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World File Search System二聚化
基于可重编程的配体结合特异性的基于PYR1的矫形CID模块
植物使用化学诱导的二聚化（CID）模块（包括受体pyr1和HAB1）感知脱落酸（ABA），这是由配体激活的pyr1抑制的磷酸酶。此系统是唯一的，因为可以重新编程配体识别的相对容易。为了扩展Pyr1系统，我们设计了一个正交的“*”模块，该模块携带了二聚体界面盐桥； X射线晶体学，生化和体内分析证实了其正交性。我们使用此模块创建了Pyr1* mandi /hab1*和pyr1* azin /hab1*，它们对其激活的配体曼陀果实和偶氮甲基具有纳摩尔敏感性。在拟南芥和酿酒酵母中进行的实验证明了使用活物生物传感器和构建多输入/输出遗传电路的抗抑郁剂污染物的敏感检测。我们的新模块启用了用于植物和真核合成生物学的可编码的多渠道CID系统，可以增强新的基于植物和微生物的感应方式。
AhR 与癌症：从基因分析到靶向治疗
芳烃受体 (AhR) 是一种配体激活的转录因子，具有多种关键的细胞功能 [1]。它属于碱性螺旋-环-螺旋/Per-Arnt-Sim (bHLH/PAS) 家族，广泛分布于组织和物种之间 [2][3]。该受体在脊椎动物分支中的进化使其能够与多种结构多样的配体结合。事实上，AhR 可以与内源性（FICZ、犬尿氨酸等）和外源性（TCDD、BaP 等）低分子量平面配体结合，这些配体可以表现出组织特异性的激动剂或拮抗剂活性 [4][5]。在没有配体的情况下，AhR 构成胞浆多蛋白复合物的一部分，该复合物由 c-Src 激酶、Hsp90 以及分子伴侣 p23 和 XAP2 组成 [6][7]。配体与 AhR 结合可诱导构象变化，导致蛋白质复合物解离和 AhR 核转位。在细胞核中，AhR 与其伴侣蛋白 AhR 核转位蛋白 (ARNT) 二聚化，并与靶基因调控区中的外来生物反应元件 (XRE) 结合，诱导其转录 [8][9]。
绿色植物中 KNOX/BELL 转录因子激活配子指导合子的深层进化起源
摘要 KNOX 和 BELL 转录因子调控植物二倍体发育的不同步骤。在绿藻莱茵衣藻中，KNOX 和 BELL 蛋白由相反交配类型的配子遗传，并在合子中异二聚化以激活二倍体发育。相反，在小立碗藓和拟南芥等陆生植物中，KNOX 和 BELL 蛋白在二倍体发育后期的孢子体和孢子形成、分生组织维持和器官发生中发挥作用。然而，目前尚不清楚 KNOX 和 BELL 的对比功能是否是在藻类和陆生植物中独立获得的。本文表明，在基础陆生植物物种多形地钱中，配子表达的 KNOX 和 BELL 是启动合子发育所必需的，它通过促进核融合来启动，其方式与莱茵衣藻中的方式惊人地相似。我们的结果表明，合子激活是 KNOX/BELL 转录因子的祖先作用，随着陆生植物的进化，其转向分生组织维持。
ADAR1的二聚化调节RNA编辑的位点特异性1抗病毒体液免疫对SARS-COV-2 OMICRON ...亚家族C7 RAF样激酶MRK1，RAF26和RAF39调节拟南芥的免疫稳态和气孔开口
。cc-by-nc 4.0国际许可（未获得同行评审证明），他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年12月1日。 https://doi.org/10.1101/2023.11.29.569073 doi：Biorxiv Preprint
基因组替换为感光变体揭示生长锥的发育需要 EB1
摘要 分析动态细胞内生物过程的一个挑战是缺乏足够快速且特异性的方法来扰乱细胞内蛋白质活动。我们之前通过在功能域之间插入蓝光控制的蛋白质二聚化模块，开发了微管加末端追踪蛋白 EB1 的光敏变体。在这里，我们描述了一种先进的方法，可以在单个基因组编辑步骤中用这种光敏变体替换内源性 EB1，从而使这种方法可以在人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 和 hiPSC 衍生的神经元中使用。我们证明，在发育中的皮质神经元中，急性和局部光遗传学 EB1 失活会诱导生长锥周围微管解聚，随后导致神经突回缩。此外，前进的生长锥会被蓝光照射区域排斥。这些表型与神经元 EB1 同源物 EB3 无关，揭示了 EB1 介导的微管末端相互作用在神经元形态发生和神经突引导中的直接动态作用。
在不同汉密尔顿量和谱密度下对开放量子动力学进行有效的量子模拟
