印记的 Dlk1-Dio3 结构域包含发育基因 Dlk1 和 Rtl1,它们在不同类型的细胞中在母体染色体上处于沉默状态。在此亲本染色体上,该结构域的印记控制区激活多顺反子,产生 lncRNA Meg3 和许多 miRNA(Mirg)和 C/D-box snoRNA(Rian)。尽管 Meg3 lncRNA 位于核内并与母体染色体相关,但它是否控制顺式基因抑制尚不清楚。我们创建了携带异位 poly(A) 信号的小鼠胚胎干细胞 (mESC),从而降低了多顺反子上的 RNA 水平,并生成了 Rian-/- mESC。在 ESC 分化后,我们发现 Meg3 lncRNA(而不是 Rian)是母体染色体上 Dlk1 抑制所必需的。通过 CRISPR 介导的父系 Meg3 启动子去甲基化获得的双等位基因 Meg3 表达导致双等位基因 Dlk1 抑制,并导致 Rtl1 表达丧失。lncRNA 表达还与 Meg3 5' 侧的 DNA 低甲基化和 CTCF 结合相关。使用 Capture Hi-C,我们发现这会产生拓扑关联域 (TAD) 组织,使 Meg3 靠近母系染色体上的 Dlk1。Meg3 对基因抑制和 TAD 结构的需要可能解释了人类 DLK1-DIO3 基因座处异常的 MEG3 表达如何与印记障碍相关。
长链非编码 RNA 是包括免疫反应在内的生物过程的重要调节因子。lncRNA 的免疫调节功能主要在小鼠模型中得到揭示,而对 lncRNA 在人类免疫反应中的了解有限。在这里,我们鉴定出 lncRNA LUCAT1,它在受脂多糖和其他先天免疫刺激刺激的人类髓系细胞中上调。在髓系细胞中靶向删除 LUCAT1 会增加响应 LPS 的 I 型干扰素刺激基因的表达。相反,增加 LUCAT1 表达会导致可诱导的 ISG 反应降低。在活化细胞中,LUCAT1 在细胞核中富集,并与染色质结合。此外,LUCAT1 通过与细胞核中的 STAT1 相互作用来限制干扰素刺激基因的转录。总之,我们的研究强调了 lncRNA LUCAT1 作为诱导后反馈调节因子的作用,其功能是抑制人类细胞的免疫反应。
(未经同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 29 日发布。;https://doi.org/10.1101/2025.01.28.634134 doi:bioRxiv preprint
[摘要]长的非编码RNA(LNCRNA)是由200多个核苷酸构成的RNA分子,表现出相对较低的序列保护。很长一段时间以来,它们被视为“转录噪声”,即在生物领域中的非功能性RNA分子。近年来,随着研究的进步,科学家们在lncrnas中揭示了许多小型开放式阅读框(SORF),其中一些可以编码微肽。这些微肽已被证实参与了各种细胞过程和基因表达调节网络,扮演着至关重要的作用。这一发现为进一步探索生活活动以及临床诊断和疾病治疗的新研究方向开辟了新的研究方向。本综述总结了LNCRNA编码的菌根在病理和生理过程中的作用,微肽的亚细胞定位和功能机制以及微肽研究方法的进展,旨在为新型积分基于磨性的诊断诊断和治疗方法提供洞察力和参考。[关键词]长的非编码RNA;小开放阅读框;微肽;肿瘤
大规模 RNA 测序和全基因组分析项目的最新进展揭示了一组异质性 RNA,统称为长链非编码 RNA (lncRNA),它们在许多不同的生物过程中发挥着核心作用。重要的是,据报道,lncRNA 的异常表达与多种人类病理学有关,包括多种肾脏疾病。这些观察结果提出了 lncRNA 可能代表肾脏疾病尚未开发的潜在治疗靶点的可能性。然而,关于 lncRNA 的功能及其对肾脏疾病的影响的几个重要问题仍有待仔细解决。在这里,我们概述了 lncRNA 的主要功能和作用机制,以及它们作为肾脏疾病治疗靶点的前景,强调了一些最典型的 lncRNA 在糖尿病肾病的发病机制和进展中的作用。
摘要 印记的 Dlk1-Dio3 结构域包含发育基因 Dlk1 和 Rtl1 ,它们在不同细胞类型的母体染色体上处于沉默状态。在该亲本染色体上,该结构域的印记控制区激活多顺反子,从而产生 lncRNA Meg3 和许多 miRNA( Mirg )和 C / D-box snoRNA( Rian )。尽管 Meg3 lncRNA 位于核内并与母体染色体相关,但它是否控制顺式基因抑制尚不清楚。我们创建了携带异位 poly(A) 信号的小鼠胚胎干细胞 (mESC),从而降低了多顺反子上的 RNA 水平,并产生了 Rian − / − mESC。在 ESC 分化后,我们发现 Meg3 lncRNA(而不是 Rian )是母体染色体上 Dlk1 抑制所必需的。通过 CRISPR 介导的父系 Meg3 启动子去甲基化获得的双等位基因 Meg3 表达导致双等位基因 Dlk1 抑制,并导致 Rtl1 表达丧失。lncRNA 表达还与 Meg3 5′ 侧的 DNA 低甲基化和 CTCF 结合相关。使用 Capture Hi-C,我们发现这会产生拓扑关联域 (TAD) 组织,使 Meg3 靠近母系染色体上的 Dlk1。Meg3 对基因抑制和 TAD 结构的需要可能解释了人类 DLK1-DIO3 基因座处异常的 MEG3 表达如何与印记障碍相关。
