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在DNA/RNA混合双链体的分子动力学模拟中对力场性能的全面评估
1捷克科学学院生物物理学研究所，Královopolská135，612 00 Brno，捷克共和国Brno 2捷克高级技术研究所，Catrin，Catrin，Palacký大学，K例科夫斯科夫斯科夫斯科夫斯科佛511/8 Ostrava，17。Listopadu2172/15，708 00 Ostrava-Poruba，捷克共和国和联合优先的作者。*对应作者：Miroslav Krepl电子邮件：krepl@ibp.cz摘要由RNA和DNA链形成的抽象混合双螺旋（通常称为混合双链体或杂交），在转录和反向转录等生物学过程中至关重要。它们对于他们在CRISPR基因编辑和纳米技术中的应用也很重要。，尽管它们具有重要意义，但杂种很少以原子分子动力学方法进行建模，并且没有基准研究系统地评估了力场的性能。在这里，我们介绍了使用现代和常用的成对添加剂和可极化的核酸力场的杂种进行广泛的基准研究。我们的发现表明，任何可用的力场选择都没有准确地重现混合动力的所有特征结构细节。琥珀色力场无法填充DNA链的C3'-endo（北）冰球和低估的倾斜度。charmm力场准确地描述了C3'-endo冰球和倾斜度，但显示了基对的不稳定性。可极化的力场与准确再现螺旋参数的努力。某些力场组合甚至表现出RNA和DNA参数之间的明显冲突。在这项工作中，我们对混合DNA/RNA双链体的力场性能进行了坦率的评估。我们为选择可利用的力场组合提供指导，并突出显示潜在的陷阱和获得最佳性能的最佳实践。引言基因表达过程不可避免地涉及转录过程中混合RNA和DNA双链体（杂种）的形成，而新鉴定的RNA链暂时将基础与DNA模板配对。1在逆转录期间发生相反的过程，
后处理热处理对力学性能的影响...
SEREN ÖZER 提交，部分满足中东技术大学冶金与材料工程理学硕士学位的要求，作者：Halil Kalıpçılar 教授，自然科学与应用科学研究生院院长，C. Hakan Gür 教授，中东技术大学冶金与材料工程系主任，Arcan Fehmi Dericioğlu 教授，中东技术大学冶金与材料工程主管，考试委员会成员：Kadri Aydınol 教授，中东技术大学冶金与材料工程，Arcan Fehmi Dericioğlu 教授，中东技术大学冶金与材料工程，Caner Durucan 教授，中东技术大学冶金与材料工程，Hüsnü Emrah Ünalan 教授，中东技术大学冶金与材料工程，Ziya Esen 副教授，恰卡亚大学材料科学与工程