bioconductor

rprimer：一个用于设计...的 R/bioconductor 包

摘要背景：本文介绍了一种新的 R/Bioconductor 包 rprimer，用于设计序列可变病毒的简并寡核苷酸和 PCR 检测。多重 DNA 序列比对用作输入数据，而输出则包括综合表格（数据框）和仪表板式图表。工作流可以直接从 R 控制台或通过图形用户界面（Shiny 应用程序）运行。本文演示并评估了 rprimer，方法是使用它设计两种诺如病毒基因组 I (GI) 检测：一种用于定量检测的 RT-qPCR 检测和一种用于 Sanger 测序和基于聚合酶衣壳的基因分型的 RT-PCR 检测。结果：使用检测为诺如病毒 GI 阳性的粪便样本评估生成的检测。RT-qPCR 检测准确扩增和量化了所有样本，并显示出与广泛使用的标准化检测相当的性能，而 RT-PCR 检测成功测序和基因分型了所有样本。通过与三个类似的免费软件包进行比较，确定了该软件包的优点和局限性。不同工具的几个特点是相似的，但 rprimer 的重要优势在于其速度、寡核苷酸设计的灵活性和可视化能力。结论：开发了一个 R/Bioconductor 软件包 rprimer，并证明它可以成功设计引物和探针，用于定量检测和基因分型序列可变的病毒。该软件包提供了一种高效、灵活且直观的退化寡核苷酸设计方法，因此可以帮助病毒研究和方法开发。