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补充信息
补充图 6 . 剂量反应曲线表征 CUTO-28 亲本、CUTO-28 对照 HDR 编辑和 CUTO-28 L2086F 突变细胞系对酪氨酸激酶抑制剂的敏感性。a. 在不同浓度的克唑替尼、恩曲替尼、他曲替尼、劳拉替尼、雷帕替尼、卡博替尼、美瑞替尼和吉特替尼下暴露 72 小时后，所示细胞系的细胞活力以载体处理细胞为标准。图中标明，平均值和 SEM 取自三个技术重复。bd.对 CUTO-28 亲本和 TPM3-ROS1 L2086F 细胞产生的裂解物的磷酸化和总 MAPK（ERK1/2）以及蛋白质 S6 进行免疫印迹分析，这些细胞分别用 25 nM 恩曲替尼、卡博替尼和吉利替尼处理 2、4、6、8 和 24 小时。
癌症中的 DNA 缺失及其可能的治疗用途
图 1 RBSD（针对缺失的复制阻滞）的概念。（A）复制解旋酶、复制叉和复制体，后者是含有至少 50 种动态相关蛋白质的复合体，可介导 DNA 复制和相关过程。图中仅显示 DNA 解旋酶。在真核生物中，主要的复制解旋酶从 3′ 转移到 5′。另一种复制酶从 5′ 转移到 3′。冈崎 DNA 片段的合成方向用虚线箭头表示。序列特异性复制阻滞（参见正文）用红色星号表示。（B）在 RBSD 中，两个序列特异性复制阻滞分别位于癌细胞特有的两个缺失位点，位于两个汇聚的复制叉前方。如图 2A 和正文所述，由于两个纯合 DNA 缺失，存在用于结合两个障碍的癌症特异性 DNA 位点，这两个纯合 DNA 缺失仅限于癌细胞，并被选为放置障碍的位置。在早期阶段，如图 (B) 所示，两个相邻复制子中的两个复制起点启动四个复制叉的移动，其中两个开始接近两个序列特异性的障碍。 (C) 两个汇聚的复制叉（图中的四个）与两个障碍相撞的阶段。 (D) 四个复制叉中的两个继续移动，复制 DNA，而其他两个复制叉被两个障碍阻止，导致路障之间出现一段未复制的亲本 DNA（蓝色）。 (E) 如果一段未复制的亲本 DNA 持续存在直到有丝分裂期间，则会导致染色体不分离。后者会导致非整倍性或细胞死亡，具体取决于细胞类型和其他条件。如正文所述，RBSD 可以通过在几条不同的染色体上放置序列特异性、癌症限制的复制障碍对来扩展。这些染色体在癌细胞中同时不分离会进一步增加 RBSD 的癌症特异性毒性。复制体用绿色椭圆表示。箭头对表示叉运动的方向。单链亲本和子代 DNA 分别用黑色和橙色表示。未复制的亲本 DNA 用蓝色表示。
使用纳米孔测序对印迹差异甲基化区域进行全基因组检测
摘要 印记是哺乳动物正常胚胎发育的关键部分，由确定的亲本来源 (PofO) 差异甲基化区域 (DMR)（称为印记控制区）控制。直接纳米孔测序 DNA 提供了一种检测等位基因甲基化的方法，并克服了甲基化阵列和短读技术的缺点。在这里，我们使用 12 个标准 B 淋巴细胞细胞系的公开纳米孔测序数据来获取人类印记间隔的全基因组图谱。利用测序数据，我们能够对 95% 的人类甲基化组进行分期，并检测出 94% 的先前已充分表征的印记 DMR。此外，我们发现了 42 个新的印记 DMR（16 个生殖系和 26 个体细胞），这些印记 DMR 已使用全基因组亚硫酸盐测序 (WGBS) 数据得到确认。对小鼠 ( Mus musculus )、恒河猴 ( Macaca mulatta ) 和黑猩猩 ( Pan troglo- dytes ) 的 WGBS 数据的分析表明，其中 17 个印记 DMR 是保守的。一些新的印记间隔位于没有已知 DMR 的印记基因内或附近。我们还检测到了细微的亲本甲基化偏差，跨越七个已知印记簇的几千个碱基。在这些区块，高甲基化发生在具有互斥的 H3K36me3 和 H3K27me3 等位基因组蛋白标记的表达等位基因的基因体上。这些结果扩展了我们目前对印记的了解和纳米孔测序的潜力，它仅使用亲本-后代三重奏来识别印记区域，而不是像以前那样需要大量的多代谱系。
