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治愈阿尔茨海默氏病：魔术子弹还是魔术shot弹枪爆炸？
这并不是因为缺乏努力。在1980年代，阿尔茨海默氏症被认为是由称为乙酰胆碱的脑化学信使的缺乏引起的。该理论称为“胆碱能假设”，启发了广泛的研究，导致1990年代后期引入了几种药物，即多奈替齐尔，瑞伐斯泰甘敏和甘坦明明。遗憾的是，这三种特工仅提供有限的症状作用，暂时改善记忆力和认知，但没有采取任何措施来解决潜在的疾病过程。他们是“阿司匹林”。
shot弹枪宏基因组学和全身性靶向代谢组学突出显示吲哚-3-丙酸作为保护性肠道微生物代谢物，抗流感感染
摘要肠道轴在呼吸道感染期间至关重要，包括流感病毒（IAV）感染。在本研究中，我们使用了高分辨率的shot弹枪元基因组学和靶向代谢组学分析来表征小鼠肠道肠道微生物群的组成和元倾斜度中与流感相关的变化。我们观察到7天（d）7天的分类级变化，包括明显减少乳酸杆菌科和双歧杆菌科的成员，以及akkermansia muciniphila的丰度增加。在D14上，某些物种持续存在扰动。宏基因组数据的功能尺度分析揭示了几种代谢途径的短暂变化，尤其是导致短链脂肪酸（SCFA），多胺和色氨酸代谢物的瞬时变化。对血清的定量靶向代谢组学分析揭示了特定类别的肠道微生物群代谢产物的变化，包括SCFAS，三甲胺，多胺和含吲哚的色氨酸代谢物。在D7上观察到吲哚-3-丙酸（IPA）血液水平的明显降低。微生物群相关的代谢产物的变化与分类单元丰度和疾病标志物水平的变化相关。特别是，IPA与一些乳酸杆菌科和双歧杆菌科（limosilactobacillus reuteri，Animalis limosilactobacillus）正相关，并与细菌M7，病毒载量和炎症标志物呈负相关。在患病动物中补充IPA可减少病毒载量，并降低局部（肺）和全身炎症。用靶向IPA产生细菌的抗生素治疗感染前的抗生素，从而增强了病毒载量和肺部炎症，这是补充IPA抑制的作用。这种综合的宏基因组 - 代谢组分分析的结果强调了IPA是导致流感结果的重要因素和潜在的疾病严重性生物标志物。
使用 KMA 分析的散弹枪宏基因组学长读测序数据以检测细菌病原体及其抗生素耐药性基因
1 比利时布鲁塞尔 Sciensano 应用基因组学横向活动，2 英国威布里奇动植物健康局细菌学系，3 德国柏林联邦风险评估研究所生物安全系，4 丹麦哥本哈根 Statens 血清研究所细菌参考中心，5 丹麦技术大学国家食品研究所，孔恩斯灵比，6 意大利罗马高级卫生研究所食品安全、营养和兽医公共卫生系，7 西班牙马德里康普顿斯大学动物健康系，8 荷兰莱利斯塔德瓦赫宁根大学与研究中心瓦赫宁根生物兽医研究分部，9 意大利泰拉莫阿布鲁佐和莫利塞“G. Caporale”动物研究研究所
shot弹枪元基因组分析
使用Bowtie2映射到840万个基因口服目录[3]（https://doi.org/10.15454/wq4utv），并仅考虑使用每个读数的前80个核苷酸（Trim-to 80）来创建基因计数表V1（trim-to）的前80个核苷酸。 https://forgemia.inra.fr/metagenopolis/meteor）[4]。唯一的映射读数（映射到目录中唯一基因的读取）归因于其相应的基因。共享读取（以相同的对齐分数映射到目录中的多个基因的映射）根据其唯一映射计数的比率归因于。然后，使用R套件元元员v1.31（https://forgemia.inra.inra.fr/metagenopolis/momr）[5]降低了所得的基因计数表[5]，以考虑映射和未绘制的读数，以考虑到测序深度的差异（通常是saliva persem saliva样品）。基因计数表的基因长度归一化，并最终使用FPKM策略转化为频率矩阵。
全基因组shot弹枪测序揭示了环境微生物共感染对严重小儿感染性疾病的治疗功效的影响
儿童更容易受到严重感染的影响，这些感染可能对患者产生重大的身体和经济后果（Tiru等，2015； Sultana等，2021）。因此，对致病细菌的准确鉴定对于有效治疗至关重要（Brook，2017）。宏基因组下一代测序（NGS）已成为诊断严重感染的宝贵临床工具，尤其是由罕见病原体引起的（Wu等人，2019年；共识专家群在元素下一代测序中应用于临床和严重性感染中的病原体诊断中的专家组，;在技术能力方面，与16S rRNA测序相比，shot弹枪测序提供了更强大的工具（Bender and Dien，2018）。其较高的分辨率和功能分析能力使其成为一种有利的方法，尤其是因为很少有研究在小儿种群中应用宏基因组测序。
