daisuke Kawahara*1、Masato Tsuneda2、Shuichi Ozawa3、Hiroyuki Okamoto4、Mitsuhiro Nakamura5、Teiji Nishio6、Yasushi Nagata1,3。1 广岛大学生物医学健康科学研究生院放射肿瘤学系,广岛 734-8551,日本 2 千叶大学医学院 MR Linac ART 部放射肿瘤学系,千叶 260-8670,日本 3 广岛高精度放射治疗癌症中心,广岛 732-0057,日本 4 国立癌症中心医院医学物理学系。东京 104-0045,日本 5 京都大学医学院人类健康科学信息技术和医学工程系医学物理学系,京都606-8507,日本 6 大阪大学医学研究生院健康科学系医学物理实验室,大阪,565-0871,日本 发表于:生物和医学中的计算机 DOI 编号:10.1016/j.compbiomed.2022.105295。
DNA结构设计通过人工扩展的基本对字母(包括循环和不匹配热力学参数)Tuan M. Pham 1,§,Terrel Miffin 2,§,Hongying Sun 3,§,肯尼斯·K·肯尼斯·K·肯尼斯·K·夏普2,Xiaoyu wang 2,米格尼Jason D. Kahn 2*和David H. Mathews 1*摘要:我们表明,通过将基本配对字母扩展到A-T和G-C之外,可以改善DNA二次结构的硅设计中,以包括2-氨基-8--(1'-β-β-D-2-2'-deoxyrabofuranosyl)之间的一对 - )-4-和6-氨基-3-(1'-β-d-2'-脱氧核糖核基)-5-硝基 - (1 H)-Pyridin-2-One,简单p和Z。为了获得在设计中包括P-Z对所需的热力学参数,我们进行了47个光学熔化实验,并将结果与先前的工作结合在一起,以适合P-Z对和G-Z摇摆对的一组新的自由能和焓最接近的邻居折叠参数。我们发现G-Z对具有与A-T对相当的稳定性,因此应通过结构预测和设计算法进行定量考虑。此外,我们推断了循环,末端不匹配和悬挂端参数的集合,以包括P和Z核苷酸。这些参数已纳入用于辅助结构预测和分析的RNAstructure软件包。使用RNAstructure设计程序,我们使用ACGT字母或补充P-Z对提出的100个设计问题中的99个。通过归一化的集合缺陷(NED)评估,延长了字母,降低了序列折叠成脱靶结构的倾向。延长了字母,降低了序列折叠成脱靶结构的倾向。在提供Eterna-player溶液中的91个情况中,有91个中的91例中,NED值相对于来自Eterna示例解决方案的值提高了。含P-Z的设计的平均NED值为0.040,明显低于仅标准DNA设计的0.074,并且包含P-Z Pairs会减少在设计上收敛所需的时间。这项工作提供了将任何扩展的字母核苷酸纳入预测和设计工作流中的样本管道。关键词:DNA二级结构设计,合成生物学,DNA折叠热力学,扩展的DNA字母
