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World File Search System环化
通过一锅K-区域氧化和Scholl Cyclization衍生自四氢苯乙烯的聚苯烯纳米纤维
以及基于碳的纳米电子和旋转型的潜在应用。除了可调节的边缘结构和宽度外，GNR中引入曲率是其化学物理特性修饰的强大结构特征。在这里，我们报告了第一个基于pyrene的GNR（PygNR）的有效溶液合成，该溶液通过一锅K区氧化和其相应良好可溶性四氢苯二酚基于多苯乙烯前体的曲线几何形状和曲面几何形状。有效的A 2 B 2型铃木聚合和随后的Scholl反应可提供高达〜35 nm长的弯曲GNR轴承和扶手椅。模型化合物（1）的构造是从四氢苯二酚基的寡苯基前体中的pygnr切割，证明了单锅K区域氧化和Scholl环化的概念和效率，这是由单晶X射线衍射分析清楚地揭示的。PYGNR的结构和光学性质由Raman，FT-IR，固态NMR和UV-VIS分析研究，并支持DFT计算。pygNR显示在680 nm处的吸收最大值，表现为〜1.4 eV的狭窄光带隙，作为低频带GNR的资格。此外，PYGNR上的THZ光谱估计其
acs.joc.2c00800.pdf
广义上讲，将三氟甲基引入（杂）芳族化合物有三种通用方法。“程序化三氟甲基化”是一种流行的方法，它利用预先存在的功能性手柄，例如（伪）卤化物或硼酸盐，将 CF 3 基团传递到底物上的精确位置。3 另一种策略是 C − H 基团的“固有三氟甲基化”，通常通过母体（杂）芳烃与三氟甲基自由基的反应进行。4 最近受到较少关注的最后一种策略是使用一种或多种 CF 3 取代的前体进行（杂）苯并环化。具体而言，这种类型的环加成反应与前面概述的两种策略是互补的，因为 CF 3 的最终位置既不是由现有功能组的存在决定的，也不是由母体（杂）芳烃的固有偏好决定的。然而，缺点是这些反应通常需要苛刻的条件并且产生具有较差区域控制的产品。 5 我们在此报告，硼导向环加成 6 可以在温和条件下快速、区域控制地合成氟烷基取代的（杂）芳烃，从而得到可以通过 C − B 键进一步精制的产物（方案 1）。■ 结果与讨论
绝对定量和基础分辨率测序揭示了人类转录组跨伪嘧啶的全面景观
假嘧啶（ψ）是细胞RNA中最丰富的修饰之一。但是，其功能仍然难以捉摸，这主要是由于缺乏高度敏感和准确的检测方法。在这里，我们引入了2-溴丙烯酰胺辅助的环化测序（BAC），该测序（BACS）可以实现ψ-to-c转变，以在单基准分辨率下对ψ进行定量分析。BAC允许精确鉴定ψ位置，尤其是在密集修改的ψ区和连续的尿苷序列中。BAC检测到人rRNA和剪接小核RNA中的所有已知ψ位点，并生成了人类小核仁RNA和TRNA的定量ψ图。此外，BAC同时检测到腺苷对肌苷编辑位点和N 1-甲基腺苷。假氨酸合酶TRUB1，PUS7和PUS1的耗竭阐明了它们的靶标和序列基序。我们进一步确定了爱泼斯坦 - 巴尔病毒编码的小RNA Eber2中高度丰富的ψ114位点。出乎意料的是，将BAC应用于RNA病毒面板表明其病毒转录本或基因组中没有ψ，从而阐明了病毒家族的假胞苷化差异。
区域选择性光氧化还原催化环加成反应...
