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Panomics符合种质
逐级基因分型的摘要已经实现了基因组选择的方法，以提高产量，抗压力和营养价值。越来越多的资源研究正在新兴的资源研究提供1000种和更多的基因型和数百万个SNP，用于涵盖迄今无法访问的遗传遗传变异的一种物种。数据库增长越大，可以使用更好的基因组选择统计方法。但是，对统计学有明显的局限性，但也存在生物学部分。遗传内遗传变异能够解释很大比例的表型，但是表型可塑性的很大一部分也源于环境驱动的转录，转录后，翻译，翻译后，表观遗传和代谢调节。此外，对同一基因的调节可以在不同环境中具有不同的表型输出。因此，要根据可用的基因型变异来解释和理解与环境有关的表型可塑性，我们必须整合进一步的分子水平的分析，反映了从基因到代谢到表型的完整信息流。有趣的是，代谢组学平台已经比NGS平台更具成本效益，并且对于预测营养价值或压力抗性的性能是决定性的。在这里，我们建议在绿色系统生物学框架的未来繁殖策略中提出三个基本支柱：（i）将基因组选择与环境依赖性的综合学分析和深度学习相结合，以提高标志性特征性能的预测准确性； （ii）子内，细胞和亚细胞水平的摇元分辨率提供了有关选定标记的基本功能的信息； （iii）将杂种与基因组编辑和速度育种工具相结合，以加速和增强特征精度育种的大规模功能验证。
甘蔗种质资源保护与交流
国际农业研究中心咨询小组技术咨询委员会的分析（估计 1987-88 年糖是发展中国家第十四大重要作物，总产值超过 73 亿美元。在澳大利亚，它是第三大重要作物，1994-95 年产值约为 17 亿澳元。糖在发展中国家和澳大利亚的重要性使其成为在澳大利亚国际农业研究中心 (ACIAR) 的支持下进行合作研究和开发的适当重点。澳大利亚工业以进口种质为基础，没有本土甘蔗品种，这进一步强调了国际合作对澳大利亚的重要性。澳大利亚糖业一直对支持国际科学合作持谨慎态度。自 1982 年以来，ACIAR 一直仅资助了一个关于糖的合作项目，评估菲律宾糖生产和营销的政策选择。然而，近年来，行业热情高涨，ACIAR、糖研究与发展公司和糖实验站局在 1994 年的一系列会议上讨论了促进这种合作的机会。会议决定，由于种质交换在全球甘蔗产业发展中的重要性以及最近在种质中心和交换的种质中发现新的病毒疾病，应就甘蔗种质的安全管理和国际交换举行一次研讨会。本论文集中报道的这次研讨会于 1995 年 6 月 28 日至 30 日在澳大利亚昆士兰州布里斯班附近举行。由 Barry Croft、Mac Hogarth、Peter Whittle、Bob Dodman、Eoin Wallis 和 Colin Piggin 组成的委员会组织了这次研讨会。Ted Henzell 也为研讨会的组织和运行提供了很大的帮助。来自澳大利亚（21 人）和海外（14 人）的人员出席了会议，提交了论文并参与了与甘蔗种质的收集、特性、保护、清理和交换有关的一系列问题的讨论。通过国际香蕉和大蕉改良网络对香蕉、澳大利亚诺克斯菲尔德园艺发展研究所对马铃薯、美国马里兰州贝尔茨维尔对果树的几个成功案例研究，加强了对无性繁殖物种相关问题的考虑。出色的组织、Clearview Mountain 壮观而美丽的地理位置以及参与者的热情和专业知识，所有这些都共同促进了研讨会的积极气氛。在三天内，我们回顾了甘蔗交换和检疫方面的现有知识和经验，并制定了解决主要制约因素的行动计划。成果包括基于现有知识的种质保存、交换、检疫和保存建议，以及确定未来研究和开发的优先事项，包括国际合作机会。本会议记录中介绍了研讨会的论文和成果摘要。预计这些将提供背景信息，以开发和寻求支持一系列与糖种质保存、交换和使用有关问题的合作研究、开发和培训项目。
植物种质资源的精确探索
