XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System编码序列
microRNA监管网络架构的景观和癌症的功能性重新路由Xu Hua 1，Yongsheng Li 2，Sairahul R. Pentaparthi 2，Danie
摘要◥体突变是癌症发展的主要来源，并且在蛋白质编码区域已经确定了许多驱动器突变。然而，位于miRNA中的突变及其靶点结合位点的突变功能在整个人类基因组中仍然在很大程度上未知。在这里，我们在30种癌症类型上建立了详细的miRNA调节网络，以系统地分析miRNA及其目标位点在3 3 0未翻译区域（3 0 UTR），编码序列（CDS）和5 0 UTR区域的突变效果。从9,819个样品中总共将3,518,261个突变映射到miRNA - 基因相互作用（MGI）。突变在几乎所有癌症类型的靶基因中显示出相互排斥的模式。识别的线性回归方法148个候选驱动器突变，可以显着扰动miRNA调节网络。3 0 UTR中的驱动突变通过更改RNA绑定
非小细胞肺癌 MET 外显子 14 跳跃变异的当前和未来治疗选择
近膜 (JX) 结构域，其中包含 PKC 磷酸化位点 (S985)、胱天蛋白酶切割位点 (D1002) 和 E3 泛素连接酶 CBL (Casitas-B 系淋巴瘤) 对接位点 (Y1003)，均控制 RTK 活性的下调 (图 1a)。3–7 这种改变破坏了外显子 14 两侧的内含子剪接位点，包括内含子 13 的剪接受体位点和内含子 14 的剪接供体位点，或外显子 14 编码序列本身内的突变，都会导致外显子 14 在转录本中跳跃。这些突变中最常见的是碱基替换，其次是插入/缺失。因此，导致MET外显子14跳跃的可变剪接事件会激活MET-HGF通路，促进肿瘤细胞增殖、迁移，并阻止细胞凋亡（图1b）。
Ledidi：设计诱导功能活动的基因组编辑
此后，人们提出了多种方法来快速设计表现出所需特征的生物序列。这些方法通常由两部分组成：产生序列的生成步骤和 oracle，即可以快速评估每个提议序列质量的模型。深度探索网络（Linder 等人）就是这样一种方法，它涉及一对以类似于生成对抗网络的方式生成和评估序列的网络。该方法通过惩罚相似序列对的生成来实现多样性。另一种方法通过使用基于参数条件密度估计的自适应采样方法（Brookes 等人，2019 年），放宽了 oracle 可区分的要求。第三种方法是编码器-解码器-分析器模型（Gupta 和 Kundaje，2019 年），它涉及训练三个神经网络来编码序列、解码序列并扰乱内部潜在状态，以使生成的序列表现出所需的特性。
vmix，一种创新的基于AAV的RNA干扰平台
缩写：AAV：腺相关病毒； ALS：肌萎缩性侧索硬化；方差分析：方差分析； ATXN2：ataxin-2; CD：编码序列； EC 50：最大有效浓度的一半； mRNA：Messenger RNA； mirna：microRNA； MOI：感染的多样性； NS：不重要； PAS：聚腺苷酸化过程； RT-QPCR：逆转录 - 定量聚合酶链反应； SD：标准偏差； SOD1：超氧化物歧化酶1； UTR：未翻译的区域； VG/DG：病毒基因组/二倍体基因组； WT：野生型。致谢和披露：这项研究由Aviadobio Ltd. RJ，ZW，DO，AG，LR，YB，JF，CA，CA，AA，PH，SC，PC，PC，CM，JI，JI，CS，CS，CS，DYL和YBL是Aviadobio Ltd. OB的雇员和股东。rj，CS，dyl和ybl在与VMIX相关的专利中命名
利用 CRISPR/Cas9 破坏大黄鱼 (Larimichthys crocea) 中的 mstn 基因
mstnab +/− 鲤鱼的体长显著增加（Shahi et al.，2022），为经济鱼类的养殖产量提供了有希望的方向。因此，我们选择大黄鱼的mstnb作为靶基因。经检测，我们设计的针对外显子1中编码序列的8个靶标中的两个sgRNA是有效的（图1b）。与野生型鱼中的序列相比，检测到了5个缺失突变，包括同时发生的12 bp、28 bp、36 bp、83 bp和97 bp缺失（图2c）。与单个gRNA微注射（Shahi et al.，2022，Tao et al.，2021，Zhang et al.，2020b）不同，同时注射多个gRNA可能诱导两个靶位点之间更大片段的缺失（图2c）。该方法也被考虑并应用于斑马鱼视网膜疾病模型研究中，采用基于CRISPR/Cas9系统的更快速有效的策略
影响跨调控变异的突变源……
摘要 基因表达的可遗传变异源自影响其调控网络的顺式和反式成分的突变。在这里，我们通过鉴定和表征对酿酒酵母中同一焦点基因表达具有反式调控作用的 69 个突变，研究了反式调控突变在基因组和基因调控网络内的分布情况。相对于不影响该焦点基因表达的 1766 个突变，我们发现这些反式调控突变在先前预测可调控焦点基因表达的转录因子的编码序列中富集。然而，鉴定出的 90% 以上的反式调控突变被映射到参与各种生物过程（包括染色质状态、代谢和信号转导）的其他类型的基因。这些数据显示了不同类型基因的遗传变化如何影响基因的反式表达，揭示了反式调控突变的特性，这些特性为自然种群内反式调控变异的分离提供了原材料。
基因组 - 在...
