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World File Search System错配
Kulwant Singh 教授（博士），技术硕士，博士
本发明将薄膜和基底之间存在错配应变时材料行为的变化关联起来。为了量化目的，发明人对沉积在厚蓝宝石/硅基底上的氮化镓 (GaN) 薄膜进行了纳米压痕数值实验，以评估薄膜中的负载与变形。这对于电子工业和 MEMS、NEMS、LED 等设备非常重要，因为变形的微小变化会影响这些设备的性能。印度专利
序列改变如何增强 DNA 三联体重复域的稳定性并延缓其扩展
DNA 重复域内的 DNA 序列改变莫名其妙地增强了中断重复域的稳定性并延迟了其扩展。在这里，我们提出了合理化这种意外结果的机制。具体而言，我们描述了 DNA 重复域的中断如何通过引入环迁移的能量障碍来限制可用于动态、滑出、重复凸起环的集合空间。我们解释了这种障碍是如何产生的，因为一些可能的环异构体会导致重复域双链部分出现能量昂贵的错配。我们认为，集合空间的减少是导致观察到的重复 DNA 扩展延迟的原因。我们进一步假设，在某些扩展 DNA 中观察到的中断重复的丢失反映了环异构体位置的瞬时占据，这导致双链体茎因能量障碍的“泄漏”而出现错配。我们认为，如果这种低概率事件的寿命允许错配修复系统识别，那么就可以发生重复中断的“修复”；从而合理化了最终扩增的 DNA“产品”中没有出现中断的原因。我们提出的机制途径为被描述为“令人费解”的观察结果提供了合理的解释，同时也对一组具有生物医学重要性的耦合基因型现象提供了深刻的见解，这些现象描绘了 DNA 折纸热力学和表型疾病状态之间的联系。
Cas12a 使用嵌合 DNA-RNA 向导
CRISPR-Cas9 系统广泛用于靶向基因组工程。Cpf1 是 CRISPR 效应子之一，通过识别富含胸腺嘧啶的原间隔区相邻基序 (PAM) 序列来控制靶基因。Cpf1 对向导 RNA 中的错配的敏感性高于 Cas9；因此，脱靶序列识别和切割较低。但是，它可以容忍原间隔区中远离 PAM 序列 (TTTN 或 TTN) 的区域中的错配，并且当 Cpf1 活性因治疗目的而得到改善时，脱靶切割问题可能会变得更加成问题。在我们的研究中，我们研究了 Cpf1 的脱靶切割，并修改了 Cpf1 (cr)RNA 以解决脱靶切割问题。我们开发了一种 CRISPR-Cpf1，它可以通过用 DNA 部分替换 (cr)RNA 来改变碱基配对的能量势，从而以高度特异性和有效的方式诱导靶 DNA 序列中的突变。提出了一个模型来解释嵌合 (cr)RNA 引导的 CRISPR-Cpf1 和 SpCas9 切口酶如何在细胞内基因组中有效发挥作用。在我们的结果中，当使用嵌合 DNA-RNA 引导进行基因组编辑时，CRISPR-Cpf1 在细胞水平上诱导的脱靶突变较少。这项研究有可能用于治疗无法治愈的癌症
使用重组 Cas9 核酸酶评估基因组编辑实验中的位点修饰的方案
简介 用 Cas9 核糖核蛋白 (Cas9 核酸酶) 体外消化 PCR 扩增子是一种灵敏的插入/缺失检测方法。与错配检测方法不同，Cas9 还具有确定 50% 以上靶向效率的额外优势。这很有价值，因为基因组编辑实验中的靶向效率提高了，并且可用于检测分离的细胞群落或组织中的双等位基因编辑，而以前只能使用专门的 PCR 或扩增子测序方法来实现。
CRISPR/Cas12a (Cpf1) 引导RNA序列的鉴定
CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）或 CRISPR 相关（Cas）系统已成为一种主要的基因编辑工具。使用 CRISPR 进行基因编辑需要 Cas 蛋白和相应的向导 RNA（gRNA）。然而，低切割效率和脱靶效应会阻碍 CRISPR/Cas 系统的应用。因此，确定特定的 gRNA 至关重要。在生物传感器应用中，由于 Cas12a（Cpf1）的反式切割活性，CRISPR/Cas12a 可以增强识别靶基因的特异性和灵敏度。mtDNA D 环序列是 mtDNA 中最易变的部分，使其适合区分物种。因此，本研究的目的是通过计算机模拟确定野猪 mtDNA D 环的 gRNA 序列。在 GenBank 数据库的帮助下，使用 Benchling 应用程序预测候选 gRNA。随后，使用 BLAST 核苷酸对 gRNA 候选物进行同源性差异分析，并使用 Jalview 进行错配测试。在几个候选物中，候选物 1 被选为最佳选择，脱靶值为 99.8。与竞争对手的同源性差异分析和与 Sus 属的错配测试分别产生了较高的 E 值和较高的百分比值。这表明候选物不会识别其他物种，但可以检测 Sus scrofa 物种的成员。这些 gRNA 候选物可以选择性地且灵敏地应用于生物传感器，以检测肉类掺假。
国际证监会组织发布《关于集体投资计划最新流动性风险管理建议的咨询报告》