利用散弹枪法宏基因组学洞察塑料球微生物组：揭示临床和工业酶生产以及塑料 d 的潜力
（Volova 等人，2010 年）。与化学表面活性剂不同，生物表面活性剂是一种次级代谢物，为微生物提供有利的环境，使其发挥其重要活性，例如塑料的生物修复（PHA、PE、PET 等）（Bhadra 等人，2022 年）。根据文献，枯草芽孢杆菌和铜绿假单胞菌利用其生物表面活性剂生产能力降解低密度聚乙烯 (LDPE)（Nnaji 等人，2021 年）。在塑料圈微生物群中，除链霉菌外，假单胞菌、葡萄球菌、红球菌、诺卡氏菌、梭菌和肠球菌都预测会产生生物表面活性剂，同时降解合成塑料。然而，大约 50% 的生物表面活性剂产生细菌与塑料降解细菌有关
散弹枪蛋白质组学用于鉴定导致商业乳制品变色为粉红色/红色的酵母
粉红色/红色变色包括一系列相对常见的商业乳制品腐败缺陷。在本研究中，我们使用散弹枪蛋白质组学来识别导致新打开的商业涂抹奶酪和酸奶样品表面产生深红色粘液的微生物。对微生物蛋白质的全蛋白质组表征分别允许在涂抹奶酪和酸奶样品中识别出来自红酵母属的 1042 种和 687 种基因产物，而没有记录到来自其他微生物的显著蛋白质评分。随后的微生物学分析和 26S rRNA 基因区域测序支持了蛋白质组学结果，表明所涉及的微生物是红酵母，一种产生类胡萝卜素的担子菌，可能对人类致病，尤其是对免疫功能低下的人。这是首次使用散弹枪蛋白质组学来识别导致乳制品腐败的微生物，它被认为是一种相对快速、灵敏且可靠的传统微生物鉴定方法的替代或补充。
shot弹枪宏基因组学捕获的微生物多样性比有针对性的16S rRNA基因测序用于现场标本和保存的博物馆标本
尽管头部计算机断层扫描（CT）对轻度创伤性脑损伤（TBI）的患者的需求逐渐增加，但只有少数人患有颅内病变，需要神经外科干预。因此，本研究旨在评估机器学习（ML）技术在巴西帕拉纳州玛林加地区医院的轻度TBI患者筛查中的适用性。这是一项使用ML技术的观察性，描述性，横截面和回顾性研究，以开发一种方案，该方案预测哪些初始诊断为轻度TBI的患者应建议用于头部CT。在测试模型中，他线性极端梯度的提升是最佳算法，其灵敏度最高（0.70±0.06）。我们的预测模型可以帮助筛查温和的TBI患者，帮助卫生专业人员管理资源利用，并提高患者护理的质量和安全性。
评估shot弹枪igagenomics方法用于检测ESBL和/或碳酸苯甲酸酯酶产生的肠杆菌在培养的阴性患者中从急性白血病中恢复过来
1转化微生物学小组，阿斯图里亚公国卫生研究研究所（ISPA），33011 Oviedo，西班牙2，西班牙2临床微生物学系，阿斯图里亚斯中央医院（HUCA），33011 Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙Oviedo，西班牙33011年，西班牙3级奶牛研究所，Spurias of Asturias（ipla），西班牙国家研究所（IPLA），西班牙国家，33333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 33 33 333 33011，ipla）。 Microhealth Group，Asturias公国卫生研究所（ISPA），33011 OVIEDO，西班牙5 5号，阿斯特里亚斯中央大学医院血液学系（HUCA）血液学系（HUCA），Asturias卫生研究所（ISPA）（ISPA）（ISPA）的研究所，Oncología（ISPA），Oncología（IUOPA），SPAIRINALION，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，33011 OVIIDO，oviedo， Oviedo，33006 Oviedo，西班牙7研究与创新，人工智能和统计部，Pragmatech AI解决方案，33001 Oviedo，西班牙8Biomédica在红色呼吸疾病中，Madrid，28029 Madrid，28029，Spain *通信： div>
CRISPR-Cas 辅助霰弹枪诱变
预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此版本的版权所有者于 2021 年 9 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.09.08.459399 doi：bioRxiv 预印本