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来自xanthomonas citri subsp的富含Pariplasm-富集的分数...
亚洲柑橘溃疡的病因，革兰氏阴性细菌xanthomonas citri subsp。citri（XAC）比Xanthomonas fuscans亚种产生更严重的症状并发作更多的cit宿主。aurantifolii Xaub和Xauc，肿瘤的病因，疾病的温和形式。在这里，我们报告了XAC和XAUB的富含周质的蛋白质组学分析XAM-M中的XAC和XAUB（一种致病性 - 诱导培养基），用于鉴定差异蛋白。蛋白质通过二维电泳与液相色谱 - 质量光谱法相结合。Among the 12 proteins identified from the 4 unique spots from XAC in XAM-M (p < 0.05) were phosphoglucomutase (PGM), enolase, xylose isomerase (XI), transglycosylase, NAD(P)H- dependent glycerol 3-phosphate dehydrogenase, succinyl-CoA synthetase β subunit, 6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶，以及保守的假设蛋白XAC0901和XAC0223；当两种细菌在NB培养基中生长，这是一种致病性的非诱导培养基时，它们中的大多数都没有被视为XAC的差异。XAUB与XAM-M中的XAC显示出截然不同的特征，其中呈现了29个独特的斑点，其中包含与各种代谢途径相关的蛋白质。通过蛋白质印迹分析在两种细菌的富含周质含量的馏分中，PGM和XI在XAC中的占主导地位得到了验证。
CRISPR-Cas9 介导亚洲柑橘木虱 (Diaphorina citri) 的诱变
摘要 影响全球柑橘产业的最具破坏性的疾病是黄龙病 (HLB)，其病原体是 Candidatus Liberibacter asiaticus。HLB 主要通过昆虫媒介柑橘木虱 (Diaphorina citri) 传播。为了阻止柑橘木虱引起的 HLB 的快速传播，人们采用了传统的媒介控制策略，例如喷洒杀虫剂、释放天敌和大量引入天然寄生蜂。然而，仅靠这些方法无法遏制疾病的传播。为了通过对柑橘木虱基因组进行特定改造来进一步扩展可用于控制柑橘木虱的工具，我们开发了基于 CRISPR-Cas9 的基因改造协议。到目前为止，由于柑橘木虱卵通常很脆弱且体积很大，因此对柑橘木虱进行基因组编辑一直是一项挑战。本文介绍了收集和准备卵子以将 Cas9 核糖核蛋白 (RNP) 引入早期胚胎的优化方法，以及将 RNP 注射到成年雌性血腔中进行卵巢转导的替代方法。利用这些方法，我们产生了可见的体细胞突变，表明它们适合在 D. citri 中进行基因编辑。这些方法代表了推进 D. citri 研究的第一步，为未来基于基因的控制 HLB 的系统做准备。
数据发布 利用染色体长度的基因组组装来注释亚洲柑橘木虱（Diaphorina citri）的 Wnt 信号通路
表 2. 支持基因注释的证据。手工注释的柑橘木虱 Wnt 通路基因。总共有 24 个基因模型。每个基因模型都分配了一个标识符，并列出了用于验证或修改基因模型结构的证据。还列出了最能支持手工注释的 MCOT 转录组标识符。当存在从头转录组、Iso-Seq、RNA-Seq 和直系同源物支持的证据时，表中会标记“X”。MCOT：基于基因组 MAKER、Cufflinks、Oases 和 Trinity 转录本预测的综合转录组；MAKER：基因预测；从头转录组：使用 Iso-Seq 长读和 RNA-Seq 数据的独立转录组；Iso-Seq 转录本：用 Pacific Biosciences 技术生成的全长转录本； RNA-Seq：映射到基因组的读取也用作剪接点的支持证据；直系同源物证据：来自相关半翅目物种和果蝇的蛋白质。
扩展了XCC-辅助农业浸润的前沿。
xanthomonas citri subsp。柑橘是柑橘溃疡的因果毒剂，近年来已被视为农业浸润的新型载体。XCC-辅助农业渗透提供了几种优势XCC在将DNA输送到植物细胞中的效率非常有效，从而导致快速且稳健的基因表达。XCC可用于多种植物物种，包括丁香和单子叶植物，使其成为植物生物学家的多功能工具。与涉及植物组织伤口的传统农业浸润方法不同，XCC促成的农业浸润是微创的，可减少潜在的组织损害和对植物的压力。使用XCC促进的农业浸润引入的基因通常会瞬时表达，这允许快速测试基因功能，而无需永久改变植物的基因组[2]。