非环状羰基叶立德与偶极亲和剂的选择性 [3+2] 偶极环加成反应是一种非常有用的方法，可以合成具有复杂饱和度和取代基变化的五元氧杂环。1 此类环醚（四氢、二氢和呋喃）是许多生物活性天然产物和药物中发现的重要结构基序。2 不幸的是，虽然 [3+2] 环加成仍然是上述产品的可行方法，但 1,3- 偶极羰基叶立德在化学界尚未得到充分利用，原因是催化剂昂贵或无法在温和条件下有效生成叶立德中间体。3 为了解决这些缺点，我们的小组开发了一种有机光氧化还原方案，从二芳基环氧物生成羰基叶立德，该方案在与偶极亲和剂环化后产生环醚。然后将这些环醚用于经典的木脂素天然产物全合成（方案 1）。4 虽然我们的方法范围广泛，并有效地为该木脂素天然产物子类提供了统一的方法，但通过这种方法在环加成过程中实现区域选择性尚未实现。
靶向 MTHFD2 以利用癌症特异性代谢和 DNA 损伤反应
引言 1 2 癌细胞的细胞代谢上调，以支持肿瘤的生长和转移。癌症代谢的一个关键部分是一碳 (1C) 叶酸循环，它支持维持快速增殖所需的核苷酸和氨基酸合成。针对一碳代谢进行癌症治疗的历史可以追溯到 1948 年，当时 Sydney Farber 使用抗叶酸药物治疗白血病 (1)。早期的抗叶酸化疗药物，如甲氨蝶呤，至今仍是有效的癌症治疗方法，但副作用很常见，而且可能很严重 (2,3)。8 9 亚甲基四氢叶酸脱氢酶/环化水解酶 2 (MTHFD2) 作为癌症靶点，一直备受关注，自 2012 年 Jain 及其同事证明 MTHFD2 是癌症中过表达最高的代谢酶之一 (4) 以来，该研究一直备受关注。 Nilsson 等人的荟萃分析证实了这一观点，他们发现 MTHFD2 在 16 种癌症类型中上调 (5)。这 13 促使大量研究表明 MTHFD2 敲低会抑制癌症生长，更重要的是，14 开发出针对 MTHFD2 表达癌症的抑制剂，这些抑制剂在小鼠 15 模型中有效 (6-8)。16
利用基于适体的 DNA 纳米技术进行生物分析和癌症治疗
摘要：适体是利用指数富集系统进化配体 (SELEX) 技术从随机寡核苷酸库中获得的由 15 – 80 个核苷酸组成的单链 DNA 或 RNA 分子。它们可以与多种靶标结合，具有高结合亲和力和高特异性，包括金属离子、小分子、蛋白质、细胞甚至组织。与常用的抗体相比，适体具有更好的热稳定性、更小的分子量、更容易修饰以及化学合成的批次间差异小。这些独特的优点使适体成为生物医学应用中有前途的分子工具，涵盖生物传感、生物成像、疾病诊断、靶向化疗和癌症免疫治疗。然而，作为化学合成的寡核苷酸，适体会被血液循环中的核酸降解酶（例如核酸内切酶或核酸外切酶）降解，从而降低其稳定性和活性。另一个限制因素是肝脏和肾脏快速清除，从而缩短了它们的循环寿命和生物利用度。DNA 纳米技术的最新进展引起了全球的关注，并在化学、材料、生物学和医学领域出现了跨学科应用。DNA 自组装和 DNA 动态操作的基础是沃森-克里克碱基配对，辅以计算机可编程设计。作为功能构建块，适体本身可以发挥 DNA 纳米技术的巨大潜力，包括生物分析、靶向药物输送和癌症免疫治疗。因此，基于适体的 DNA 纳米技术将在未来研究中引起人们的浓厚兴趣。由于分子医学提供了个性化和精确的诊断和治疗解决方案，因此在本文中，我们重点介绍了利用 DNA 适体和 DNA 纳米技术进行分子医学的研究进展，特别是我们最近的研究进展。适体通常被称为化学抗体，它使 DNA 纳米技术能够用于生物分析和癌症治疗。因此，本文讨论了两个部分：首先，我们讨论通过环化和核苷酸骨架工程对适体的分子修饰。然后构建了适体束缚的DNA纳米结构用于细胞识别和生物分析。为了进行智能癌症诊断，我们详细介绍了三种涉及适体的分子计算公式。在最后一部分，我们重点关注基于适体的靶向化疗和免疫治疗。基于共价偶联策略，我们报道了一系列适体药物偶联物。同样，通过采用环化策略，讨论了环状二价适体药物偶联物。接下来，由于小分子药物递送系统遇到与生物稳定性不足有关的挑战，特别是在易受酶切和体内循环时间短方面，介绍了用于靶向化疗的适体束缚纳米药物。免疫治疗部分包括肿瘤疫苗、过继细胞免疫治疗和免疫检查点阻断。最后，我们提出了基于适体的 DNA 纳米技术在生物应用中的挑战和机遇。
chanoclavine合酶由nAdph- ...
