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prevotella copri和菌群成员介导了营养不良的治疗食品的有益作用
微生物群指导的互补食品（MDCF）制剂旨在修复营养不良的儿童的肠道群落。一项随机对照试验表明，与更热量致密的标准营养干预相比，营养不良的孟加拉国儿童的体重增加改善。来自研究参与者的元基因组组装的基因组揭示了Prevotella prevotella copri菌株的洪泛生长与MDCF-2聚糖途径的表达之间的相关性。为了测试这种相关性，在这里，我们使用与定义的年龄和洪巴生长相关的肠道肠细菌菌株定义的gnotobiotic小鼠，有或没有任何具有多疟原虫分离株与元基因组分离的基因组密切匹配。将肠道基因组学和元文字组合与宿主单核RNA测序和肠道代谢组分析结合在一起，我们确定了P. copri在代谢MDCF-2 Glycans中的关键作用，并发现其与其他微生物的相互作用，包括双歧杆菌。P. copri - 含有肠的体重增加和肠上皮细胞内的调节能量代谢。我们的结果揭示了MDCF-2与营养不良儿童的肠道菌群成员之间的结构 - 功能关系，对未来疗法有潜在影响。
人类共同Segatella copri的RNA景观揭示了肠道定植必不可少的小RNA
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年4月5日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.04.05.588293 doi：Biorxiv Preprint
肠道微生物群中的大量Prevotella copri与2型糖尿病患者的健康饮食成反比
虽然已知肠道菌群受到习惯性食物的影响，但在2型糖尿病患者中很少探索这种关系。本研究旨在研究113种2型糖尿病患者（平均年龄，58岁；体重指数，29.1; Glyemogogoglobin [HBA1C]，8.1％）的饮食模式与肠道微生物物种丰度之间的关系。我们使用16S扩增子测序分析了肠道微生物群，所有患者均分为菌型型肠型（57.5％，n¼65）或prevotella entype（42.5％，n¼48），使用围绕Mediots群集的Algoriths基于最佳代表的分类，该分类属于MEDIDINIDION。与prevotella肠型相比，型菌型肠型的患者显示出更好的血糖对照，HbA1c≤7.0％的比例为2.71次（95％的置态间隔，1.02 E 7.87; p，0.034）。使用经过验证的食物频率问卷评估所有患者的饮食习惯和营养成分。观察到，所消耗的饮食纤维量次优，平均每天摄入量为16 g。此外，我们通过因素分析提取了四种饮食模式：吃外，高糖食品，菜单和发酵食品模式。与Prevotella肠型相比，患有BACTROIDES型的患者的蔬菜模式的分数更高（0.17±0.13 vess v ^ 0.23±0.09; P，0.010）。我们进一步研究了微生物群与四种饮食模式之间的关系，发现只有植物饮食模式评分与主坐标值相关。较低的模式分数与31个显着的微虫特征的累积丰度相关。在这些特征中，通过使用随机森林模型将Prevotella copri鉴定为最重要的，其接收器操作特征下的面积为0.93（95％的置态间隔，0.88 E 0.98）。为了验证这些结果，我们进行了自定义定量聚合酶链反应测定法。该测定法证实了我们队列中P. copri（灵敏度，0.96; Specii fimitivitive; Specii fimitivitive; Specii fircity，0.97）的存在，患病率为47.8％，平均相对丰度为21.0％。总而言之，患有prevotella肠型的2型糖尿病患者表现出较差的血糖控制和与健康饮食模式的偏差。作为主要促成微生物特征的大量P. copri，与饮食中的饮食小菜和蔬菜的严重程度有关。应重点放在促进健康的饮食模式和了解微生物相关性上。
从类风湿性关节炎患者肠道中分离出的致关节炎普氏菌的基因组组与致病力相关
摘要 目的 人体普氏菌被认为是类风湿性关节炎 (RA) 的一个促成因素。然而，在一些非西方化国家，健康个体的肠道中也含有大量的 P. copri。本研究调查了 RA 患者来源的 P. copri ( P. copri RA ) 与健康对照者来源的 P. copri ( P. copri HC ) 的致病性。方法 我们从 RA 患者和健康对照者的粪便中获得 13 株 P. copri 菌株。全基因组测序后，对 P. copri RA 和 P. copri HC 的序列进行了比较。为了分析 P. copri 的诱发关节炎能力，我们检查了两种关节炎模型 (1) 在无特定病原体条件下含有 P. copri 的胶原诱导性关节炎模型和 (2) 在 P. copri 单一定植条件下的 SKG 小鼠关节炎模型。最后，为了评估 P. copri 激活先天免疫细胞的能力，我们在体外用 P. copri RA 和 P. copri HC 刺激骨髓来源的树突状细胞 (BMDC)。结果比较基因组分析显示 P. copri RA 和 P. copri HC 之间核心基因内容没有明显差异，但泛基因组分析显示 P. copri 具有较高的基因组可塑性。我们将 P. copri RA 特异性基因组区域鉴定为接合转座子。在两种关节炎模型中，P. copri RA 诱发的关节炎均比 P. copri HC 严重。体外 BMDC 刺激实验显示 P. copri RA 上调 IL-17 和 Th17 相关细胞因子 (IL-6、IL-23)。结论 我们的研究结果揭示了 P. copri 的遗传多样性，以及与 P. copri RA 强效诱发关节炎能力相关的基因组特征。我们的研究有助于阐明 RA 的复杂发病机制。