diaphorin，一种由亚洲柑橘cyllid的细菌内共生菌产生的聚酮化合物，不利地影响了来自Escherichia coli和bacillich coli和bacillus bacillus coli和bacillus bacillus coli
diaphorin是由“ candidatus profftella armatura”（伽马马环状）产生的聚酮化合物，这是重要的农业害虫的强制性互助者，亚洲柑橘cyllid psyllid-ina-ina citri- citri（hemiptera）。我们先前的研究表明，diaphorin在d的生理浓度下。citri，抑制枯草芽孢杆菌（Firmicutes）的生长和细胞分裂，但促进了大肠杆菌（γ-蛋白酶菌）的生长和代谢活性。这种独特的diaphorin特性可以帮助D。citri，可能会影响“念珠菌自由杆菌属”的传播。 （字母杆菌），最具破坏性柑橘疾病的病原体。此外，可以利用该特性来促进微生物生产工业材料的效率。但是，此活动的基础机制尚不清楚。diaphorin属于Pederin-型化合物的家族，该家族通过与真核生物核糖体结合来抑制真核生物中的蛋白质合成。因此，作为评估diaphorin对细菌基因表达的直接影响的第一步，这项研究检查了使用b的核糖体使用diaphorin对体外翻译的影响。枯草和e。大肠杆菌，量化绿色荧光蛋白的产生。结果表明涉及b的基因表达。枯草和e。大肠杆菌核糖体以及五毫米透明蛋白分别为29.6％和13.1％，而不是对照。这表明diaphorin对b的不良影响。枯草液至少部分地归因于其对基因表达的抑制作用。此外，由于翻译系统的成分是常见的，除了核糖体以外，b骨出现了更大的抑制作用。枯草核糖体暗示核糖体是diaphorin的潜在靶标之一。另一方面，结果也暗示diaphorin对E的积极影响。大肠杆菌是由于转录和翻译的核心机制以外的目标。这项研究首次进行了pederin同类体影响细菌基因表达的情况。
基因组学如何彻底改变分类学，
基因组中包含的信息对于我们植物病理学家来说是一座金矿，使我们能够改进诊断方法并寻找与流行病学和植物-微生物相互作用有关的特征，以及它们背后的进化过程。2022 年是《自然》杂志上发表的前两个黄单胞菌全基因组序列（da Silva 等人，2002 年）的 20 周年。十年后，我加入了黄单胞菌社区，致力于宿主适应性研究，这篇出版物是我阅读的第一篇黄单胞菌论文之一。这项工作的一个核心方面是比较两种黄单胞菌致病变种，即柑橘致病菌黄单胞菌和油菜致病菌黄单胞菌，它们分别对柑橘和十字花科植物具有致病性。这种方法使作者能够识别菌株特异性基因并提出可能解释不同宿主特异性和致病过程的机制，这是我们社区中的两个热点问题（Harris 等人，2020 年；Jacques 等人，2016 年）。这种比较基因组学分析在许多方面都具有开创性，下一个黄单胞菌基因组花了三年多的时间才发表。几年后，随着越来越快、越来越便宜的测序技术的出现，全基因组测序“民主化”了（Zhao & Grant，2011 年），很快导致每年发布几十个，然后是几百个黄单胞菌基因组序列（图 1）。
基因组学如何彻底改变分类学
基因组中包含的信息对于我们植物病理学家来说是一座金矿，使我们能够改进诊断方法并寻找与流行病学和植物-微生物相互作用有关的特征，以及它们背后的进化过程。2022 年是《自然》杂志上发表的前两个黄单胞菌全基因组序列（da Silva 等人，2002 年）的 20 周年。十年后，我加入了黄单胞菌社区，致力于宿主适应性研究，这篇出版物是我阅读的第一篇黄单胞菌论文之一。这项工作的一个核心方面是比较两种黄单胞菌致病变种，即柑橘黄单胞菌和油菜黄单胞菌，它们分别对柑橘和十字花科植物具有致病性。这种方法使作者能够识别菌株特异性基因，并提出可能解释不同宿主特异性和致病过程的机制，这是我们社区的两个热点问题（Harris 等人，2020 年；Jacques 等人，2016 年）。这种比较基因组学分析在许多方面都具有开创性，下一个黄单胞菌基因组花了三年多的时间才发表。几年后，随着越来越快、越来越便宜的测序技术的出现，全基因组测序“民主化”了（Zhao & Grant，2011 年），很快导致每年发布几十个，然后是几百个黄单胞菌基因组序列（图 1）。
LbCas12a-D156R 有效编辑 LOB1 效应结合元件，以产生抗溃疡病的柑橘植物
