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唾液酸o-乙酰化：从生物合成到E.A.健康和疾病Visser的角色；卫星，S.J。； Timmermans，S.B.P.E。; Jong，H。de； Boltje，T.J。
唾液酸是九种碳糖，经常在脊椎动物细胞中的细胞表面以及某些类型的无脊椎动物和细菌的细胞中限制胶囊。唾液酸的九个碳主链可以在自然界中进行广泛的酶促修饰，并在C-4/7/8/9处尤其是在C-4/7/8/9处进行O-乙酰化。近年来，o-乙酰化的唾液酸的检测和分析已经采用了乳酸特异性（SOATS）和O-乙酰基酯酶（SIAES），分别鉴定并在哺乳动物细胞中添加和表征盐酸 - 乙酰基酯酶（SOATS）和O-乙酰酯酶（SIAES）（SIAES）（SIAES）（SIAES）（SIAES）（siaES），分别鉴定出和去除O-乙酰基组。这些进步现在使我们能够更完整地了解多样的O-乙酰化唾液酸的生物合成途径，以驱动遗传和生物化学模型细胞系和生物体的产生，并具有o-乙酰化的唾液酸表达的表达，以改变其角色，以使其在孔隙蛋白中脱离孔隙蛋白的良好性，并伴随着孔隙蛋白的良好性，并具有良好的发现，并具有良好的发现，并具有良好的发现，并具有良好的发现，并逐渐识别。此外，越来越多的研究将唾液酸O-乙酰化与癌症，自身免疫性和感染相关联，这为开发选择性探针和Soats and Siaes的抑制剂提供了理由。在这里，我们讨论了O-乙酰化唾液酸的生物合成和生物学功能的当前见解，并回顾了将这种修饰与疾病联系起来的证据。此外，我们讨论了针对不自然的O-乙酰化唾液酸的设计，合成和潜在应用的新兴策略，以及肥皂和SIAES的抑制剂，这些策略可能可以实现这种多功能唾液酸的治疗靶向。
细胞外基质对胰腺癌患者衍生器官的精确医学实用性
引入胰腺导管腺癌（PDA）患者的5年相对存活率为12％（1）。随着PDA的发病率继续升高（2），必须提高生存的策略。手术切除仍然是唯一的治疗方法。但是，由于诊断时存在转移，大多数患者都不符合资格（3）。护理标准化学治疗方案包括吉西他滨/nab-paclitaxel和folfirinox，它们的中位生存时间分别为8.5和11.1个月（4，5）。此外，由于肿瘤生物学和治疗反应中的异质性继续被揭示，因此，具有良性的医学方法变得越来越必要。使用患者衍生的类器官（PDOS）有可能改变PDA患者的护理（6）。pdos是在定义的条件下的3D培养物，可支持原发性组织的正常，预施加剂和肿瘤细胞的传播（7-11）。类器官技术已成为精密医学的有前途的途径（12）。从手术切除术，快速尸检（RAP）和内窥镜超声引导的细针活检中得出PDA PDO的能力允许对PDA患者进行广泛的采样，以涵盖室内和肠内肿瘤的异质性（8）。重要的是，PDA PDOS镜面患者肿瘤遗传学，基因表达和治疗反应，将它们视为有前途的工具，以进行更精确的医学工作，以识别替代治疗策略（8，13-15）。最近的研究描述了使用由于使用器官的使用已经扩展并变得更加易于接近，因此引入了培养条件的变化，以优化PDA PDO的产生和生长。许多研究描述了液体培养基组成对器官表型，转录组和药物反应的影响（16、17）。支持器官研究的商业产品已变得更加广泛，并包括各种地下室膜提取物（BME），它们用作3D支架。
![arXiv:2002.07901v1 [quant-ph] 2020 年 2 月 18 日](/simg/g:\will\search\icon\source\c\c194b283812d90cda7068798de2ac8669e964e6a.webp)
