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研究人员编制可可基因图谱，帮助植物育种者促进巧克力树的生长
可可，又称巧克力树，是世界上最重要的经济作物之一，每年创造数千亿美元的产值。然而，可可受到一系列害虫和疾病的影响，据估计，全球产量的损失高达 30% 至 40%。现在，宾夕法尼亚州立大学研究人员领导的团队创建了一个基因信息资源，帮助植物育种者开发抗性可可菌株，这些菌株可以在其原产地亚马逊和其他地方可持续种植，例如中美洲和南美洲的热带纬度、加勒比地区、非洲和亚洲。
来源:宾夕法尼亚州立大学“我们从 123 种不同的组织和发育阶段中提取了 RNA 并测序了转录组，这些组织和发育阶段代表了可可生命周期的主要器官和发育阶段，”托马斯说。“此外，我们进行了几次实验处理和时间过程，以测量组织中对生物和非生物应激源作出反应的基因表达。”
为了促进信息的更广泛使用，研究人员还将所有原始基因测序数据、基因表达图谱矩阵、脚本和用于创建图谱的其他相关细节在线免费提供。研究人员开发了一个基因表达浏览器，该浏览器具有图形用户界面，可显示基因表达模式并提供对原始数据和统计分析的轻松访问。
为宾夕法尼亚州立大学的研究做出贡献的有：哈克生命科学研究所基因组学核心设施主任 Craig Praul、生物学教授兼哈克植物生物学和进化基因组学杰出主席 Claude dePamphilis、植物生物技术研究教授兼可可分子生物学捐赠项目联席主任 Siela Maximova 和植物科学研究助理 Lena Landherr；宾夕法尼亚州立大学 Guiltinan 实验室前成员：美国农业部动物和植物卫生检验局 (马里兰州) 的 Sarah Prewitt；以色列吉拉特火山农业和农村组织的 Akiva Shalit-Kaneh；费城儿童医院的 Eric Wafula；加利福尼亚州戴维斯玛氏公司的 Benjamin Knollenberg；以及俄亥俄州哥伦布巴特尔纪念研究所的 Noah Winters；以及多伦多大学基因组进化和功能分析中心细胞和系统生物学系的 Eddi Esteban、Asher Pasha 和 Nicholas Provart。
Mondelez International, Inc. 和美国农业部国家食品和农业研究所支持了这项研究。