马拉维湖丽鱼科鱼类以相对较少的遗传变化形式表现出广泛的形式和功能。我们比较了岩石和沙子栖息的物种的基因组，并询问两组之间哪些遗传变异差异。我们发现，有96％的分化变体位于非编码序列中，但是这些非编码差异变体在进化上是保守的。分化变体附近的基因组区域富含颅面，神经和行为类别。在基因组序列的导线之后，我们使用岩石与沙子及其杂种来描述BMP信号传导和IRX1B在胃肠局部领土的规范中，在成人社会行为过程中揭示了上下文依赖于上下文的大脑基因表达。我们的结果证明了不同的基因组序列如何预测关键进化特征的差异。我们强调了进化反向遗传学的希望 - 表型差异与无偏基因组测序的推论，然后在自然种群中进行经验验证。
概述结果结论
CTNNB1综合征是一种罕见的神经发育障碍（1：50,000），由CTNNB1基因的功能丧失突变引起。ctnnb1基因编码β-蛋白蛋白，该基因在神经元发育，突触形成和大脑成熟中起关键作用。因此，这些突变导致认知障碍，例如智力残疾，学习困难和发展延迟。虽然目前尚无CTNNB1综合征的治疗方法，但该疾病的遗传根本原因可以通过重组腺相关的病毒载体（RAAV）基于基于基因的基因增强疗法来解决。我们设计了六种不同的AAV-CTNNB1构建体（C1-C6）。每个构建体包括CTNNB1编码序列以及各种未翻译的调节元素，目的是识别元素最佳组合，以增强目标细胞中的转基因表达，同时最小化脱离目标表达。为此，将所有构建体分别包装到AAV载体中，并用于转导患者衍生的神经促进剂细胞和皮质脑器官。
比利时生物安全咨询委员会的建议
23/01/2025 Ref。sc/1510/bac/2025_0100上下文上下文b/be/24/bvw6已于2024年10月提交给比利时能力的权威，要求在基因修改的生物体（GMO）（GMO）环境中进行故意释放（GMO），以根据较高的工厂（GMO）进行研究和开发，以根据研究和开发，根据皇家诉讼II章21年2月21日。计划的活动涉及一项临床试验，标题为“一项随机，双盲，安慰剂对照，多中心，I期研究，以评估Astrivax研究性治疗性肝炎病毒（HBV）疫苗（HBV）疫苗（AVX70371）的安全性，反应生成性和免疫原性（AVX70371）。这项研究的目的是评估AVX70371疫苗在18至50岁的健康成年人中的安全性，反应生成性和免疫原性。研究性药物由与质粒发射的活病毒（PLLAV）相对应的基于DNA的疫苗组成。PLLAV质粒包含活死的黄热病病毒菌株17d [YF17D]的完整基因组，其编码序列是在YF17D基因组中插入的乙型肝炎病毒核心抗原（HBC）的编码序列，并指示用于预防性疫苗针对抗肝炎的预防性疫苗。这阶段I阶段的第一人类研究将由两个部分组成。第1部分将遵循剂量升级设计。在研究的这一部分中，将评估两种不同剂量水平AVX70371的疫苗接种的影响。第2部分是为了进一步评估不同CHB感染患者种群中AVX70371所选剂量水平的两种疫苗接种的影响。疫苗接种将在前臂的掌心腔内进行皮内进行。据估计，在本阶段研究中，大约有40名患者将接受AVX70371，该研究计划在位于法兰德斯的一个临床部位进行。国家领土被认为是PLLAV-YF17D/HBC的潜在释放区域。该档案已于2024年10月25日被主管当局正式承认，并转发给生物安全咨询委员会（BAC）寻求建议。
针对 SARS‐CoV-2 中的 RNA G‐四链体
摘要：由SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行已成为全球威胁。了解潜在机制和开发创新治疗方法极为紧迫。G-四链体（G4）是具有不同生物功能的重要非规范核酸结构。研究了SARS-CoV-2基因组中四个假定的G4形成序列（PQS）。其中一个（RG-1）位于SARS-CoV-2核衣壳磷蛋白（N）的编码序列区，已被证实可在活细胞中形成稳定的RNA G4结构。G4特异性化合物，如PDP（吡啶斯他丁衍生物），可以稳定RG-1 G4并通过抑制其在体内和体外翻译显着降低SARS-CoV-2 N的蛋白水平。该结果首次证明 SARS-CoV-2 中的 PQS 可以在活细胞中形成 G4 结构，并且其生物功能可由 G4 特异性稳定剂调节。这一发现将为开发针对 COVID-19 的新型抗病毒药物提供新思路。