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原发性感染中不存在的微生物在专业干预后进入根管系统,会引起继发性根管内感染。微生物的进入可能是在治疗期间、就诊间隔期间,甚至是根管充填后。涉及的种类可能是口腔或非口腔微生物,具体取决于感染的原因。治疗期间微生物进入根管的主要原因包括牙冠上残留的牙菌斑、牙结石或龋齿;橡皮障漏水;或根管器械、冲洗液或其他根管内药物受到污染。微生物可能在就诊间隔期间通过临时修复材料的丢失或泄漏、牙齿结构断裂以及留有引流口的牙齿进入根管系统。根管充填后,微生物也可能通过临时或永久修复材料的丢失或泄漏、牙齿结构断裂、复发性龋齿暴露根管充填材料或延迟放置永久修复体进入根管系统。