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四种硬蜱的基因组序列扩展
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 3 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.02.29.581698 doi：bioRxiv 预印本
高度改良的肩突硬蜱基因组，含有 X 和 Y 假染色体
肩突硬蜱，即黑腿蜱，是莱姆病螺旋体伯氏疏螺旋体的主要媒介，是美国每年约 47 万例莱姆病病例中的大多数是由其引起的。肩突硬蜱可以传播另外六种对人类健康有影响的病原体。由于其医学重要性，肩突硬蜱是第一个被测序和注释的蜱基因组。然而，由于节肢动物基因组特有的长重复基因组序列以及缺乏长读长测序技术所带来的技术挑战，第一个组装体肩突硬蜱 Wikel (IscaW) 高度碎片化。尽管由于胚胎注射和 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑等新工具的出现，肩胛带蜱已成为蜱研究的模型，但缺乏染色体级支架减缓了蜱生物学的进展和控制工具的开发。在这里，我们结合了多种技术来制作肩胛带蜱 Gulia-Nuss (IscGN) 基因组组装和基因组。我们使用了来自卵和雄性和雌性成年蜱的 DNA，并利用 Hi-C、PacBio HiFi 测序和 Illumina 短读测序技术来制作染色体水平的组装。在这项工作中，我们展示了由 13 条常染色体和性假染色体组成的预测假染色体：X 和 Y，以及与现有组装和注释相比显着改进的基因组注释。
寻求宿主的ixodes的季节性ricinus若虫丰度与气候有关
人们对气候变化及其对人类健康的影响越来越关注。特别是，全球变暖可能会增加新兴的传染病的可能性，尤其是由于疾病媒介（例如蚊子和壁虱）的地理和季节性分布的变化。为了进行检查，ixodes ricinus是欧洲最常见和最广泛的壁虱物种的范围，目前正在向北扩展和较高的高度。然而，对于不同气候中滴答的季节性变化知之甚少。I. Ricinus的季节性通常是基于专家意见，而领域调查通常受到限制。我们的目标是描述不同气候下的ricinus丰度的季节性变化。为此，一项为期七年的纵向研究，每月对综合体宿主寻求若虫的每月集合，在法国进行，在与不同气候相对应的六个位置进行。tick数据在几年之间进行了对数转换和分组，以便在典型的一年中获得海洋变化。在研究期间测量每日平均温度。使用线性谐波回归为六个不同的位置建立了若虫丰度的季节性模式。为每个位置分别估计模型参数。季节性的餐具似乎不同。西部温带地点显示出早春的峰，夏季的最低限度和中等的秋季和冬季丰度。更多的连续地点显示在春季的峰值，冬季最少。山峰在夏天发生在山区，冬天没有tick虫。在所有情况下，除山区外，春季峰的时机可能与自年初以来的学位天数有关。冬季丰度与相应温度正相关。我们的结果突出显示了与不同气候相对应的不同地点的清晰模式，这可以进一步预测气候条件下的tick季节性。
16个ixodes的深度测序ricinus ticks揭示了他们与内共生体的相互作用的见解
背景：ixodes ricinus tick是众多病原体的媒介，这些病原体呈现出严重的健康威胁。此外，它们具有垂直传播的共生体，其中一些与疾病有关。隔离和培养这些共生体的困难阻碍了我们对它们的生物学作用，引起疾病的潜力和传播方式的理解。为了扩展我们对与人类疾病有关的tick共生二氯乙醇中心核的理解，并在人类中与疾病有关，我们使用了16个成年女性tick虫进行了深入的测序。其中，八个是从沿海沙丘环境中收集的，另外八个是从荷兰的森林地区获得的。结果：通过采用下一代和第三代测序技术的组合，我们成功地重建了来自11个个体的线粒体M. M. helvetica的完整基因组，来自八个个体的Helvetica和来自所有tick的线粒体基因组。此外，我们可视化了Helvetica在tick器官和两个共生体的构造基因组代谢模型（GEM）中的位置，以研究其与生长相关的环境依赖性。我们的分析表明，线粒体和线粒体基因组之间存在很强的辅助性，表明频繁的母体传播。相比之下，helvetica和线粒体基因组之间不存在Cophyly，并在雌性的ini ricinus internis seminis中的存在，提高了helvetica的父亲传播的可能性。值得注意的是，除了rick a毒力基因外，发现Helvetica的遗传多样性非常低，在该基因中，在33nt-long重复的插入中的存在导致了显着的差异。但是，这种变化无法解释荷兰八个不同位置观察到的感染率的差异。结论：通过采用深层测序，可以直接从其宿主生物体中提取共生体的完整基因组和遗传数据变得可行。这种方法是一种强大的方法，可以使他们对其相互作用的新见解。我们的观察结果表明，R. helvetica的父亲传播是一种相对尚未开发的壁虱传播方式，需要通过实验研究进行验证。rick中鉴定出的遗传变异r。
Covid-19：生物网络和结构建模...