在研究各种量子系统时，对各种汉密尔顿量和谱密度的开放量子动力学进行模拟是普遍存在的。在量子计算机上，模拟一个 N 维量子系统只需要 log 2 N 个量子比特，因此与传统方法相比，在量子计算机中进行模拟可以大大降低计算复杂度。最近，提出了一种用于研究光合作用光收集的量子模拟方法 [npj Quantum Inf. 4, 52 (2018)]。在本文中，我们应用该方法模拟各种光合作用系统的开放量子动力学。我们表明，对于 Drude-Lorentz 谱密度，供体和受体团簇内分别具有强耦合的二聚化几何结构表现出显著提高的效率。我们还证明，当供体和受体团簇之间的能隙与谱密度的最优值匹配时，总能量传递可以得到优化。我们还研究了不同类型的浴（例如欧姆、亚欧姆和超欧姆谱密度）的影响。目前的研究表明，所提出的方法对于模拟光合作用系统的精确量子动力学具有普遍性。
ADAR1的二聚化调节RNA编辑的位点特异性 1抗病毒体液免疫对SARS-COV-2 OMICRON ... 亚家族C7 RAF样激酶MRK1，RAF26和RAF39调节拟南芥的免疫稳态和气孔开口
摘要35用SARS-COV-2 Omicron XBB子变量控制感染，XBB.1.5 36自2023年9月以来就可以使用单价mRNA疫苗。然而，37我们发现XBB子变量（包括XBB.1.5，38）的自然感染并不能有效诱导对感染XBB 39亚体变量的体液免疫力。这些观察结果提出了XBB.1.5 40单价疫苗可能无法有效诱导出色的SARS-COV-2变体，包括各种XBB Subvariants 42（XBB.1.5，XBB.1.16，XBB.16，xbb.2.3 as ans an anf ba.5.1）。要解决43这种可能性，我们从接种44 XBB.1.5疫苗的个体中收集了两种类型的血清；那些以前尚未感染45个SARS-COV-2的人和那些在46 XBB.1.5疫苗接种之前感染了XBB子变量的人。，我们在疫苗接种之前和3-4周收集了47周，然后使用这些血清和假病毒进行了中和测定。48
临床发展计划
成纤维细胞生长因子（FGF）受体3（FGFR3）是跨膜受体高度保守的FGFR家族的成员。9-11有四个FGF受体FGFR1-4，每个FGFR1-4由细胞外配体结合结构域，跨膜结构域和一个细胞内酪氨酸激酶结构域组成。10,11受体二聚化在细胞外结构域与FGF配体系列的高亲和力成员结合后，导致细胞内结构域和磷脂酶Cγ，PI3K-AKT，RAS-MAPK-ERK，RAS-MAPK-ERK和STAT PARHWOWEN PATHERACH ENTERATION，在几种过程中扮演重要角色和发展的角色，导致磷酸化。9,11,12 FGFR3畸变作用在肿瘤类型的肿瘤中起作用，已在15％至20％的晚期尿路上皮膀胱癌中被鉴定出来，约15％的子宫癌（子宫癌）在其他固体肿瘤恶性肿瘤中的子宫内膜癌的约5％，较少的频率（<5％）。10,11,13,14激活的FGFR3改变是多种多样的，包括点突变，融合，扩增和过表达。9-12 FGFR3的失调促进了肿瘤生成和肿瘤细胞的增殖，迁移和存活。9-12,15
类视黄酸 X 受体激动剂作为免疫系统的选择性调节剂用于治疗癌症
与其他核受体异二聚化后，类视黄酸 X 受体 (RXR) 可充当配体依赖性转录因子，调节影响癌症众多特征的关键信号通路的转录。通过控制炎症和免疫反应，激活 RXR 的配体可以调节肿瘤微环境。这些必需受体的几种小分子激动剂已被合成。从历史上看，RXR 激动剂被用于抑制癌细胞生长，但最近的药物发现计划筛选出用于抑制炎症或激活免疫细胞的新分子。贝沙罗汀是第一个成功的有效治疗分子靶向 RXR 的例子；这种药物被批准用于治疗皮肤 T 细胞淋巴瘤，目前仍被用作这种疾病的标准治疗方法。目前还没有其他 RXR 激动剂获得 FDA 批准，但正在开发几种有前途的新型化合物。在这篇综述中，我们概述了 RXR 信号调节炎症和肿瘤免疫的多种机制。我们还讨论了 RXR 依赖性免疫细胞调节在治疗或预防癌症方面的潜力以及随之而来的挑战和机遇。
BRAF 抑制剂的脱靶会破坏内皮信号传导和血管屏障功能
针对突变型 BRAF 的靶向疗法与 MEK 抑制剂 (MEKi) 联合使用可有效治疗晚期黑色素瘤。然而，治疗成功率会受到耐药性和不良事件 (AE) 的影响。已获批准的 BRAF 抑制剂 (BRAFi) 表现出高水平的靶标混杂性，这可能会导致这些影响。血管内壁与高血浆浓度的 BRAFi 直接接触，但抑制剂对这种细胞类型的影响尚不清楚。因此，我们旨在描述血管内皮对已获批准的黑色素瘤 BRAFi 的反应。我们发现临床批准的 BRAFi 诱导了内皮 MAPK 信号的矛盾激活。此外，磷酸化蛋白质组学显示每种抑制剂都有不同的脱靶组。使用维莫非尼和下一代二聚化抑制剂 PLX8394 治疗后，内皮屏障功能和连接完整性受损，但使用达拉非尼或恩科拉非尼则没有。总之，这些发现有助于深入了解 BRAFi 对内皮信号和功能产生的惊人不同副作用。更好地了解脱靶效应有助于确定不良反应背后的分子机制，并指导 BRAF 突变型黑色素瘤疗法的持续发展。