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黄斑变性的基因检测
补体途径中的其他确认基因包括C2，C3，CFB和CFI。[4]在全基因组关联研究的基础上，已经与高密度脂蛋白（HDL）胆固醇途径基因有关，包括CETP和LIPC，以及可能的LPL和ABCA1。[4，5]胶原基质途径基因COL10A1和COL8A1，载脂蛋白E APOE和细胞外基质途径基因Timp3和FBN2也已与AMD链接。[4]参与DNA修复（RAD51B）和血管生成途径（VEGFA）中的基因也与特定SNP一样与AMD相关。[6]最近Fang（2021）提出了与上述早期AMD和中级AMD不同遗传生物标志物使用的系统综述，它们比其他类别的生物标志物更可再现和侵入性。[7]
天花粉-当归-乳香-没药治疗乳腺癌的药物-靶点-疾病网络分析杨金清 1 ,†
摘要 本研究旨在利用网络药理学和分子对接方法探讨瓜蒌-当归-乳香-没药（TAFM）治疗乳腺癌的关键活性成分、潜在靶点及其分子机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取TAFM的化学成分和相关靶点；利用GeneCards、OMIM、Drugbank和治疗靶点数据库（TTD）等数据库识别乳腺癌相关靶点；利用Cytoscape 3.9.1软件和STRING（Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins）数据库可视化药物成分-靶点-疾病和蛋白质相互作用网络，筛选核心成分和关键靶点。使用DAVID（Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）数据库进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析，使用AutoDock和PyMOL软件进行分子对接。发现TAFM在治疗乳腺癌中的关键活性成分包括β-谷甾醇、豆固醇、鞣花酸、天竺葵素和矮牵牛素，共鉴定出ESR1、VEGFA、PTGS2、HSP90AA1、CASP3等38个关键靶点和枢纽基因。分子对接结果证实豆固醇和胱天蛋白酶3（CASP3）是相关最密切的靶点。GO富集分析显示，参与的生物学过程主要包括药物反应、凋亡过程的正向调控和基因表达双向调控等。KEGG通路分析揭示了与癌症、炎症及感染相关疾病相关的通路的参与。研究结果提供了支持性证据，表明β-谷甾醇、豆固醇、鞣花酸、天竺葵素和矮牵牛素代表TAFM的关键生物活性成分，通过调节雌激素受体α（ESR1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、前列腺素-内过氧化物合酶2（PTGS2）、热休克蛋白90α（HSP90AA1）和CASP3在治疗乳腺癌中表现出抗乳腺癌活性。
文章
1南京中医药大学第一临床医学院，南京 210029。 * 通讯作者：李旭，男，南京中医药大学教授，主任中医师，从事中医药治疗肿瘤研究，电话：13913887528，邮箱：13913887528@163.com。摘要：目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨薏苡仁、白花蛇舌草、莪术、鼠尾草治疗胃癌前病变的物质基础和分子机制，为进一步的临床研究提供理论基础。方法：利用GeneCards和OMIM网络数据库，寻找、筛选4个药物成分抗胃癌前病变（PLGC）的作用靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建中药成分-靶点网络，利用字符串数据平台构建4种治疗PLGC药物的蛋白质互操作网络，通过拓扑分析寻找核心靶点，最后对药物-疾病交叉靶点进行生化及富集分析。结果：4种肠溶药共收集到19个活性成分、123个成分靶点。对于PLGC共识别出1487个靶点，收集到64个针对药物成分和疾病的靶点。以大于平均度（29.0）的值进行拓扑分析，得到64个关键核心靶点（包括TP53、EGFR、TNF、VEGFA），通过网络拓扑和蛋白质互操作网络分析，筛选出TP53、EGFR、TNF、VEGFA等关键靶点。 GO功能富集分析得到1337个生物过程条目，46个细胞组成条目，74个分子功能条目。