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潜在功能性circrna的生物信息学分析...
乳腺癌（BC）是发病率和病情高的女性中最常见的癌症。因此，生物标志物检测仍然需要新的研究。GSE1124和GSE182471数据集，以评估差异表达的圆形RNA（CIRCRNA）。使用乳腺癌国际联盟（代表）数据库的癌症基因组图集（TCGA）和分子分类学用于鉴定明显的失调的microRNA（miRNA）和基因，并考虑了对微阵列分类的预测分析（PAM50）的预测分析。使用癌症特异性的circrna，mirdb，mirtarbase和mirwalk数据库研究了cirna-miRNA-mRNA关系。使用基因和基因组（KEGG）途径数据库的基因本体论（GO）分析和京都百科全书使用基因分析（GO）分析和京都百科全书来注释CircrNA – MiRNA -MRNA调节网络。蛋白质 - 蛋白质相互作用网络是由字符串数据库构建的，并通过Cytoscape工具可视化。然后，根据PAM50亚组中的特定表达水平，使用某些选择标准对RAW miRNA数据和基因进行过滤。使用Cytohubba Cytoscape插件来获得一种瓶颈方法来获得高度相互作用的集线器基因。在我们的研究中，在miRNA和circrna轴内检测到的这些枢纽基因进行了无病生存和整体生存分析。我们确定了可能在卑诗省起重要作用的三个circrnas，三个miRNA和十八个候选靶基因。另外，已经确定这些分子在BC的分类中可以有用，尤其是在确定基础样乳腺癌（BLBC）亚型时。我们得出的结论是，在BC的BLBC亚组中，HSA_-CRIC_0000515/mir-486-5p/sdc1轴可能是诱因患者的重要生物标志物候选者。
TCCIA：探索癌症免疫疗法中circrna的综合资源 MSS/PMMR转移性结直肠癌的反应反应对组合免疫疗法的反应的多组分分子表征 基因表达亚型与结果的关联和... gamma delta t细胞中的急性髓样白血病 e001235.full.pdf CX-072（PACMILIMAB），Probody®PD
靶向免疫检查点的抽象背景免疫疗法在癌症治疗中越来越关注，强调了对预测性生物标志物的需求。圆形RNA（CIRCRNA）已成为肿瘤免疫的关键调节剂，尤其是在PD-1/ PD-L1途径中，并且在预测免疫疗法功效方面具有潜力。然而，尚未完全了解CIRCRNA在癌症免疫疗法中的详细作用。现有数据库专注于CIRCRNA概况或免疫疗法队列，但目前尚无平台可以探索Circrnas和抗肿瘤免疫疗法之间的复杂相互作用。结合了CircRNA概况，免疫疗法反应和临床结果的全面资源对于促进我们对Circrna介导的肿瘤免疫相互作用并发展有效的生物标志物至关重要。解决这些差距的方法，我们构建了癌症circrna免疫体图（TCCIA），这是第一个结合了circrna概况，免疫疗法反应数据以及跨多层类型的临床结果的数据库。TCCIA的构建涉及将标准化的预处理应用于原始测序FASTQ文件，以基于四种已建立的Circrna检测工具的合奏方法来表征Circrna概况，分析肿瘤免疫原型型，并通过免疫检查点构成的免疫疗法响应数据（ICBS）进行了免疫疗法响应数据（ICBS）。结果TCCIA包括从ICBS治疗的25个同类群体以及其他治疗方式中获得的4,000多个临床样本。数据库为研究人员和临床医生提供了一个基于云的平台，该平台可以在ICB的背景下对Circrna数据进行交互式探索。The platform offers a range of analytical tools, including browse of identified circRNAs, visualization of circRNA abundance and correlation, association analysis between circRNAs and clinical variables, assessment of the tumor immune microenvironment, exploration of tumor molecular signatures, evaluation of treatment response or prognosis, and identification of altered circRNAs in immunotherapy-sensitive and resistant tumors.为了说明TCCIA的效用，我们通过采用大规模黑色素瘤和膀胱癌同龄人的分析来展示两个例子，包括CIRCTMTC3和Circmga，这些例子在癌症免疫疗法中展现了不同Circrna表达的不同影响和临床意义。
FUS 改变携带 ALS 相关 P525L 突变的人类运动神经元中的 circRNA 代谢
摘要：RNA 代谢失调已成为导致肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 疾病中运动神经元 (MN) 退化的关键事件之一。事实上，RNA 结合蛋白 (RBP) 或参与 RNA 代谢方面的蛋白质的突变占 ALS 常见形式的大多数。特别是，与 ALS 相关的 RBP FUS 突变对 RNA 相关过程的许多方面的影响已得到广泛研究。FUS 在剪接调控中起着关键作用，其突变严重改变了编码参与神经发生、轴突引导和突触活动的蛋白质的转录本的外显子组成。在本研究中，通过使用体外衍生的人类 MN，我们研究了 P525L FUS 突变对导致环状 RNA (circRNA) 形成的非规范剪接事件的影响。我们观察到 FUS P525L MN 中 circRNA 的水平发生变化，并且突变蛋白优先与下调 circRNA 两侧含有反向 Alu 重复序列的内含子结合。对于一部分 circRNA，FUS P525L 还会影响它们的核/细胞质分配，证实其参与了不同的 RNA 代谢过程。最后，我们评估了细胞质 circRNA 作为 miRNA 海绵的潜力，这可能与 ALS 发病机制有关。
