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World File Search System病原菌
中国红樱桃白粉病病原菌鉴定...
摘要。红樱桃是落叶野生乔木，原产于中国，也用作观赏树。2018年至2023年3月下旬至12月，浙江省宁波市四明山（29°71'08”N，121°15'12”E）的红樱桃植株受到白粉病的严重危害。该病害每年3月下旬首次出现，特征是在幼叶近轴面出现白色、不规则的菌丝斑块。7月至8月，叶片受害部位的白粉病菌落消失，只剩下不规则的黄褐色斑点。9月病害再次发生，持续到12月下旬。12月在叶片上观察到含有子囊和子囊孢子的开壳囊。对开壳囊的形态分析表明病原菌为Podosphaera sp.。基于内部转录间隔区 (ITS) 区域 (引物 ITS4/ITS5) 的分子鉴定证实了病原菌为 Podosphaera prunigena 。接种试验证实了 Koch 法则，在接种的叶片组织中鉴定出相同的病原菌。本研究首次证实中国 P. rufoides 上的白粉病是由 P. prunigena 引起的。
水稻 CDP-DAG 合酶的基因组编辑赋予了其对多种病原菌的抗性
✉ 通讯和材料索取请发送至 Pamela C. Ronald 或 Guotian Li。pcronald@ucdavis.edu；li4@mail.hzau.edu.cn。作者贡献 GL、GS、PS 和 PCR 设计了实验。GL 和 RJ 筛选并分析了 rbl1 突变体的基因组数据。GS、PS、XK、XH、YL、YW、QG、XC 和 LZ 进行了植物感染试验。GS、XK、XH 和 YW 进行了 DAB、ROS、水杨酸、亚细胞定位、RT-qPCR 和 GUS 组织化学分析。LY 和 ZQ 进行了生物信息学分析。GS、JG、LF、LG、JCM、YB 和 QL 进行了脂质组学分析。YZ 和 YW 进行了 rbl1 的化学补充分析。 GS、QS、QG、Q. Zhou 和 T.-YC 进行了酵母突变体互补分析。JZ 和 KX 生成了 CRISPR 构建体。XK、XH、YL、W. Zhou、W. Zhang、Q. Zeng 和 ZK 筛选了编辑后的品系。GS、YW、RH 和 JX 进行了田间试验和农艺性状分析。GL 和 GS 起草了手稿，GL、GS、PS、LF、LZ、LG、KX、JCM、QL、YB、ZK 和 PCR 修改了手稿。所有作者都阅读并批准了最终手稿。
利用 CRISPR/Cas9 对森林病原菌 Dothistroma septosporum 进行靶向基因突变
摘要：由松针落针病菌引起的松针落针病在过去几十年中发病率和严重程度不断增加，目前已成为全球最重要的松树疾病之一。了解病原体毒力因子及其宿主靶标可以加速抗病育种。然而，由于松针落针病菌中靶向基因破坏效率低下，阻碍了这一进程，而靶向基因破坏是毒力基因表征所必需的。本文我们首次成功将 CRISPR/Cas9 基因编辑应用于松针落针病菌。使用非同源末端连接修复破坏了具有已知表型的松针落针通路调节基因 AflR，效率超过 90%。产生了具有一系列 AflR 破坏突变的转化子。通过使用特定的供体 DNA 修复模板来帮助选择未知表型的 Ds74283，我们还利用 CRISPR/Cas9 破坏了 Ds74283（一种编码分泌细胞死亡诱导物的 D. septosporum 基因）。在这种情况下，100% 的筛选转化体被鉴定为破坏体。在将 CRISPR/Cas9 确立为 D. septosporum 基因编辑工具的过程中，我们的研究可以快速追踪 D. septosporum 中候选毒力因子的功能表征，并为在其他森林病原体中开发该技术奠定基础。
评估 CRISPR/Cas9 基因组编辑对小麦病原菌 Parastagonspora nodorum 的功效
