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World File Search System突变率
体内量化影响 BK 多瘤病毒 VP1 基因的 APOBEC3 突变率
摘要：BK 多瘤病毒 (BKPyV) 衣壳突变在肾移植 (KTx) 接受者体内积累，病毒持续复制。这些突变与中和逃逸有关，似乎是由于宿主细胞 APOBEC3A/B 酶使胞嘧啶脱氨而产生的。为了研究患者体内发生的致突变过程，我们扩增了 VP1 基因的分型区，对扩增子进行了 5000-10,000 × 深度测序，并确定了罕见突变，这些突变与 COSMIC 突变特征相吻合。在携带 BKPyV 基因组的质粒的扩增子中确定了背景突变，并与来自法国和越南的 23 名 KTx 接受者的 148 个样本中观察到的突变进行了比较。在尿液、血清和肾脏活检样本中持续观察到三种突变特征，其中两种，SBS2 和 SBS13，与 APOBEC3A/B 活性相对应。此外，在患者样本和体外感染 BKPyV 的细胞中均检测到了第三个病因不明的特征 SBS89。定量上，尿液样本中的 APOBEC3A/B 突变率与尿液病毒载量密切相关，并且似乎因人而异。这些结果证实，APOBEC3A/B 是患者 BKPyV 基因组突变的主要来源，但并非唯一来源。
措施混合物很重要：多组分植物保护是必不可少的，对于应对病原微生物的巨大基因组可塑性和突变率
谷物尚未被观察到，因为经典的R-基因是易于克服的。的确，病原体种群的大量基因组变异性可能是由可转座元素，高突变和重组率以及有丝质和梅西斯期间不正确的染色体分离引起的，共同导致迅速发展的新毒力表型感染了以前的抵抗植物（Mouller et and and and and and and 2017）。 如今，人们对植物发作过程中真菌和细菌病原体采用的分子机制已被充分了解。 植物表现出对大多数微生物的免疫力，由不同的耐药层介导。 与病原体相关的分子模式（PAMP）接触时，植物免疫系统的第一层被植物模式识别受体（PRR）激活，这对于病原体至关重要，因此可以使结构性不变的分子（例如壳聚糖和分支的β-葡聚糖luculucan fungulucan fungulucan fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fingal fungals fragments fragments fragments fragments或capterial flagellin of to nisty Inders of and pamp）激活。 由于pAMP识别而建立了PAMP触发的免疫力（PTI）。 然而，成功的病原体已经开发出了通过修饰细胞表面和pAMP暴露和/或通过分泌效应子来避免pAMP识别的机制（Oliveiragarcia and Valent 2015）。 对抗药性遗传学的分子理解的显着突破是Harold H. Flor的X射线诱变实验与异源性亚麻生锈菌菌孢子（Flor 1958），最终引起了基因基因假设。 这一假设表明微生物气相（AVR-）基因产物被植物识别2017）。如今，人们对植物发作过程中真菌和细菌病原体采用的分子机制已被充分了解。植物表现出对大多数微生物的免疫力，由不同的耐药层介导。与病原体相关的分子模式（PAMP）接触时，植物免疫系统的第一层被植物模式识别受体（PRR）激活，这对于病原体至关重要，因此可以使结构性不变的分子（例如壳聚糖和分支的β-葡聚糖luculucan fungulucan fungulucan fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fungal fingal fungals fragments fragments fragments fragments或capterial flagellin of to nisty Inders of and pamp）激活。由于pAMP识别而建立了PAMP触发的免疫力（PTI）。成功的病原体已经开发出了通过修饰细胞表面和pAMP暴露和/或通过分泌效应子来避免pAMP识别的机制（Oliveiragarcia and Valent 2015）。对抗药性遗传学的分子理解的显着突破是Harold H. Flor的X射线诱变实验与异源性亚麻生锈菌菌孢子（Flor 1958），最终引起了基因基因假设。这一假设表明微生物气相（AVR-）基因产物被植物识别
C 到 U RNA 脱氨是加速 SARS-CoV-2 进化的驱动力
了解SARS-CoV-2猖獗突变的分子机制将有助于我们控制COVID-19大流行。APOBEC介导的C-to-U脱氨是SARS-CoV-2基因组中的主要突变类型。然而，尚不清楚C-to-U的新型突变率u是否高于其他突变类型，以及详细的驱动力是什么。通过分析SARS-CoV-2全球人口数据的时间过程，我们发现C-to-U在所有突变类型中具有最高的新型突变率u，并且该u仍在随时间增加（du / dt> 0）。与其他突变类型相比，新型C-to-U事件对特定的基因组区域具有偏好。局部性较差的RNA结构与较高的新型C-to-U突变率相关。级联模型很好地解释了C-to-U脱氨的du / dt> 0。在SARS-CoV-2中，RNA结构是C到U脱氨速率极高且持续加速的分子基础。该机制是SARS-CoV-2突变、适应和进化的驱动力。我们的发现有助于我们理解病毒突变率的动态演变。
年轻发作2型视网膜病变率高...
