了力

与实验的定量比较揭示了力场对POPC - 胆固醇相互作用的描述中的缺陷

摘要：胆固醇是生物膜中的一个中心构建块，它诱导定向顺序，减慢扩散，使膜僵硬以及驱动结构域的形成。分子动力学（MD）模拟在分子水平解决这些效果方面起着至关重要的作用。然而，最近显而易见的是，不同的MD力场在定量不同的行为上预测了不同的行为。尽管很容易被忽视，但由于磁场迅速发展朝模拟体内条件的复杂膜的模拟迅速发展：相关的多组分仿真必须准确捕获其基本构件之间的相互作用，例如磷脂和胆固醇。在这里，我们定义了针对C-H键顺序参数的二元脂质混合物模拟的定量质量度量，以及来自NMR光谱的侧向扩散系数以及X射线散射的构型因子。基于这些措施，我们对常用的力场描述棕榈酰丙酰磷脂酰胆碱（POPC）和胆固醇的二元混合物的结构和动力学的能力进行系统评估。没有测试的力场清楚地表现出在经过测试的属性和条件上的表现。仍然，SlipID参数在我们的测试中提供了最佳的总体性能，尤其是当评估中包含动态属性时。这项工作中介绍的质量评估指标将尤其是使用自动方法来促进多组分膜的未来力量现场开发和改进。