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文档 8585/182
本出版物中使用的名称和材料的表述并不意味着国际民航组织对任何国家、领土、城市或地区或其当局的法律地位或有关划定其边界或边界。本出版物中使用的名称和其中数据的呈现方式并不暗示国际民航组织对国家、领土、城市或地区或其当局的法律地位或绘图的任何立场他们的边界或边界。本出版物中使用的名称及其所包含数据的显示方式并不意味着国际民航组织对任何国家、领土、城市或地区的法律地位做出任何判断，或其当局，也不尊重其边界或边界的划定。本出版物中使用的名称和意见并不以任何方式暗示国际民航组织对任何国家、领土、城市或地区或其当局的法律地位或其划界表达任何意见。边界或分界线。很抱歉，我不确定我是否能够做到这一点。结果未对环境及环境条件造成任何破坏。他们很友好，很友好，我们不能走路，他们要睡觉，他们要睡觉，他们要睡觉抱歉，我要宣布这一点。
用Jmol探索蛋白质和核酸
访问蛋白质数据库（PDB）并下载结构文件并使用分子建模程序显示它们已成为生物化学家必不可少的技能。研究蛋白质的研究人员通常需要检查蛋白质的三维结构，以计划实验和解释数据。其他实验可能依赖有关蛋白质结构结构的信息以及保守序列基序的存在。制药公司使用蛋白质3-D结构来帮助设计将与蛋白质相结合的药物。获得生物化学学位的学生应该具有某种使用PDB并在计算机上可视化和操纵3-D分子结构的能力。此外，交互式分子图形对于帮助学生了解蛋白质和核酸的结构可能具有很高的价值。教科书中的静态数字如果设计良好，但仅是一定程度。观看动画比文本图形更具洞察力，但不如学生控制分子显示方式的互动练习。
ORSO（社会组学在线资源）：一个将科学家与基因组学数据集连接起来的数据驱动型社交网络
高通量测序在生物医学领域已变得无处不在。随着新技术的出现和测序成本的下降，可用数据的多样性和数量呈指数级增长，成功浏览数据变得更具挑战性。尽管数据集通常由公共存储库托管，但科学家必须依靠不一致的注释来识别和解释有意义的数据。此外，高通量生物数据的实验异质性和广泛的质量意味着即使具有所需细胞系、组织类型或分子靶标的数据也可能不易解释或整合。我们开发了 ORSO（社交组学在线资源）作为一个易于使用的 Web 应用程序，将生命科学家与基因组学数据联系起来。在 ORSO 中，用户在数据驱动的社交网络中交互，他们可以收藏数据集并关注其他用户。除了来自主要生物医学联盟的 30,000 多个数据集外，用户还可以将自己的数据贡献给 ORSO，以方便其他用户发现它。 ORSO 利用用户交互，提供了一种新颖的推荐系统，可自动将用户与托管数据连接起来。除了社交互动之外，推荐系统还考虑了主要读取覆盖率信息和带注释的元数据。ORSO 以图形显示方式呈现推荐系统使用的相似性，从而允许探索数据集关联。网络图的拓扑结构反映了已建立的生物学，相关系统的样本被分组在一起。我们使用从胚胎干细胞分化到心肌细胞的 RNA 序列时间过程数据集测试了推荐系统。ORSO 推荐系统正确地预测早期数据点源为胚胎干细胞，晚期数据点源为心脏和肌肉样本，从而推荐了相关数据集。通过将科学家与相关数据联系起来，ORSO 提供了一种重要的新服务，促进了广泛的研究兴趣。