莱姆毛毛虫病是北半球最常见的载体传播疾病，是由螺旋体伯氏伯氏菌SL引起的，该疾病是由ixodes tick传播的。疫苗接种将是预防莱姆病的有效方法。目前没有人类疫苗。疫苗可防止伯氏伯氏菌感染感染，可以通过两种方式起作用：杀死病原体以阻止感染或靶向载体以防止成功传播。因此，研究着重于源自病原体，B。burgdorferisl或载体的保护性抗原，ixodes tick（1）。专注于伯氏菌的可能的保护性抗原时，人类疫苗研究中最有希望的候选者是外表面蛋白。尤其是OSPA，主要由Borrelia在未用壁虱中表达的OSPA已被广泛研究，并且是退出的人Lymerix™疫苗的主要组成部分（2-6）。在从壁虱到宿主的传播过程中，伯氏螺旋体下调了OSPA并上调外表面蛋白C，这对于促进迁移到滴答唾液腺，并且在哺乳动物宿主的螺旋体感染中起作用。OSPC也被证明是有效的疫苗靶标，但在不同的B. burgdorferi sl物种和菌株之间具有很高的异质性（7，8）。在针对壁虱向量的替代方法中，tick唾液可以发挥关键作用。tick唾液中包含几种蛋白质，通过使用抗炎，抗凝蛋白和免疫抑制能力，可促进tick传播病原体的传播和存活（9，10）。dai等。Borrelia burgdorferi Sl利用tick唾液腺蛋白来促进其从tick到宿主的传播，反之亦然，以增加其在tick中的生存机会（11，12）。例如，OSPC与ixodes capularis唾液蛋白salp15结合，该蛋白质Salp15可保护螺旋体免受抗体介导的杀伤的侵害（12-14）。此外，SALP15在抑制CD4 + T细胞和树突状细胞活化方面还具有免疫抑制特性（15，16）。有趣的是，针对SALP15的疫苗已显示出部分阻断B. burgdorferi Ss感染（14，17）。还表征了tick组胺的释放因子，这是tick唾液中的，对于滴答喂食很重要（18）。当RNA干扰沉默时，他们显示出对小鼠的滴答物的显着受损。在THRF免疫小鼠中也显着减少了B. burgdorferi Ss的滴答喂养和传播（18）。Schuijt等。识别tick虫唾液凝集素途径抑制剂（TSLPI），一种肩cap骨唾液蛋白，该蛋白质被证明会损害补体介导的爆发爆发芽孢杆菌。B. Burgdorferi传输是
急性运动和缺氧对记忆的结合影响
摘要疾病媒介的微生物群落可能代表了几种生物学功能的关键特征，因此鉴于气候变化，应特别关注，因此需要制定新颖的控制策略。然而，媒介传播的微生物网络仍然鲜为人知。评估向量的微生物相互作用和气候依赖性可能有助于更好地估计病原体传播特征和公共卫生风险。在全国范围内的气候代表性的调查中，ixodes ricinus tick是从匈牙利的17个地点收集的。使用shot弹枪元基因组测序，通过研究各种气候环境中的若虫和女性之间的关系来分析细菌组的组成。在属水平上的细菌组成显示女性和若虫的样品之间存在显着差异。在核心细菌组中，女性和若虫在以下属中显示出显着差异：arsenophonus，芽孢杆菌，念珠菌中氯酸酯，犀牛，鞘氨虫，鞘氨虫，葡萄球菌，葡萄球菌cus和沃尔巴基亚。