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World File Search System剪接体
1 PP2A 抑制指示剪接体磷酸化……
。CC-BY 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 7 月 13 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.07.12.548685 doi：bioRxiv 预印本
人类剪接体的定向高通量诱变揭示了其体内工作原理
剪接体是一种极其复杂的机器，在人类中由 5 种 snRNA 和 150 多种蛋白质组成。我们扩展了单倍体 CRISPR-Cas9 碱基编辑以靶向整个人类剪接体，并使用 U2 snRNP/SF3b 抑制剂 pladienolide B 研究了突变体。超敏替换定义了含有 U1/U2 的 A 复合物中的功能位点，但也定义了在 SF3b 解离后的第二化学步骤中起作用的成分中的功能位点。可行的抗性替换不仅映射到 pladienolide B 结合位点，还映射到 SUGP1 的 G-patch 结构域，该结构域在酵母中缺乏直系同源物。我们使用这些突变体和生化方法将剪接体解离酶 DHX15/hPrp43 鉴定为 SUGP1 的 ATPase 配体。这些数据和其他数据支持一种模型，即 SUGP1 通过在动力学阻滞下触发早期剪接体分解来促进剪接保真度。我们的方法为分析人类细胞中必不可少的机器提供了一个模板。
博士生职位（f/m/d）
邀请申请在Würzburg大学的分子感染生物学研究所的贝斯组中的博士生职位。我们的研究小组于去年9月成立，并将远期遗传学与生物化学结合使用，以了解RNA剪接调节和剪接体组装的初始步骤。剪接是转录后处理的重要步骤。破坏剪接的突变通常会产生有害后果，从而导致从神经肌肉疾病到癌症的广泛疾病。我们的研究小组的目标是对剪接及其在细胞内的调节获得详细的机械理解，不仅了解基本真核生物学，而且了解人类疾病。特别是我们专注于了解剪接站点选择的发生方式以及与剪接体组装的相互作用。剪接体是一种高度复杂的分子机，它将从150多种蛋白质和5个小核RNA中从头开始，以催化其催化。令人着迷的不仅是如何调节该组件，而且是剪接体如何处理其非常多样化的底物池。学生将通过使用多种技术（包括RNA-Seq方法和分子生物学方法）（例如接近标签，IP-MS）和生物化学。资格：
自然科学 - 和-najah期刊 div>
剪接体组装以U1 SNRNP结合在前MRNA上与5'S结合，然后SF1与3'S附近的BPS结合。然后是U2辅助因素； （U2AF1和U2AF2）与3's和上游息肉嘧啶区结合，建立早期的复合物（复合物E）或前斑塑体（复合物A）。用含有SF3B1的U2 SNRNP取代SF1，导致前斜度形成，然后与预组装的Tri-SNRNP U4/U5/U6相关联，形成了前激活的剪接体（复杂的B）。构象变化位移U1和U4 SNRNP，形成催化激活的剪接体（复杂的B*）。复杂的B*经历酯化反应以产生催化活性形式（复杂C，C*）。循环通过释放剩余的剪接蛋白，内含子套索和外显子连接的成熟mRNA形成结束[8-10]（图1B）。
癌症
摘要：可变剪接通过使用有限数量的基因来促进蛋白质组多样性，这是基因表达的一个关键控制点。剪接由大型大分子机制（称为剪接体）进行，剪接体由小RNA和蛋白质组成。可变剪接受RNA中的剪接调节顺式元件和反式剪接因子的调控，这些因子通常以组织特异性和发育阶段特异性的方式受到严格调控。核糖核蛋白（RNP）复合物的生物合成受到严格调控，以确保在正确的时间在正确的细胞中协调正确的RNA和蛋白质补体以支持生理功能。任何通过破坏顺式元件或损害RNA结合或反式因子功能而损害功能性剪接体形成的干扰都可能对细胞有害并导致病理后果。最近发现的剪接因子致癌突变，以及多种癌症中剪接紊乱的证据越来越多，强调 RNA 加工缺陷是致癌的关键驱动因素。这些发现引起了人们对以 RNA 剪接为靶点治疗癌症的治疗方法的兴趣。本综述总结了我们目前对癌症剪接变异的理解、最近针对癌症剪接缺陷的治疗努力以及开发新型癌症疗法的未来潜力。
小鼠视网膜色素变性相关突变 Prpf8 ...