超过十种构成天然和半合成产品的麦角生物碱用于治疗各种疾病1,2。中央C环形成了麦角生物碱的核心药效团，使它们与神经递质的结构相似，从而使它们能够调节神经递质受体3。Haem过氧化氢酶Chanoclavine合酶（EASC）通过复杂的自由基氧化环化4。与催化H 2 O 2催化5,6的规范过氧化氢酶不同，EASC及其同源物代表了更广泛的催化酶，可催化O 2依赖性自由基反应4,7。我们已经通过冷冻电子显微镜阐明了EASC的结构，揭示了烟酰胺腺苷二核苷酸磷酸磷酸磷酸（降低）（NADPH）（NADPH） - 结合口袋和所有Haem Catalases共同的山囊，据我们所知，所有独特的同型含量结构是唯一的同型结构，此前是唯一的同型结构。底物preganclavine在NADPH结合口袋中实现了前所未有的结合，而不是先前怀疑的出血口袋，并且通过细长的隧道连接了两个口袋。与既定机制相反，EASC使用超氧化物，而不是更普遍使用的短暂性血红素 - 氧复合物（例如化合物I，II和III）8,9，通过对两个远处袋的超氧化物介导的合作催化来介导底物转化。我们提出，这种活性氧机制可以在金属酶催化的反应中广泛。
单分子肽合成，无需使用纳米孔和亚纳米的任何侧链保护
G. Sampath无隶属的sampath_2068@yahoo.com摘要。肽合成。肽是合成的C-TO-N或N-TO-C，作为延伸到同肽标头的延伸，一端绑定到固定表面，另一端绑定为固定表面，并由纳米孔封闭。表面安装在可以以0.1-0.15 nm精度移动的平台上；孔的作用像核糖体隧道，可保护氨基酸（AA）侧链免受不需要的耦合，并且还可以防止聚集和环化。合成发生在以下步骤中的循环中：耦合剂将受末端保护的AA连接到孔末端生长的头端残基；光学检测到耦合的完成；耦合剂，保护器和多余的AA被洗掉；该平台缩回3.5Å；新添加的AA被抛弃，保护器被洗净。合成完成后，平台通过添加的肽的长度向孔移动，将肽与标头分开。电势和液压的组合始终保持肽的完全拉伸。纳米孔发挥了次要作用，在上面没有进行测量。可以使用一系列标头和一系列纳米孔来完成平行合成，最高能力的纳米孔可以实现。原则上，可以合成的肽长度没有限制。没有侧链保护，最小的试剂量，减少洗涤，几乎没有合成后清理，该方法具有潜在的绿色水平。
模拟引导的工程使Selinadiene合酶中的功能开关降低羟基化
摘要：倍半萜烯合酶形成预定义的替代产品是一个重大挑战，因为它们在环化机制方面的多样性以及我们对氨基酸变化如何影响这些机制的方向的有限理解。在这里，我们将原子模拟和位于定位的诱变的组合来设计A Selina-4（15），7（11） - Diene合酶（SDS），因此其最终的反应性碳分配被捕获的活性现场水淬灭，从而形成了复杂的羟基羟基甲氧酯（11）-EL（11）-4-4-4-4-4-4-4-4（11）。最初，SDS G305E变体产生20％SELIN-7（11）-EN-4-OL。通过建模酶 - 碳化络合物复合物所建议的，可以通过改变pH来进一步改善Selin-7（11）-EN-4-OL产生，从而导致Selin-7（11）-EN-4-OL成为pH 6.0时的主要产物（48％）。我们将SDS G305E变体与来自甲戊酸酯途径的基因合并到细菌BL21（DE3）细胞中，并以10 mg/l的量表为10 mg/l批量发酵。这些结果凸显了萜烯合酶模拟引导的工程的机会，以产生预定义的复杂羟基化倍半萜。关键字：Terpenoids，MD模拟，水捕获，酶工程，Selin-7（11）-EN-4-OR■简介
从 DNA 编码化学库中鉴定 SARS-CoV-2 主要蛋白酶的新型有效抑制剂
摘要 使用自动化高通量筛选对大型化合物库进行体外筛选既昂贵又耗时，并且需要专门的基础设施。相反，DNA 编码化学库 (DECL) 的选择可以使用大多数实验室中的常规设备快速完成。在本研究中，我们通过基于亲和力的选择 DELopen 库（面向学术界开放）鉴定了 SARS-CoV-2 主蛋白酶 (M pro ) 的新型抑制剂，该库包含 42 亿个化合物。经 X 射线晶体学证实，所鉴定的抑制剂是肽类化合物，含有 N 端亲电基团，能够与 M pro 的亲核 Cys145 形成共价键。此次 DECL 选择活动使得未优化的化合物 SLL11（IC 50 = 30 nM）的发现成为可能，证明了 DECL 技术能够快速探索大化学空间，从而直接鉴定有效的抑制剂，从而避免多轮迭代药物化学。 X 射线晶体学进一步证明，SLL11 具有高度独特的 U 形结合构象，这使得 N 端亲电基团可以环回到 S1 ' 亚位点，而 C 端氨基酸则位于 S1 亚位点。MP1 是 SLL11 的近似类似物，在 Caco-2 和 Calu-3 (EC 50 = 2.3 µM) 细胞系中测试时，在低微摩尔范围内显示出对 SARS-CoV-2 的抗病毒活性。由于肽类化合物可能存在低细胞渗透性和代谢稳定性的问题，因此未来将探索化合物的环化以提高其抗病毒活性。