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encomine童年癌症研究测定
表1。内容是由领先的科学家和小儿肿瘤学家开发的。它包含一个大型易位/融合面板，用于97个基因，具有超过1,700个融合同工型变体，在儿童肉瘤和白血病中发生了更多的综合性。它还包括针对82个目标的DNA面板，具有全面覆盖相关突变的目标，44个具有全外显子覆盖率（特别是肿瘤supressor基因）和24个CNV靶标。
Krzysztof Szkop博士，博士学位
熟悉MTOR途径在调节自闭症谱系障碍（ASD）中的mRNA翻译方面的新兴作用，并与抑郁症和其他精神疾病有关。了解ASD中mRNA翻译的选择性如何受到mRNA未翻译区域内的特征的影响，因此了解研究精神疾病翻译变化的重要性。认识到将同工型级mRNA翻译定位与单细胞转录组/蛋白质组学相结合的潜力，以识别新的药理学靶标和精神疾病的生物标志物。
人类新皮层中的发展同工型多样性为神经精神上的风险机制提供信息，Ashok patowary 1-4，+，Pan Zhang 1-4，+，Connor Jop
隶属关系1精神病学和生物行为科学系，大卫·格芬医学院，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，美国加利福尼亚州90095，美国。2 SEMEL神经科学与人类行为研究所，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。 3智力和发展障碍研究中心，SEMEL神经科学与人类行为研究所，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。 4人类遗传学系，大卫·格芬医学院，加利福尼亚大学，洛杉矶，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。 5宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷曼医学院精神病学系，美国，19104年，美国。 6宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，19104年，美国。 7位于宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州费城的儿童医院的寿命脑研究所，美国宾夕法尼亚州，19104年，美国。 8，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，美国加利福尼亚州90095，美国。 9美国加利福尼亚州洛杉矶分校的生物信息学跨部门计划，美国加利福尼亚州90095。 10田纳西大学健康科学中心，田纳西州田纳西州38103的遗传学，基因组学和信息学系，美国11蛋白质组学和代谢组学中心，圣裘德儿童研究医院，孟菲斯，美国田纳西州38105，美国。 12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。 13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国2 SEMEL神经科学与人类行为研究所，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。3智力和发展障碍研究中心，SEMEL神经科学与人类行为研究所，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。 4人类遗传学系，大卫·格芬医学院，加利福尼亚大学，洛杉矶，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。 5宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷曼医学院精神病学系，美国，19104年，美国。 6宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，19104年，美国。 7位于宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州费城的儿童医院的寿命脑研究所，美国宾夕法尼亚州，19104年，美国。 8，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，美国加利福尼亚州90095，美国。 