绵羊感染裂谷热病毒 ZH548-rA2（三重突变拯救病毒）的安全性和有效性
摘要：在强毒 RVFV ZH548 毒株的基因组中引入三个单核苷酸突变，可以拯救小鼠体内完全减毒的病毒 (ZH548-rA2)。这些突变位于编码 RdRp 和非结构蛋白 NSs 的病毒基因中。本文展示了在成年绵羊皮下接种 ZH548-rA2 并随后用亲本病毒 (ZH548-rC1) 进行攻击后获得的结果。接种 ZH548-rA2 病毒不会在绵羊身上引起可检测的临床或病理影响，而接种亲本 rC1 病毒会导致与病毒感染相符的病变，其特征是存在散在的肝坏死。通过免疫组织化学证实了病毒感染，坏死灶内的肝细胞是针对病毒抗原进行免疫标记的主要细胞。此外，给绵羊接种 rA2 病毒可防止接种 rC1 病毒后预期出现的肝损伤，这表明其对绵羊的保护功效与体液和细胞介导的免疫反应的诱导相关。
鲻鱼科的表型变异和演化有限
亲本物种的变异（Rieseberg 等人，2003b；Bell 和 Travis，2005；Stelkens 等人，2009）。超亲表型在植物和动物中都很常见，迄今为止已在几种与适应度相关的性状中得到证实，包括形态学（鱼类的头骨形态学，Stelkens 等人，2009；蝴蝶的翅膀形态学，Mérot 等人，2020）、生理学（桡足类的温度耐受性，Pereira 等人，2014）、生活史（蜗牛的后代数量和大小，Facon 等人，2008）和行为性状（果蝇的交配行为，Ranganath 和 Aruna，2003；鱼类的觅食行为，Selz 和 Seehausen，2019；Feller 等人，2020）。已经提出了不同的机制来解释亲本基因组重组如何产生新性状（Rieseberg 等人，2003b；Bell 和 Travis，2005；Stelkens 等人，2009；Thompson 等人，2021）。极端杂交表型可能出现在第一代（F1）杂交中，这种现象通常
新的单倍型解析火鸡基因组，用于火鸡遗传学和基因组学研究
结果：通过采用三重分箱方法，我们能够利用长读技术和全基因组染色质相互作用数据 (Hi-C) 组装出高质量的染色体水平 F1 组装体和 2 个亲本单倍型组装体。从总共 40 条染色体 (2n = 80) 中，我们在单个支架中捕获了 35 条染色体，与旧的组装体相比，基因组完整性和连续性得到了很大的改善。这 3 个组装体的质量高于之前的草图质量组装体，与鸡组装体 (GRCg7) 相当，最大的重叠群 N50 (26.6 Mb) 和可比的 BUSCO 基因集完整性得分 (96-97%) 也显示出了这一点。比较分析证实了之前发现的 Z 染色体上约 19 Mbp 的大倒位，而其他鸡形目动物中没有发现这种倒位。已发现亲本单倍型之间的结构变异，这为育种提供了潜在的新目标基因。
1。简介：DNA复制的基础
