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无色杆菌属细菌的全基因组测序揭示了其外来化合物生物降解的潜力
摘要：从自然环境中分离新的细菌菌株可以检测出具有潜在实际意义的微生物。可以使用经典的微生物学和分子生物学方法来表征此类微生物。目前，对新发现的微生物的研究基于测序技术。全基因组测序可以提供有关菌株来源、分类地位和表型特征的信息。这项研究是使用从玉米作物根际分离的细菌无色杆菌属 77Bb1 进行的。使用 Illumina 2 × 150 nt 技术对细菌基因组进行测序。使用生物信息学方法分析获得的序列，得到 57 个重叠群和包含 6,651,432 nt 的基因组。基于 16S rRNA 基因序列的系统发育分析使所分析的细菌能够归属为无色杆菌属。获得的基因组包含 4855 种具有功能分配的蛋白质基因。其中一些基因与外来生物的生物降解和代谢有关。在分析的基因组中发现了所有用于氨基苯甲酸降解的基因以及几乎所有用于苯甲酸和苯乙烯降解的基因，这表明分离的菌株具有用于天然生物修复方法的潜力。
混合轻型态在拓扑超导体中与空腔光子搭配的
细菌“ candidatus nardonella dyophthoridicola”是一种革兰氏阴性的gam- maproteotototototabterial tocyobterial tocytobiont（图。1）。特别是，它是与象鼻虫相关的细胞内义务共同主义者（1）。通过向其宿主供应酪氨酸，细菌在表皮中起着至关重要的作用（2）。与第二个象鼻虫相关的符号不同，“ candidatus sodalis pierantonius”，它在宿主的整个生命周期中保持在功能性细菌中（3-5）。我们使用长阅读测序来研究“ Ca.nardonella dryophthoridicola”菌株nardrf，与意大利人种群相关的Rhynchophorus ferrugineus。2017年，昆虫宿主是从卡塔尼亚地区的一棵棕榈树中取样的。p在25°C，黑暗的24小时内，直到分成人。剖析了十个新出现的成年人以提取其细菌。然后按照制造商的动物组织提取说明，使用Dneasy血液和组织试剂盒（意大利Qiagen，意大利）合并细菌以进行DNA提取。在90V时通过0.8％琼脂糖凝胶电泳对DNA完整性进行了1H的验证。用纳米体100分光光度计（意大利的Thermo Fisher Scienti）和Qubit双链DNA（DSDNA）高敏化测定试剂盒测量了DNA纯度和浓度。使用R9.5流单元在奴才MK1B设备上进行了长阅读测序。使用Minknow V18.03.1进行测序48小时。读取量超过500 bp进行后续分析。重点识别为“ Ca.用于图书馆制备，使用1D连接测序试剂盒（SQK-LSK 108）原始Col使用了2.5 m g的非大量和非大小选择的总基因组DNA。然后，将最终DNA的0.5 m g加载到流动细胞上。基本调用，具有高准确性算法，质量截止值为7。所有工具均使用默认参数运行，除非另有说明。使用min-iasm（7）组装了元基因组fastq读取（主机和共生体）。nardonella dyophthoridicola”，以ncbi非冗余（NR）数据库进行鉴定。提取这些概念并用于重新填充组件。重叠群用于映射和提取“ Ca.nardonella dryophthoridicola”使用minimap2 v2.17（8）。然后使用Flye v2.8.1（9）重新组装836,116读。使用Circlator v1.5.5（10）与选项进行了循环 - Merge_Min_ID 85和 - Merge_breaklen 1000，如牛津Nanopore读取。使用公开的Illumina简短读数（SRA登录