arXiv:2002.07901v1 [quant-ph] 2020 年 2 月 18 日
量子计算是一种新的计算范式，有望有效模拟量子力学系统。然而，与工业相关的分子尺寸相比，嘈杂的中型量子 (NISQ) 设备提供的硬件范围仍然很小。本文引入了增量法 (MI)，以帮助加快 NISQ 设备在量子化学模拟中的应用。MI 方法将分子系统的电子关联能量表示为轨道、原子、分子或碎片的截断多体展开。在这里，系统的电子关联以占据轨道的形式展开，并采用 MI 方法系统地减少占据轨道空间。同时，虚拟轨道空间基于冻结自然轨道 (FNO) 减少，FNO 是使用二阶多体微扰理论的单粒子密度矩阵获得的。这样，构建了一种称为 MI-FNO 方法的方法，用于系统地减少量子化学模拟中的占用空间和虚拟空间。然后可以通过任何算法（包括相位估计算法和变分量子特征值求解器等量子算法）求解由 MI-FNO 减少引起的子问题，以预测分子系统的相关能量。在 cc-pVDZ 基组内，针对小分子（即 BeH 2 、CH 4 、NH 3 、H 2 O 和 HF）的情况，研究了 MI-FNO 方法的准确性和可行性。然后，使用对工业相关的中型催化剂分子（“受限几何”烯烃聚合催化剂）的量子比特计数估计，研究了所提出的框架对于实际工业应用中使用的较大分子的有效性。我们表明，即使采用适度截断虚拟空间，MI-FNO 方法也能将量子比特需求减少近一半。这样一来，我们的方法可以促进基于较小但更现实的化学问题的硬件实验，从而有助于表征 NISQ 设备。此外，降低量子比特需求有助于扩大可在量子化学应用中模拟的分子系统的大小，从而大大增强大规模工业应用的计算化学研究。
阿司匹林的比较分子对接研究
校园，卡拉奇，巴基斯坦。Shazia.dawood@iqra.edu.pk 摘要背景：抵抗素是一种与肥胖、慢性炎症和胰岛素抵抗有关的激素，在代谢和炎症途径中起着至关重要的作用。非甾体抗炎药 (NSAID) 如阿司匹林和布洛芬因其抗炎特性而广泛使用，并且可能与抵抗素相互作用来调节炎症和胰岛素抵抗。目的：本研究旨在比较阿司匹林和布洛芬与抵抗素的分子对接相互作用，以确定它们的结合亲和力、相互作用模式以及对抵抗素结构和功能的潜在影响。该研究还试图评估这些相互作用对管理肥胖相关炎症和胰岛素抵抗的意义。方法：使用 Molegro Virtual Docker (MVD) 和 UCSF Chimera 进行分子对接模拟。抵抗素的晶体结构 (PDB ID：1IRF) 是从蛋白质数据库中获得的。制备并优化了阿司匹林和布洛芬作为配体，并确定了抵抗素的活性位点。进行对接模拟以评估结合亲和力和相互作用模式，并对结果进行可视化和分析，以了解氢键和活性位点相互作用。结果：阿司匹林和布洛芬都表现出对抵抗素的强结合亲和力，布洛芬的亲和力（MolDock评分为-81.6732）略高于阿司匹林（MolDock评分为-81.2585）。阿司匹林与Thr37形成一个氢键，而布洛芬与Ser65和Cys56形成两个氢键，表明相互作用更稳定。每种配体的不同相互作用残基组表明不同的结合机制以及对抵抗素构象和功能的潜在影响。结论：研究表明阿司匹林和布洛芬可以与抵抗素强结合，布洛芬表现出稍强和更稳定的相互作用。这些不同的相互作用可能影响抵抗素在炎症和胰岛素抵抗中的作用，为控制这些疾病提供了潜在的治疗途径。需要进一步的实验验证来确认这些相互作用在体内的功能后果，这可以为开发针对慢性炎症疾病和代谢紊乱的靶向疗法提供参考。
榕树根和芽的早期发育...