KEGG（京都基因和基因组百科全书）通路富集分析和筛选得到254条信号通路，包括胃癌、乳腺癌、前列腺癌、非小细胞肺癌、结肠癌等。结论：四种肠溶药可能通过作用于TP53、EGFR、TNF、VEGFA靶点和相关胃癌、炎症、免疫通路来防治PLGC。关键词：网络药理学 中药 癌前病变 机制研究。致谢：感谢编辑对稿件语言的润色。缩写：ADME，吸收、分布、代谢和排泄；OB，口服生物利用度；DL，药物类别；PDB，蛋白质数据库。作者贡献：DM 和 LM：手稿草稿和文献收集。DM、LM 和 WJL：文献整理和修订稿。FW 和 GW：构思和监督审查、修订稿。所有作者阅读并批准最终稿。利益竞争：作者声明不存在利益竞争。引用：Feng X, Wang Y, Xu L . 基于网络药理学和分子对接技术探讨四种化疗药物用于治疗胃癌前病变肠上皮化生的作用机制。胃肠肝病学研究。2022；4(1)：2。doi: 10.53388/ghr2022-03-044。执行主编：程鑫。提交日期：2022 年 3 月 2 日，接受日期：2021 年 3 月 21 日，出版日期：2022 年 3 月 30 日© 2022 作者。由 TMR Publishing Group Limited 出版。这是一篇根据 CC-BY 许可 (http://creativecommons.org/licenses/BY/4.0/) 开放获取的文章。
ajtr0139299.pdf
摘要：目的：探讨奥希替尼联合贝伐单抗治疗术后表皮生长因子受体（EGFR）阳性Ⅱ～ⅢA期肺腺癌的疗效及机制。方法：本研究回顾性分析130例术后EGFR阳性Ⅱ～ⅢA期肺腺癌患者，根据治疗方法不同分为两组，单药治疗患者纳入单药组（65例），在单药组基础上联合贝伐单抗治疗患者纳入联合组（65例）。统计两组近期疗效、副作用及生存结果，观察治疗前后血清血管内皮生长因子、血清肿瘤标志物及生活质量的变化。结果：联合组ORR（66.15%）和DCR（86.15%）均显著高于单药组（47.69%和70.77%）（均P<0.05）。联合组治疗后血清VEGFA、VEGFB、VEGFC、BFGF、HDGF、SDF-1、CEA、CA153、CYFRA21-1、CA199水平均低于单药组（均P<0.05）。皮疹、腹泻、便秘、白蛋白尿、高血压、间质性肺炎等不良反应发生率与单药组比较差异均无统计学意义（均P>0.05）。治疗后联合组ZPS评分低于单药组，KPS评分高于单药组（均P<0.05）。联合组与单药组2年中位DFS、1年及2年DFS率差异均无统计学意义（均P>0.05）。结论：奥希替尼联合贝伐单抗治疗EGFR阳性术后Ⅱ～ⅢA期肺腺癌近期疗效显著、不良反应轻微，有助于提高疾病控制率及生活质量，其机制可能与调节血清CEA、CA153、CYFRA21-1、CA199水平，抑制VEGFA、VEGFB、VEGFC、BFGF、HDGF、SDF-1水平有关。
体外 CRISPR/CasRx 介导的 RNA 编辑方法
与使用 CRISPR/Cas 系统进行 DNA 操作不同，关于基于 CRISPR/Cas 的 RNA 修饰的文献严重缺乏。最近，科学家对 Cas13 酶进行了表征，并证明可编程 RNA 编辑在效率和特异性方面优于现有的 RNA 靶向方法（Abudayyeh 等人，2017 年；Cox 等人，2017 年；Liu 等人，2017 年；Konermann 等人，2018 年）。据报道，由于缺乏基因组改变，CRISPR/Cas13 也比现有的 CRISPR/Cas 系统更安全。2018 年，最小的 RNA 靶向 Cas 核酸酶 Cas13d 被描述。在 Cas13d 家族中，来自 Ruminococcus flavifaciens 的 CasRx（也称为 RfxCas13d）具有最高的 RNA 裂解活性和在人类细胞中的特异性。CasRx 的 RNA 靶向也比短发夹 RNA (shRNA) 干扰效果更好。重要的是，Cas13d 核酸酶可以处理 CRISPR 阵列，从而实现多重靶向（Konermann 等人，2018 年）。随后对 CasRx 的研究表明，在各种动物模型中可以有效地敲低信使 RNA (mRNA)，并在植物中实现转基因表达（Mahas 等人，2019 年；Kushawah 等人，2020 年）。