抽象引言患有2型糖尿病的年轻人（YOD），定义为40岁之前的糖尿病诊断，具有血管并发症的终身风险很高。我们旨在估计挪威一般实践中2型糖尿病（T2D）成年人中YOD的流行，并探索糖尿病诊断与整体糖尿病诊断年龄之间的关联。研究设计和方法，我们从2014年的10241名成年人的通用电子医疗记录中收集了横截面数据，并重复测量了2012年至2014年的血红蛋白A 1C（HBA 1C）。使用多元逻辑回归，我们评估了YOD与后来发作的T2D，性别和视网膜病之间的关联。所有T2D患者的结果，在两个男女40岁之前被诊断出10％。与后期发作的T2D相比，YOD的HBA 1C速度更快，在诊断时，HBA 1C的HBA 1C在男性中，尤其是在YOD中。视网膜病在25％的YOD中发现，频率是后来的两倍。 在对混杂因素（年龄，原产国，教育，体重指数）或视网膜病变的调整后，YOD的男性（OR 2.6（95％CI 2.0至3.5））和YOD的妇女（OR 2.2（1.5至3.0））增加了。 在对潜在介体（糖尿病持续时间和HBA 1C）进行进一步调整之后，YOD的男性（或1.8（1.3至2.4））较高或持久，但对YOD女性不再具有重要意义。 结论视网膜病变的患病率是YOD的两倍以上，是以后发作的T2D。视网膜病在25％的YOD中发现，频率是后来的两倍。在对混杂因素（年龄，原产国，教育，体重指数）或视网膜病变的调整后，YOD的男性（OR 2.6（95％CI 2.0至3.5））和YOD的妇女（OR 2.2（1.5至3.0））增加了。在对潜在介体（糖尿病持续时间和HBA 1C）进行进一步调整之后，YOD的男性（或1.8（1.3至2.4））较高或持久，但对YOD女性不再具有重要意义。结论视网膜病变的患病率是YOD的两倍以上，是以后发作的T2D。YOD中视网膜病变的可能性增加是由HBA 1C较高和T2D持续时间较长的部分介导的，但是在考虑到这些因素的情况下，YOD的男性仍然更高。
抗原逃脱病毒的进化稳定性
抗原变异是炎症或SARS-COV-2等RNA病毒的主要免疫逃逸机制。高突变率促进了抗原逃逸，但它们也会引起大型突变载荷和降低。目前尚不清楚这种成本 - 拟合权衡如何选择病毒的突变率。使用波动波模型在有限人群中使用病毒和宿主免疫系统的共进化，我们研究免疫如何影响突变率和其他非抗原性状（例如毒力）的进化。我们首先表明波的性质取决于交叉反应性免疫系统的方式，并调和了先前的方法。免疫病毒系统在低交叉反应性下的行为就像Fisher波一样，并且在高交叉反应性下的耐度波。这些制度预测了非抗原性状进化的不同结果。在低跨反应性下，进化稳定的策略是最大化波的速度，这意味着更高的突变速率和增加的毒力。在大型交叉反应性上，我们的估计将H3N2插入式含量，稳定的策略是增加基本的生殖数量，将突变率保持在最低和毒力较低。
4467例NSCLC患者EGFR突变NGS与ARMS-PCR综合分析
摘要 背景 通过比较扩增阻滞突变系统PCR（ARMS-PCR）与二代测序（NGS）对非小细胞肺癌（NSCLC）靶基因突变的检出率及类型，阐述非小细胞肺癌检测的特点和应用优势，为临床医生有效选择相应检测方法提供依据。方法与材料 选取重庆医科大学附属第一医院2016年1月至2020年10月肺癌靶基因病例，共纳入样本4467例，经病理活检确诊为NSCLC。样本来源包括手术切除、支气管镜活检、转移性活检、血液、痰液、胸腔积液细胞学检查。其中ARMS-PCR技术检测3665例，NGS技术检测802例。比较不同NSCLC样本中ARMS-PCR与NGS技术对EGFR基因突变（包括外显子18、外显子19、外显子20、外显子21等）的检出率及突变类型。结果ARMS-PCR检测出的EGFR基因总突变率为47.6%,NGS检测出的EGFR基因总突变率为42.4%,两种方法对EGFR基因总突变检测结果存在显著差异（P<0.001）。在不同外显子上,两种方法检测到的EGFR突变率不同,ARMS-PCR检测的外显子19的突变率明显高于NGS检测,而外显子20和21的突变率均明显低于NGS检测,且NGS检测出的多重突变率为16.3%,高于ARMS-PCR检测出的2.7%,具有统计学差异。结论NGS技术对耐药患者用药具有指导作用，但NGS技术虽然可以检测出一些罕见位点，但其重要性和指导意义尚不明确，且罕见突变数量较少，尚需进一步研究新的生物标志物和技术，以期早期诊断、指导用药、评估治疗预后。
PD-1抑制剂在酪氨酸激酶抑制剂衰竭后对EGFR突变非小细胞肺癌的疗效和安全性：回顾性现实 -
肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，非小细胞肺癌（NSCLC）占所有肺癌的80％（1）。表皮生长因子受体（EGFR） - 突变肺癌代表NSCLC的一个独特的子集，NSCLC具有广泛的临床异质性。突变率因地区而变化很大，在东亚的突变率最高为40％，西部的突变率最高为11-16％（2）。EGFR-酪氨酸激酶抑制剂（TKIS）对晚期EGFR突变NSCLC的治疗效率很好，并建议在国家综合癌症网络（NCCN）指南中作为一线治疗（3-5）。然而，几乎所有此类患者都不可避免地会出现对各种EGFR-TKI的耐药性。第一代和第二代EGFR-TKI（5-7）治疗大约一年后，患者经常经历疾病进展。对于这些患者，第三代EGFR-TKI osimertinib可以用于EGFR基因突变的外显子20中具有继发性THR790met点突变的人（EGFR
一种新的方法，用于与SARS-COV-2 PCR引物设计的前瞻性突变预测进行保守序列提取
虽然已经揭示了SARS-COV-2的整个基因组序列，但还证明SARS-COV-2的基因组与SARS-COV和MERS-COV的基因组具有分别为80％和50％的基因组。鉴于SARS-COV-2感染和死亡率数据，COVID-19的诊断和治疗在世界各地突出。 由于生物技术科学家已经开发了许多RT-PCR套件。 但是，病毒是快速突变的生物，为了提高准确性，长期可行性并避免RT-PCR分析的关闭目标结果，病毒基因组的区域，具有低突变率的病毒基因组和针对这些区域的引物的设计非常重要。 在此范围内，我们提出了一种新型算法，该算法可用于查找SARS-COV-2的低突变率区域和根据这项研究中算法的发现设计的引物。鉴于SARS-COV-2感染和死亡率数据，COVID-19的诊断和治疗在世界各地突出。由于生物技术科学家已经开发了许多RT-PCR套件。但是，病毒是快速突变的生物，为了提高准确性，长期可行性并避免RT-PCR分析的关闭目标结果，病毒基因组的区域，具有低突变率的病毒基因组和针对这些区域的引物的设计非常重要。在此范围内，我们提出了一种新型算法，该算法可用于查找SARS-COV-2的低突变率区域和根据这项研究中算法的发现设计的引物。
通过电穿孔对小反刍动物胚胎进行单步基因组编辑
摘要：我们研究了通过 CRISPR-Cas9 合子电穿孔在小反刍动物中进行单步基因组编辑的可能性。我们利用双 sgRNA 方法靶向绵羊胚胎中的 SOCS2 和 PDX1 以及山羊胚胎中的 OTX2。比较了在胚胎发育的四个不同时间进行的显微注射和三种不同电穿孔设置的基因编辑效率。在受精后 6 小时对绵羊合子进行电穿孔，使用包括短高压（穿孔）和长低压（转移）脉冲的设置，可以有效产生 SOCS2 敲除囊胚。CRISPR/Cas9 电穿孔后的突变率为 95.6% ± 8%，包括 95.4% ± 9% 的双等位基因突变；相比之下，使用显微注射时分别为 82.3% ± 8% 和 25% ± 10%。我们还成功破坏了绵羊的 PDX1 基因和山羊胚胎的 OTX2 基因。PDX1 的双等位基因突变率为 81 ± 5%，OTX2 的双等位基因突变率为 85% ± 6%。总之，利用单步 CRISPR-Cas9 合子电穿孔，我们成功地在小反刍动物胚胎基因组中引入了双等位基因缺失。
建立合成的正交复制系统可以在大肠杆菌中加速进化
生物中新功能的发展是人群中连续基因组突变和选择的结果。这个过程很慢，进化速率从根本上受到临界突变率（1）的限制。divienced的进化通常通过体外产生遗传多样性来避开体内突变率的限制（2），但这并不能使生物体内基因的持续演变。细胞的突变率可以瞬时增加，但是高水平的未靶向突变会导致基因组上的灾难性突变负荷，并且是不可持续的。插入病毒基因组中的基因可以通过迭代感染新的诱变细胞来突变（3-6）。这种方法避免了增加细胞基因突变速率的挑战，并且可以扩展以选择某些表型（7）。然而，该策略仅限于不断发展的基因，这些基因足够小，可以包装到病毒中，并选择可以与感染性偶联的表型。此外，在复制应激条件下的细胞中进行选择，这可能会进一步限制可以探索的细胞表型。将突变直接引导到细胞内特定的，有针对性的DNA序列而没有实质上增加基因组突变率的策略提供了驱动靶序列加速，可持续，连续，连续的细胞演化的可能性（8-17）。通过将靶基因重组到酵母中现有的线性质粒系统开创性的工作利用了现有的天然线性质粒，该质粒在酵母菌溶胶中起作用，并由专用的，蛋白质的DNA聚合酶复制，该聚合酶不将酵母基因组复制为天然正交复制系统（12，13）。