摘要 Ficus pseudopalma 俗称菲律宾榕、龙血树榕或棕榈叶榕，是桑科的一种本土物种。由于其外观类似棕榈树，当地人将其称为 Lubi-lubi 或 Niyog-niyogan，它作为观赏植物、食物来源和药用资源具有重要的民族植物学价值。鉴于其特有地位，繁殖 F. pseudopalma 对于保护、生物多样性保护和维持生态系统健康至关重要。本研究旨在确定最有效的 F. pseudopalma 茎插繁殖介质以支持这些工作。采用完全随机设计 (CRD)，每个处理重复 10 次。从健康母株中收集 10 厘米长的茎插，其中 40 多个插条用作种植材料。准备了三种繁殖培养基：M1（表土、泥炭和锯末，比例为 1:1:1）、M2（表土和沙子，比例为 1:3）和 M3（表土和蒸干稻壳，比例为 1:1）。插穗培育 50 天，在此期间及之后收集根系和芽系发育数据。进行统计分析，包括方差分析和 Bonferroni 调整的事后检验，显著性水平为 P<0.05，以评估结果。研究结果表明，表土、泥炭和锯末的组合（M1）是最有效的繁殖培养基，与对照培养基（M0）相比，其显著促进了根系和芽系的生长。虽然含有表土和沙子的培养基（M2）和含有蒸干稻壳的表土（M3）支持植物生长，但它们的表现不如 M1 显著。有趣的是，虽然 M1 与对照有显著差异，但其他培养基组合在大多数生长参数上没有显著差异。总之，M1 成为 F. pseudopalma 茎插的最佳繁殖培养基，为提高繁殖成功率提供了一种实用方法。本研究通过确定支持这种特有物种生长和可持续性的有效栽培技术，为菲律宾本土植物的保护策略做出了贡献。关键词：无花果、栽培、参数、最佳培养基、生长
补充信息
为了考虑 3d 电子的强相关性并避免局部密度近似中预测的 d 态过度离域，对 Mn 和 Co 分别采用了类 Hubbard 校正 U = 6 eV 和 U = 4 eV（LDA+U 方法）。5 Kampert 等人在计算 {Mn 4 } 时也使用了相同的 U = 6 eV 值。6 对碳、氮和氢使用标准双 zeta 极化 (DZP) 基组，对 Mn、Co 和 O 使用优化的双 zeta (DZ)。计算是自旋极化的，并假设共线自旋。为了确定轨道矩和 SOC 的作用，进行了没有 Hubbard 校正的 LDA+SOC 计算（参考文献 [7] 的场外形式），因为目前的 SIESTA 代码不允许同时包含 SOC 和 Hubbard 校正。我们验证了自旋轨道相互作用的影响在{Mn 4 }中可以忽略不计（对于半填充的3d壳层而言如此），但在{Co 4 }中则不然。在LDA+U计算中，当真实空间网格截止值为400 Ry、费米-狄拉克弥散为100 K时，电子结构和磁性达到了收敛，而在SOC中，截止值为650 Ry，电子温度为1 K。在标准周期边界条件模拟中放宽原子位置，对15个{M 4 }-CNT单元（移位网格）的布里渊区进行1×1×12 k点采样，采用共轭梯度算法。模拟单元沿周期方向延伸36.9354 Å（30个碳原子），而在垂直于管轴的两个方向上，系统的周期复制品之间的真空度超过30 Å。对于 CNT+ {M 4 } 系统，原子上的最大力小于 0.04 eV/Å。开放系统模拟是在非平衡格林函数形式内进行的，使用 TranSIESTA 解决方案方法，8-9 在一个 70 个碳长的单元上进行，该单元由松弛的 {M 4 -CNT} 单元组成，两侧填充有 (5,5)-CNT 片段（总共 20 个碳长）。
胰岛素tregopil：一种超快速的口服重组人类胰岛素类似物：糖尿病的临床前和临床发育
