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World File Search SystemT7E1
AccuCRISPR™ 突变检测试剂盒 (T7E1)
(T7E1)] 可以检测靶向基因组编辑并评估其效率。该方法具有能够快速简单地进行分析的优点。在 T7E1 检测中，通过 PCR 扩增目标基因组区域，并将 PCR 产物变性并重新退火以产生异源双链 DNA。T7E1 识别异源双链 DNA 并在错配 5´ 处的第一、第二或第三个磷酸二酯键处切割。结果可以通过琼脂糖凝胶电泳进行分析。这是一种通过凝胶带的强度来测量基因组编辑效率并获得一致数据的可靠方法。应用
基因编辑
将打靶特定人源基因的 Cas9 和 sgRNA 转染到 HEK293 细胞。转染所用的质粒 DNA 上含有 表达带双端核定位序列 （ NLS ）的 Cas9 及 sgRNA 的表达框，通过 TransIT-X2 (Mirus) 转染 试剂进行转染。转染所用的 Cas9 mRNA 进行了假尿苷和 5- 甲基胞嘧啶修饰且带有双端 核定位序列，使用 transIT-mRNA 转染试剂将 sgRNA 和 mRNA 共转染。 Cas9 RNPs 使用脂质 体 RNAiMAX ( Life Technologies ) 进行反向转染， RNP 的终浓度为 10 nmol 。 Cas9 蛋白上不含 核定位序列。 EnGen Cas9 含有双端核定位序列。编辑效率通过 T7E1 实验进行分析，结果 以修饰百分比进行统计。
翠鸟柔性自动隔离病毒DNA/RNA的方案| neb
将打靶特定人源基因的 Cas9 和 sgRNA 转染到 HEK293 细胞。转染所用的质粒 DNA 上含有 表达带双端核定位序列 （ NLS ）的 Cas9 及 sgRNA 的表达框，通过 TransIT-X2 (Mirus) 转染 试剂进行转染。转染所用的 Cas9 mRNA 进行了假尿苷和 5- 甲基胞嘧啶修饰且带有双端 核定位序列，使用 transIT-mRNA 转染试剂将 sgRNA 和 mRNA 共转染。 Cas9 RNPs 使用脂质 体 RNAiMAX ( Life Technologies ) 进行反向转染， RNP 的终浓度为 10 nmol 。 Cas9 蛋白上不含 核定位序列。 EnGen Cas9 含有双端核定位序列。编辑效率通过 T7E1 实验进行分析，结果 以修饰百分比进行统计。
基因编辑
将打靶特定人源基因的 Cas9 和 sgRNA 转染到 HEK293 细胞。转染所用的质粒 DNA 上含有 表达带双端核定位序列 （ NLS ）的 Cas9 及 sgRNA 的表达框，通过 TransIT-X2 (Mirus) 转染 试剂进行转染。转染所用的 Cas9 mRNA 进行了假尿苷和 5- 甲基胞嘧啶修饰且带有双端 核定位序列，使用 transIT-mRNA 转染试剂将 sgRNA 和 mRNA 共转染。 Cas9 RNPs 使用脂质 体 RNAiMAX ( Life Technologies ) 进行反向转染， RNP 的终浓度为 10 nmol 。 Cas9 蛋白上不含 核定位序列。 EnGen Cas9 含有双端核定位序列。编辑效率通过 T7E1 实验进行分析，结果 以修饰百分比进行统计。
EGFR基因编辑通过CRISPR/CAS9和PRIME编辑EGFR基因编辑通过CRISPR/CAS9和PRIME编辑
将CRISPR/CAS9系统作为基因编辑工具的功能彻底改变了该领域，这是由于其易于设计和高灵敏度。CRISPR/CAS9系统有效地规避了先前基因编辑工具的局限性，并为基因组编辑的新时代铺平了道路。但是，更多的研究指出了CRISPR/CAS9自身的局限性。该技术的主要缺陷之一是脱靶效应的频率相对较高。为了克服这些障碍，最近已经开发了一种称为Prime Editing（PE）的第四代基因编辑工具。Prime编辑具有三个组成部分：Cas9 nickase，逆转录酶和Prime Editing Guide RNA（Pegrna）。PEGRNA可以进一步分解为间隔序列，支架，底漆结合位点和逆转录（RT）模板。RT模板已经包括可以通过逆转录酶转录的所需序列。这种新合成的DNA取代了原始链，提供了非常精确的编辑，而不是CRISPR/CAS9系统产生的随机插入/删除敲除。为此，我们进行了一系列研究，以比较CRISPR/CAS9系统和主要编辑的编辑效率。由CRISPR/CAS9系统敲除靶基因EGFR，已通过T7E1测定和质粒报告系统验证，这是强烈的绿色荧光信号所证明的。下一代测序已量化了Prime编辑的编辑率以及CRISPR/CAS9的编辑速率。ngs数据显示CRISPR/CAS9系统的高编辑频率，而未检测到Prime编辑的编辑。这种结果的可能原因之一是缺乏高通量实验来优化EGFR基因特异性的PEGRNA成分。
与腺相关的载体分配的CRISPR/SACAS9系统减少了猫的白血病病毒在体外生产
摘要：猫白血病病毒（FELV）是全球猫的逆转录病毒。高病毒载量与进行性感染和宿主死亡有关，这是由于FELV相关疾病而导致的。相比之下，在感染回归的猫中，可以观察到低病毒负荷，有效的免疫反应和更好的临床结局。我们假设通过使用CRISPR/ SA CAS9辅助基因治疗降低逐渐感染的猫的病毒载荷，可以允许该猫的免疫系统将感染引导到回归结果。在朝着这一目标的一步中，本研究评估了不同的腺相关载体（AAV），以使其能够将基因编辑系统传递到猫科动物细胞中，然后研究针对FELV FORIRUS内不同站点的CRISPR/ SA CAS9。九种天然AAV血清型，两种AAV杂种菌株和ANC80L65（硅中的ANC80L65预测AAV祖先）的测试是针对感染不同猫线细胞系和猫科动物原代细胞的潜力。AAV-DJ揭示了较高的感染效率，因此在随后的转导实验中使用。使用CRISPR/ SA CAS9系统的引入12个选定的FELV Profirus站点，由T7核酸内切酶1（T7E1）确认，并通过分解（TIDE）分析来跟踪Indels。在高度保守的GAG和POL区域中发现了非同源末端加入（NHEJ）的最高百分比（最高80％）。随后的转导实验，使用AAV-DJ确认了indel的形成，并显示了某些靶标的FELV P27抗原的显着降低。在体外使用CRISPR/ SA CAS9方法时，FELV病毒的靶向是有效的。观察到的靶向病毒靶向的程度是否足以提供逐渐感染的FELV感染的猫来克服感染的手段，需要在体内进一步研究。