摘要背景：基因组编辑工具 CRISPR/Cas9 提供了一种产生靶向突变的有效方法，彻底改变了基因操作。该技术利用 Cas9 内切酶和向导 RNA (sgRNA)，它们相互作用形成 Cas9-sgRNA 复合物，通过引入双链 DNA 断裂来启动基因编辑。我们测试了 CRISPR/Cas9 方法作为促进小麦致病真菌 Parastagonospora nodorum 中各种反向遗传方法的有效性。结果：用 Cas9 蛋白和 sgRNA 转化 Parastagonospora nodorum 原生质体，以 Tox3 效应基因为靶点的预组装核糖核蛋白 (RNP) 复合物的形式转化。随后对 P. nodorum 转化子的筛选表明，筛选出的突变体 100% 被编辑。我们进一步测试了 RNP 复合物与含有 1 kb 同源侧翼 DNA 的 Tox3 -同源定向修复盒共转化时的功效。随后对所得转化子进行筛选，结果显示同源重组效率超过 70%。使用含有 50 bp 微同源侧翼的可选择标记的 Tox3 -同源定向修复盒进一步转化也实现了 25% 的同源重组效率。这些同源定向修复方法的成功表明 CRISPR/Cas9 适用于其他体内 DNA 操作方法，例如插入 DNA 和产生点突变。结论：这些数据突出了 CRISPR/Cas9 在加速 Parastagonospora nodorum 中无转基因基因敲除以及促进其他基因操作方法方面的巨大潜力。使用这些工具将大大减少评估疾病基因需求和进行功能研究以确定其作用所需的时间。关键词：CRISPR/Cas9、基因编辑、核糖核蛋白复合物、Parastagonospora nodorum
CRISPR-Cas系统在ESKAPE感染诊断和治疗中的应用
抗生素耐药性ESKAPE（屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肠杆菌属）病原菌是对人类健康的全球威胁。ESKAPE病原菌是院内感染中最常见的机会性致病菌，相当一部分临床分离株对常规抗菌治疗不敏感。因此，能够有效对抗ESKAPE病原菌的创新治疗策略将带来巨大的社会效益和经济效益，并减轻成千上万患者的痛苦。在这些策略中，CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）系统由于其高特异性而受到了格外的关注。遗憾的是，目前还没有基于CRISPR系统的直接抗感染治疗方法。本文就CRISPR-Cas系统在ESKAPE病原体研究中的应用进行综述，旨在为理想的新型药物研究提供方向，为解决后抗生素时代多重耐药菌（MDR）引起的一系列问题提供参考，但多数研究距离临床应用还有一定的距离。
猪 细小 蛋白 NRPS 基因 的 生物 勘探 及 检测
摘要 ：弧菌病和败血症是由细菌引起的感染，给水产养殖业带来了许多问题。海参等海洋生物被广泛认为含有具有抗菌潜力的共生微生物，因此生物勘探前景十分广阔。本研究旨在分析海参单疣刺参共生菌对嗜水气单胞菌和哈维氏弧菌的抗菌潜力并检测其NRPS基因。研究方法包括海参单疣刺参肠道共生菌的分离、抗菌活性筛选、16S rRNA鉴定和NRPS基因簇检测。共分离出16株细菌，其中12株分离株对病原菌嗜水气单胞菌有抑制潜力，7株分离株对病原菌哈维氏弧菌有抑制潜力。经16S rRNA鉴定，能够抑制A. hydrophila生长的共生菌为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis），而能够抑制V. harveyi病原菌的共生菌为弯曲芽孢杆菌（Bacillus flexus），在枯草芽孢杆菌和弯曲芽孢杆菌中均检测到NRPS基因簇，扩增子大小约为250 bp。
“针对脂多糖转运蛋白的新型抗生素”评论
抗生素耐药危机已成为近几十年来全球性的公共卫生威胁[1–4]。卡巴培南类抗生素是一类抗菌谱最广、抗菌活性最强的非典型β-内酰胺类抗生素。然而，耐卡巴培南类鲍曼不动杆菌（CRAB）仍在不断出现，该菌是一种含脂多糖（LPS）的革兰氏阴性细菌，对多种抗生素产生耐药性，难以清除[5,6]。CRAB是院内感染的头号病原菌，可引起严重肺炎、血流感染等，侵袭性CRAB感染患者病死率可高达40%～60%，已被世界卫生组织列为一类重点病原菌。由于缺乏可行的抗生素策略，部分患者采用噬菌体联合疗法，但疗效有限[7]。因此，迫切需要发现和开发针对CRAB的新抗生素。