抽象的胰岛素治疗对于所有1型糖尿病患者和许多2型糖尿病患者的患者中的血糖控制是必不可少的。胰岛素注射与由于施用不适和不良反应（如低血糖和体重增加）而导致患者的负面含义有关。口服胰岛素可以通过提供方便有效的分娩方式来克服这些局限性，并具有潜在的低血糖风险。口服胰岛素模仿胰岛素分泌的生理过程，吸收到门户循环以及随后的外周递送，这与导致外周高胰岛素血症的皮下途径不同。胰岛素tregopil（IN-105）是一种新的人类重组胰岛素，甲氧基（聚乙二醇）己酰胺人类重组胰岛素，由生物con开发为一种超快速发作的短效率发作的短活性口服胰岛素类似物。这种重组口服胰岛素是单个短链两亲性寡聚物，通过通过amiide链接的B-链的Lys-β29-氨基组的甲氧基 - 三乙二醇 - 乙二醇 - 丙二基部分的共价附着。Caprate钠是胰岛素三伴配方中的赋形剂，是一种渗透性增强剂，可通过胃肠道增加其吸收。此外，餐食的成分已被证明不显着影响其吸收。已经在1型和2型糖尿病患者中进行了几项全球随机，对照临床试验，以实现胰岛素tregopil的临床发育。它显示出良好的安全性，并且临床上明显低血糖症的发生率较低。该配方显示出晚餐期比安慰剂更有效的后葡萄糖控制。但是，与主动比较胰岛素阿斯帕特（Aspart）相比，后胸腔控制更有效，主要是在圆盘后早期。本综述涵盖了胰岛素tregopil的整体临床发展，将其确定为一种超快速发作，短效的口服胰岛素类似物，用于优化餐后葡萄糖。
非洲木薯基因组的单倍型分辨DNA甲基
胞嘧啶DNA甲基化参与了转座元件（TE）沉默，烙印和X染色体灭活。植物DNA甲基化由Met1（Mammalian DNMT1），DRM2（哺乳动物DNMT3）和两个植物特异性DNA甲基转移酶，CMT2和CMT3介导（Law and Jacobsen，2010年）。DRM2通过植物特异性RNA指导的DNA甲基化（RDDM）途径建立了植物中的从头DNA甲基化，依赖于两个DNA依赖性RNA聚合酶，POL IV和POL V（Gallego-Bartolome et al。木薯的DNA甲基团先前已根据其单倍体倒塌的基因组进行了记录（Wang等，2015）。由于木薯基因组是高度杂合的，因此单倍型折叠基因组的DNA甲基团错过了甲基体的许多特征。With the development of long-read sequencing and chromosomal conformation capture techniques, haplotype-resolved genomes are available for highly heterozygous genomes (Mansfeld et al., 2021 ; Qi et al., 2022 ; Sun et al., 2022 ; Zhou et al., 2020 ), which provides high-quality reference genomes facilitating studies of haplotype-resolved DNA甲基组。为了剖析木薯的单倍型分辨DNA甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基甲基（TME7和TME204）在两个单倍型基因组分辨率（TME7和TME204）中进行了研究。 Al。，2021;测序读数分别映射到不同的单倍型，允许零不匹配和一个最佳命中，这允许分离属于不同单倍型的读数。总体而言，我们发现尽管使用了WGB和EM-SEQ方法，但两种单倍型具有相似的整体
社论：人类和医学基因组学洞察：2022
