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supp。数据文件
低通的全基因组测序，整个外显子组测序和RAW RNASEQ数据可在SRA数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra）中提供 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA672256), PRJNA1144469 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/ PRJNA1144469) and PRJNA889550, （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=prJNA889550）。rpe1-htert克隆的全基因组CRISPR/CAS9筛选数据可在DEPMAP数据库21Q3版本（https://figshare.com/articles/dataset/ depmap_21q3_public/15160110）中获得。miRNA表达原始数据可在GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）中获得，登录号GSE247267（https：///www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo/qeo/quer/query/acc.cc.cc.cccccc.comcc，c，c，c，c，cccccccccccc，ccccc，ccccc，ccccc，24,,,蛋白质表达式原始数据可在登录号下方的骄傲数据库中获得PXD048833（http://central.proteomeomexchange.org/cgi/getDataSet？id = PXD048833）。药物筛查数据可在药物重新利用中心（https://repo-hub.broadinstitute.org/repurposing#home）中获得。癌细胞系的表达，CRISPR/CAS9和RNAi数据可在DEPMAP数据库22Q1版本（https://figshare.com/articles/dataset/depmap_22q1_public/19139906）中获得。所有这些都是自出版之日起公开可用的。
新的转录组组装数据的海洋发光鞭毛鞭毛颗粒
lunula是一种单细胞生物化的恐龙。尽管在许多双重化的进化枝中都可以理解生物新蛋白质和荧光素酶合成的机理和基因，但在恐龙粉中，它仍然未知。我们利用了长时间和简短的读数，在这里介绍了P. Lunula转录组的从头大会。总共获得了9.75亿个过滤的配对读数，并将其组装成155,716个重叠群，该重叠群与功能上有功能上注释的普通成绩单相对应。该数据集对于提高我们对原生物学的理解并可以通过NCBI Bioproject（PRJNA727555）获得有价值。©2021作者。由Elsevier Inc.出版这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章
染色体碎裂是 CRISPR 的靶向后果......
数据可用性 图 1f、6e、i 和扩展数据图 2e 中呈现的细胞全图以及过滤的 SV 调用可在 doi: 10.5281/ zenodo.4533300 下获得。图 1c-e、4、6a-d、f、h 和扩展数据图 1b-f、h-j、2a-d、4、5c 和 6 的源数据随论文提供，包括扩展图 1c 中未处理的 Western blot。有助于图 1e、4、6c、h、扩展数据图 1d、2、5c 和 Look-Seq 实验（图 2、3、5、扩展数据图 3）分析的原始图像和视频因文件大小限制而未发布，但可根据合理要求提供。 CD34+ HSPC 衍生的 FISH 和 SKY 图像和分析（图 6d-g）由圣犹达细胞遗传学共享资源实验室生成，支持图 6d-g 中发现的衍生数据可应要求从通讯作者处获得。序列读取数据可在 Bioproject PRJNA676146 下的测序读取档案 (SRA) 中找到。
microRNA-155抑制激活Wnt/β-catenin信号传导以恢复Th17/Treg细胞平衡并预防急性缺血性卒中
抽象的急性缺血性中风（AIS）是一种严重的神经系统疾病，与Th17/ Treg细胞不平衡和Wnt/β-蛋白蛋白信号通路的失调有关。这项研究研究了miR-155抑制是否可以激活Wnt/β-catenin信号传导，改善Th17/ Treg平衡，并提供针对中风的神经治疗方法。我们进行了多级实验设计，包括高通量测序，生物信息学分析，体内小鼠模型和体外细胞实验。高吞吐量测序显示miR-155 Antagomir - 处理和对照组之间的显着差异基因表达（Bioproject：PRJNA1152758）。生物信息学分析确定了与Wnt/β -catenin信号传导和Th17/ Treg不平衡相关的关键基因。体外实验证实，miR -155抑制激活了Wnt/β -catenin信号传导并改善了Th17/ Treg比率。体内螺栓表明，miR-155 Antagomir治疗可针对AIS提供显着的神经保护作用。这些发现表明，靶向miR-155可能是通过调节免疫平衡和关键信号通路的有希望的中风的治疗策略。
