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World File Search System重叠群
4CAC：使用机器学习和装配图的元基因组重叠群的4类分类器
抽象的微生物群落通常具有细菌，古细菌，质粒，病毒和微核生素的混合物。在相对的含量丰度中，Y等人与细菌进行了复杂的相互作用。Moreo Ver，病毒和质粒作为移动遗传元素，在水平基因转移和微生物种群中抗生素耐药性中起着重要作用。由于难以识别微生物群落中的病毒，质粒和微核生素，因此我们对这些次要类别落后于细菌和古细菌的差异。resse，将分类器被用来分开，将一个或多个次要类别与元基因组组件中的细菌和古细菌分开。ho w e v er，这些分类器通常是阶级不平衡问题，从而导致识别次要类别的精确度较低。在这里，我们开发了一个称为4CAC的分类器，能够从元素组组件中同时识别病毒，质粒，微核细胞和原核生物。4CAC使用se v er序列长度调整后的XGB OOST模型生成了初始的F我们的分类，并使用汇编图进一步对分类进行了分类。对所采用和真实的元基因组数据集进行的表明，在简短读取中，4CAC显然优于现有的分类器及其组合。 长期读取，除非少数类的丰度为very lo w，否则它也会显示出优势。 4CAC的运行速度比其他分类器快1-2个数量级。表明，在简短读取中，4CAC显然优于现有的分类器及其组合。长期读取，除非少数类的丰度为very lo w，否则它也会显示出优势。4CAC的运行速度比其他分类器快1-2个数量级。4CAC软件可从https：//github.com/ shamir-lab/ 4cac获得。
质量死亡率事件发生后，在Pinna nobilis中Toll样受体库的表征表明自适应intodression
fi g u r e 3 TLR-7编码DNA序列单倍型的中间连接网络以及在侵入性个体中Microsatellites和TLR基因座的P. rudis等位基因的组成。上面：考虑了八十六个序列：敏感，抗性和未定义的诺比利杆菌表型的38、30和8单倍型，以及rudis或杂交的10个单倍型，自然抗性表型。连接线上的破折号提到了单倍型之间的突变数。饼图的大小反映了观察到的单倍型的个体的数量。下面：分别考虑了微卫星和TLR基因座的十二个基因座和14个基因座。左：个人内部的P. rudis等位基因的比例。右：TLR基因座的P. Rudis等位基因的组成。ptl，蛋白质收费，（a）重叠群38,093，（b）重叠群84,580，（c）重叠群39,158。
没有证据表明T1190中意外的转基因插入 - 用于快速周期育种的转基因苹果 - 遵循整个基因组测序
快速循环繁殖使用转基因早期流动植物，作为杂种父母，促进了多年生作物的繁殖繁殖计划的缩短。使用表达银桦树的BPMADS4基因的转基因基因型T1190建立了苹果的快速周期育种。在这项研究中，T1190及其非转基因的野生型引脚（F1-Offspring'pinova'和'iDared'的F1-OffSpring通过Illumina短阅读测序在两个单独的实验中进行了测序，导致T1190和167×PIS的平均测序深度为182×。测序显示8,450次读取，其中包含≥20bp的序列与植物转化载体相同。这些读数被组装成125个重叠群，检查了它们是否包含转基因插入或不使用五步程序。一个重叠群的序列表示T1190染色体4上已知的T-DNA插入。其余重叠群的序列在T1190和销钉中同样存在，它们具有与载体序列身份的部分同样存在于Apple参考基因组中，或者它们似乎是由内生污染而不是其他转基因插入的。因此，我们得出的结论是，转基因苹果植物T1190仅包含一个位于4号染色体上的转基因插入，并且没有进一步的部分插入转换载体。
moshpit：Qiime 2框架上的可访问，可再现的元基因组数据科学
图1。Moshpit和示范分析的概述。（a）当前分析工作流的示意图。对Kaiju的分类注释得到了原始阅读的支持，并且可以将Kraken 2应用于对原始读取，重叠群或脱封的MAGS进行分类。用蛋酒贴剂的功能注释可用于重叠群或（解换）mags。（b）塔拉海洋数据集的重新分析。该地图描绘了全球收集样品的香农多样性，对四个位置的缩放视图显示了跨样本深度的分类学分配。bray-curtis主坐标散点图突出了深海样品之间的组成相似性。（C-D）基于读取（C）和基于MAG的可可分析（D）在发酵过程中表现出一致的多样性下降，并伴随着功能基因谱的变化。
新的转录组组装数据的海洋发光鞭毛鞭毛颗粒
lunula是一种单细胞生物化的恐龙。尽管在许多双重化的进化枝中都可以理解生物新蛋白质和荧光素酶合成的机理和基因，但在恐龙粉中，它仍然未知。我们利用了长时间和简短的读数，在这里介绍了P. Lunula转录组的从头大会。总共获得了9.75亿个过滤的配对读数，并将其组装成155,716个重叠群，该重叠群与功能上有功能上注释的普通成绩单相对应。该数据集对于提高我们对原生物学的理解并可以通过NCBI Bioproject（PRJNA727555）获得有价值。©2021作者。由Elsevier Inc.出版这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章
元基因组矿物苔原的组装基因组...