值得注意的是，使用 AAV 载体在新生血管性年龄相关性黄斑变性 (nAMD) 小鼠模型中证明了 CRISPR/CasRx 的治疗潜力。 CRISPR/CasRx 系统的递送成功抑制了血管内皮生长因子 (VEGF) 的 mRNA，这是致病性眼部血管生成的关键因素，并且随后显示出脉络膜新生血管 (CNV) 面积的减少，这是 nAMD 的标志 ( Zhou et al., 2020 )。这些研究表明 CRISPR/CasRx 系统的治疗潜力。在这里，我们描述了三种不同的方法来有效地进行 CRISPR/CasRx 介导的血管内皮生长因子 A (VEGFA) 的 RNA 敲低。我们通过靶向 VEGFA mRNA，使用不同形式的单向导 RNA (sgRNA) 检查了 CRISPR/CasRx 系统的 RNA 敲低效率。为了应用于治疗学开发，我们生成了由 CasRx 和单个前 sgRNA 或多个前 sgRNA（阵列）组成的一体化 AAV 构建体，以检查系统的 RNA 敲除效率。本文介绍了使用 CasRx 和向导 RNA 变体进行体外 RNA 编辑的指导手册。
南亚疫苗接种的COVID状况
摘要背景：冠状病毒（COV）是一种新兴的人类病原体，在世界范围内引起严重的急性呼吸道综合征（SARS）。早期对SAR的生物标志物的鉴定可以促进检测并降低疾病的死亡率。 因此，通过集成的网络分析和结构建模方法，我们旨在探索冠状病毒药物SARS的潜在药物靶标和候选药物。 方法：使用Limma进行了COV感染宿主基因（HGS）表达谱的差异表达（DE）分析。 高度整合的De-cov-HG被选择构建蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络。 结果：使用WalkTrap算法高度互连模块包括模块1（202个节点）；从PPI网络检索模块2（126个节点）和模块3（121个节点）模块。 MYC，HDAC9，NCOA3，CEBPB，VEGFA，BCL3，SMAD3，SMAD3，SMURF1，KLHL12，CBL，ERBB4和CRKL被鉴定为潜在的药物靶标（PDT），这些药物靶标（PDT）在COV感染后在人类呼吸系统中高度表达。 功能项生长因子受体结合，C型凝集素受体信号传导，白介素1介导的信号传导，通过MHC I类的TAP依赖性抗原处理以及肽抗原的呈现，刺激T细胞受体信号传导，刺激性T细胞受体信号传导以及先天的响应信号通路，信号传输和细胞座的免疫通道富集。早期对SAR的生物标志物的鉴定可以促进检测并降低疾病的死亡率。因此，通过集成的网络分析和结构建模方法，我们旨在探索冠状病毒药物SARS的潜在药物靶标和候选药物。方法：使用Limma进行了COV感染宿主基因（HGS）表达谱的差异表达（DE）分析。高度整合的De-cov-HG被选择构建蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络。 结果：使用WalkTrap算法高度互连模块包括模块1（202个节点）；从PPI网络检索模块2（126个节点）和模块3（121个节点）模块。 MYC，HDAC9，NCOA3，CEBPB，VEGFA，BCL3，SMAD3，SMAD3，SMURF1，KLHL12，CBL，ERBB4和CRKL被鉴定为潜在的药物靶标（PDT），这些药物靶标（PDT）在COV感染后在人类呼吸系统中高度表达。 功能项生长因子受体结合，C型凝集素受体信号传导，白介素1介导的信号传导，通过MHC I类的TAP依赖性抗原处理以及肽抗原的呈现，刺激T细胞受体信号传导，刺激性T细胞受体信号传导以及先天的响应信号通路，信号传输和细胞座的免疫通道富集。高度整合的De-cov-HG被选择构建蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络。结果：使用WalkTrap算法高度互连模块包括模块1（202个节点）；从PPI网络检索模块2（126个节点）和模块3（121个节点）模块。MYC，HDAC9，NCOA3，CEBPB，VEGFA，BCL3，SMAD3，SMAD3，SMURF1，KLHL12，CBL，ERBB4和CRKL被鉴定为潜在的药物靶标（PDT），这些药物靶标（PDT）在COV感染后在人类呼吸系统中高度表达。功能项生长因子受体结合，C型凝集素受体信号传导，白介素1介导的信号传导，通过MHC I类的TAP依赖性抗原处理以及肽抗原的呈现，刺激T细胞受体信号传导，刺激性T细胞受体信号传导以及先天的响应信号通路，信号传输和细胞座的免疫通道富集。