非洲优良水稻品种的基因组编辑使其能够抵抗地方性和新兴的稻瘟病病原菌菌株
由水稻白叶枯病 (BB) 病原菌 (Xoo) 引起的水稻细菌性叶枯病威胁着全球粮食安全和小规模水稻生产者的生计。对来自亚洲、非洲和美洲的 Xoo 样本的分析表明，尽管全球大米贸易强劲，但其分布却呈现出令人惊讶的大陆隔离现象。本文，我们报告了坦桑尼亚前所未有的 BB 疫情。与地方性的 Xoo 不同，病原菌株携带针对蔗糖转运蛋白 SWEET11a 并抑制 Xa1 的亚洲型 TAL 效应物。系统基因组学将这些菌株与来自中国的 Xoo 菌株聚集在一起。非洲水稻品种没有携带合适的抗性基因。为了保护非洲水稻生产免受这种新出现的威胁，我们开发了一种混合 CRISPR-Cas9/Cpf1 系统来编辑东非优良品种 Komboka 的三个 SWEET 启动子中的六个 TALe 结合元素。经过编辑的品系表现出对亚洲和非洲Xoo菌株的广谱抗性，包括最近在坦桑尼亚发现的菌株。这一策略可能有助于保护全球水稻作物免受BB大流行的影响。
非洲优良水稻品种的基因组编辑使其能够抵抗地方性和新兴的稻瘟病病原菌菌株
1 杜塞尔多夫海因里希·海涅大学分子生理学研究所，德国杜塞尔多夫；2 国际水稻研究所，菲律宾洛斯巴尼奥斯；3 蒙彼利埃大学植物健康研究所 (PHIM)、IRD、CIRAD、INRAE、农业研究所，法国蒙彼利埃；4 密苏里大学邦德生命科学中心植物科学与技术部，美国哥伦比亚；5 坦桑尼亚农业研究所 (TARI)-Uyole 中心，坦桑尼亚联合共和国姆贝亚；6 国际水稻研究所，东部和南部非洲地区，肯尼亚内罗毕；7 国际水稻研究所 (IRRI)，非洲区域办事处，肯尼亚内罗毕；8 唐纳德·丹佛斯植物科学中心，美国圣路易斯；9 名古屋大学转化生物分子研究所，ITbM，日本名古屋
非洲豆薯荚和叶面疾病病原菌炭疽菌 (Colletotrichum siamense) 和炭疽菌 (Colletotrichum truncatum) 的全基因组序列
1. Silva C、Michereff S。2014 年。炭疽菌属的生物学和热带果树炭疽病的流行病学。Rev Caatinga 26:130–138。https://www.proquest.com/docview/1787752398?sourcetype=Scholarly%20Journals。2. Weir BS、Johnston PR、Damm U。2012 年。炭疽菌 gloeosporioides 物种复合体。Stud Mycol 73:115–180。https://doi.org/10.3114/sim0011 3. Liu F、Wang M、Damm U、Crous PW、Cai L。2016 年。植物病原真菌的物种边界：炭疽菌案例研究。BMC Evol Biol 16:81。 https://doi.org/10.1186/s12862-016-0649-5 4. Rogério F、Ciampi-Guillardi M、Barbieri MCG、Bragança CAD、Seixas CDS、Almeida AMR、Massola NS Jr. 2017。与巴西大豆炭疽病相关的元宝炭疽病的系统发育和变异。应用微生物学杂志 122：402–415。 https://doi.org/10.1111/jam.13346 5.Hartman GL、Sinclair JB、Rupe JC。 1999.大豆病害简述。第四版。 APS 出版社，美国明尼苏达州圣保罗。 6. Afolabi CG、Ogunsanya OM、Lawal OI。 2019. 评估一些非洲豆薯（Sphenostylis stenocarpa [Hochst. Ex A. Rich]）种质对花芽和豆荚腐烂病的抗性。Curr Plant Biol 20:100126。https://doi.org/10.1016/j.cpb.2019.100126