在这里,我们介绍了TrackPlot,这是一个Python软件包,用于通过可编程和基于互动的Web方法生成出版物质量可视化。与生成实地的程序的现有范围相比,TrackPlot提供了一个多功能平台,可在各种来源中视觉解释基因组数据,包括具有功能域映射,同种型,同种型的基因注释,而没有通过SCRNA-SECRED和长期访问的范围以及杂色的范围,以及任何杂色的访问范围,并提供了透明度的范围,以及杂色的范围。符合主要期刊要求的输出文件。TrackPlot软件包是一种开源软件,可以在Bioconda(https://anaconda.org/bioconda/trackplot)上免费获得,Docker(https://hub.docker.com/r/r/r/r/ygidtu/trackplot) (https://github.com/ygidtu/trackplot),还提供了用于本地部署的内置Web服务器。
测序的最新进展导致了许多不同类型的基因组和表观基因组数据的产生,这些数据需要可视化工具来促进分析和解释。对此类工具的一个重要要求是支持各种数据类型,大型数据集以及生成出版物质量图像的支持。综合基因组观看器(IGV)1可以对基因组学数据进行交互式探索,但缺乏对某些数据类型(例如染色质构象)的支持(例如,hic)。此外,IGV的出口功能有限,这使其不足以生成出版物质量的数据。其他工具针对特定的数据类型,例如,对于大翅膀文件,TrackPlot 2,而PygenoMetracks 3之类的其他工具则可以处理更多的数据类型。大多数基因组可视化软件的一个重要局限性是它们一次仅显示一个基因组区域,即