1. 获取最新的可用总能耗数据。该数据可能是今年、去年、两年前等等。2. 对于公用事业经济部门的公司,应使用总能耗数据。3. 用该能耗数据除以同一年的员工人数。4. 计算相同的比率,但现在针对同一行业中的所有其他公司,即 8 位 TRBC 位数。如果可用比率的数量小于 10,则应将公司集扩展到行业组(6 位 TRBC 位数)。如果比率的数量仍然小于 10,则应将公司集扩展到商业部门(4 位 TRBC 位数)。如果可用比率的数量仍然小于 10,则应将公司集扩展到经济部门(2 位 TRBC 位数)。5. 计算主要公司(来自第 2 点的数字)在第 3 点的比率内的百分位排名
电穿孔后 72 小时,可使用 BioLegend APC 抗人 TCR α / β 抗体通过流式细胞术评估用靶向 Edit-R sgRNA RNP 的 TRAC 或 TRBC 编辑的原代 CD4 + T 细胞的 TCR α / β 敲除情况。除了通过流式细胞术读取表型外,在基于 RNP 的编辑后 48-72 小时内,可以通过 T7EI/TIDE 测量插入/缺失形成。使用表 1 中列出的每个经过验证的 sgRNA 的引物,遵循 Dharmacon™ Edit-R™ 合成 gRNA 阳性对照试剂盒方案中的直接细胞裂解和 PCR 条件。要测量 T7EI 内切酶的插入/缺失形成,请完成上面列出的方案并使用分析软件。要通过分解 (TIDE) 分析跟踪插入/缺失来测量插入/缺失形成,请将得到的 PCR 扩增子发送至 Sanger 测序并使用网络工具,例如 http://shinyapps.datacurators.nl/tide/ 。以下方案描述了用于通过流式细胞术评估原代 CD4 + T 细胞中 TCR α / β 表型敲除的染色条件。1. 通过离心(300-5 分钟)沉淀用 PPIB、NTC2、TRAC 或 TRBC 靶向 RNP 电穿孔的 CD4 + T 细胞
图 2. CTS Cas9 的 TCR 敲除效率高于供应商 A Cas9。将每个 Cas9 (7.5 pmol) 和靶向 alpha 和 beta T 细胞受体基因 (TRAC 和 TRBC) 区域的 Invitrogen ™ TrueGuide ™ 合成 sgRNA (7.5 pmol) 混合以创建 Cas9-RNP 复合物。每个 Cas9-RNP 复合物用于使用 Neon 转染系统 (货号 MPK5000) 转染 500,000 个 T 细胞。 72 小时后收获细胞,用 Invitrogen ™ eBioscience ™ 可固定活力染料 (FVD) 紫罗兰 (货号 65-0863-14) 和 eBioscience ™ 抗 TCR a/b 抗体 (货号 12- 9986-42) 染色,然后在 Invitrogen ™ Attune ™ NxT 流式细胞仪上进行分析,并使用基于 NGS 的 TAV 进行基因分型。 (A) TCR KO 效率的流式细胞术数据示例。与供应商 A Cas9 相比,CTS Cas9 的 KO 效率超过 88.7%,而供应商 A Cas9 的 KO 效率为 61.7%。 (B) 基于 NGS 的 TAV 的平均 KO 效率。与供应商 A Cas9 相比,CTS Cas9 在各种目标上实现了更高的平均 KO 效率。所有反应均重复进行三次 (** P < 0.01)。