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犬弥漫性大 B 细胞淋巴瘤基因组图谱表征揭示复发性 H3K27M 突变与无进展生存相关
弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 是一种侵袭性造血肿瘤，会影响人类和狗。虽然之前对犬 DLBCL (cDLBCL) 的研究大大提高了我们对该疾病的了解，但这些研究的大部分都依赖于全外显子组测序，而全外显子组测序在检测编码区以外的拷贝数畸变和其他基因组变化方面的能力有限。此外，许多此类研究缺乏足够的临床随访数据，因此很难在遗传变异和患者结果之间建立有意义的关联。我们的研究旨在使用全基因组测序来描述 cDLBCL 的突变情况，这些样本来自之前参加临床试验的 43 只狗，并且有纵向随访。我们专注于识别与编码点突变、拷贝数畸变显著或反复突变的基因，以及它们与患者结果的关联。我们确定了 26 个反复突变的基因、18 个拷贝数增加和 8 个拷贝数丢失。与之前的研究一致，最常见的突变基因包括 TRAF3 、 FBXW7 、 POT1 、 TP53 、 SETD2 、 DDX3X 和 TBL1XR1 。最显著的拷贝数增加发生在 13 号染色体上，与 MYC 和 KIT 等关键致癌基因重叠，而最常见的缺失是 26 号染色体上的局部缺失，包括 IGL 、 PRAME 、 GNAZ 、 RAB36 、 RSPH14 和 ZNF280B 。值得注意的是，我们的复发性突变基因集中显著富集了参与表观遗传调控的基因。特别是，我们在两个组蛋白基因 H3C8 和 LOC119877878 中发现了热点突变，导致 H3K27M 改变，预计会导致基因表达失调。最后，生存分析显示，H3C8 中的 H3K27M 突变与无进展生存的风险比增加有关。拷贝数异常与生存无关。这些发现强调了表观遗传失调在 cDLBCL 中的关键作用，并确认狗是研究新型组蛋白修饰治疗策略的生物活性的相关大型动物模型。
下一代测序和基因组图谱
简介：肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，在摩洛哥发病率很高。该国这种疾病的流行病学复杂，需要深入分析基因图谱以改善诊断和治疗。本研究利用新一代测序 (NGS) 绘制摩洛哥肺癌患者的基因变异图谱，而这一领域的分子数据严重缺乏。重要的是，本研究使用新一代测序技术对摩洛哥人群中的肺癌进行了开创性的分析。虽然以前的研究只关注有限数量的基因，但我们的研究提供了对该队列中基因变异的全面而详细的视角，包括肿瘤印迹的生成。方法：本研究涉及 100 名经组织学确诊的肺癌患者。使用 NGS 技术结合 Oncomine Precision Assay GX 方案检测基因异常。制备、纯化和测序肺活检样本，并分析所得数据以识别显著的遗传变异。结果：分析显示 13 种不同基因存在遗传变异，其中 TP53、KRAS 和上皮生长因子受体 (EGFR) 基因的突变率较高。TP53 突变出现在 27% 的病例中，而 KRAS 和 EGFR 分别在 19% 和 14% 的样本中出现突变。ALK、MET、ERBB2 和 ROS1 基因中也发现了具有临床意义的突变，凸显了该群体中存在大量基因组多样性。结论：本研究结果增强了对摩洛哥肺癌患者遗传变异的了解，并强调了加强摩洛哥先进分子诊断工作的必要性。NGS 的使用已经确定了关键的基因突变，促进了个性化治疗的发展并改善了临床结果。这些发现为旨在改进诊断和治疗策略的未来研究铺平了道路，从而有助于更好地管理患者。
欧洲参考基因组图集：试行一种公平生物多样性基因组学的分散方法
全球真核物种的基因组数据库可能有助于许多科学发现。但是，只有一小部分物种具有可用的基因组信息。在2018年，全球的科学家在地球生物组项目（EBP）下团结一致，旨在生产一个包含所有约150万公认的真核物种的高质量参考基因组数据库。作为EBP的欧洲节点，欧洲参考基因组图集（ERGA）试图实施一种新的分散，公平和包容的模型来生产参考基因组。为此，ERGA启动了一个试点项目，建立了第一个分布式参考基因组生产基础设施，并对来自33个欧洲国家的98种真核物种进行了测试。在这里，我们概述了基础设施，并探索了其扩展高质量参考基因组生产的有效性，同时考虑了公平和包容性。所学的结果和教训为ERGA提供了坚实的基础，同时为其他跨国，国家基因组资源项目和EBP提供了关键的学习。
利用遗传疾病中的端粒到端粒参考提高光学基因组图谱的分辨率
参考基因组是比较个人基因组以推断临床变异的基线标准。广泛使用的参考基因组 GRCh38 包含间隙和未解析的碱基，尤其是在复杂区域，这可能会影响变异的发现。相比之下，无间隙端粒到端粒 CHM13 (T2T-CHM13) 参考基因组可用于评估基因组的困难区域。光学基因组图谱 (OGM) 是一种用于结构变异识别的成像技术，与传统细胞遗传学方法相比，其分辨率有所提高。我们的研究展示了 T2T-CHM13 参考基因组在复杂区域中增强结构变异 (SV) 检测的实用性。我们通过两个临床病例说明了这一点，其中与 T2T-CHM13 的改进比对导致关键 SV 的置信度得分显著提高。我们展示了更新后的 T2T-CHM13 参考的临床诊断结果有所改善，并提倡采用它。
人类生命周期内前额叶皮层的单细胞转录组图谱