一组患有视网膜色素变性 (RP) 的患者携带多种剪接体成分的突变，包括 PRPF8 蛋白。在这里，我们确定了小鼠 Prpf8 的两个等位基因，它们可复制或模仿 RP 患者中发现的异常 PRPF8——替代 p.Tyr2334Asn 和扩展蛋白质变体 p.Glu2331ValfsX15。表达异常 Prpf8 变体的纯合小鼠在前 2 个月内因大量颗粒细胞丢失而出现小脑进行性萎缩，而其他小脑细胞则不受影响。我们进一步表明，在两种 Prpf8-RP 小鼠品系的小脑中，一组 circRNA 均失调。为了确定使小脑对 Prpf8 突变敏感的潜在风险因素，我们在前 8 周监测了几种剪接蛋白的表达。我们观察到 WT 小脑中所有选定的剪接蛋白均下调，这与神经退化的开始相吻合。在表达突变 Prpf8 的小鼠品系中，剪接蛋白表达的减少更加明显。总之，我们提出了一个模型，其中在出生后组织成熟过程中，剪接体成分的生理性减少使细胞对异常 Prpf8 的表达敏感，随后 circRNA 的失调会引发神经元死亡。
引导癌症 mRNA 剪接研究走向临床转化
剪接因子受几种血液和实体恶性肿瘤中复发性体细胞突变和拷贝数变异的影响，这通常被视为剪接异常可驱动癌症发生和发展的初步证据。然而，许多剪接体成分也在 DNA 修复和其他细胞过程中“兼职”，因此很难确定它们在癌症中的确切作用。尽管如此，很少有人会否认，失调的 mRNA 剪接是大多数癌症的普遍特征。正确解释这些分子指纹可以揭示新的肿瘤弱点和尚未开发的治疗机会。然而，多重技术挑战、挥之不去的误解和悬而未决的问题阻碍了临床转化。首先，由于短读 RNA 测序的局限性（不擅长解析完整的 mRNA 异构体），以及长读 RNA 测序固有的浅读深度（尤其是在单细胞水平上），癌症中剪接异常的总体情况尚不明确。尽管已知个别癌症相关亚型会促进癌症进展，但广泛的剪接变异可能同样重要，而且可能更容易对人类癌症采取行动。也就是说，除了“修复”错误剪接的转录本外，可能的治疗途径还包括使用小分子剪接体抑制剂加剧剪接畸变、使用合成致死方法靶向复发性剪接畸变以及训练免疫系统识别剪接衍生的新抗原。
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*表明基线> 10％ +的最佳百分比变化表示2例具有剪接体和FLT3突变的AML患者。•在12名治疗的AML FLT3M患者中，一名正在进行治疗，由于尚未达到初次反应评估，因此未包含在图B中。•在20例治疗的AML SFM患者中，图C中未包括5例：两名患者仍在接受治疗和待处理后，用于基线后骨髓爆炸数据。三名患者由于不良事件（1例患者）和疾病进展（2例）而未经基线后骨髓爆炸评估而停产。
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简化剪接机制的示意图。（a）由三个外显子（E1，E2和E3）组成的前MRNA的通用图以及具有外显子和内含剪接调节元件（ESE，ESS，ISE，ISE和ISS）的两个内含子（外显子之间）。剪接因子（SF）识别调节元件，然后将内含子插入，并产生连续的编码mRNA序列。（b）包含外显子11和12（E11和E12）和内含子11的Col6a1前MRNA段。内含子11的侧面是5'剪接供体（SD）和3'剪接受体（SA）位点。在正常条件下，在没有改变剪接的变体的情况下，内含子11被剪接，并且E11和E12在结果的转录本中连接在一起。（c）用C.930+189c> t变体（RNA中的C> u）从COL6A1基因转录的Pre-MRNA。该变体创建了一个新颖的5'SD位点，并激活了一个先前休眠的3'SA位点，位于新型SD位点上游的72个核苷酸（NT）。如果这两个新站点被剪接体识别，则在成熟的mRNA中将72 nt长的伪外exon（PE）插入E11和E12之间。只有确认新颖的5'SD位点时，将其上游的72 nt长PE和115 nt长的区域都插入成熟的mRNA中。但是，后一个成绩单不超过框架，而不会被翻译而降级。当两个新地点都没有识别出来时，会产生野生型成熟的转录本。（d）剪接切换ASOS在空间上阻止剪接体识别新颖的5'SD位点，并从成熟的转录本中从整个内含子11中获得正确的剪接
8C 样细胞在体外捕获人类合子基因组激活程序
胚胎基因组的激活标志着发育生物体中第一次主要的转录浪潮。小鼠 2 细胞胚胎和人类 8 细胞胚胎中的合子基因组激活 (ZGA) 对发育至关重要。本文，我们报告在幼稚胚胎干细胞中发现了人类 8 细胞样细胞 (8CLC)，其转录类似于人类 8 细胞胚胎。它们表达 ZGA 标记，包括 ZSCAN4 和 LEUTX ，以及转座因子，例如 HERVL 和 MLT2A1 。8CLC 显示降低的 SOX2 水平，可在体外使用 TPRX1 和 H3.Y 标记蛋白进行识别。转录因子 DUX4 的过表达和剪接体抑制会增加人类 ZGA 样转录。令人兴奋的是，8CLC 标记物 TPRX1 和 H3.Y 也在 ZGA 阶段的 8 细胞人类胚胎中表达，因此可能与体内相关。 8CLCs 为表征人类 ZGA 样转录提供了独特的机会，并可能为人类胚胎发生早期事件提供重要见解。