发现了以下区分：cur虫，假单胞菌和鞘氨虫。没有女性降水类别有显着差异的属。covtobac terium在若虫中的各种降水水平上显示温度和芽孢杆菌之间的差异显着差异。矢量传播的细菌组成员的组成在具有不同气候条件和tick宿主的发育阶段的采样点显示出显着变化。我们的发现不仅为理解tick传播的细菌网络和相互依赖性铺平了道路，而且还阐明了存在可能存在的生物滴答控制物种的高潜力，tick寄生虫，ixodiphagus hookeri基于相关细菌组的模式。
利尻岛巴氏硬蜱和巴氏硬蜱携带微生物的存在：一项生态调查
摘要 利尻岛耸立于日本海，约 8,000 年来一直处于火山休眠状态。这个有人居住的小岛上没有中型到大型野生动物，是东亚迁徙路线上各条路线上野生鸟类迁徙的重要中途停留地。进行了一项为期 5 年的调查，以探索蜱虫和蜱传微生物的生物地理学。通过标记植被，在整个调查期间，主要收集到分布在远东有限地点的巴氏硬蜱 (Pomerantzev, 1948)。巴氏硬蜱由两个单倍群组成，即旭川型和利尻型，其中利尻型的流行率和核潮汐多样性分别超过 90% 和 0.068。野生动物调查显示，红背田鼠和野鸟（包括东方绿雀和黑脸鹀）是它们吸血的宿主。此外，红背田鼠感染了蜱传病原菌 Candidatus Ehrlichia khabarensis（5/21，24%）。到目前为止，仅在哈巴罗夫斯克和温哥华报道过具有相同基因序列的微生物。在寻宿主成年巴氏硬蜱中也检测到了 Ca . E. khabarensis 基因。这些结果表明利尻岛是巴氏硬蜱和巴氏硬蜱传播微生物的避难所。此外，在远东地区由全沟硬蜱传播的美国谱系巴贝斯虫似乎在巴氏硬蜱和野生啮齿动物之间也得以保留。各种因素影响着该岛独特的生态系统。利尻岛的历史和生态生物地理学有助于我们了解蜱虫和相关微生物的起源、进化和扩张。
通过胚胎注射和 ReMOT 控制对黑腿蜱（Ixodes scapularis）进行 Cas9 介导的基因编辑
摘要 尽管蜱虫能够获得和传播多种致病病原体，但对蜱虫的研究却落后于蚊子等其他节肢动物媒介，这主要是因为在应用现有的遗传和分子工具方面存在挑战。CRISPR-Cas9 正在改变非模式生物研究；然而，尚未有蜱虫成功进行基因编辑的报道。注射蜱虫胚胎进行基因编辑的技术挑战进一步减缓了研究进展。目前，尚无针对任何螯合动物物种（包括蜱虫）的胚胎注射方案。在此，我们报告了一种针对黑腿蜱（Ixodes scapularis）的成功胚胎注射方案，以及使用此方案通过 CRISPR-Cas9 进行基因组编辑。我们还证明 ReMOT 控制技术可成功用于在昆虫纲之外产生基因组突变。我们的研究结果为蜱研究界提供了创新工具，对于促进我们对蜱虫传播病原体的分子机制以及宿主-媒介-病原体相互作用的潜在生物学的理解至关重要。
tick-tattoo：针对B. burgdorferi或ixodes capularis tick蛋白