雷的地中海lig骨的基因组（Linnaeus，1758）
patella caerulea（Linnaeus，1758）是胃足类的软体动物。地中海流行，它被认为是基石物种，因为它在结构和调节潮汐和潮汐栖息地的生态平衡中的主要作用。目前，它被用作评估沿海海水的环境质量的生物指导者，并用作了解适应海洋酸化的模型物种。在这里，我们为闭藻提供了高质量的参考基因组组装和注释。我们从一个个体中生成了约30 GB的太平洋生物科学高保真数据，并提供了最终的749.8 MB组件，其中包含62个重叠群，包括线粒体基因组（14,938 bp）。n50为48.8 MB，其中98％的组装中包含在18个最大的重叠群中，该组件靠近染色体规模。基准的通用单拷贝直系同源物分数很高（Mollusca，87.8％完成； Metazoa，97.2％完成），与其他染色体级the骨基因组观察到的指标相似，突出了Mollusca数据库中可能的偏差。，我们从相同位置收集的第二个人产生了转录组光照明数据，并将其与蛋白质证据一起注释基因组。总共发现了23,938个蛋白质编码基因模型。通过将该注释与其他已发表的patella注释进行比较，我们发现，尽管方法不同，但外显子和基因长度的分布和中位数与其他patella物种相媲美。目前可在GenBank上获得的高质量P. caerulea参考基因组（Bioproject：PRJNA1045377；组装：GCA_036850965.1），是未来生态和进化研究的重要资源。
马达加斯加单核细胞增生李斯特菌的致命病例的临床和基因组特征
访问微生物学是一个开放的研究平台。可以通过本文的在线版本找到预印刷，同行评审报告和编辑决策。收到2024年1月5日； 2024年6月4日接受；于2024年6月27日出版了作者分支：1个细菌学实验室，马达加斯加antananarivo的Chu Joseph Raseta Befelatanana； 2马达加斯加antananarivo的马达加斯加的巴斯德学院实验细菌学单元； 3小儿服务，楚约瑟夫·拉塞塔·贝菲拉塔纳（Chu Joseph Raseta Befelatanana），马达加斯加的安塔纳里沃（Antananarivo）； 4 Madagascar Antananarivo的中心医院的细菌实验室Mère -enfantTsaralàlana； 5巴斯德研究所，感染部门的生物学，巴黎大学，INSERM U1117，巴黎，75015，法国； 6巴斯德研究所，国家参考中心以及法国巴黎的李斯特菌中心合作； 7传染病和热带医学司，Institut Imagine，APHP，Necker-Enfants Malades Malades University Hospital，法国巴黎，法国。*信函：Mamitina Alain Noah Rabenandrasana，Rabalainnoah@gmail。com关键字：致命案例；基因组表征；李斯特氏病；马达加斯加；脑膜炎。缩写：Bdal，Bruker Daltonics图书馆； BigSDB，细菌分离株基因组序列数据库； CGMLST，核心基因组多分解序列分型； CSF，脑脊液； IVD，体外诊断； MALDI-TOF MS，基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱； MLST，多级别序列键入； MSP，主要光谱曲线； PCR，聚合酶链反应。在Bioproject PrjNA1032442下，组件和SRA数据存放在NCBI上。000764.v3©2024作者†这些作者对这项工作也同样贡献了本文的在线版本提供补充表。
糖尿病足部溃疡和感染的细菌学以及金黄色葡萄球菌小菌落变异的发病率
收到日期：2022 年 10 月 24 日；接受日期：2023 年 5 月 23 日；发布日期：2023 年 6 月 16 日 作者隶属关系：1 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德大学生物科学学院分子与生物医学科学系；2 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德大学传染病研究中心 (RCID)；3 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德大学澳大利亚抗菌素耐药性生态学中心 (ACARE)；4 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德皇家阿德莱德医院血管外科系；5 昆士兰科技大学 (QUT) 健康学院临床科学学院，昆士兰州凯尔文格罗夫 4059，澳大利亚；6 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德大学阿德莱德医学院外科学科； 7 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德伊丽莎白女王医院巴兹尔·赫泽尔转化健康研究中心；8 西班牙瓦伦西亚省瓦伦西亚 FISABIO 研究所卫生与基因组学系；9 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德伊丽莎白女王医院内分泌科；10 澳大利亚南澳大利亚州阿德莱德阿德莱德大学阿德莱德牙科学院。 *通讯作者：Stephen P. Kidd，stephen.kidd@adelaide.edu.au 关键词：糖尿病；糖尿病足部感染；足部溃疡；小菌落变种；金黄色葡萄球菌。缩写：BMI，身体质量指数；DFI，糖尿病相关足部感染；DFI-OM，糖尿病相关足部感染伴有骨髓炎；DFI-W，糖尿病相关足部感染伴有伤口；DFU，糖尿病相关足部溃疡； nsSCV，不稳定小菌落变体；QEH，伊丽莎白女王医院；RAH，皇家阿德莱德医院；SCV，小菌落变体；sSCV，稳定小菌落变体。当前研究期间生成和/或分析的数据集可在 BioProject 数据库中找到，访问编号为 PRJNA821238。本文的在线版本提供了一个补充图和两个补充表。001716 © 2023 作者
