sanger

sangerflow，一种基于桑格测序的生物信息学管道，用于害虫和病原体识别

为了在此处演示Sangerflow性能，我们使用了两个测试数据集，这些数据集由PCR Sanger测序前进和反向读取。首先，我们使用Geneious 6手动从前序列和反向序列中删除了模棱两可的核苷酸（表5），对它们排列，提取了共识序列，并最终使用Geneeious 6使用Web BlastN 16在NCBI数据库中搜索它们。然后，我们在同一数据集的FASTA文件上运行了Sangerflow管道，该数据集自动为每个示例提供了BLASTN输出（表6）。但是，由于sangerflow的输入和输出文件是FastA格式，因此对修剪序列没有可视化。最后，我们比较了sangerflow衍生的BLASTN输出与手动处理的输出（表7）。结果的比较证明了手动分析和桑格洛之间的一致性（表7）。