摘要：由柑橘黄单胞菌（Xcc）引起的柑橘溃疡病是全球大多数柑橘产区的重要经济病害。Xcc 分泌一种转录激活因子样效应物 (TALE) PthA4，与溃疡病易感基因 LOB1 启动子区的效应物结合元件 (EBE) 结合，激活其表达，从而引起溃疡症状。利用 Cas9/gRNA 编辑 EBE 区域已用于生成抗溃疡病的柑橘植株。然而，生成的大多数 EBE 编辑株系含有 1–2 bp 的插入/缺失，这更有可能通过 PthA4 适应来克服。TALE 的适应能力与与 EBE 的错配数量呈负相关。已知 LbCas12a/crRNA 产生的缺失比 Cas9 更长。在本研究中，我们使用了一种耐高温且更高效的 LbCas12a 变体 (ttLbCas12a)，该变体含有单个替换 D156R，用于修改 LOB1 的 EBE 区域。我们首先构建了 GFP-p1380N-ttLbCas12a:LOBP，经证实，该变体在柚子 (Citrus maxima) 叶片中通过 Xcc 促进的农杆菌渗滤而发挥功能。随后，我们在柚子中稳定表达了 ttLbCas12a:LOBP。生成了八个转基因株系，其中七个株系显示 EBE 的 100% 突变，其中一个株系是纯合的。EBE 编辑株系具有高达 10 bp 的 ttLbCas12a 介导的缺失。重要的是，这七个株系具有抗溃疡病性，并且未检测到脱靶。综上所述，ttLbCas12a 可有效利用来生成具有短缺失的双等位基因/纯合柑橘突变系，从而为柑橘的功能研究和育种提供有用的工具。
回廊示例
Aljabar, P., Heckemann, RA, Hammers, A., Hajnal, JV, & Rueckert, D. (2009). 基于多图谱的脑图像分割：图谱选择及其对准确性的影响。神经图像，46 (3)，726 – 738。Aljabar, P., Wolz, R., & Rueckert, D. (2012)。流形学习用于医学图像配准、分割和分类。机器学习在计算机辅助诊断中的应用：医学影像智能与分析，1，351 – 372。Arrigo, A., Mormina, E., Calamuneri, A., Gaeta, M., Granata, F., Marino, S., … Quartarone, A. (2017)。人脑半球间闭锁连接：基于约束球面反卷积的研究。 Clinical Neuroradiology , 27 (3), 275 – 281. Berman, S., Schurr, R., Atlan, G., Citri, A., & Mezer, AA (2020). 使用体内高分辨率 MRI 自动分割人类背侧隔膜。Cerebral Cortex Communications , 1 (1), 1 – 14. https://doi.org/10.1093/texcom/tgaa062 Brown, SP, Mathur, BN, Olsen, SR, Luppi, P.-H., Bickford, ME, & Citri, A. (2017). 在理解大脑皮层和隔膜之间功能相互作用的作用方面取得新突破。神经科学杂志, 37 (45), 10877 – 10881。Bruguier, H., Suarez, R., Manger, P., Hoerder-Suabedissen, A., Shelton, AM, Oliver, DK, … Puelles, L. (2020)。寻找隔膜和亚板的共同发育和进化起源。比较神经学杂志, 528 (17), 2956 – 2977。Chen, H., Dou, Q., Yu, L., Qin, J., & Heng, P.-A. (2018)。VoxResNet：用于从 3D MR 图像中分割大脑的深度体素残差网络。神经图像, 170, 446 – 455。Crick, FC, & Koch, C. (2005)。隔膜的功能是什么？英国皇家学会哲学学报B：生物科学，360（1458），1271-1279。
加利福尼亚食品和农业部-CA.GOV
在2023年9月5日至2023年9月28日之间，加利福尼亚州食品和农业部（CDFA）证实了柑橘疾病的柑橘病（HLB）在柑橘树组织和昆虫vector vector Asian citrus psyllid（ACP）的柑橘疾病（HLB）存在的存在。在奥兰治县的阿纳海姆，亨廷顿海滩，欧文，橙，圣安娜和威斯敏斯特的城市和社区收集了柑橘树组织和昆虫载体。HLB是柑橘的毁灭性疾病，通过ACP种群的喂养行动传播。HLB/ACP对加利福尼亚州商业柑橘的生产，住宅柑橘种植，自然资源和经济构成了重大，清晰且迫在眉睫的威胁。除非采取紧急行动破坏ACP生命周期，否则在奥兰治县，未来突然发现的可能性很高。