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大象诱导多能干细胞的推导 parasurf大象诱导多能干细胞的推导parasurf
动机：识别抗体结合位点，对于开发疫苗和治疗性抗体至关重要，这些抗体是耗时且昂贵的过程。准确地预测了伞形结合位点，可以通过提高我们对抗体 - 抗原相互作用的理解来加快发展的速度。结果：我们提出了Parasurf，这是一个深度学习模型，可通过纳入表面几何和非几何因素来显着增强副群预测。对三种突出的抗体 - 抗原基准测试和测试，帕苏尔夫几乎在几乎所有指标中都取得了最先进的结果。与仅限于可变区域的模型不同，Parasurf证明了能够准确预测抗体整个FAB区域的结合得分的能力。此外，我们使用所采用的三个数据集中最大的分析进行了广泛的分析，重点介绍了三个关键组成部分：（1）对每个互补性确定区域环路的Paratope预测的详细评估，（2）模型的性能在重链上独家培训，以及（3）重型训练模型的结果，而无需将重型链置于重型链中。可用性和实现：Parasurf的源代码，以及所使用的数据集，预处理管道和经过训练的模型权重，可在https://github.com/aggelos-michael-michael-papadopoulos/parasurf上免费获得。联系人：angepapa@iti.gr，axenop@iti.gr补充信息：补充数据可从BioInformatics Online获得。
DNA介导的T细胞参与和肿瘤杀死的多特异性抗体的组装
已经开发了创造性的方法来实现此属性。[1,2]在许多早期的概念验证研究中，BSAB是通过使用双功能交联试剂对两种不同的IgG或Fab进行化学交联产生的，这些试剂与抗体的硫醇和原发胺群特异性反应。[3,4]尽管以这种方式制备的几个BSAB已促进了临床试验，但[5-7]当前开发的绝大多数BSAB是通过重组抗体工程产生的。超过100种不同格式的多特异性抗体（MSAB）是基于免疫球蛋白G（IgG）或其成分进行了设计的（在参考文献[1]），有些包含FC，而另一些则没有。众所周知的无FC格式示例是串联单链可变片段（SCFV）[8]和串联纳米词。[9]中，由串联抗CD19和抗CD3 SCFV（blinatumomomab）组成的双特异性T细胞Endager（咬）是第一个FDA认可的BSAB，用于治疗急性淋巴细胞性白血病。[10,11]含有FC的天然IgG是对称的。向IgG引入双特异性或不对称性能，已经开发了各种方法来有利于异二聚体重型链配对。一些突出的例子是旋钮孔，[12]基于结构性的诱变，[13]和骨膜转向[14]，这些诱变有利于异二聚体或脱离FC的同构化。此外，将旋钮孔和附加IgG的两个臂之一与另一个SCFV或FAB相加的一个允许组装Tristexific抗体。[15]
深层曲目开采发现靶向多种峰值表位的超大冠状病毒中和抗体
- Bryan Briney（Briney@scripps.edu）-Wyatt J. McDonnell（通讯@10xgenomics.com）摘要开发疫苗和治疗剂的开发，这些疫苗和治疗剂对已知和新兴的冠状病毒广泛有效，这是紧迫的优先事项。当前开发泛病毒对策的策略主要集中在冠状病毒尖峰蛋白的受体结合结构域（RBD）和S2区域。目前尚不清楚N末端结构域（NTD）是否是通用疫苗和广泛中和抗体（ABS）的可行靶标。此外，许多靶向RBD的ABS已被证明容易受病毒逃生的影响。我们使用多重的单位杆编码抗原在高通量单细胞工作流程中筛选了Covid-19幸存者和疫苗的循环B细胞库，以分离9,000多个SARS-COV-2-特异性单氯基ABS（MABS），从而使SARS-COV-COV-COV-2 SPECICIDIC ABSEIDICABERIDIC ABSIDICIDICABSIFICICADEIDIC。我们观察到个体之间的许多克隆聚结的实例，这表明AB反应经常在相似的遗传溶液上独立汇聚。在回收的抗体中是TXG-0078，这是一种公共中和的mAB，它结合了冠状病毒尖峰蛋白的NTD超级站点，并识别出多种α-和β-核纳病毒的收集。TXG-0078实现了其出色的结合宽度，同时利用相同的VH1-24可变基因特征和重型链的结合模式在其他NTD超级特异性特异性中和中和腹肌中可见，具有较窄的特异性。我们还报告了CC24.2的发现，CC24.2是一种泛核病毒中和MAB，它针对新型的RBD表位，并针对所有测试过的SARS-COV-2变体（包括BQ.1.1.1和XBB.1.5）显示出相似的中和效力。 TXG-0078和CC24.2的鸡尾酒提供了针对SARS-COV-2的体内挑战的保护，这表明将来可能在耐种的治疗性AB鸡尾酒中使用，作为泛环病毒疫苗设计的模板。我们还报告了CC24.2的发现，CC24.2是一种泛核病毒中和MAB，它针对新型的RBD表位，并针对所有测试过的SARS-COV-2变体（包括BQ.1.1.1和XBB.1.5）显示出相似的中和效力。TXG-0078和CC24.2的鸡尾酒提供了针对SARS-COV-2的体内挑战的保护，这表明将来可能在耐种的治疗性AB鸡尾酒中使用，作为泛环病毒疫苗设计的模板。