9美国加利福尼亚州洛杉矶分校的生物信息学跨部门计划，美国加利福尼亚州90095。 10田纳西大学健康科学中心，田纳西州田纳西州38103的遗传学，基因组学和信息学系，美国11蛋白质组学和代谢组学中心，圣裘德儿童研究医院，孟菲斯，美国田纳西州38105，美国。 12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。 13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国3智力和发展障碍研究中心，SEMEL神经科学与人类行为研究所，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。4人类遗传学系，大卫·格芬医学院，加利福尼亚大学，洛杉矶，洛杉矶，加利福尼亚州90095，美国。5宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷曼医学院精神病学系，美国，19104年，美国。6宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州宾夕法尼亚大学宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，19104年，美国。7位于宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州费城的儿童医院的寿命脑研究所，美国宾夕法尼亚州，19104年，美国。8，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，美国加利福尼亚州90095，美国。 9美国加利福尼亚州洛杉矶分校的生物信息学跨部门计划，美国加利福尼亚州90095。 10田纳西大学健康科学中心，田纳西州田纳西州38103的遗传学，基因组学和信息学系，美国11蛋白质组学和代谢组学中心，圣裘德儿童研究医院，孟菲斯，美国田纳西州38105，美国。 12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。 13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国8，加利福尼亚大学，洛杉矶分校，美国加利福尼亚州90095，美国。9美国加利福尼亚州洛杉矶分校的生物信息学跨部门计划，美国加利福尼亚州90095。10田纳西大学健康科学中心，田纳西州田纳西州38103的遗传学，基因组学和信息学系，美国11蛋白质组学和代谢组学中心，圣裘德儿童研究医院，孟菲斯，美国田纳西州38105，美国。 12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。 13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国10田纳西大学健康科学中心，田纳西州田纳西州38103的遗传学，基因组学和信息学系，美国11蛋白质组学和代谢组学中心，圣裘德儿童研究医院，孟菲斯，美国田纳西州38105，美国。12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。 13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国12，美国纽约州锡拉丘兹的SUNY UPSTATE医科大学精神病学系，美国13210。13中部南大学生命科学学院医学遗传学医学遗传学和湖南关键实验室；长沙，匈奴，410008，中国
斑马鱼胚胎暴露于尿素会影响神经元细胞中的NOS1基因表达
摘要：基于氮的肥料代表了最常见的施肥工具，尤其是在农作物农业中使用的工具，尽管成本效率低，并且具有很高的负面环境影响。目前，关于尿素对人类健康的影响的信息仍然不足；然而，先前在动物的研究观察到，高尿素浓度暴露会损害包括大脑在内的不同组织。在几种脊椎动物中，与神经元细胞形成相关的关键因素由气体分子，一氧化氮（NO）表示，该因子通过一氧化氮合酶（NOS）的酶促活性从精氨酸转化为瓜氨酸的转化而得出。在斑马鱼中，已知NOS基因的三种不同同工型：NOS1，NOS2A和NOS2B。在本研究中，我们表明NOS1代表了斑马鱼发育的所有胚胎阶段，在大脑和脊髓中具有稳定的高表达的独特同工型。然后，通过使用特定的转基因斑马鱼Tg（HUC：GFP）来标记神经元细胞，我们观察到NOS1在神经元中特异性表达。有趣的是，我们观察到，亚致死剂量的尿素暴露会影响细胞的增殖和表达NOS1的细胞数量，从而诱导凋亡。与未经治疗的动物相比，在尿素处理的动物中，没有观察到大脑没有降低的大脑水平。这一发现代表了第一个证据，表明尿素暴露会影响胚胎发育过程中神经元细胞形成的关键基因的表达。
