Tapestri Pipeline 和 Tapestri Insights 软件解决方案提供针对单细胞 DNA 和蛋白质分析优化的简化生物信息学工作流程。从序列导入到数据分析和可视化,所有这些都以用户友好的体验打包在一起,我们的交钥匙分析解决方案可确保您获得有意义的见解,从而推进您的研究。
• 您的 PMGC 联系人将按照您预先安排的时间在玛格丽特公主癌症研究大楼 (PMCRT) 9 楼电梯大厅与您会面。PMCRT 是 MaRS 大楼的东塔,靠近学院和伊丽莎白街入口的拐角处。• 当您到达指定会面区域时,请发送电子邮件或致电/发短信,您的 PMGC 联系人将前来收集样本。
Mission Bio Tapestri ® 平台由仪器本身、DNA 试剂盒(代表微流体装置)和试剂组成。试剂盒配有储液器,用于装载自动细胞处理所需的试剂。仪器提供的压力驱动试剂从储液器通过微流体装置流出到安装在试剂盒下方的 PCR 收集管。试剂盒和收集管可以在仪器上装入和卸载,并在工作流程完成后丢弃。用户通过触摸屏界面与仪器交互,该界面可用于选择程序、监控正在运行的程序的状态等。
Mission BioTapestri®平台由代表微流体设备和试剂的DNA墨盒本身组成。墨盒配备了用于加载自动细胞处理所需的试剂的储层。仪器提供的压力通过微流体设备将试剂从储层中驱动,然后驱动到安装在墨盒下方的PCR收集管上。可以从仪器上加载和卸载弹药筒,并在工作流完成后处理。用户通过触摸屏接口与乐器进行交互,该接口可用于选择程序,监视运行程序的状态等等。
Tapestri ® 单细胞 DNA 面板和蛋白质面板是高度敏感且可定制的面板,可在 Tapestri 平台上同时进行有针对性的单细胞 DNA 和蛋白质分析。无论是识别标准批量测序遗漏的稀有亚克隆,还是识别亚克隆中的共突变模式和接合性,Tapestri 单细胞 DNA 面板和蛋白质面板都可以应用于广泛的发现和转化研究应用,包括血液恶性肿瘤、实体瘤、基因组编辑、生物标志物发现以及细胞和基因治疗。
细胞和基因治疗:在这种治疗中,使用病毒或基因组编辑来编辑基因组。由此产生的遗传异质性可能会影响这种治疗的安全性和有效性,但传统方法,例如扩增转基因细胞、分离克隆、通过测序或qPCR分析编辑效率,非常耗时费力。由于对细胞进行单独分析,单细胞分析可以跳过克隆扩增步骤,从而节省时间。此外,基因转移/基因组编辑的效率和意外易位的检测可以在单次检测中进行(图3)。
T 细胞急性淋巴细胞白血病 (T-ALL) 是一种侵袭性白血病,最常见于儿童,其特征是在诊断时存在少量染色体重排和蛋白质编码区 10 至 20 个体细胞突变。大多数 T-ALL 病例都含有 NOTCH1 中的激活突变以及与激酶信号传导、转录调控或蛋白质翻译有关的基因突变。为了更深入地了解诊断和治疗期间的克隆异质性水平,我们使用 Tapestri 平台进行单细胞靶向 DNA 测序。我们设计了一个定制的 ALL 面板,并获得了精确的单核苷酸变异和小插入-缺失突变,需要 305 个扩增子,覆盖每个样本和时间点约 4400 个细胞中的 110 个基因。对 8 名 T-ALL 患者的 25 个样本共分析了 108 188 个细胞。我们通常在诊断时观察到一个主要克隆(> 35% 的细胞),伴随几个次要克隆,其中一些克隆占细胞总数的不到 1%。四名患者有 > 2 个 NOTCH1 突变,其中一些存在于次要克隆中,表明在发育中的 T-ALL 细胞中获得 NOTCH1 突变的压力很大。通过分析纵向样本,我们检测到残留的白血病细胞和克隆的存在和克隆性质,这些细胞和克隆在诊断时存在较少,在疾病后期发展为临床相关的主要克隆。因此,单细胞 DNA 扩增子测序是一种灵敏的检测方法,可用于检测 T-ALL 中的克隆结构和进化。(Blood . 2021;137(6):801-811)