由于SARS-COV-2引起的呼吸衰竭导致了广泛的死亡率，迫切需要有效治疗，并长期需要抗病毒药对未来的新兴冠状病毒。呼吸道病毒的药物疗法在很大程度上没有成功，该病毒早期治疗可缩短症状持续时间并防止感染密切接触。在COVID-19大流行的迅速发展的情况下，美国大多数实验治疗的临床试验都集中在疾病过程的后期阶段。在全球范围内，对ACTT-1，恢复和团结性最有影响力的药物，最有影响力的药物，Remdesivir和Dexamethasone的临床研究已经研究了住院的患者。在美国，不到一半的临床试验调查了口服药物，大多数是在病毒负荷已经减少的疾病阶段的医院中。呼吸道病毒治疗的成功有限和COVID-19的病毒动力学表明，对大流行冠状病毒产生最大影响的抗病毒疗法将口服，耐受性良好，靶向高度保守的病毒蛋白或宿主蛋白质或宿主 - 癌蛋白质相互作用，并且可以在全球范围内有效地使用，包括资源的设置，包括资源。我们检查了Covid-19的呼吸道病毒感染和当前的临床试验的治疗，以提供有效的抗病毒药疗法和预防未来新兴冠状病毒的框架，并引起人们对持续临床前药物发现的需求。
马粒细胞肿瘤病（EGA）马粒细胞肿瘤病（EGA）
定义马粒细胞肿瘤病（EGA）是由立克生物体的Anaplasma phagocytophilum（以前为Ehrlichia equi）引起的。肿瘤病是一种常见的，季节性的，无传染性的，tick虫的传播疾病，观察到ixodes tick矢量的位置。ixodes肩cap骨在美国的东半部发现，而ixodes pacificus则在整个西海岸发现。在美国，加拿大，南美，欧洲，亚洲和北非已有报道。 临床体征一种可爱的感染通常以嗜睡，双相热和食欲减少为特征。 这是在3-5天内，具有更严重的黄褐色（常见）肢体水肿，粘膜petechiation和不愿移动的迹象。 椎板炎尚未与EGA有关。 马小于四岁的马有较轻的临床体征，可能只会出现发烧和轻度抑郁症。 流产很少见，但可以在妊娠的任何阶段发生。 在实验感染的马中，通过QPCR检测到吞噬细胞嗜酸杆菌，但与临床或病理异常无关。 目前几乎没有证据表明与EGA相关的慢性感染。 死亡率很少，大多数马匹在2-3周期间恢复。 与EGA相关的很少报道的综合征包括：●严重的肌病，其特征是发烧和严重的横纹肌溶解，牢固，疼痛的臀肌和层状肌肉和疼痛的肌肉和肾上腺素肌肉，并显着升高血清肌酸肌酸激酶（CK）和天冬氨酸氨基转移酶（AST）。在美国，加拿大，南美，欧洲，亚洲和北非已有报道。临床体征一种可爱的感染通常以嗜睡，双相热和食欲减少为特征。这是在3-5天内，具有更严重的黄褐色（常见）肢体水肿，粘膜petechiation和不愿移动的迹象。椎板炎尚未与EGA有关。马小于四岁的马有较轻的临床体征，可能只会出现发烧和轻度抑郁症。流产很少见，但可以在妊娠的任何阶段发生。在实验感染的马中，通过QPCR检测到吞噬细胞嗜酸杆菌，但与临床或病理异常无关。目前几乎没有证据表明与EGA相关的慢性感染。死亡率很少，大多数马匹在2-3周期间恢复。与EGA相关的很少报道的综合征包括：●严重的肌病，其特征是发烧和严重的横纹肌溶解，牢固，疼痛的臀肌和层状肌肉和疼痛的肌肉和肾上腺素肌肉，并显着升高血清肌酸肌酸激酶（CK）和天冬氨酸氨基转移酶（AST）。●以共济失调，卧性，抑郁和其他非特异性神经系统缺陷为特征的神经系统疾病。