基于数据挖掘与网络药理学的肺经风热型痤疮中药用药研究
摘要 ：肺经风热证痤疮是一种常见皮肤病，中药方剂较多，但其作用机制仍不明确。本文收集整理了近二十年治疗肺经风热证痤疮的文献及专利方剂，采用Excel 2019进行用药频次统计，使用IBM SPSS 25.0进行聚类分析，获取核心方剂。运用网络药理学收集药物与疾病相关靶点，构建作用网络，进行富集分析，共获取137首方剂、167种药物，核心方剂为桑白皮、枇杷叶、黄芩、甘草、栀子、生地、丹皮。治疗肺经风热型痤疮应从清热泻肺、凉血解毒入手，核心方药主要通过AKT1、IL6、TP53、TNF、VEGFA、EGF靶点及卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、麻疹、弓形虫病、EB病毒感染、IL-17、MAPK等信号通路发挥作用，以期为进一步的临床研究提供参考。
使用人源化PDX在体内平台中使用血管生成疗法
将两个NSCLC PDX，LXFA 2478和LXFA 677皮下植入以下小鼠菌株中：NOG，人源化NOG和NOG-EXL或NOG或NOG均通过每周的5x10E6细胞IV的每周损伤而被人类单核细胞取代。（所有Taconic，丹麦）。根据其VEGFA表达水平选择NSCLC PDX模型。此外，这两个模型均显示CD14的高表达，而在LXFE 2478的情况下也显示了TLR2。已知两个因素参与单核细胞吸引力。当中位肿瘤大小达到120 - 200mm³时，小鼠平均分布到治疗组（n = 4/组）。每周用a）对照车辆或b）贝伐单抗以40 mg/kg/d治疗7个周期的动物。肿瘤体积每周两次确定。在研究结束时，收集动物的肿瘤和淋巴器官，随后流式细胞仪以及IHC分析。使用Bioplex系统（德国Biorad）确定了在最后一个实验日确定40种人和23种鼠细胞因子的血清水平。
人类红系细胞相关基因表达模式
红系细胞在免疫调节和免疫抑制中的作用是现代免疫学的新兴课题之一，由于不同组织和不同物种的红系细胞表达不同的免疫调节分子，因此仍需要进一步阐明。在本研究中，我们利用 BD Rhapsody 的最先进的单细胞靶向蛋白质组学和转录组学以及通过 NanoString Sprint Pro 进行的癌症相关基因拷贝数变异分析，对来自成年健康捐赠者和成年急性淋巴细胞白血病患者的人骨髓红系细胞进行了彻底的研究。我们发现人类骨髓红系细胞表达 ARG1、LGALS1、LGALS3、LGALS9 和 C10orf54 (VISTA) 免疫抑制基因、CXCL5、CXCL8 和 VEGFA 细胞因子基因，以及参与抗菌免疫和 MHC II 类抗原呈递的基因。我们还发现 ARG1 基因表达仅限于单个红细胞簇，我们将其称为 ARG1 阳性正色红细胞，而晚期红细胞在急性淋巴细胞白血病的情况下会失去 S100A9 并获得 MZB1 基因表达。这些发现表明，即使没有任何转分化刺激（如癌症），稳定状态的红细胞生成骨髓红细胞也会表达髓系特征基因。
亚克隆体细胞拷贝数变异在复发性骨肉瘤中出现并占主导地位 Michael D. Kinnaman 1,2 , Simone Zaccaria 3,4 , Alvin Makohon-
摘要 ◥ 人们在骨肉瘤中进行了多项大规模基因组分析，以确定肿瘤发生、治疗反应和疾病复发的基因组驱动因素。肿瘤内空间和时间的异质性也可能在促进肿瘤生长和治疗耐药性方面发挥作用。我们对 8 名复发或难治性骨肉瘤患者的 37 个肿瘤样本进行了纵向全基因组测序。每位患者至少有一个来自原发部位和转移或复发部位的样本。除一名患者外，所有患者均发现了亚克隆拷贝数变异。在 5 名患者中，来自原发性肿瘤的亚克隆出现并在随后的复发中占主导地位。在 7 名具有多个克隆的患者中，6 名患者的治疗耐药性克隆中 MYC 增益/扩增富集。在耐药拷贝数克隆中还观察到了其他潜在驱动基因（如 CCNE1 、 RAD21 、 VEGFA 和 IGF1R ）的扩增。染色体重复时间分析显示，复杂的基因组重排通常发生在诊断之前，支持宏观进化的进化模型，其中大量基因组畸变在短时间内获得，然后进行克隆选择，而不是持续进化。复发性肿瘤的突变特征分析表明，同源修复缺陷 (HRD) 相关的 SBS3 在每个