在微生物组指导的食物中，生物活性糖
有证据表明，肠道微生物组的产后发育有助于儿童营养不良1-4。在这里，我们分析了来自微生物组指导的互补食品（MDCF-2）的随机对照试验的生物测量，该试验与在12-18个月大的班加拉德岛（12-18个月大的邦格拉德郡儿童中）相比，与热量更密集的常规辅助食品相比，其体重增加率较高。We reconstructed 1,000 bacterial genomes (metagenome-assembled genomes (MAGs)) from the faecal microbiomes of trial participants, identified 75 MAGs of which the abundances were positively associated with ponderal growth (change in weight-for-length Z score (WLZ)), characterized changes in MAG gene expression as a function of treatment type and WLZ response, and quantified carbohydrate MDCF-2和粪便中的结构。结果表明，与WLZ正相关的两个Prevotella copri mag是MDCF-2诱导的代谢途径表达的主要贡献者，该代谢途径涉及使用MDCF-2的成分聚糖。The predicted specificities of carbohydrate-active enzymes expressed by their polysaccharide- utilization loci are correlated with (1) the in vitro growth of Bangladeshi P. copri strains, possessing varying degrees of polysaccharide-utilization loci and genomic conservation with these MAGs, in defined medium containing different purified glycans representative of those in MDCF-2, and （2）试验参与者中粪便碳水化合物结构的水平。这些关联表明，通过与生长相关的细菌分类群代谢的MDCF中鉴定生物活性聚糖结构将有助于指导有关其在急性营养不良儿童中使用的建议，并能够开发出其他配方。
探索肠道微生物群：了解其在肥胖、代谢综合征和 2 型糖尿病中的作用
肠道微生物群 (GM) 由胃肠道中的数万亿微生物组成，是肥胖和相关代谢紊乱（如 2 型糖尿病 (T2D)、代谢综合征 (MS) 和心血管疾病）发展的关键因素。这篇小型综述深入探讨了 GM 在这些疾病中的复杂作用和机制，为针对微生物群的潜在治疗策略提供了见解。该综述阐明了人类 GM 的多样性和发展，强调了其在宿主生理学中的关键功能，包括营养吸收、免疫调节和能量代谢。研究表明，GM 失调与能量提取增加、代谢途径改变和炎症有关，导致肥胖、MS 和 T2D。探讨了饮食习惯和 GM 组成之间的相互作用，强调了饮食对微生物多样性和代谢功能的影响。此外，该综述还讨论了常用药物和粪便微生物群移植等治疗干预措施对 GM 组成的影响。迄今为止的证据支持进一步研究以确定 GM 调节在减轻肥胖和代谢疾病方面的治疗潜力，强调临床试验以建立有效和可持续的治疗方案的必要性。关键词：肠道微生物群、肠道微生物组、肥胖、代谢综合征、 2 型糖尿病缩写：A. muciniphila、Akkermansia muciniphila；BCAA、支链氨基酸；CAG、同丰度组；F/B、厚壁菌门/拟杆菌门；FMT、粪便微生物群移植；GDM、妊娠期糖尿病；GIT、胃肠道；GLP-1、胰高血糖素样肽 1；GM、肠道微生物群；GPCR、G 蛋白偶联受体；IL、白细胞介素；IR、胰岛素抵抗；LPL、脂蛋白脂肪酶；LPS、脂多糖；MS、代谢综合征；P. copri、普氏菌； PYY，肽YY；SCF，短链脂肪酸；TLR，Toll样受体；T2D，2 型糖尿病。
人类肠道微生物组：希望，威胁和诺言