微生物群落中的土壤中的微生物群落仍然在很大程度上未知，尽管它们在温室气体的循环中起着重要作用。在这里，我们报告了从挪威北部Rásttigáisá的矿物苔原土壤中回收的59种非冗余元基因组组装基因组（MAGS）。通过根据四核苷酸频率和差异覆盖范围来通过聚类重叠群来获得MAG，并进行手动策划以去除具有外围GC含量和/或平均覆盖率的重叠群。大多数MAG被分配到细菌门念珠菌（n = 12），verrucomicrobiota（n = 10）和酸眼杆菌（n = 9）。所有古细菌（n = 4）属于硝基果酸念珠菌（Themoproteota）。59Rásttigáisámags扩大了我们对苔原微生物组的多样性和生态作用的了解。
将Sanger序列组装到参考
）在重叠群开始时放大残留物。将紧凑性设置为不紧凑的侧面面板，以便您可以看到每个读取的跟踪数据。单击侧面面板顶部的查找冲突按钮，或按Space键查找读数之间存在分歧的第一个位置；您也可以使用'，'和'。在冲突之间来回移动的密钥（见图7）。
单倍型解析的染色体水平鳄梨基因组可用于分析新的鳄梨基因
鳄梨 (Persea americana) 是木兰科植物的一种，木兰科植物是被子植物的早期分支谱系，其果实营养丰富，在全球具有很高的价值。在这里，我们报告了商业鳄梨品种 Hass 的染色体水平基因组组装，该品种占世界鳄梨消费量的 80%。使用由遗传图谱支持的先前发布的基因组版本进一步组装由 Pacific Biosciences HiFi 读数产生的 DNA 重叠群。总组装体为 913 Mb，重叠群 N50 为 84 Mb。分配给 12 条染色体的重叠群代表 874 Mb，覆盖了 98.8% 的胚性植物基准单拷贝基因。蛋白质编码序列注释确定了 48 915 个鳄梨基因，其中 39 207 个可归因于功能。基因组含有 62.6% 的重复元素。研究了基因组中感兴趣的特定生物合成途径。分析表明，鳄梨中庚糖生物合成的主要途径可能是通过景天庚酮糖 1,7 双磷酸，而不是通过其他途径。内切葡聚糖酶基因数量众多，与鳄梨使用纤维素酶催熟果实一致。尽管经历了多次基因组复制事件，但鳄梨基因组似乎在同源染色体之间有有限数量的易位。与相关物种的蛋白质组聚类允许识别鳄梨和樟科其他成员特有的基因，以及在单子叶植物和真双子叶植物分化前或分化时分化的物种特有的基因。该基因组提供了一种工具，以支持未来开发产量和果实质量更高的优质鳄梨品种。
改进的普通狨猴基因组从头组装提高了序列数据的连续性和映射率
背景：普通狨猴（Callithrix jacchus）是研究最多的灵长类模式生物之一。然而，公共数据库中可用的狨猴基因组高度碎片化且充满序列缺口，阻碍了与狨猴基因组学和转录组学相关的研究进展。结果：在这里，我们利用单分子、长读序列数据来改进和更新现有的基因组组装，并报告了近乎完整的普通狨猴基因组。组装大小为 2.79 Gb，重叠群 N50 长度为 6.37 Mb，染色体支架 N50 长度为 143.91 Mb，代表了迄今为止最连续和高质量的狨猴基因组。大约 90% 的组装基因组以长度超过 1 Mb 的重叠群表示，与之前发表的狨猴基因组相比，连续性提高了约 104 倍。超过98％的先前发表的基因组的空白被成功填补，从而提高了基因组和转录组数据到组装基因组的映射率。
易转化普通小麦品种‘Fielder’的染色体规模基因组组装
我们已为六倍体普通小麦品种“Fielder”建立了高质量的染色体水平基因组组装，Fielder 是美国软质白色糕点型小麦，于 1974 年推出，以易受农杆菌介导的转化和基因组编辑而闻名。使用 HiFi 方法的 PacBio 环状共识测序获得了准确的长读序列。使用 hifiasm 组装器组装的 16 个 SMRT 细胞的序列读数产生了 N50 大于 20 Mb 的组装体。我们使用 Omni-C 染色体构象捕获技术将重叠群排序为染色体水平组装体，得到 21 个伪分子，累计大小为 14.7，未锚定重叠群为 0.3 Gb。对含有已编辑的种子休眠基因 TaQsd1 的转基因小麦植物的已发表短读段进行定位，确定了转基因插入小麦染色体的四个位置。在伪分子中检测向导 RNA 序列为脱靶突变诱导提供了候选。这些结果证明了使用 PacBio HiFi 读段进行染色体规模组装的效率及其在小麦基因组编辑研究中的应用。