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地理空间人工智能手册 - acsu.buffalo.edu
姓名：高松（地理老师）编辑。| 胡英杰，编辑。标题：地理空间人工智能手册/由高松、胡英杰和李文文编辑。其他标题：地理空间人工智能 说明：佛罗里达州博卡拉顿：CRC Press，2024 年。| 包括书目参考和索引。标识符：LCCN 2023030356（印刷版）| LCCN 2023030357（电子书）| ISBN 9781032311661（精装本）| ISBN 9781032311678（平装本）| ISBN 9781003308423（电子书）主题：LCSH：地理空间数据。| 人工智能。分类：LCC G70.217.G46 H26 2024（印刷版）| LCC G70.217.G46（电子书）| DDC 910.285/63--dc23/eng/20231016 LC 记录可在 https://lccn.loc.gov/2023030356 上获得 LC 电子书记录可在 https://lccn.loc.gov/2023030357 上获得
A9-pacemaking.pdf - acsu.buffalo.edu
摘要：背景：黑质（A9）多巴胺能（DA）神经元的退化导致帕金森病（PD）的主要运动症状。parkin 的功能丧失突变与一种罕见的早发性 PD 有关，这种疾病是隐性遗传的。目的：我们生成了有或没有 parkin 突变的同源人类 A9 DA 神经元，以确定 parkin 突变与人类 A9 DA 神经元功能障碍之间的因果关系。方法：利用 TALEN（转录激活因子样效应核酸酶）或 CRISPR/Cas9 介导的基因靶向技术，我们通过修复来自 PD 患者的 iPSC 中 parkin 的外显子 3 缺失以及将与 PD 相关的 A82E 突变引入来自健康受试者的 iPSC，产生了两对同源的幼稚诱导性多能干细胞 (iPSC)。四条同源 iPSC 系分化
印度中央邦半组织化农场的水牛对明矾沉淀出血性败血症疫苗的免疫反应
1. 简介 出血性败血症 (HS) 是经济上最重要的细菌性疾病之一，主要发生在牛和水牛身上。该病是由属于巴斯德氏菌科的革兰氏阴性球杆菌多杀性巴氏杆菌亚种引起的 [1,2]。在印度和非洲，血清型 B:2 和 E:2 分别导致大型反刍动物患上 HS [3]，尽管血清型 A:1 和 A:3 也与此有关。感染 HS 的水牛会出现呼吸音、大量流涎、呼吸困难、粘液鼻涕、高烧、食欲不振、烦躁不安、下颌和颈部水肿和发红 [4]。根据第 19 次牲畜普查（2012 年），印度的牛群总数为 2.999 亿头 (http://dahd.nic.in/sites/default/filess/Livestock%20%205_0.pdf)。其中，相当一部分（约 36%，1.087 亿头）是水牛，这使印度成为世界上水牛数量最多的国家。其中近一半（5105 万头）是奶牛，占牛奶总产量的 50% 左右。印度是最大的水牛奶生产国，占世界牛奶总产量的 68% [5]。根据中央邦政府畜牧业部的数据，该邦牛奶产量在全国排名第四（2014-2015 年为 1078 万吨），
有害等位基因频率、遗传搭便车和连锁不平衡的变化揭示了非洲水牛在大陆范围内的高遗传负荷
高遗传负荷会对种群生存力产生负面影响，并增加对疾病和其他环境压力源的易感性。之前对南非两个非洲水牛 (Syncerus caffer) 种群进行的微卫星研究表明，由于有害等位基因的高频率出现，全基因组遗传负荷很大。本研究评估了这些等位基因在大部分水牛分布范围内的出现情况，它们对雄性身体状况和牛结核病抗性产生负面影响。利用来自 34 个地方（从南纬 25 度到北纬 5 度）1,676 头动物的现有微卫星数据（2-17 个微卫星位点），我们发现了与上述雄性特征相关的整个大陆的微卫星等位基因频率梯度。频率在从南到北的纬度范围内下降（每个位点的平均 Pearson r = -0.22）。频率变化与多位点杂合性变化相一致（调整后的 R 2 = 0.84），与东非相比，南部非洲的杂合性下降幅度高达 16%。此外，在五个连锁位点对上检测到了大陆范围的连锁不平衡 (LD)，其特点是雄性有害性状相关等位基因之间存在较高的正位点间关联比例（0.66，95% CI：0.53，0.77）。我们的研究结果表明，早期观察到的性染色体减数分裂驱动系统驱动了大陆范围和基因组范围内的雄性有害等位基因选择，导致频率变化、搭便车效应导致的杂合性降低以及由于雄性有害等位基因在单倍型中同时出现而导致的广泛 LD。所涉及的选择压力必须很高，以防止等位基因频率谱系和单倍型因 LD 衰减而遭到破坏。由于大多数水牛种群是稳定的，这些结果表明，自然哺乳动物种群（取决于其遗传背景）可以承受较高的遗传负荷。
应用 CRISPR 技术解析水牛黄体中 EGR1 在前列腺素 F2 alpha 诱发的黄体退化中的功能作用
摘要背景：PGF2α 对于诱导黄体退化至关重要，而黄体退化又会降低孕酮的产生。早期生长反应 (EGR) 蛋白是 Cys2-His2 型锌指转录因子，与细胞增殖、存活和凋亡密切相关。在给予黄体溶解剂量的 PGF2α 后，观察到 EGR1 的快速升高。EGR1 参与许多基因的转录激活，包括 TGFβ1，它在黄体退化过程中起着重要作用。方法：本研究在水牛黄体细胞中进行，旨在更好地了解 EGR1 在 PGF2α 诱导的黄体退化过程中对 TGFβ1 转录激活的作用。培养水牛中期黄体的黄体细胞，并用不同剂量的 PGF2α 处理不同时间。分析了编码孕酮生物合成途径内酶 (3βHSD、CYP11A1 和 StAR)、Caspase 3、AKT 的 mRNA 相对表达以确认黄体溶解事件的发生。为了确定 EGR1 是否通过诱导 TGFβ1 表达参与 PGF2α 诱导的黄体退化，我们使用 CRISPR/Cas9 敲除了 EGR1 基因。结果：本实验确定了黄体细胞中的 EGR1 蛋白表达是否对 PGF2α 治疗有反应。对 EGR1 和 TGFβ1 mRNA 的定量分析显示在 PGF2α 诱导后 12 小时水牛黄体细胞中显著上调。为了验证 PGF2α 通过 EGR1 依赖机制刺激 TGFβ1 表达的作用，我们敲除了 EGR1。用 PGF2α 刺激 EGR1 切除的黄体细胞，观察到 EGR1 KO 不调节 PGF2α 诱导的 TGFβ1 表达。在 PGF2α 处理的 EGR1 KO 黄体细胞中，与维持 12 小时的 PGF2α 处理的野生型黄体细胞相比，Caspase 3 的 mRNA 表达显着增加。我们还研究了 EGR1 对类固醇生成的影响。用 PGF2α 处理的 EGR1 KO 黄体细胞与用 PGF2α 处理的野生型黄体细胞相比，孕酮浓度或 StAR mRNA 表达均无显着差异。结论：这些结果表明，EGR1 信号传导并不是在调节 PGF2α 诱导的 TGFβ1 信号传导以进行黄体溶解中发挥作用的唯一因素。关键词：水牛，黄体，EGR，CRISPR/Cas9，黄体溶解