附属机构 1 疾病神经基因组学中心，2 弗里德曼脑研究所，3 精神病学系，4 遗传学和基因组科学系，5 神经科学系，6 人工智能与人类健康系，纽约州纽约市伊坎西奈山医学院，邮编 10029，美国，7 匹兹堡大学医学院精神病学系，美国宾夕法尼亚州匹兹堡 8 精准医学和转化治疗中心，9 精神疾病研究、教育和临床中心 VISN2，詹姆斯 J. 彼得斯 VA 医疗中心，纽约州布朗克斯，美国。10 美国马里兰州贝塞斯达国家心理健康研究所-内部研究项目人类大脑收集核心。11 PsychAD 联盟。 *这些作者对这项工作做出了同等贡献# 通信至：KG（kiran.girdhar@mssm.edu）和 PR（panagiotis.roussos@mssm.edu）
小麦抗锈病基因座全基因组图谱
摘要 锈病，包括叶锈病、条锈病/黄锈病和秆锈病，严重影响小麦 (Triticum aestivum L.) 的产量，每年造成巨大的经济损失。培育和推广具有遗传抗性的品种是控制这些疾病最有效和可持续的方法。小麦育种者用于选择抗锈病的遗传工具包已迅速扩展，利用最新的基因组学、作图和克隆策略鉴定了大量基因位点。本综述的目的是建立一个小麦基因组图谱，全面总结已报道的与抗锈病相关的基因位点。我们的图谱总结了过去二十年 170 篇出版物中针对三种锈病绘制的数量性状基因位点 (QTL) 和特征基因。根据最新的小麦参考基因组 (IWGSC RefSeq v2.1)，总共有 920 个 QTL 或抗性基因被定位在小麦的 21 条染色体上。有趣的是，26 个基因组区域包含多个锈病基因座，表明它们可能对两种或多种锈病具有多效性。我们讨论了一系列利用这些丰富的遗传信息来有效利用抗性来源的策略，包括利用基因组信息来堆叠理想的和多个 QTL，以开发具有增强的抗锈病小麦品种。
figeno：具有长阅读支持的多区域基因组图
测序的最新进展导致了许多不同类型的基因组和表观基因组数据的产生，这些数据需要可视化工具来促进分析和解释。对此类工具的一个重要要求是支持各种数据类型，大型数据集以及生成出版物质量图像的支持。综合基因组观看器（IGV）1可以对基因组学数据进行交互式探索，但缺乏对某些数据类型（例如染色质构象）的支持（例如，hic）。此外，IGV的出口功能有限，这使其不足以生成出版物质量的数据。其他工具针对特定的数据类型，例如，对于大翅膀文件，TrackPlot 2，而PygenoMetracks 3之类的其他工具则可以处理更多的数据类型。大多数基因组可视化软件的一个重要局限性是它们一次仅显示一个基因组区域，即
2024 年 2 月 5 日｜中外制药 FoundationOne CDx 癌症基因组图谱获批用于 PARP 抑制剂 Talazoparib 的伴随诊断，而 Talazoparib 获批用于治疗 BRCA 基因突变阳性且伴有远处转移的去势抵抗性前列腺癌 | 新闻 | 中外制药株式会社
中外制药获批 FoundationOne CDx 癌症基因组图谱可用作 PARP 抑制剂 Talazoparib 的伴随诊断，而 Talazoparib 已获批用于治疗 BRCA 基因突变阳性且伴有远处转移的去势抵抗性前列腺癌
单细胞转录组图谱指导开发 CAR-T 细胞用于治疗急性髓系白血病
Adrian Gottschlich＃1,2,3，Moritz Thomas＃4,5，RuthGrünmeier＃1，Stefanie Lesch 1，Lisa Rohrbacher 3,6，Veronika IGL 1，Daria Briukhovetska 1 XU 9，Dario Dhoqina 1，FlorianMärkl1，Sophie Robinson 10,11，Andrea Sendelhofert 12，Heiko Schulz 12，Öyküumut1，Vladyslav Kavaka 13,14 ，索菲亚股票1,3,15， PhilippJieMüller1，JaninaDörr1，Matthias Seifert 1，Bruno L. Cadilha 1，Ruben Brabenec 1,4，NatalieRöder1，FelicitaS Rataj 1，ManuelNüesch1，Franziska Siska Modemann 16,17，Jasmin Wellbrock 16，Walbrock 16，Walbrock 16，walbrock偏见Herold 3,15，Dominik Paquet 10,11，Irmela Jeremias 7,8,15，Louisa Von Baumgarten 15,19，Stefan Endres 1,15,20，Marion Subklewe 3,6,15，Carsten Marr 3，§
玉米驯化和育种改良的基因组图谱
摘要 玉米（Zea mays ssp. mays）是当今世界产量最高的作物，广泛用作食品、饲料和各种工业产品的原料。玉米产量的不断提高是植物育种和现代农业成功的见证。在驯化和历史育种过程中，人类对其形态和生理性状进行了强烈的选择，以利于生态适应、产量和营养价值的提高以及收获。玉米功能基因组学研究的最新进展极大地深化和扩展了我们对玉米驯化和遗传改良的分子和遗传基础的认识。在本文中，我们总结了玉米驯化和驯化后遗传改良的关键性状和调控基因，并对如何利用这些知识来加速未来的玉米育种进行了前瞻性的展望。