第15个十字教师研究生的获奖者...
Keenan Ikking（马萨诸塞州2号，口头）完成了他的本科生和荣誉学位，目前正在Witwatersrand大学攻读硕士学位。 他的研究着重于替代剪接，使用长阅读测序研究RNA同工型多样性。 与传统方法相比，这种方法在理解基因变异方面有更大的细节。 他也对先天免疫系统，尤其是Rig-I等途径以及它们对病毒感染的反应感兴趣。 他的工作通过替代剪接探讨了这些途径的调节，重点是潜在的治疗靶标，尤其是与Covid-19这样的疾病有关。 基南的跨学科研究结合了计算生物学和基因组学，有助于个性化医学和免疫系统研究的进步。Keenan Ikking（马萨诸塞州2号，口头）完成了他的本科生和荣誉学位，目前正在Witwatersrand大学攻读硕士学位。他的研究着重于替代剪接，使用长阅读测序研究RNA同工型多样性。与传统方法相比，这种方法在理解基因变异方面有更大的细节。他也对先天免疫系统，尤其是Rig-I等途径以及它们对病毒感染的反应感兴趣。他的工作通过替代剪接探讨了这些途径的调节，重点是潜在的治疗靶标，尤其是与Covid-19这样的疾病有关。基南的跨学科研究结合了计算生物学和基因组学，有助于个性化医学和免疫系统研究的进步。
TGF-β 自身诱导的调节和信号传导
图 3. 已知的 TGF-β 自诱导调节剂。在此图中，TGF-β1 同工型用作自诱导配体的示例。Smad 和 JNK 通路诱导 JUN 家族蛋白作为 AP-1 成分的表达。JUN 家族蛋白与 ERK 通路诱导的 FOS 家族蛋白一起形成 AP-1 复合物，促进 TGF-β1 转录。随后，RhoA-mTOR 通路通过磷酸化和 4E-BP1 从 eIF4E 解离实现 TGF-β1 蛋白翻译。LMO7 抑制 AP-1 转录活性并充当负反馈调节剂以防止进一步产生 TGF-β1。
干细胞研究
SGIP1编码含有蛋白质SH3的GRB2样蛋白3个接口蛋白1（SGIP1）。其最长的同工型SGIP1α主要在大脑中表达（Lee等，2019）。SGIP1充当CME的调节剂（Mettlen等，2018）。CME的损害与ID和癫痫等神经发育障碍有关（Helbig等，2019）。 在发育过程中，需要 cme，用于轴突和树突生长的生长，以及通过在突触前的质膜上产生网状蛋白涂层的囊泡，从而引导从血浆中的货物蛋白从血浆膜中引导到细胞质量。 货物主要由跨膜蛋白及其细胞外液化组成。 链球菌络合物形成的启动需要磷酸二醇 - 4,5-双磷酸（PIP2）和衔接蛋白AP-2。 AP-2还调节GABA和谷氨酸受体的神经元表面水平，从而调节给定神经元上的兴奋性和抑制性突触输入（Kantamneni，2015）。 SGIP1包含结合AP-2和膜磷脂结合（MP）结合的μ-体积结构域（μHD），该结合结合磷脂酰丝氨酸和磷酸肌醇，从而导致质膜膜变形（Lee等，20211）。 MP结构域由外显子4和5编码，它们独立或同时受到替代剪接的影响，在框架中引起了替代性转录本（Durydivka等，2024）。所得的SGIP同工型仍然具有与膜的粘合，但具有变化的蜂窝分布（Dury Durydivka）。 这些替代剪接变体的功能性结合尚不清楚。CME的损害与ID和癫痫等神经发育障碍有关（Helbig等，2019）。cme，用于轴突和树突生长的生长，以及通过在突触前的质膜上产生网状蛋白涂层的囊泡，从而引导从血浆中的货物蛋白从血浆膜中引导到细胞质量。货物主要由跨膜蛋白及其细胞外液化组成。链球菌络合物形成的启动需要磷酸二醇 - 4,5-双磷酸（PIP2）和衔接蛋白AP-2。AP-2还调节GABA和谷氨酸受体的神经元表面水平，从而调节给定神经元上的兴奋性和抑制性突触输入（Kantamneni，2015）。SGIP1包含结合AP-2和膜磷脂结合（MP）结合的μ-体积结构域（μHD），该结合结合磷脂酰丝氨酸和磷酸肌醇，从而导致质膜膜变形（Lee等，20211）。MP结构域由外显子4和5编码，它们独立或同时受到替代剪接的影响，在框架中引起了替代性转录本（Durydivka等，2024）。所得的SGIP同工型仍然具有与膜的粘合，但具有变化的蜂窝分布（Dury Durydivka）。这些替代剪接变体的功能性结合尚不清楚。研究丰富的外显子4层SGIP1剪接的影响