通过端粒到核（T2T）基因组学对植物种质资源的精确探索标志着植物基因组学领域的变革性一步，为对植物遗传多样性，适应性和进化的深入了解开辟了前所未有的机会。该研究主题的目的是强调测序和组装技术的最新进步，这些技术允许建造高质量的全长T2T基因组，并探讨这些突破如何促进和利用有价值的植物种植资源。实现T2T完整性对于提供染色体的详尽表示至关重要，捕获以前难以捉摸的遗传信息，并为全面的注释铺平了道路。这张广泛的遗传图提供了对基因功能，基因组结构和植物特征的遗传基础的更深入的见解，所有这些都对改善农业实践和确保植物生物多样性的可持续性都是基本的。随着我们继续目睹测序技术的快速发展的景观，该研究主题旨在促进研究T2T基因组数据的巨大潜力的研究。我们关注这些基因组见解如何增强物种保护工作，为育种计划提供信息，并为遗传资源管理提供宝贵的信息。此外，我们深入研究了可转座元素在塑造植物基因组中的作用，研究了它们与基因组结构的动态相互作用及其对适应和进化所需的遗传鲁棒性的贡献。通过将有关T2T基因组组装，可转座元素动力学以及在植物育种和保护中的应用汇总在一起，该研究主题是旨在利用植物基因组学的研究人员的综合资源。最终，我们的目标是促进植物基因组学的进一步进步，这将有助于全球农业的更具可持续性和弹性的未来。
来自外来种质的强效等位基因的良好例子
• 80% 的玉米基因组被打碎了，重复的逆转录病毒序列 • 去除重复序列后，数千万个单核苷酸多态性 • 广泛的结构变异（一个品种与另一个品种相比，缺少大量 DNA） • 一些性状（例如，种子颜色）由影响巨大的单个序列变异控制 • 大多数性状由数十到数千个序列变异控制，并与环境有复杂的相互作用
香蕉种质资源收集高密度标记数字目录
Aubry, S. (2019)。食品和农业植物遗传资源数字序列信息的未来。植物科学前沿，10，1046。https://doi.org/10.3389/fpls.2019.01046 Baurens, F.-C.、Martin, G.、Hervouet, C.、Salmon, F.、Yohomé, D.、Ricci, S.、Rouard, M.、Habas, R.、Lemainque, A.、Yahiaoui, N. 和 D'Hont, A. (2019)。重组和大型结构变异塑造了种间食用香蕉基因组。分子生物学与进化，36，97–111。 https://doi.org/10.1093/molbev/msy199 Carpentier, SC、Dens, K.、den Houwe, IV、Swennen, R. 和 Panis, B. (2007)。冻干是一种在蛋白质提取进行 2DE 分析之前储存和运输组织的实用方法吗？蛋白质组学，7，64-69。 https://doi.org/10.1002/pmic.200700529 Cenci, A.、Hueber, Y.、Zorrilla-Fontanesi, Y.、van Wesemael, J.、Kissel, E.、Gislard, M.、Sardos, J.、Swennen, R.、Roux, N.、Carpentier, SC 和 Rouard, M. (2019)。古多倍体和异源多倍体对香蕉基因表达的影响。 BMC Genomics , 20 , 244, https://doi. org/10.1186/s12864-019-5618-0 Cenci, A., Sardos, J., Hueber, Y., Martin, G., Breton, C., Roux, N., Swennen, R., Carpentier, SC, & Rouard, M. (2020). 揭秘 ABB 异源三倍体香蕉中基因组间重组的复杂故事。《植物学年鉴》, 127 , 7–20。 https://doi.org/10.1093/aob/ mcaa032 D'Hont, A.、Denoeud, F.、Aury, J.-M.、Baaurens, F.-C.、Carreel, F.、Garsmeur, O.、Noel, B.、Bocs, S.、Droc, G.、Rouard, M.、Da Silva, C.、Jabbari, K.、Cardi, C.、Poulain, J.、Souquet, M.、Labadie, K.、Jourda, C.、Lengellé, J.、Rodier-Goud, M.、……Wincker, P. (2012)。香蕉（Musa acuminata）基因组和单子叶植物的进化。 Nature , 488 , 213. https://doi.org/10.1038/nature11241 Davey, JW, Davey, JL, Blaxter, ML, & Blaxter, MW (2010). RADSeq：下一代群体遗传学。