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细菌,病毒,真菌和原生动物都可以在生产的任何阶段,从初级生产到收获和收获后储存阶段污染植物。土壤中的微生物对于维持土壤的生育和质地很重要。但是,许多这些微生物都会导致植物性疾病和随后的生产损失和质量下降,而其他生物体源自灌溉水,肥料,农场工人或设备可能会引起人们的疾病。这些引起人病的微生物可以在有利条件下的水果和蔬菜表面生存。这对人类健康构成威胁,因为水果和蔬菜通常被生食或用最少的烹饪食用。病毒病原体,例如诺病毒和细菌剂,例如沙门氏菌属,单核细胞增生李斯特菌和大肠杆菌,已导致许多涉及全球果实和蔬菜的食源性爆发(Yangjin等人,2014年)。