在过去的几十年里，基因组学已经相当成熟。越来越多的基因组规模的遗传数据伴随着其他组学数据：代谢组学、蛋白质组学、表观遗传学或甲基组学、单细胞和空间、脂质组学、多种器官或组织类型、外泌体、成像、体内和模型生物、电子健康记录 (EHR)、可穿戴设备、认知或内在能力以及其他健康和健康寿命数据。在基因组学的前沿，我们越来越欢迎整合多种数据类型的研究。更重要的是：基因组学的成熟不仅仅是扩展到多维组学数据空间的更多维度，还包括在分析和解释中应用越来越多的智慧（Weiskittel 等人，2021 年）。大多数现代转化科学建立在两个认识论支柱之上：统计显着性和强度。然而，20 世纪最具影响力的转化知识——吸烟致癌——要求使用更加多样化和稳健的认识论技术，统称为 Hill 标准（图 1）。系统生物学整合了所有这些证据，提供了对生物医学问题的整体看法（Brigandt，2013）。这些分析通过将数据集合与先前知识一致地拟合，特别利用了连贯性和合理性的认识论概念。在转化研究的背景下，这种强调被称为生物学合理性（Fedak 等人，2015）。这种协同作用源于来自各种证据流的知识整合，尤其是多组学（Hood，2013）。生物学合理性将当前的研究连贯一致地置于先前研究的背景下。对新的观察结果的解释不仅要基于过去和现在的观察，还要基于先前的知识。今天，与几年前相比，更全面地实施转化基因组学的认识论更加可行 — — 因为那时我们对人类分子生理学的了解要少得多。对于复杂疾病，包括许多对公共健康有重大影响的疾病，如痴呆症、过敏症、传染病、癌症、自身免疫性疾病和代谢疾病，有必要调整认识论一致性的标准。复杂疾病的假设必须假设多种原因和潜在的干预措施。因此，在寻找一致性证据时，我们不应预期单一统一的一致性系统，而应预期几个潜在不同的一致性系统。奥卡姆剃刀原理很少适用于研究这些复杂疾病，因为大量证据已经指向由非简约进化过程形成的复杂相互作用。通过一次检查一个维度是无法理解复杂系统的。以单维假设为中心的研究组合将耗费数个世纪的时间，
用于量子化学的量子学习机 (QLM) 的开源变分量子特征求解器扩展
试图在大型系统上达到完全精确度显然面临着所谓的“指数墙”，这限制了最精确方法对更复杂的化学系统的适用性。到目前为止，用经典超级计算机执行的最大计算量也只包括数百亿个行列式 4 ，有 20 个电子和 20 个轨道，随着大规模并行超级计算机架构的进步，希望在不久的将来解决接近一万亿个行列式（24 个电子、24 个轨道）的问题。5 鉴于这些限制，必须使用其他类别的方法来近似更大的多电子系统的基态波函数。它们包括：(i) 密度泛函理论 (DFT)，它依赖于单个斯莱特行列式的使用，并且已被证明非常成功，但无法描述强关联系统 6 – 8 ； (ii) 后 Hartree - Fock 方法，例如截断耦合团簇 (CC) 和组态相互作用 (CI) 方法，即使在单个 Slater 行列式之外仍然可以操作，但由于大尺寸分子在 Slater 行列式方面的计算要求极高，因此不能应用于大尺寸分子。9 – 16 一个很好的例子是“黄金标准”方法，表示为耦合团簇单、双和微扰三重激发 CCSD(T)。事实上，CCSD(T) 能够处理几千个基函数，但代价是巨大的运算次数，而这受到大量数据存储要求的限制。17 无论选择哪种化学基组（STO-3G、6-31G、cc-pVDZ、超越等），这些方法都不足以对大分子得出足够准确的结果。 Feynman 18,19 提出的一种范式转变是使用量子计算机来模拟量子系统。这促使社区使用量子计算机来解决量子化学波函数问题。直观地说，优势来自于量子计算机可以比传统计算机处理“指数级”更多的信息。20 最近的评论提供了有关开发专用于量子化学的量子算法的策略的背景材料。这些方法包括量子相位估计（QPE）、变分量子特征值求解器（VQE）或量子虚时间演化（QITE）等技术。21 – 24 所有方法通常包括三个关键步骤：（i）将费米子汉密尔顿量和波函数转换为量子位表示；（ii）构建具有一和两量子位量子门的电路；（iii）使用电路生成相关波函数并测量给定汉密尔顿量的期望值。重要的是，目前可用的量子计算机仍然处于嘈杂的中型量子（NISQ）时代，并且受到两个主要资源的限制：