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World File Search System病毒组
病毒组编码的人类益生菌基因与致病基因共存1
预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此版本的版权所有者于 2025 年 1 月 14 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.10.632382 doi：bioRxiv 预印本
病毒组装抑制剂阻止气道上皮细胞中的SARS-COV-2复制
SARS-COV-2逃避疫苗和治疗剂的持续进化强调了对具有高遗传障碍的创新疗法的需求。因此，在SARS-COV-2病毒生命周期中识别新的药理学靶标有明显的兴趣。通过无细胞的蛋白质合成和组装筛选鉴定出的小分子PAV-104最近以某种方式针对病毒组装来靶向宿主蛋白质组装机械。在这项研究中，我们研究了PAV-104抑制人类气道上皮细胞中SARS-COV-2复制的能力（AEC）。我们表明，在永生的AEC中，PAV-104抑制了> 99％的SARS-COV-2变体的感染，而在空气界面（ALI）中培养的原代AEC中，代表体内的肺微环境。我们的数据表明，PAV-104抑制SARS-COV-2的产生，而不会影响病毒入口，mRNA转录或蛋白质合成。PAV-104与SARS-COV-2 Nucleocapsid（N）相互作用，并干扰其寡聚化，阻止粒子组装。转录组分析表明，PAV-104逆转了I型干扰素反应的SARS-COV-2诱导以及已知支持冠状病毒复制的核蛋白信号传导途径的成熟。我们的发现表明PAV-104是Covid-19的有前途的治疗候选者，其作用机制与现有的临床管理方法不同。
美国北卡罗来纳州人类口腔 DNA 病毒组中各种指环病毒、Cressdna病毒和噬菌体的表征
摘要：在宏基因组学时代，从人类口腔的各个角落（从唾液到牙菌斑再到舌头表面）中鉴定出的病毒多样性加速增长。这种快速扩展表明我们对口腔病毒多样性的理解并不完整，只有少数研究结合了被动口水收集和宏基因组测序方法。在这项先导研究中，我们从杜克狐猴中心（美国北卡罗来纳州达勒姆）的健康工作人员那里获得了 14 个样本，以确定可在人类被动口水样本中鉴定出的病毒多样性。本研究使用高通量测序和病毒宏基因组工作流程鉴定了 3 种指环病毒、9 种 cressdnaviruses、4 种 Caudoviricetes 大噬菌体、29 种微病毒和 19 种 inoviruses 的完整基因组。这里介绍的结果扩展了我们对北卡罗来纳州（美国）人类口腔病毒组的脊椎动物感染和微生物感染病毒多样性的理解。
病毒组分析及妊娠期间柯萨奇病毒 B 血清学阳性与先天性心脏病的关联
摘要：背景：我们之前已证明柯萨奇病毒 B (CVB) 是小鼠先天性心脏病 (CHD) 的强效诱因。这些发现对人类的临床意义以及其他病毒在 CHD 发病机制中的作用仍不清楚。方法：我们从围产期家庭组织库 (PFTB) 中获取了 89 名受试者（104 次怀孕）、73 名健康对照者（88 次怀孕）和 16 名患有 CHD 的分娩者（16 次怀孕）在所有妊娠期采集的血浆样本。我们对血浆进行了 CVB IgG/IgM 血清学检测。我们还使用 ViroCap 测序和 PCR 检测血浆、白膜层中的循环白细胞和共培养系统培养基中的病毒核酸。结果：CVB IgG/IgM 结果表明，CHD 组中既往暴露率高出 7.8 倍（95% CI，1.14–54.24，调整 p 值 = 0.036）。然而，通过分子检测，在血浆、白膜层或共培养上清液中未检测到 CVB 病毒基因组，尽管检测到了其他病毒。结论：血浆中检测到病毒核酸的情况很少，特别是未检测到 CVB 基因组。然而，血清学表明，在受 CHD 影响的妊娠中，既往 CVB 暴露率更高。有必要进行进一步研究，以了解母体血液病毒组对 CHD 发病机制的贡献程度。
鲍曼不动杆菌 ST374 的基因组见解揭示了广泛且不断增加的耐药组和病毒组
基于 WGS 的监测大大提高了追踪临床相关病原体多药耐药克隆的全球传播和出现的能力。在本研究中，我们对属于序列类型 ST374 的鲍曼不动杆菌 (菌株 Ac56) 进行了基因组表征和比较分析，该菌株于 1996 年首次在巴西分离。Ac56 的基因组分析预测了总共 5373 个基因，其中 3012 个基因在来自欧洲、亚洲、北美和南美国家的 ST374 鲍曼不动杆菌分离株的九个基因组中是相同的。GoeBURST 分析将 ST374 谱系分为克隆复合体 CC3（国际克隆 IC-III）。ST374 克隆的抗性基因组分析预测了与重金属和临床相关的 β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素耐药性相关的基因。在这方面，在两种密切相关的鲍曼不动杆菌菌株中，内在的 bla ADC 基因与插入序列 IS Aba1 相关；包括 Ac56 菌株，该基因可能与对美罗培南的中等敏感性相关。其他四种耐卡巴培南的鲍曼不动杆菌菌株携带 IS Aba1/bla OXA-23 基因阵列，该基因阵列与转座子 Tn 2008 或 AbaR4 型耐药岛中的 Tn 2006 相关。虽然 ST374 的鲍曼不动杆菌菌株大多数毒力基因是相同的，但来自泰国的三种分离株含有 KL49 荚膜基因座，该基因座先前在高毒力鲍曼不动杆菌 LAC-4 菌株中发现。对三十四种预测质粒的分析显示八个主要组，其中 GR-6（LN − 1）和 GR-2（LN − 2）占主导地位。所有菌株（包括最早的分离株 Ac56）都含有至少一个完整的原噬菌体，但未检测到任何 CRISPR 相关 (cas) 基因。总之，A. baumannii ST374 的基因组数据显示该谱系有潜力成为成功的克隆。