摘要在过去15年中，微生物组受到了越来越多的关注。尽管已经探索了数十年的肠道微生物，但对居住在人类肠道中的微生物的作用的调查吸引了超出经典的传染病。例如，许多研究报告了肥胖，糖尿病和肝病期间肠道菌群的变化，而且还包括癌症，甚至是神经退行性疾病。人类肠道菌群被视为新型治疗剂的潜在来源。在2013年至2017年之间，关注肠道菌群的出版物数量是12 900，它代表了过去40年来调查该主题的出版物总数的四分之一。本综述讨论了肠道菌群对代谢疾病的影响的最新证据，并专注于选定的关键机制。本评论还旨在对该领域的当前知识进行批判性分析，确定推定的关键问题或问题并讨论误解。在比较患病和健康受试者时产生的大量宏基因组数据可能导致错误的说法，即细菌与疾病的保护或发作有因果关系。实际上，环境因素，例如饮食习惯，药物治疗，肠运动性，粪便频率和一致性都是影响菌群组成的因素，应考虑。将讨论细菌prevotella prevotella prevotella copri和akkermansia Muciniphila作为关键例子。
研究论文探索酰化生长素释放肽和肠道微生物组在老年人认知健康中的作用
简介：随着预期寿命的增加，老龄人口和痴呆症患病率也在增加。生长素释放肽是空间记忆和认知的关键调节剂。肠道微生物群可能会影响未酰化生长素释放肽 (UAG) 和酰化生长素释放肽 (AG) 的循环水平。因此，我们探索了老年痴呆症患者的肠道微生物群、AG 和认知健康之间的潜在关联。方法：招募了 40 名痴呆症患者和 40 名对照者。对 18 个样本进行使用 16S rRNA 测序的粪便微生物组分析。采用混合方法进行可靠的解释。结果：痴呆症患者的血清 AG 和 AG/UAG 比率增加。随着痴呆症患者中 AG 的增加，物种丰富度显著下降。长双歧杆菌、双形真杆菌、普拉梭菌、瘤胃乳杆菌和普氏菌导致了β多样性的显著差异。Blautia obeum 与简易精神状态检查 (MMSE) 相关，普拉梭菌与蒙特利尔认知评估 (MoCA) 量表相关。讨论：这项初步研究表明 AG、肠道微生物组和认知评分之间存在复杂的相互作用。AG 升高与痴呆和肠道菌群失调相对应，与肠脑轴错综复杂地相互联系。循环 AG 和相关的肠道微生物组可能是痴呆症的假定生物标志物。
下一代益生菌
当前市场上目前可用的大多数益生菌细菌候选者包括属于不同类别的各种菌株。尽管如此，胃肠道微生物组是未定义的微生物剂的集合，可能会对人类产生一些医学益处。因此，目前，来自不同角落的研究人员集中于研究和识别胃肠道衍生的益生菌菌株，以提高下一代益生菌的发展。下一代益生菌术语是指通过删除，添加或修饰特定基因产生的遗传修饰的微生物，以产生益生菌菌株，从而调节代谢，胃肠道健康并直接递送到粘膜。由不同益生菌菌株产生的下一代益生菌旨在为宿主提供一种或多种健康益处，并有效控制和/或对多种疾病的治疗。即使某些下一代益生菌对几种慢性病的控制和治疗吉祥，但对人类的研究仍然是零星的，因此监管机构的确认很少。此外，需要通过向公众发布广泛的应用来解决一些问题。这篇评论强调了下一代益生菌的益生菌潜力，并讨论了现有和新兴的下一代益生菌的潜在益生菌。Probiotic strains such as Faecalibacterium prausnitzii, Prevotella copri, Bacteroides uniformis , Bacteroides thetaiotaomicron , Bacteroides acidifaciens , Clostridium butyricum , Christensenella minuta , Akkermansia muciniphila and Parabacteroides goldsteinii , have been postulated as next-generation益生菌候选者由于对结肠炎，肥胖，糖尿病和肝病等疾病的治疗或预防作用。
检查点抑制剂响应可以由肠道菌群调节 - 系统评价
背景：证据表明，人类肠道微生物群调节癌症中免疫检查点抑制剂（ICI）的治疗反应。因此，在粪便肠道菌群中发现对ICI反应较小的患者的预测生物标志物将是有价值的。这项系统评价旨在研究癌症患者的粪便肠道菌群组成与ICI治疗反应之间的辅助。方法：使用“参与者，在terventions，比较和结果中”（PICO）过程，搜索了Embase，Medline和Cochrane库数据库，以定位研究，包括接受ICI干预治疗的固体癌症的参与者。比较器是肠道菌群，结果是逻辑结果，例如反应率和无进展生存率。研究数据是在系统的叙事综合中定性合成的，并且评估了研究中偏见的风险。结果：两名审稿人独立筛选了2092次摘要，并将140项研究读为全文报告，并评估了资格。进行了18项研究，其中775例患有抗PD-1，抗PD-L1或抗CTLA-4治疗的固体癌症患者。不同的模式。据报道，一些细菌存在于反应者和无反应者中，而另一些细菌仅存在于一组中。与预后更好的物种相关的物种是粪便核酸，prausnitzii，parapocococcus parasanguinis，Bacteroides caccae和prevotella copri。相比之下，与预后不良相关的最报告的物种是blautia obeum和bacteroides ovatus。结论：ICI治疗的癌症患者的不同菌群特征与良好和不良预后有关。