摘要人肠道菌群是一个复杂的生态系统人类微生物群是由细菌,酵母菌,真菌以及最后但并非最不重要的,其结构,组成,性质,致病作用以及免疫学和遗传易感性尚未完全描述的病毒组成。其中,大多数微生物群都存在于胃肠道,并且在人类的健康和疾病中起着重要作用。根据有关病毒致病性的医学文献,人类胃肠道含有噬菌体和植物的病毒。新的宏基因组学方法已使整个病毒基因组从人类胃肠道中分布的遗传组成部分重建,从而散发出光线以了解肠道病毒蛋白的组成,并且可能是治疗应用。本章总结了有关肠道“病毒蛋白”的组成和性质的最新证据,以及其潜在的病理和未来的治疗用途在人类健康,疾病中,这是阐明肠道“病毒瘤”在较大微生物生态系统中的作用的尝试。关键字:人肠道菌群,胃肠炎,感染后的肠易激综合征(PIBS),病毒剂引起胃肠炎,急性胃肠炎
近 10 年国外重大李斯特菌疫情 国家 疫情年份 致病食物 患者人数 死亡人数 澳大利亚 2013 奶酪 18 2 丹麦 2013-2014 熟食肉类 41 17 美国 2014 豆芽 5 2 美国、加拿大 2014-2015 焦糖苹果 36 7 美国 2010-2015 冰淇淋 10 3 美国 2015 软奶酪 24 1 美国、加拿大 2015-2016 包装沙拉 47 1 美国 2013-2016 冷冻蔬菜 9 1 德国 2012-2016 疑似来自同一工厂的多种产品 66 3 澳大利亚 2018 甜瓜 20 7 南非 2017-2018 肉制品 1,060 216 丹麦、德国、法国2015-2018 熏制三文鱼 7 1 奥地利、丹麦、芬兰等 2015-2018 冷冻玉米 47 9 丹麦、爱沙尼亚、芬兰等 2014-2019 冷熏鱼制品 22 5 英国 2019 三明治和沙拉 9 6 西班牙 2019 熟肉制品 207 例确诊,3059 例高度疑似 3 美国、加拿大 2017-2019 熟鸡丁 31 2 荷兰、比利时 2017-2019 肉制品 21 3 美国、澳大利亚 2016-2019 金针菇 42 5 美国 2017-2019 煮鸡蛋 8 1 美国 2020-2020 熟食肉类 11 1 美国 2014-2022 预包装沙拉 18 3 英国2020-2022 熏鱼 12? 美国 2021-2022 冰淇淋 25 1 美国 2021-2022 熟食肉 14 1 美国 2023 奶昔 6 3 美国 2018-2023 绿叶蔬菜 19 0 瑞士 2022 熏鱼 20 ? 美国 2018-2023 桃子、油桃、李子 11 1 德国、荷兰、比利时、英国等 2012-2024 鱼制品 73 14 加拿大 2023-2024 冷藏杏仁奶等 20 3 美国 2024 熟食肉类 59 10 10
结果:ESRD患者的全血金黄色链球菌的生存率显着高于M0的对照组(P = 0.049),而在所有时间点,ESRD患者在ESRD患者中观察到受损的氧化爆发活性(P <0.001)。ESRD患者的金黄色金黄色金黄色金黄色金黄色葡萄球菌免疫球蛋白G(IgG)对铁表面决定性B(ISDB)和金黄色葡萄球菌A血溶质蛋白(HLA)抗原的反应低于健康供体的M0,在M0的健康供体中(p = 0.003和P = 0.007)(分别是P = 0.007)(分别是P = 0.007)(p = 0.007),并且P = 0.05 = 0.05 = 0.05 M12。此外,金黄色葡萄球菌 - 特异性T-辅助细胞反应与ISDB的对照组相当,但在所有时间点,HLA抗原受损:10%的ESRD患者在M0时对HLA响应,M12在M12时增加到30%,而在M12中,与45%的健康捐助者相比。b细胞和血液中的T细胞浓度显着降低(分别为60%和40%)。最后,人白细胞抗原-DR(HLA-DR)和C-C趋化因子受体2型(CCR2)的上调在M0处受损,但在HD的第一年期间恢复。
人类肠道中宿主微叶相互作用的机理研究受到与肠上皮细胞的共培养微生物的困难。一方面肠道细菌是兼性,气化剂或强性厌氧菌的混合物,而肠上皮则需要氧气才能生长和功能。因此,可以重现这些对比的氧气要求的共培养系统是我们理解人类肠道中微生物 - 宿主相互作用的关键步骤。在这里,我们展示了肠道类器官植物植物共培养(IOPC)系统,这是一种简单且具有成本效益的方法,用于将厌氧肠肉芽菌与人肠癌(HIOS)共培养。使用具有不同程度的氧气耐受性的共生厌氧菌,例如纳米 - 大道细菌型毒菌菌菌和严格的Anaerobe blautia sp。IOPC概括了在体内看到的肠上皮的对比度。IOPC培养的HIO显示出增加的屏障完整性,并诱导了免疫调节基因的表达。转录组分析表明,来自不同捐助者的HIO在其对厌氧菌对共培养的反应的大小上显示出差异。因此,IOPC系统提供了可靠的共培养设置,用于研究复杂的,患者衍生的肠道组织中的宿主微生物相互作用,可以促进研究微生物群落在健康和疾病中作用的机制。
为了使通过腺相关病毒 (AAV) 载体进行的基因治疗取得成功,载体基因组大小是一个主要制约因素,因为它会阻止将较大的转基因包装到二十面体病毒衣壳中。在基于 CRISPR 的基因组编辑背景下,已经描述了多种紧凑型 Cas 变体,例如 Cas12j (CasPhi) 或 Cas12f (CasMINI) [ 1 , 2 ],它们可用于通过 AAV 递送进行体内基因组编辑。在 Wang 等人的研究中 [ 3 ],一种来自丹毒菌 (EbCas12a) 的新型紧凑型 Cas12a 变体被表征为当通过点突变 (enEbCas12a) 改进时,显示出与其他 Cas12a 变体相似的编辑效率 [ 3 ]。值得注意的是,EbCas12a 的编码序列比下一个更大的已表征 Cas12a 变体小约 150 bp(图 1),有利于将其容纳在“一体化” AAV 载体中,该载体在单个 AAV 模板上提供 Cas12a 和 crRNA。通过使用单一载体给药,作者证明了新型 AAV-enEbCas12a 载体介导体内基因组编辑的能力,从而为不断扩展的 CRISPR 工具箱增加了一个新条目。首先,作者通过体外切割试验表征了 EbCas12a,并确定 TTTV(V = G、C 或 A)为 PAM 序列,这与其他已报道的 Cas12a 系统类似。接下来,EbCas12 被证明在培养的哺乳动物细胞中具有功能性,这通过两个报告基因和各种基因组位点的切割得到证实。然而,与其他 Cas12a 变体(例如常用的 AsCas12a 和 LbCas12a)相比,EbCas12a 效率较低。因此,为了放宽 PAM 序列限制并提高 AsCas12a 的编辑效率,作者们在 EbCas12a 中替换了一个氨基酸,以建立 PAM 近端 DNA 接触,从而产生了变体 enEbCas12a。事实上,这种单点突变将基因组位点的编辑效率提高了约 2 倍。然而,与此同时,放宽 PAM 序列限制可能会增加 enEbCas12a 脱靶编辑的风险。为了通过实验检验这一担忧,对脱靶编辑事件进行了全基因组分析。值得注意的是,检测到的脱靶位点数量为