Briefingings in Functional Genomics , 9 , 416–423. https://doi.org/10.1093/bfgp/elq031 Droc, G.、Lariviere, D.、Guignon, V.、Yahiaoui, N.、This, D.、Garsmeur, O.、Dereeper, A.、Hamelin, C.、Argout, X.、Dufayard, J.-F.、Lengelle, J.、Baaurens, F.-C., Cenci, A.、Pitollat, B.、D'Hont, A.、Ruiz, M.、Rouard, M.,
302种绿豆种质资源的种子表型特征的遗传多样性分析
摘要：由于维生素，蛋白质，矿物质元素和活性物质丰富，因此已证明绿豆种子的高药和经济价值被证明对人有益。为了完全识别出优质种质资源的绿豆产量和质量育种的优质种质资源，通过多样性分析，相关性分析，主成分分析（PCA）和群集分析，对八个种子表型特征的遗传多样性水平进行了全面评估。结果表明，八个种子表型性状的遗传多样性具有302个绿豆种质资源，其香农多样性指数范围为0.25至2.09。对于大多数特征，它们的变异系数（CV）超过10％，最高为种子形状（41.51％）。相关分析表明，100种子的重量与种子大小，种子长度，种子宽度和种子厚度具有极为正相关的相关性。PCA表明，前三个主要成分的累积贡献率为78.551％。这些主要成分包括种子宽度，种子外套和种子颜色。通过群集分析将302个绿豆种质资源分为八组。从I组和II组中选择了共有140种具有大种子的种质资源，其中II组中的9种种质资源可能是高收益的品种。关键词：绿豆，种子表型特征，遗传多样性，聚类分析，主要成分。总体而言，这项研究不仅表明研究的种质资源之间有足够的差异，而且还为绿豆种质资源的选择，利用和杂交育种提供了理论基础。
全基因组关联研究 (GWAS) 揭示了与马铃薯种质花卉性状相关的遗传基础
摘要：马铃薯是一种重要的非谷类主食作物，是世界大量人口的食物来源。全基因组关联研究（GWAS）分析已成为一种有用的工具，通过揭示与感兴趣性状的显著关联来揭示重要植物性状的遗传基础。本研究旨在探索表型多样性并确定与重要花部性状相关的遗传基础。总共使用 237 个四倍体马铃薯基因型作为植物材料，并根据增强区组设计连续两年（2016 年、2017 年）进行田间试验。所研究的花部性状的方差分析反映了非常显著的基因型效应。两年的平均数据显示雌蕊长度（5.53 至 9.92 mm）、雄蕊长度（6.04 至 9.26 mm）和雄蕊上方雌蕊长度（1.31 至 4.47 mm）存在显著差异。 Pearson 相关性分析表明雌蕊长度与雄蕊长度 (r = 0.42) 以及雌蕊高于雄蕊的长度 (r = 0.28) 之间存在高度显著的正相关性。进行了主成分分析，认为前两个主成分共占 81.2% 的变异。星座图根据雄蕊和雌蕊长度将所研究的马铃薯组分为两个主要种群。总共使用了 12,720 个 SNP 标记进行标记-性状关联，发现两年内共有 15 个标记与所研究的性状显著相关。在两年内识别相同的标记有助于验证获得的标记-性状关联。所识别的显著标记反映了一些可能对马铃薯育种计划有益的假定候选基因。据我们所知，这是第一项确定重要花卉性状遗传基础的研究，可能对对这些性状的马铃薯标记辅助育种感兴趣的科学界有所帮助。
J. a mer。 S OC。 H Ort。 S CI。 149（3）：142 - 151。2024。https：//doi.org/10.21273/jashs05356-23构建DNA指纹图和核心COLLE
