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World File Search System靶标设计
针对人类 COVID-19 E 蛋白的多表位肽疫苗的设计：一种免疫信息学方法
背景：2019 年 12 月，一种新型地方性疾病在中国武汉市蔓延。几周之内，世界卫生组织 (WHO) 宣布了一种新型冠状病毒，将其命名为 2019 冠状病毒病 (COVID-19)。2020 年 1 月下旬，由于该疾病在全球范围内迅速蔓延，世卫组织宣布疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”。目前，尚无针对这种新发感染的疫苗或获批治疗方法；因此，本研究的目的是利用免疫信息学方法设计一种针对 COVID-19 的多表位肽疫苗。方法：利用几种促进免疫信息学方法和比较基因组学方法相结合的技术，以确定以 2019-nCoV 的包膜蛋白为靶标设计基于 T 细胞表位的肽疫苗的潜在肽。结果：通过比较测序发现 COVID-19 毒株中存在大量突变、插入和缺失。此外，发现十种与 MHC I 类和 MHC II 类结合的肽是疫苗设计的有希望的候选者，其世界人口覆盖率分别为 88.5% 和 99.99%。结论：基于 T 细胞表位的肽疫苗是针对 COVID-19 设计的，使用包膜蛋白作为免疫原性靶点。尽管如此，仍需要迅速对拟议的疫苗进行临床验证，以确保其安全性、免疫原性，并帮助阻止这种流行病导致毁灭性的全球爆发。
通过全激酶组 CRISPR-Cas9 文库系统筛选骨肉瘤的潜在治疗靶点
摘要 目的：骨肉瘤是最常见的原发性恶性骨肿瘤，但由于缺乏有效的治疗靶点，骨肉瘤患者的生存期在过去 30 年中一直保持不变。方法：构建了包含 507 个激酶和 100 个非靶向对照的激酶组靶向 CRISPR-Cas9 文库，并筛选了骨肉瘤中潜在的激酶靶点。使用基于模型的全基因组 CRISPR/Cas9 敲除分析 (MAGeCK) Python 包分析 CRISPR 筛选测序数据。通过 lenti-CRISPR 介导的基因敲除将功能数据应用于 143B 细胞系。在 R2：基因组学分析和可视化平台中分析激酶在骨肉瘤患者生存中的临床意义。结果：我们确定了骨肉瘤中的 53 个潜在激酶靶点。在这些靶标中，我们分析了 3 种激酶，TRRAP、PKMYT1 和 TP53RK，以验证它们在骨肉瘤中的致癌功能。PKMYT1 和 TP53RK 在骨肉瘤中的表达高于正常骨组织，而 TRRAP 无明显差异。所有 3 种激酶的高表达与骨肉瘤患者的预后相对较差有关。结论：我们的研究结果不仅提供了骨肉瘤中潜在的治疗激酶靶标，而且还为使用 CRISPR-Cas9 文库进行功能性遗传筛选提供了范例，包括靶标设计、文库构建、筛选工作流程、数据分析和功能验证。该方法还可能有助于加速其他类型癌症的药物发现。关键词骨肉瘤；激酶；CRISPR-Cas9 文库；TRRAP；PKMYT1；TP53RK