将环糊精作为人造伴侣来通过超分子
在基于序列的元基因组生物透镜中鉴定出了芽孢杆菌属的水解酶（NCBI登录号：WP_034624255.1）。简要地，我们筛选了海洋宏基因组MARREF数据库，其中1个包含约470万个蛋白质编码序列。通过使用Diamond BlastP查询输入序列，以默认参数（身份百分比> 60％；对准长度> 70; e-e-value <1×10 −5）对215个氨基酸脂肪酶的bacillus pumilus pumilus pumilus（NCBI辅助编号：wp_1066666668777777777777777777777; morecrect da） Point，9.77），一种具有工业潜力的多功能脂肪酶。与来自B. pumilus的脂肪酶相比，总共检索了33个序列（从2,821×10 -105到3.24×10 -12）。证实，分配给芽孢杆菌细菌的一个这样的序列（GenBank登录号，WP_034624255.1）被证实，可以编码预测的全长长度215氨基酸长脂肪酶（E-vorue 2,821×10 -136和92.1％相似的cat catue catue catsy cate cate cate catsy cate catsy cate catsy cate cate cate catemanty） D167，H189），被选为进一步研究的目标。在MARREF数据库中，序列WP_034624255.1起源于从韩国Seongsan-Ri前面的海水海绵中分离出的微生物组（ENA BioSame samn06016472; Ena Bioprodroprodrodryprodeion prjna3555555554555455543535554353555435355543535554353555435355555543555555543535535355353553535553535535355353553535535355353553535535355.一旦确定，编码野生型酶的215个氨基酸序列（GenBank登录号WP_075743487; Molecular Mose，23,102.65 Da;等电点，9.77）用作基因合成的A模板。s1）在与Ni-Nta His-Bind树脂结合后。合成后，获得了215个氨基酸序列，编码分子质量为21,974.60 DA的酶，以及8.0的等电点。生产并纯化了可溶性N末端六位苯二胺（His6） - 使用SDS-PAGE分析> 98％；图。该酶称为LIP MRD9（唇部指脂肪酶； MRD指的是MARREF数据库）。
北北的核和线粒体基因组测序
2020年3月5日收到； 2020年9月13日接受；于2020年9月25日发布作者分支：1巴斯德研究所，Boinformatics and Biostatistic Hub，28 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015法国巴黎； 2 Inserm U1201研究所，分子寄生虫学单元和信号传导，寄生虫和矢量昆虫部，25 Rue du Roux Dr Roux，75015，法国巴黎75015； 3研究实验室，LR 16IPT09，生物信息学，生物护理学和生物统计学，突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place place El-Manar University，突尼斯，突尼斯； 4法国马赛蒂姆医院的寄生学实验室； 5法国南特的乔·德南特斯（Chu de Nantes）的寄生学和医学真菌学实验室； 6研究实验室，LR 16IPT06，医疗寄生虫，生物技术和生物分子，突尼斯突尼斯的巴斯德研究所，突尼斯El-Manar University，突尼斯突尼斯的Place Plate 13 Place Place。*信函：aida，bouratbine@pasteur。整个基因组测序；线粒体DNA;比较基因组学；内脏利什曼病；突尼斯;重新锑的抗性。缩写：MLMT，多焦微卫星分类； NGS，下一代测序； PCA，主要组件分析； SNV，单核苷酸变化； VL，内脏利什曼病； VRF，变化的读取频率。恢复：测序数据被提交给NCBI Bioproject，并在登录代码下进行简短的阅读档案（SRA）数据库：PRJNA607007，Maxi-and Minicircles可从NCBI GenBank和Http：// http：// http：// http：// http：// http：// tn/tn/tn/tn/tn/tn/tn/pasteur。数据敏锐地：所有支持数据，代码和协议均已提供文章或过度数据文件。本文的在线版本可以使用两个补充表和五个补充数据。000444©2020作者