abtract。Platycladus Orientalis是中国北部和西北部干旱山脉的造林项目中使用的主要物种之一，这意味着该物种具有较高的生态和经济价值。研究其遗传多样性并获得核心种质碱和遗传纤维识别数据对于该物种的筛查，发育和利用至关重要。这可以为生殖资源的保存和评估和采矿提供核心材料，并可以为育种计划提供卓越的基因资源。在这项研究中，使用简单的序列重复（SSR）标记检查了104 P. Orientalis种质资源之间的遗传多样性，并构建了一个含有31个加入的核心种质，代表了Orientailis P.erientalis辅助的遗传多样性。20对底漆中的每一个显示出多态性，并鉴定出117个等位基因。每个基因座的平均等位基因数为6，平均有效等位基因编号为2.607。平均香农的信息指数为0.983，平均多态性信息含量为0.445。因此，在疟原虫种质中存在显着量的遗传变异，产生了丰富的遗传多样性。构建的核种质占原始种质的30％。核心种质和原始种质资源之间的遗传多样性没有显着差异，这表明获得的核心种质资源可以完全代表原始的生殖。结果表明98个具有特定的DNA纤维打印。使用17个具有高多态性的SSR引物，构建了104 P. Orientalis种质资源的DNA纤维。这项研究的结果为Orientalis Pereptalis种质资源的收集，保存和利用提供了宝贵的基础，而本研究中采用的方法对于建造其他多年生木本植物的核心种质具有重要的参考价值。
核心收集和开发核心收集的方法
P.O. Box 2003，埃塞俄比亚的亚的斯亚贝巴摘要农业的特征是由于人类和自然事件而导致栽培植物的多样性急剧下降。 植物育种通过扩展遗传均质品种和促进少数广泛适应的品种而导致农作物多样性的减少。 种质收集的大小经常限制对它们的访问，因此它们在植物育种和研究中的使用。 因此，如果选择有限数量的遗传多样化的加入作为核心收集，则可以增强种质收集的管理和使用。 因此，本文旨在审查核心收集建立的方式及其在育种计划中的影响。 核心收集是大型种质收集的子集，该子集涉及选择代表收集遗传多样性的加入。 核心收集的目标是改善种质收集的使用和管理。 创建核心收集是具有挑战性的，并且可以花费时间来进行时间，并且可以为任何种质收集而完成。 通常，将配件分组，并在这些分组内部/内部进行选择以创建核心收集。 创建核心集合的基本过程可以分为四个步骤，其中包括域的定义，组中的划分，条目分配和登录选择。 核心集合提供了可管理的样本量，该样本大小是结构化的，并且比整个集合都小。P.O.Box 2003，埃塞俄比亚的亚的斯亚贝巴摘要农业的特征是由于人类和自然事件而导致栽培植物的多样性急剧下降。植物育种通过扩展遗传均质品种和促进少数广泛适应的品种而导致农作物多样性的减少。种质收集的大小经常限制对它们的访问，因此它们在植物育种和研究中的使用。因此，如果选择有限数量的遗传多样化的加入作为核心收集，则可以增强种质收集的管理和使用。本文旨在审查核心收集建立的方式及其在育种计划中的影响。核心收集是大型种质收集的子集，该子集涉及选择代表收集遗传多样性的加入。核心收集的目标是改善种质收集的使用和管理。创建核心收集是具有挑战性的，并且可以花费时间来进行时间，并且可以为任何种质收集而完成。通常，将配件分组，并在这些分组内部/内部进行选择以创建核心收集。创建核心集合的基本过程可以分为四个步骤，其中包括域的定义，组中的划分，条目分配和登录选择。核心集合提供了可管理的样本量，该样本大小是结构化的，并且比整个集合都小。通常，通过简化在基因库运营，基础研究和教育中的种质使用来改善作物的核心收集至关重要。关键词：核心收集，种质，种质收集，遗传资源，遗传多样性。
木薯叶对海南黑山羊抗氧化能力、生长、免疫力及瘤胃微生物代谢的影响
1 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所，农业农村部木薯种质资源保护与利用重点实验室，农业农村部南方作物基因资源与种质创制重点实验室，儋州 571737；limaohn@163.com (ML)；lvrenlong@aliyun.com (RL)；wenjunou@catas.cn (WO)；songbichen@catas.cn (SC) 2 中国热带农业科学院湛江实验站，湛江 524000 3 海南大学热带农林学院，海南省热带特种观赏植物种质资源重点实验室，热带特种林木观赏植物遗传与种质创新教育部重点实验室，儋州 571737； zixuejuan@163.com (XZ); lidongzhang@catas.cn (LZ) * 通讯作者: guanyuhou@126.com (GH); zhouhanlin8@163.com (HZ) † 以上作者对本文贡献相同。