许多病毒通过病毒壳中的纳米通道弹出,这是由高密度基因组堆积产生的内力驱动的。DNA出口的速度受限制分子迁移率的摩擦力控制,但这种摩擦的性质尚不清楚。我们引入了一种方法,通过用光学镊子测量噬菌体Phi29衣壳的DNA出口来探测紧密限制的DNA的迁移率。我们测量了极低的初始退出速度,速度指数增加的制度,主导动力学的随机暂停和较大的动态异质性。使用可变的力量测量提供了证据,表明初始速度由DNA-DNA滑动摩擦控制,这与纳米级摩擦的Frenkel-Kontorova模型一致。我们证实了理论模型预测的弹出动力学的几个方面。暂停的特征表明它与软性系统中“堵塞”的现象相连。我们的结果提供了证据表明DNA-DNA摩擦和堵塞控制DNA出口动力学,但这种摩擦并没有显着影响DNA包装。
β-Mercaptoethanol PanReac-AppliChem A4338,0100 Sodium chloride (NaCl) PanReac-AppliChem 131659.1211 Tryptone Condalab 1612 Yeast Extract Condalab 1702 Bacteriological Agar Condalab 1800 Agarose D1 Medium EEO Condalab 8019 Liquid nitrogen n/a n/a Critical commercial assays NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix New England Biolabs E2621S Phusion TM High-fidelity DNA polymerase Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S DNA Clean & Concentrator TM -5 Zymo研究D4004Nucleospin®质粒DNA纯化机构 - 纳格尔740588.250 Ribolock RNase抑制剂(40 u/μl)Thermo Fisher Scientific EO0381恢复TM逆转录(TM)逆转录酶Thero Fisher Fisher Fisher Scientific EP0441 Therus prolainsir prolapers themophirs dna Polymsisriast dna Polymsiss dna Prolymasse:003 3.003.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003; 003 3.003 3.003 Nicotiana Benthamiana cas9(Bernabé-ortts等,2019)N/A寡核苷酸D2409 atttatattattAttCataCaatCaaAcc