少近

基因组知识的圈养育种可以减少近亲抑郁症和动物园种群的遗传负荷

fi g u r e 1从单个粉红色鸽子的原始阅读中，粉红色依赖性耗竭（PPCADD）分数的每单核苷酸多态性（SNP）粉红色鸽子的产生管道。Snakemake（Mölder等，2021）管道用作输入主体个体的测序读数，受试者物种参考基因组以及CADD分数和参考基因组（即鸡肉，Chcadd分数（Groß，Bortoluzzi等，2020）和Galgal6参考基因组（Warren等，2017））。管道分为六个部分，对应于管道的部分（https：//github。com/saspe ak/loadlift）。（1）（黄色）使用Phyluce从参考基因组中提取UCE。（2）（深蓝色）映射个体的测序读取到参考基因组，以指示10×Chromium读取数据（本文中使用）和Illumina读取数据的两种平行方法。（3）（浅蓝色）变体呼叫UCES中的SNP。（4）（浅灰色）创建链文件，用于从鸡基因组转化注释。（5）（深灰色）Chcadd得分转换为粉红色鸽子（主题物种）注释。（6）（绿色）床文件和UCE站点的交集到每个站点PPCADD（主题物种）分数（红色）。