重新组体负责复制每个增殖细胞中的全部基因组DNA。这个过程允许遗传/遗传信息从亲本细胞到子细胞的高保真通过，因此对所有生物都是必不可少的。大部分细胞周期都是围绕确保在没有错误的情况下进行DNA复制的。DNA复制是一个能量昂贵的过程。在细胞周期的G 1期中，启动了许多DNA复制调节过程。在真核生物中，绝大多数DNA合成发生在细胞周期的阶段，并且整个基因组必须解开并重复以形成两个女儿副本。在G 2期间，纠正了任何受损的DNA或复制误差。最后，在有丝分裂或M期将基因组的一个副本隔离到每个子细胞。这些女儿的副本每个都包含来自亲本双链DNA的一条链和一个新生的反平行线。这种机制是从原核生物到真核生物的保守，被称为半守护DNA复制。半保守复制的过程提出了DNA复制位点的几何形状，即叉状的DNA结构，其中DNA螺旋是开放的或开放的，可暴露于未配对的DNA核苷酸，以识别识别和基础配对，以将frefotixides掺入FreeTranded DNA中（图1）。
给小鼠肌肉注射人类单纯疱疹病毒 1 型 (HSV-1) VC2 疫苗，但不注射其亲本株 HSV-1 (F)，可完全预防致命的眼部 HSV-1 (McKrae) 发病机制
1 型单纯疱疹病毒 (HSV-1) 可导致严重的眼部感染和失明。我们之前已证明 HSV-1 VC2 疫苗株在小鼠和豚鼠受到 HSV-1 或 HSV-2 阴道攻击后可保护它们免受生殖器疱疹感染。在本研究中，我们评估了小鼠在受到致命人类临床菌株 HSV-1(McKrae) 眼部攻击后，肌肉内接种 VC2 疫苗对疱疹性角膜炎的疗效。与亲本菌株 HSV-1(F) 相比，小鼠接种 VC2 疫苗可产生更好的保护作用和发病率控制。具体而言，在受到 HSV-1(McKrae) 眼部攻击后，所有接种 VC2 疫苗的小鼠均存活，而接种 HSV-1(F) 疫苗的小鼠中有 30% 和模拟接种疫苗的小鼠中有 100% 在攻击后死亡。接种 VC2 的小鼠没有表现出任何眼部感染症状，并且完全从最初的结膜炎中恢复。相反，接种 HSV-1(F) 的小鼠患上了时间依赖性的进行性角膜炎，其特征是角膜混浊，而模拟接种的动物表现出更严重的基质性角膜炎，其特征是免疫细胞浸润和角膜基质中的新生血管形成，并伴有角膜混浊。与模拟或 HSV-1(F) 接种组相比，VC2 免疫小鼠的角膜表现出 CD3 + T 淋巴细胞浸润显著增加，Iba1+ 巨噬细胞浸润减少。攻击后，VC2 免疫产生的病毒中和滴度高于 HSV-1(F)。此外，在眼部 HSV-1 (McKrae) 攻击后，VC 疫苗接种显著增加了引流淋巴结中的 CD4 T 中枢记忆 (TCM) 亚群和 CD8 T 效应记忆 (TEM) 亚群，随后是模拟或 HSV-1(F) 疫苗接种。这些结果表明 VC2 疫苗接种在攻击部位产生保护性免疫反应，以防止 HSV-1 引起的眼部发病。
组蛋白伴侣用于父母组蛋白隔离和表观遗传
基于染色质的表观遗传记忆依赖于父母组蛋白H3 - H4四聚体的准确分布到新复制的DNA链。mcm2，复制酶的亚基和DPB3/4，DNA聚体酶ε的亚基，分别控制着父母组蛋白H3 - H4沉积到滞后和领先链中。但是，它们对表观遗传的贡献仍然存在争议。在这里，使用裂变酵母异染色质遗传系统消除了引发途径的干扰，我们表明MCM2组蛋白结合突变会严重破坏异染色质的遗传，而DPB3/4中的突变仅导致中度缺陷。令人惊讶的是，MCM2和DPB3/4的同时突变稳定异染色质遗传。ESPAN（蛋白质相关的新生DNA的富集和抑制）分析证实了在亲本组蛋白H3 - H4分离中的MCM2和DPB3/4功能的保存，其合并缺失显示出与单个单独突变相比，它们更对称性H3 - H4的对称分布。此外，组蛋白伴侣伴侣调节父母组蛋白转移到链中，并与MCM2和DPB3/4合作，以维持亲本组蛋白H3 - H4 - H4密度和忠实的异染色质遗传。这些结果强调了父母组蛋白的符号分布及其在DNA复制过程中父母组蛋白伴侣伴侣的表观遗传遗传和揭示出独特特性的符号分布的重要性。