circrNA在线粒体中的作用
线粒体参与各种细胞事件。人类线粒体基因组编码13种蛋白质，2个rRNA和22个TRNA，这是广泛接受的。源自人核基因组的基因变异无法完全解释线粒体疾病。高通量测序的出现，再加上新型生物信息学分析，解释了线粒体衍生的转录本的复杂性。最近，发现人线粒体基因组和核基因组的圆形RNA（CIRCRNA）位于线粒体。研究了核编码ciRCRNA到线粒体和线粒体在哺乳动物中编码circrnas的作用和分子机制的研究。这些circrnas与多种疾病，尤其是癌症有关。在这里，我们通过审查其鉴定，表达模式，调节作用和功能机制来讨论线粒体划分的circrnas的新兴领域。线粒体置换的ciRCRNA在细胞生理和病理学中具有调节作用。我们还强调了未来的观点和研究线粒体分离的circrnas及其潜在的生物医学应用方面的挑战。
三阴性乳腺癌：在体内模型中具有功效的CIRCRNA
摘要。三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌的侵略性亚型，治疗方案不足。为了确定新的靶标和治疗方式，我们搜索了文献中的循环RNA（CIRCRNA），这些循环RNA（CIRCRNA）介导了与TNBC相关的体内临床前模型中的功效。除了调节肿瘤抑制途径的5个下调的CIRCRNA外，我们还确定了15个上调的ciRCRNA。下调和上调是指在相应的非转化细胞和组织中的表达。上调的CIRCRNA包含五种跨膜受体和分泌的蛋白质作为靶标，五个转录因子和转录相关靶标，四个相关的细胞周期相关的CIRCRNA和一种涉及紫杉醇抗性。在本评论文章中，我们讨论了治疗干预的相关方面和方式。可以通过在肿瘤细胞中重新表达相应的ciRCRNA或相应靶标的上调来重新组建下调的ciRCRNA。可以通过小型互为RNA（siRNA）或短发夹RNA（shRNA）的方法来抑制上调的CIRCRNA，或使用小分子或与抗体相关的部分抑制相应的靶标。
2025; 15(4): 1420-1438. doi: 10.7150/thno.104698 研究论文 优化环状 RNA 疫苗以实现更优的癌症免疫治疗
原理：环状 RNA (circRNA) 因其稳定性、持续的蛋白质表达和内在的免疫刺激特性而成为一种有前途的 mRNA 疫苗平台，引起了人们的关注。本研究旨在通过筛选有效的内部核糖体进入位点 (IRES) 和提高 circRNA 翻译效率来设计和优化 circRNA 癌症疫苗平台，以改善癌症免疫治疗。方法：我们筛选了 29 种 IRES 元素，以确定对免疫细胞翻译最有效的元素，最终发现了肠道病毒 A (EV-A) IRES。使用 SHAPE-MaP 技术，我们分析了 circRNA 的二级结构，并引入了有针对性的突变和缺失以优化翻译效率。此外，我们研究了间隔序列和 microRNA 识别位点在 circRNA 设计中的调控作用，并研究了 IRES 介导的翻译起始背后的机制。结果：EV-A IRES 被确定为对免疫细胞翻译最有效的。间隔序列的结构修饰和优化提高了 circRNA 的翻译效率。比较研究表明，与传统的线性 mRNA 疫苗相比，circRNA 疫苗可诱导更强的 T 细胞免疫反应，并表现出更好的肿瘤预防和治疗效果。结论：优化的肿瘤抗原 circRNA 疫苗平台为癌症免疫治疗提供了一种稳定、有效的传统 mRNA 疫苗替代品，可增强免疫反应并改善治疗效果。这项工作为开发基于 circRNA 的疫苗作为癌症治疗的新策略奠定了基础。
环状RNA及其应用研究进展
环状RNA（circRNA）是一种新型的内源性非编码RNA（ncRNA），与microRNA（miRNA）一样，是一个迅速兴起的RNA研究课题。与传统的线性RNA（具有5'和3'端）不同，circRNA具有不受RNA外切酶影响的闭环结构。因此，circRNA具有持续表达并且对降解不太敏感。由于circRNA具有许多miRNA结合位点，因此消除其对靶基因的抑制作用可以大大增强其表达。circRNA通过特定的circRNA-miRNA相互作用在疾病的发生和进展中发挥重要调控作用。我们在本综述中总结了目前在阐明circRNA机制和生物合成方面的进展。特别是，circRNA主要可以作为miRNA海绵发挥作用，调节宿主基因表达和蛋白质运输。最后，我们讨论了基于circRNA的疗法的应用前景和重大挑战。
环状 RNA 在食管鳞状细胞癌临床前体外和体内模型中具有疗效
摘要。食管癌的预后不佳。已获批准的药物主要集中在治疗效果一般的化疗上。最近，检查点抑制单克隆抗体 Pembrolizumab 获批。为了确定治疗食管鳞状细胞癌 (ESCC) 的新靶点和方式，我们在文献中搜索了与 ESCC 发病机制有关的 circRNA。我们确定了两个下调和 17 个上调的 circRNA，以及一个在临床前体内系统中有效的合成 circRNA。下调的 circRNA 吸收针对肿瘤抑制基因的 microRNA。上调的 circRNA 吸收针对 mRNA 的 microRNA，后者编码具有促肿瘤功能的蛋白质。我们讨论了下调 circRNA 的重建和使用短干扰 RNA (siRNA) 相关实体抑制上调 circRNA 等问题。此外，我们还讨论了已确定靶点的药物可行性问题。