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第一批脊索动物出现在化石记录中,是在寒武纪生命大爆发时,大约 5.5 亿年前。现代海鞘蝌蚪与这些祖先脊索动物的体型相当接近。为了阐明脊索动物和脊椎动物的起源,我们生成了研究最多的海鞘 Ciona intestinalis 基因组蛋白质编码部分的草图。Ciona 基因组含有约 16,000 个蛋白质编码基因,与其他无脊椎动物的数量相似,但只有脊椎动物的一半。脊椎动物基因家族在 Ciona 中通常以简化形式出现,这表明海鞘含有参与细胞信号传导和发育的基本祖先基因。海鞘基因组还获得了许多谱系特异性创新,包括一组与细菌和真菌中的基因有关的参与纤维素代谢的基因。