鉴定新的AP -2Alpha调节基因：一种生物学和生物信息学方法ID -186 Orso Francesca 1，Cora'Davide 2，Penna Elisa 1，
2都灵大学，系理论物理学和INFN，通过朱里亚1、10125的意大利动机AP-2转录因子是发育调节的DNA结合蛋白的家族。它们由五个不同的基因（Alpha，beta，Gamma，delta和Epsilon）编码，但它们在DNA结合域中具有非常常见的结构。他们可以充当同二聚体或异二聚体。它们与富含GC的DNA序列结合，显然对不同的同工型没有任何特异性。AP-2通过调节特定基因在生长，分化，粘附和迁移中起相关的作用。方法为了鉴定新的AP-2Alpha调节基因，我们通过RNAi在上皮肿瘤细胞中下调了AP-2α的表达，我们通过微阵列分析（整个人类基因组44K，Agilent）研究了基因表达。结果我们发现，与对照细胞相比，在AP-2Alpha siRNA的细胞中719个差异表达的基因（FC> 1.5 PV <0.01）：308上调-411下调。我们通过定量实时PCR验证了其中14个基因。然后，我们分析了寻找AP-2α结合位点的所有调制基因的调节区域。为此，我们确定了人和小鼠中每个蛋白质编码基因上游的15KB区域，并使用wublast局部比对程序进行了分析，以便用假定的调节作用定义人和小鼠之间的保守非编码块（CNB）。然后，我们对旨在鉴定调节元件的候选结合位点的这些区域中的寡核苷酸频率进行了统计分析。电子邮件：francesca.orso@ircc.it特别是，对于每一个可能的5至9个核苷酸长的DNA基序，我们都确定了一组人类基因，该基因在保守的上游区域中包含一个或多个代表过多的基序。然后，我们过滤了这些基因集，以独立于其基因本体论注释，寻找过度代表性的差异表达基因。通过这种方式，我们能够为AP-2定义许多推定的结合位点，并列出其他转录因子，这些因素可以与AP-2合作。非常重要的是，在我们的微阵列实验中调节的基因表现出高度不同的转录调节词汇。作为我们结果的测试，我们能够确认AP-2alpha与基因的调节区域的结合，例如内皮和平滑肌细胞衍生的神经蛋白类（ESDN），快速激酶（FastK）和ERERGULIN（EREG）和染色质免疫蛋白免疫蛋白（Chromatin Immununopitation）（Chip）。我们目前正在对表达AP-2GAMMA siRNA的细胞进行微阵列分析，以揭示该同工型的基因表达谱。我们的未来目标是确定可能的同工型特定AP-2结合基序。
全长层粘连蛋白蛋白对于干细胞至关重要
a）全长层粘连蛋白在组织上皮组织和内皮组织的基底膜方面起着核心作用。它们通过与几个细胞表面受体结合，包括整联蛋白，Syndecans，Lutheran血液组糖蛋白以及其他基质蛋白（如Nidogen和Agrin），从而激活细胞信号级联，从而形成细胞外基质和细胞之间的直接结合。b）层粘连蛋白521是天然干细胞生态位的钥匙基底膜蛋白，由人多能干细胞（HPSC）在预植物植入的胚胎的内部细胞质量中表达和分泌。[5] c）层粘连蛋白是三聚体蛋白，同工型是根据相互交织的α，β和γ链的组合指定的。
分子和细胞上下文影响SCN8A变异函数
引入编码电压门控钠（Na V）通道的基因中的致病变异在患有早发作，发育和癫痫性脑病（DEE）的个体中经常发现，以及相关的神经发育障碍（NDDS）（NDDS）（1，2）。确定Na V通道变体的功能后果可以提供有关病理生理机制的信息，并可能指导精确的治疗方法（3，4）。使用正确的分子环境（例如，物种起源，剪接同工型）来研究离子通道变体的功能，对于准确的评估至关重要。编码Na V 1.6的SCN8A中的致病变异已成为神经衰变疾病的重要原因，在婴儿期间典型发作（5）。最早发现的DEE与具有功能获得性能的非截断变体（例如增强的持续电流，激活的电压依赖性改变）。随后，在患有临床严重程度较大的表情的个体中发现了SCN8A变体，而没有癫痫发作（6）。在成熟的神经元中，Na V 1.6位于轴突初始段，该通道用于发起动作电位（7）。基因在早期发育过程中经历了特定的替代剪接事件，包括框架内包含2个不同版本的外显子5中的1个，该版本编码了第一个电压 - 感应域的一部分（8）。重要的是，国家生物技术信息中心（NCBI）指定为变体1（NM_014191）的SCN8A参考编码顺序（NM_014191）包括外显子5N，而包括外显子5A的序列为外显子5N在胚胎发育期间和出生后立即占主导地位，但大约1岁的转录本包含替代外显子5A超过含有5N的外显子，并且5A同工型在春季春季占主导地位（9）。