长度超过 200 nt 且缺乏编码蛋白质能力的 RNA 分子。在本综述中,我们主要关注 lncRNA 及其与肝细胞癌 (HCC) 相关的功能。HCC 是原发性肝癌最常见的病理类型,占肝癌病例的 75% 至 85%。2023 年美国最新版癌症统计数据显示,HCC 是全球第六大最常见的癌症,已超过胃癌成为癌症死亡的第三大原因。2023 年,美国约有 41,210 例新发病例和 29,380 例死于肝脏和肝内胆管癌 [5]。HCC 患者预后不良的重要原因包括:早期症状和体征不明显
蝴蝶和蛾类翅膀色素沉着的进化变异提供了通过隐蔽和拟态进行适应的惊人例子。皮质基因座已被独立定位为控制 14 种鳞翅目昆虫颜色多态性的基因座,表明它是翅膀图案多样化的基因组热点,但通过蛋白质编码敲除进行功能验证已被证明很难获得。我们的研究揭示了一种新的长链非编码 RNA (lncRNA) 的作用,我们将其命名为象牙,它从皮质基因座转录而来,在调节蝴蝶的颜色图案方面发挥着作用。令人惊讶的是,象牙表达预示了蛹发育过程中大多数黑色素图案,表明象牙在确定鳞片身份方面具有早期发育作用。为了测试这一点,我们在五种蛱蝶科蝴蝶中生成了 CRISPR 马赛克敲除,并表明象牙诱变会导致深色色素鳞片转变为白色或浅色鳞片。对 Vanessa cardui 生殖系突变体的基因分型将这些表型与象牙保守的第一个外显子上的小靶标缺失联系起来。相反,具有已确认无效等位基因的皮质生殖系突变蝴蝶缺乏任何翅膀表型,并且排除了该相邻基因的颜色图案作用。总体而言,这些结果表明 lncRNA 充当颜色图案规范的总开关,并在蝴蝶颜色图案的适应性多样化中发挥关键作用。
引言:本研究旨在评估长链非编码RNA HOTAIR (lncRNA HOTAIR)在晚期肝细胞癌(HCC)患者组织和外周血中的表达情况。此外,我们还研究了晚期HCC患者和舒尼替尼单药治疗时肿瘤组织和外周血中lncRNA HOTAIR表达水平之间的预后相关性。材料和方法:研究纳入60例接受舒尼替尼单药治疗的晚期HCC患者和同期在体检中心体检的另外60例健康个体。采用实时定量PCR (RT-QPCR)检测HCC患者肿瘤组织、癌旁组织、外周血以及健康对照者外周血中lncRNA HOTAIR的相对表达情况。此外,收集临床病理信息、总生存期(OS)和无进展生存期(PFS),并进行与lncRNA HOTAIR表达的相关性分析。结果:肿瘤组织中lncRNA HOTAIR的表达显著高于癌旁组织(t=9.03,p<0.001)。HCC患者外周血中lncRNA HOTAIR的表达高于健康对照者(t=8.04,p<0.001)。HCC患者肿瘤组织与外周血中lncRNA HOTAIR的表达存在相关性(r=0.638,p<0.001)。肿瘤组织中lncRNA HOTAIR表达低的患者OS(13.4 vs. 9.5,p<0.001)和PFS(8.4 vs. 6.2,p<0.001)显著长于高表达患者。始终如一,外周血中低表达lncRNA HOTAIR的患者与高表达患者相比,OS(12.8 vs. 9.1,p < 0.001)和PFS(8.9 vs. 6.4,p < 0.001)显著延长。与其他患者相比,肿瘤组织和外周血中表达均低的患者OS(14.3 vs. 8.8,p < 0.001)和PFS(10.6 vs. 6.0,p < 0.001)延长。Cox回归分析表明,肿瘤组织和外周血中lncRNA HOTAIR的表达水平是舒尼替尼治疗晚期HCC患者OS和PFS的独立预测因素。结论:晚期HCC患者肿瘤组织和外周血中lncRNA HOTAIR表达上调。此外,lncRNA HOTAIR的表达水平是预测舒尼替尼治疗有效性的指标之一。
摘要目的:磷酸肌醇3-激酶/蛋白激酶AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路对细胞正常代谢和细胞生长至关重要。然而,该通路的异常激活与乳腺癌的进展和转移有关。最近,长链非编码RNA在干扰参与细胞生长和代谢的细胞信号通路中的作用已被发现。HOX反义基因间RNA是一种长链非编码RNA,其异常表达与乳腺癌的发展、治疗耐药和转移有关。本研究旨在调查长链非编码RNA HOX反义基因间RNA是否与乳腺癌细胞中的磷酸肌醇3-激酶/蛋白激酶AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路有关。方法:利用siRNA沉默乳腺癌细胞系MCF-7中的HOX反义基因间RNA。随后,使用实时RT-PCR评估HOX反义基因间RNA、PI3K、AKT和mTOR的基因表达水平。此外,使用3-(4,5-二甲基噻唑-2-基)-2,5-二苯基四唑溴化物)分析法分析细胞增殖。结果:结果显示,与阴性对照相比,HOX反义基因间RNA敲低可以下调MCF-7细胞中PI3K、AKT和mTOR RNA的表达。此外,HOX反义基因间RNA沉默后乳腺癌细胞的增殖显着降低。结论:本研究可能引入HOX反义基因间RNA作为参与乳腺癌细胞中磷酸肌醇3-激酶/蛋白激酶AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路上调的分子,从而可能促进乳腺癌细胞增殖。关键词:MCF-7细胞。HOTAIR长链非编码RNA。RNA。长链非编码。基因表达。