4. 2023 年，IOSCO 和 FSB 开展了后续政策工作，以提高 2017 年 FSB 关于解决资产管理活动结构性脆弱性的政策建议（“FSB 2017 年建议”）的有效性。FSB 与 IOSCO 协商，对 FSB 关于解决开放式基金流动性错配结构性脆弱性的建议（“修订后的 FSB 建议”）进行了有针对性的修订。与此同时，IOSCO 与 FSB 协商制定了反稀释流动性管理工具 - 有效实施集合投资计划流动性风险管理建议的指南（“ADT 指南”）。
结合工程化的 FnCas9 和扩展的 gRNA，实现 PAM 灵活、稳健且核碱基特异性的编辑和诊断
CRISPR 疗法的临床成功取决于 Cas 蛋白的安全性和有效性。来自新凶手弗朗西斯菌 (FnCas9) 的 Cas9 对错配底物的亲和力可以忽略不计，这使得它即使在结合水平上也能以非常高的精度区分 DNA 中的脱靶。然而，它的细胞靶向效率很低，限制了它在治疗应用中的使用。在这里，我们合理地设计了蛋白质以开发增强的 FnCas9 (enFnCas9) 变体，并将其细胞编辑活性扩展到以前无法访问的基因组位点。值得注意的是，一些变体释放了从 NGG 到 NGR/NRG 的原间隔区相邻基序 (PAM) 约束，使其在人类基因组位点上的可访问性增加了约 3.5 倍。enFnCas9 蛋白在体外和细胞中都具有单一错配特异性，从而扩大了基于 FnCas9 的 CRISPR 诊断的靶标范围，用于检测点突变和致病 DNA 特征。重要的是，它们在编辑效率、敲入率和脱靶特异性方面比其他经过设计的 SpCas9 高保真版本（SpCas9-HF1 和 eSpCas9）更胜一筹。值得注意的是，enFnCas9 变体可以与延长长度的 gRNA 结合使用，在 PAM 约束的规范碱基编辑器无法访问的位点进行强大的碱基编辑。最后，我们展示了使用 enFnCas9 腺嘌呤碱基编辑器完全纠正患者衍生的 iPSC 中的疾病特异性视网膜色素变性突变，突出了其在治疗和诊断中的广泛应用。
AccuCRISPR™ 突变检测试剂盒 (T7E1)
(T7E1)] 可以检测靶向基因组编辑并评估其效率。该方法具有能够快速简单地进行分析的优点。在 T7E1 检测中，通过 PCR 扩增目标基因组区域，并将 PCR 产物变性并重新退火以产生异源双链 DNA。T7E1 识别异源双链 DNA 并在错配 5´ 处的第一、第二或第三个磷酸二酯键处切割。结果可以通过琼脂糖凝胶电泳进行分析。这是一种通过凝胶带的强度来测量基因组编辑效率并获得一致数据的可靠方法。应用
“专创融合”视域下《合成生物学》课程建设策略研究
合成生物学已成为全球研究和商业发展的热点，有望驱动未来经济的重大变革。同时，合成生物学是一门高度跨学科的应用学科，是构建“专业与创新创业”融合的良好课程载体。本文采用双元PBL教学法，将基于问题的学习和基于项目的学习贯穿于合成生物学的整个教学过程，以学生为中心，注重培养学生的创新意识和发现问题、解决问题的能力，构建“课程创新、专业创新、竞赛创新、产业创新”一体化的立体教学网络，解决专业与产业“错配”的问题。
改造 Cas12a 核酸酶变体，增强基因组编辑特异性
AU：请确认所有标题级别均正确显示：成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)-Cas12a 系统是基因编辑的强大工具；然而，crRNA-DNA 错配可能会引起不必要的切割事件，尤其是在 PAM 的远端。为了最大限度地减少这种限制，我们通过修改与靶 DNA 和 crRNA 链相互作用的氨基酸残基，设计了一种携带突变 S186A/R301A/T315A/Q1014A/K414A 的超保真 AsCas12a 变体（称为 HyperFi-As）。HyperFi-As 保留了与人类细胞中的野生型 AsCas12a (AsCas12aWT) 相当的靶向活性。我们证明 HyperFi-As 显著降低了人类细胞中的脱靶效应，并且与野生型相比，HyperFi-As 对 PAM 远端区域位置的错配容忍度明显较低。此外，采用改进的适当恒定力单分子 DNA 解拉链分析来评估 CRISPR/Cas 核糖核蛋白 (RNP) 复合物的稳定性和瞬态阶段。在 DNA-Cas12a-crRNA 复合物的解体过程中敏感地检测到了多种状态。在脱靶 DNA 底物上，与 AsCas12aWT 相比，HyperFi-As-crRNA 更难维持 R 环复合物状态，这可以准确解释为什么 HyperFi-As 在人类细胞中具有较低的脱靶效应。我们的研究结果提供了一种具有低脱靶效应的新型 AsCas12a 变体，尤其能够处理 PAM 远端区域的高脱靶。在单分子水平上，我们还揭示了 AsCas12a 变体在脱靶位点的行为方式，而用于评估 CRISPR/Cas RNP 复合物多种状态的解压缩分析可能对深入了解 CRISPR/Cas 的行为方式以及将来如何对其进行工程改造大有帮助。